一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术属于动物分子生物及遗传育种技术领域，公开了影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP标记，FIB1

【技术实现步骤摘要】
一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术属于动物分子生物及动物遗传育种
，具体涉及一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]肌纤维是肌肉最基本的组成单位，是影响肉产量和肉品质高低的内在因素。由肌纤维衍生得到的测定指标主要有肌纤维比例、肌纤维的面积和直径以及肌纤维的总数目和密度等。其中肌纤维密度即单位面积内肌纤维数量间接反映肌纤维平均直径，与肌纤维的肥大程度有关。大量研究表明肌纤维的横截面积以及肌纤维的密度与风味、嫩度等肉质指标密切相关(Nam et al,Meat Science,2009；Jeong et al.,Meat Science,2010)。一般来说，肌纤维密度越大，直径越细，肌肉就越细嫩。这提示肌纤维密度可作为改善肉品嫩度和风味的重要指标进行选育。
[0003]目前关于肌纤维密度的QTLs数目仅有9个(Pig QTLs database,https://www.animalgenome.org/cgi
‑
bin/QTLdb/SS/)本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记，其特征在于，至少包括如下(I)～(XIV)中的一种：(I)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第2号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第2号染色体上自5
’
端起的第123725355位点的碱基处，为C或A；(II)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第6号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第6号染色体上自5
’
端起的第105184815位点的碱基处，为C或CA；(III)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第11607366位点的碱基处，为G或C；(IV)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第51270590位点的碱基处，为CCTGGACACCG或TCTGGACACCA；(V)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第3号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第3号染色体上自5
’
端起的第188299位点的碱基处，为GTGGGGAG或TTGGGGAA；(VI)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第7084588位点的碱基处，为CA或C；(VII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第12177780位点的碱基处，为TGTGGCC或CGTGGCT；(VIII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5
’
端起的第16511438位点的碱基处，为G或GA；(IX)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第X号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第X号染色体上自5
’
端起的第121455516位点的碱基处，为A或T；(X)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第242511869位点的碱基处，为A或C；(XI)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第247344438位点的碱基处，为T或C；(XII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5
’
端起的第42682472位点的碱基处，为A或G；(XIII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体
上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第24846165位点的碱基处，为T或C；(XIV)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5
’
端起的第17193018位点的碱基处，为G或T；(XV)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第14号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第14号染色体上自5
’
端起的第34667965位点的碱基处，为A或ATATATAT；(XVI)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5
’
端起的第120729494位点的碱基处，为T或A；(XVII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5
’
端起的第63368817位点的碱基处，为ACACTACAGGC或A；(XVIII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第238165925位点的碱基处，为C或T；(XIX)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第20310858位点的碱基处，为C或T；(XX)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5
’
端起的第54514024位点的碱基处，为GA或G；(XXI)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第73272803位点的碱基处，为T或TA；(XXII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第237826555位点的碱基处，为C或T；(XXIII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第5号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第5号染色体上自5
’
端起的第89208148位点的碱基处，为G或A；(XXIV)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5
’
端起的第96957063位点的碱基处，为C或A；(XXV)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5
’
端起的第113240126位点的碱基处，为G或C；(XXVI)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第8号染色体
上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第8号染色体上自5
’
端起的第122733021位点的碱基处，为CAGT或C；(XXVII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第20311798位点的碱基处，为A或G；(XXVIII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第23827413位点的碱基处，为G或A；(XXIX)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5
’
端起的第25350947位点的碱基处，为AAA或GAT；(XXX)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5
’
端起的第29712858位点的碱基处，为T或TAAAC；(XXXI)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5
’
端起的第39604597位点的碱基处，为A或G；(XXXII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5
’
端起的第55096610位点的碱基处，为C或G；(XXXIII)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5
’
端起的第73758284位点的碱基处，为GCAGGAGTTGCAATA或ACAGGAGTTTCAATG；(XXXIV)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5
’
端起的第128723409位点的碱基处，为T或TA；(XXXV)含有所述SNP分子标记的核酸的序列位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上，所述SNP分子标记位于国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5
’
端起的第54514437位点的碱基处，为AC或A。2.权利要求1所述的影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记在检测猪骨骼肌肌纤维密度中的应用。3.一种猪的遗传改良的方法，其特征在于，确定种猪核心群中的种猪如权利要求1所述的SNP分子标记，并根据所述SNP分子标记做出相应的选择：对于(I)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第2号染色体上自5
’
端起的第123725355位点为C/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(II)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第6号染色体上自5
’
端起的第105184815位点为C/CA和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为CA/CA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；
对于(III)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第11607366位点为G/C和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(IV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第51270590位点为CCTGGACACCG/TCTGGACACCA和TCTGGACACCA/TCTGGACACCA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为CCTGGACACCG/CCTGGACACCG基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因TCTGGACACCA的频率；对于(V)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第3号染色体上自5
’
端起的第188299位点为GTGGGGAG/TTGGGGAA和TTGGGGAA/TTGGGGAA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为GTGGGGAG/GTGGGGAG基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因TTGGGGAA的频率；对于(VI)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第7084588位点为CA/C和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为CA/CA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(VII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第12177780位点为TGTGGCC/CGTGGCT和TGTGGCC/TGTGGCC基因型的种猪个体，淘汰在该位点为CGTGGCT/CGTGGCT基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因TGTGGCC的频率；；对于(VIII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5
’
端起的第16511438位点为G/GA和GA/GA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因GA的频率；对于(IX)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第X号染色体上自5
’
端起的第121455516位点为A/T和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(X)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第242511869位点为A/C和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(XI)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第247344438位点为T/C和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(XII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5
’
端起的第42682472位点为A/G和G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；对于(XIII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第24846165位点为T/C和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(XIV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5
’
端起的第17193018位点为G/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；
对于(XV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第14号染色体上自5
’
端起的第34667965位点为A/ATATATAT和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ATATATAT/ATATATAT基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(XVI)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5
’
端起的第120729494位点为T/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(XVII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5
’
端起的第63368817位点为ACACTACAGGC/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ACACTACAGGC/ACACTACAGGC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(XVIII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第238165925位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；对于(XIX)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第20310858位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；对于(XX)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5
’
端起的第54514024位点为GA/G和G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为GA/GA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；对于(XXI)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第73272803位点为T/TA和TA/TA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因TA的频率；对于(XXII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第1号染色体上自5
’
端起的第237826555位点为C/T和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；对于(XXIII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第5号染色体上自5
’
端起的第89208148位点为G/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(XXIV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5
’
端起的第96957063位点为C/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(XXV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第7号染色体上自5
’
端起的第113240126位点为G/C和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(XXVI)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第8号染色体上自5
’
端起的第122733021位点为CAGT/C和C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为CAGT/CAGT基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(XXVII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第20311798位点为A/G和G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；
对于(XXVIII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第23827413位点为G/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(XXIX)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5
’
端起的第25350947位点为AAA/GAT和GAT/GAT基因型的种猪个体，淘汰在该位点为AAA/AAA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因GAT的频率；对于(XXX)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第11号染色体上自5
’
端起的第29712858位点为T/TAAAC和T/T基因型的种猪个体，淘汰在该位点为TAAAC/TAAAC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率；对于(XXXI)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5
’
端起的第39604597位点为A/G和G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为A/A基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；对于(XXXII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第12号染色体上自5
’
端起的第55096610位点为C/G和G/G基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因G的频率；对于(XXXIII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第13号染色体上自5
’
端起的第73758284位点为GCAGGAGTTGCAATA/ACAGGAGTTTCAATG和GCAGGAGTTGCAATA/GCAGGAGTTGCAATA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为ACAGGAGTTTCAAT/ACAGGAGTTTCAAT基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因GCAGGAGTTGCAATA的频率；对于(XXXIV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第15号染色体上自5
’
端起的第128723409位点为T/TA和TA/TA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为T/T基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因TA的频率；对于(XXXV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第17号染色体上自5
’
端起的第54514437位点为AC/A和A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为AC/AC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率。4.根据权利要求3所述的一种猪的遗传改良的方法，其特征在于，利用分析所述种猪的核酸的序列确定其SNP分子标记的位点，并根据所述SNP分子标记做出相应的选择：对于(I)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第2号染色体上自5
’
端起的第123725355位点为A/A基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/A和C/C基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因A的频率；对于(II)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第6号染色体上自5
’
端起的第105184815位点为C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为C/CA和CA/CA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(III)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第11607366位点为C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为G/C和G/G基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(IV)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第10号染色体上自5
’
端起的第51270590位点为TCTGGACACCA/TCTGGACACCA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为CCTGGACACCG/TCTGGACACCA和CCTGGACACCG/CCTGGACACCG基因型的种猪个体，以逐代提高
该位点的等位基因TCTGGACACCA的频率；对于(V)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第3号染色体上自5
’
端起的第188299位点为TTGGGGAA/TTGGGGAA基因型的种猪个体，淘汰在该位点为GTGGGGAG/TTGGGGAA和GTGGGGAG/GTGGGGAG基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因TTGGGGAA的频率；对于(VI)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第7084588位点为C/C基因型的种猪个体，淘汰在该位点为CA/C和CA/CA基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率；对于(VII)，从所述种猪核心群中选择在所述国际猪基因组11.1版本第9号染色体上自5
’
端起的第12177780位点为TGTGGCC/TGTGGCC基因型的种猪个体，淘汰在该位点为TGTGGCC/CGTGGC和CGTGGCT/CGTGGCT基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄路生，麻骏武，黄贻忠，蔡丽萍，邹霄霄，杨斌，段艳宇，
申请(专利权)人：江西农业大学，
类型：发明
国别省市：