一种利用SETX基因单核苷酸遗传标记鉴定虎斑云岭牛品种的方法技术

本发明专利技术公开了一种利用SETX基因单核苷酸遗传标记鉴定虎斑云岭牛品种的方法。本发明专利技术利用全基因组关联分析方法，对云岭牛的全基因组SNP进行分析，发现了云岭牛的11号染色体上一个使SETX基因密码子改变的特有突变，为虎斑云岭牛实现品种鉴定提供了依据。同时根据该突变所在SNP位点可以在DNA水平上对云岭牛的虎斑毛色性状进行筛选，从而快速建立遗传资源优良的云岭牛种群。的云岭牛种群。

【技术实现步骤摘要】
一种利用SETX基因单核苷酸遗传标记鉴定虎斑云岭牛品种的方法


[0001]本专利技术涉及云岭牛(Yunling cattle)引种和育种中的分子标记，具体涉及在DNA水平上检测与云岭牛虎斑毛色性状密切相关的单核苷酸遗传标记(SNP标记)，以及利用SETX基因SNP标记鉴定虎斑云岭牛。

技术介绍

[0002]单核苷酸多态(SNP，single nucleotide polymorphism)是同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象。相同长度的单链DNA因其顺序不同或单个碱基差异，所形成的构象就会不同。SNP是生物体基因组中存在最为广泛的一类变异，它是由于单个核苷酸的插入、缺失、转换和颠换而引起的。
[0003]某些SNP的存在导致个体基因组相应基因位点保留了与表型相关的错义突变等不同形式的变异。错义突变是编码某种氨基酸的密码子经碱基替换以后变成编码另一种氨基酸的密码子，从而使多肽链的氨基酸种类和序列发生改变。
[0004]云岭牛的毛色一般为黑色、黄色和灰色。除此之外，在云岭牛群体中还存在具有不同于普通云岭牛通体黑色、黄色或灰色的毛色性状的个体，其体表都具有混合颜色的图案，如在黄色或灰色背毛上分布明显的黑色虎斑毛色性状，这些云岭牛个体即称为虎斑云岭牛。关于牛虎斑毛色性状的基因位点研究表明，MC1R基因的氨基酸突变位点p.Gln64*可能与该毛色性状相关，但在虎斑云岭牛个体中并不携带该突变。目前还未见到有虎斑云岭牛毛色相关基因的研究，特别是虎斑云岭牛的毛色主效基因仍然没有得到鉴定。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种利用SETX基因单核苷酸遗传标记鉴定虎斑云岭牛品种的方法。
[0006]为达到上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：
[0007]一种利用单核苷酸遗传标记鉴定云岭牛品种的方法，该鉴定云岭牛品种的方法包括以下步骤：
[0008]对云岭牛个体候选基因组区域内的单核苷酸突变位点进行检测，若检测出该云岭牛个体在所述候选基因组区域中位于牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点存在导致SETX基因发生错义突变(如p.Ile291Val)的等位基因，则将所述云岭牛个体的品种确定为虎斑云岭牛。
[0009]优选的，所述候选基因组区域位于牛参考基因组第11号染色体的98.7Mb至102.4Mb。
[0010]优选的，所述牛参考基因组为ARS
‑
UCD1.2(NCBI版本号为GCF_002263795.1)。
[0011]优选的，所述第102388841位的SNP位点为T>C突变，该SNP位点的突变等位基因C为导致SETX基因发生错义突变的等位基因。
[0012]优选的，当检测到云岭牛个体位于牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点存在突变等位基因(例如C/C基因型或T/C基因型)时，即可将该云岭牛个体的品种确定为虎斑云岭牛。
[0013]优选的，所述鉴定云岭牛品种的方法还包括以下步骤：对以下与所述第102388841位的SNP位点连锁的位于牛参考基因组第11号染色体的一个或多个SNP位点进行突变等位基因检测：第98712522位、第98732751位、第98764247位、第99015162位、第99095070位、第99205610位、第99300951位、第99890654位、第100401425位、第102226280位、第102336227位、第102381702位、第102396559位。当云岭牛个体具有由第102388841位的SNP位点的突变等位基因C及上述与第102388841位的SNP位点连锁的其他13个SNP位点中的若干个位点的突变等位基因构成的单倍型时，也可以将该云岭牛个体的品种确定为虎斑云岭牛。
[0014]一种鉴定云岭牛品种的试剂盒，该试剂盒包括用于检测定位于与云岭牛虎斑毛色性状相关的候选基因组区域(即上述候选基因组区域)内的单核苷酸突变位点的试剂(例如包括对待测突变位点及其附近区域进行PCR扩增的试剂、对扩增片段进行测序的试剂等)，所述单核苷酸突变位点包括位于牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点。
[0015]优选的，所述单核苷酸突变位点还包括上述其他13个SNP位点中的一个或多个SNP位点。
[0016]一种SETX基因单核苷酸多态性的检测方法，包括以下步骤：
[0017]以待测牛基因组DNA为模板，采用PCR扩增候选基因组区域(即上述候选基因组区域)中SETX基因的部分片段，然后鉴定(例如通过DNA测序法)扩增所得片段中位于牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点的基因型。
[0018]优选的，还包括以下步骤：对上述其他13个SNP位点中的一个或多个SNP位点的基因型进行鉴定。
[0019]上述SETX基因单核苷酸多态性的检测方法在牛分子标记辅助选择育种及牛品种鉴定中的应用。
[0020]牛参考基因组第11号染色体98.7
‑
102.4Mb区域(即上述候选基因组区域)内的SNP位点(例如第102388841位T>C突变位点)在牛分子标记辅助选择育种及牛品种鉴定中的应用。
[0021]优选的，在所述第102388841位的SNP位点具有C/C基因型或T/C基因型的云岭牛个体的品种为虎斑云岭牛。
[0022]本专利技术的有益效果体现在：
[0023]本专利技术通过基因组重测序、全基因组关联分析以及全基因组选择性清除方法，在云岭牛中寻找到虎斑毛色性状的主效基因(SETX基因)及主要变异位点(牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点)；一方面，通过鉴定该位点的基因型以确定突变等位基因携带情况，即可有效的筛选去除虎斑云岭牛种公牛和母牛以及进行种用云岭牛的分子标记辅助育种，且不受个体毛色随生长发育变化、虎斑纹理在某些个体中不明显的影响，为快速建立遗传资源优良的云岭牛种群奠定基础，并提高云岭牛育种质量和效率；另一方面，本专利技术通过对云岭牛的特征SNP位点(牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点)进行突变等位基因检测(例如基于PCR扩增
‑
测序法的基因分型)，可以筛选出虎斑毛色性状优良的个体。
[0024]进一步的，本专利技术通过检测与牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点连锁的其他13个SNP位点的突变等位基因，可以有效克服实际基因分型检测误差等因素对利用单一SNP位点进行虎斑云岭牛筛选的影响，提高筛选效率和可靠性。
附图说明
[0025]图1为本专利技术实施例中虎斑云岭牛部分SNPs的连锁分析结果。
[0026]图2为本专利技术实施例中对虎斑云岭牛品种的鉴定技术流程图。
[0027]图3为本专利技术实施例中云岭牛SETX基因g.102388841T&gt;C位点三种基因型的测序峰图。<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种利用单核苷酸遗传标记鉴定云岭牛品种的方法，其特征在于：该鉴定云岭牛品种的方法包括以下步骤：对云岭牛个体候选基因组区域内的单核苷酸突变位点进行检测，若检测出该云岭牛个体在所述候选基因组区域中位于牛参考基因组第11号染色体第102388841位的SNP位点存在导致SETX基因发生错义突变的等位基因，则将所述云岭牛个体的品种确定为虎斑云岭牛。2.根据权利要求1所述一种利用单核苷酸遗传标记鉴定云岭牛品种的方法，其特征在于：所述候选基因组区域位于牛参考基因组第11号染色体的98.7Mb至102.4Mb。3.根据权利要求1所述一种利用单核苷酸遗传标记鉴定云岭牛品种的方法，其特征在于：所述牛参考基因组为ARS
‑
UCD1.2。4.根据权利要求1所述一种利用单核苷酸遗传标记鉴定云岭牛品种的方法，其特征在于：所述第102388841位的SNP位点为T&gt;C突变，该SNP位点的突变等位基因C为导致SETX基因发生错义突变的等位基因。5.根据权利要求1所述一种利用单核苷酸遗传标记鉴定云岭牛品种的方法，其特征在于：所述鉴定云岭牛品种的方法还包括以下步骤：对以下与所述第102388841位的SNP位点连锁的位于牛参考基因组第11号染色体的一个或多个SNP位点进行突变等位基因检测：第98712522位、第98732751位、第98764247位、第99015162位、第99095070位、第99205610位、第99300951位、第99890654位、第100401425位、第102226280位、第102336227位、第102...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈宁博，张俸伟，雷初朝，夏小婷，亐开兴，党瑞华，黄永震，蓝贤勇，陈宏，
申请(专利权)人：西北农林科技大学，
类型：发明
国别省市：