一种检测β-内酰胺类耐药基因PBPs的引物、方法和应用技术

本发明专利技术提供了一种检测β

【技术实现步骤摘要】
一种检测
β
‑
内酰胺类耐药基因PBPs的引物、方法和应用


[0001]本专利技术属于分子检测领域，特别涉及一种检测β
‑
内酰胺类(如阿莫西林)耐药基因PBPs的引物、方法和在试剂盒上的应用。

技术介绍

[0002]阿莫西林是临床上唯一用于根除H.pylori的β
‑
内酰胺类药物，也是各种三联或四联疗法中最常应用的抗生素。既往由于在阿莫西林耐药的H.pylori菌株中未检测到β
‑
内酰胺酶活性，故认为H.pylori对阿莫西林的耐药与β
‑
内酰胺酶无关，目前国内外大多数研究认为青霉素结合蛋白(Penicinin binding Proteins，PBPs)突变才是导致H.pylori对阿莫西林耐药的最主要原因。在已发现的3种高分子质量PBPs(PBP1、PBP2、PBP3)和6种低相对分子质量PBPs中，3种高相对分子质量PBPs突变被证实与H.pylori对阿莫西林的耐药有关，其中PBP1的突变在H.pylori对阿莫西林的耐药中所起的作用最为重要。Qureshi等研究显示H.pylori对阿莫西林的耐药主要与PBP1的突变有关，Ser414Arg、Thr556Ser和Asn562是PBP1中最常见的3个氨基酸置换，提示针对这3个突变位点的检测将有助于发现PBP1突变。国内朱振华等的研究也证实PBP1突变是H.pylori阿莫西林耐药的主要原因。Rimbara等研究证实PBP1、PBP2和PBP3的突变均与H.pylori对阿莫西林耐药有关，在PBP1突变的基础上PBP2和PBP3的突变进一步提高了H.pylori对阿莫西林的耐药水平。总之，PBPs突变是目前H.pylori对阿莫西林耐药的主要机制。临床上对于PBP1、PBP2和PBP3突变的检测，尤其是对PBP1突变的检测将有助于鉴别阿莫西林耐药株，避免阿莫西林耐药，导致治疗失败。
[0003]常规的药物敏感性分析，采用培养的方法，该方法操作繁琐，耗时长，需要3
‑
7天的时间。PCR方法简单，快速，成本低，产物通过测序判断突变直观准确；样本的要求也不高，不需要活菌；如果是组织的话，只要少量的组织新鲜或石蜡包埋都可，所以本专利技术采用传统的PCR加一代测序检测幽门螺杆菌的PBPs的突变情况，从而判断β
‑
内酰胺类药物在治疗幽门螺杆菌过程中耐药情况，为临床的个性话用药提供理论依据。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是提供一种检测β
‑
内酰胺类(如阿莫西林)耐药基因PBPs的引物，方法和应用，采用PCR加Sanger测序技术，可用于快速检测幽门螺杆菌PBPs基因的突变情况,从而判断β
‑
内酰胺类(如阿莫西林)治疗幽门螺杆菌的疗效。
[0005]一种检测β
‑
内酰胺类(如阿莫西林)耐药基因PBPs的引物，包括扩增PBPs基因的引物，其碱基序列为：
[0006]PBP1
‑
F1：TGTAAAACGACGGCCAGTGATTTTTTATGGTTTTATCGTTTTATTTT
[0007]PBP1
‑
R1：AACAGCTATGACCATGGCCATAATACCCATGCCCAA
[0008]PBP1
‑
F2：TGTAAAACGACGGCCAGTTTTTTTTGGGCATGGGTATTATG
[0009]PBP1
‑
R2：AACAGCTATGACCATGGTTGGTAATCCAAATCTATCGTGAG
[0010]PBP1
‑
F3：TGTAAAACGACGGCCAGTCTCACGATAGATTTGGATTACCAAC
[0011]PBP1
‑
R3：AACAGCTATGACCATGTGYAAGGTTACAAGCCCTAAAA
[0012]PBP1
‑
F4：TGTAAAACGACGGCCAGTTTTTAGGGCTTGTAACCTTRCA
[0013]PBP1
‑
R4：AACAGCTATGACCATGGCATGGTGCCGTAATTAGAAAAT
[0014]PBP1
‑
F5：TGTAAAACGACGGCCAGTATTTTCTAATTACGGCACCATGC
[0015]PBP1
‑
R5：AACAGCTATGACCATGTATCCACGATTTCTTTACGCAAG
[0016]PBP2
‑
F1：TGTAAAACGACGGCCAGTAACCCTTTTCAAAYTGGGCTT
[0017]PBP2
‑
R1：AACAGCTATGACCATGGCTCACTTCAATGTTTARCCCTT
[0018]PBP2
‑
F2：TGTAAAACGACGGCCAGTGGYTAAACATTGAAGTGAGCGG
[0019]PBP2
‑
R2：AACAGCTATGACCATGTCAAATTCAAGYTTTCATAATCGC
[0020]PBP2
‑
F3：TGTAAAACGACGGCCAGTAGCGATTATGAAARCTTGAATTTG
[0021]PBP2
‑
R3：AACAGCTATGACCATGGAAAACACCGCATAAGCCCT
[0022]PBP2
‑
F4：TGTAAAACGACGGCCAGTAGGGCTTATGCGGTGTTTTC
[0023]PBP2
‑
R4：AACAGCTATGACCATGTTAAAAATRGGGGCTGCAAT
[0024]PBP3
‑
F1：TGTAAAACGACGGCCAGTGCGTTAAAAATCAAGAATACT
[0025]PBP3
‑
R1：AACAGCTATGACCATGCTAAAGCGTTATTAGGGTAGTA
[0026]PBP3
‑
F2：TGTAAAACGACGGCCAGTTACTACCCTAATAACGCTTTAG
[0027]PBP3
‑
R2：AACAGCTATGACCATGCAAATTGTATTCAGGGTAACT
[0028]PBP3
‑
F3：TGTAAAACGACGGCCAGTAAGTTACCCTGAATACAATTTGAACG
[0029]PBP3
‑
R3：AACAGCTATGACCATGTTTCCCCAAAGCCCACTTC
[0030]PBP3
‑
F4：TGTAAAACGACGGCCAGTGTTGATTTGCCGA本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测β
‑
内酰胺类耐药基因PBPs的引物，其特征在于，包括扩增PBP1，PBP2，PBP3基因的引物，其碱基序列为：PBP1
‑
F1：TGTAAAACGACGGCCAGTGATTTTTTATGGTTTTATCGTTTTATTTTPBP1
‑
R1：AACAGCTATGACCATGGCCATAATACCCATGCCCAAPBP1
‑
F2：TGTAAAACGACGGCCAGTTTTTTTTGGGCATGGGTATTATGPBP1
‑
R2：AACAGCTATGACCATGGTTGGTAATCCAAATCTATCGTGAGPBP1
‑
F3：TGTAAAACGACGGCCAGTCTCACGATAGATTTGGATTACCAACPBP1
‑
R3：AACAGCTATGACCATGTGYAAGGTTACAAGCCCTAAAAPBP1
‑
F4：TGTAAAACGACGGCCAGTTTTTAGGGCTTGTAACCTTRCAPBP1
‑
R4：AACAGCTATGACCATGGCATGGTGCCGTAATTAGAAAATPBP1
‑
F5：TGTAAAACGACGGCCAGTATTTTCTAATTACGGCACCATGCPBP1
‑
R5：AACAGCTATGACCATGTATCCACGATTTCTTTACGCAAGPBP2
‑
F1：TGTAAAACGACGGCCAGTAACCCTTTTCAAAYTGGGCTTPBP2
‑
R1：AACAGCTATGACCATGGCTCACTTCAATGTTTARCCCTTPBP2
‑
F2：TGTAAAACGACGGCCAGTGGYTAAACATTGAAGTGAGCGGPBP2
‑
R2：AACAGCTATGACCATGTCAAATTCAAGYTTTCATAATCGCPBP2
‑
F3：TGTAAAACGACGGCCAGTAGCGATTATGAAARCTTGAATTTGPBP2
‑
R3：AACAGCTATGACCATGGAAAACACCGCATAAGCCCTPBP2
‑
F4：TGTAAAACGACGGCCAGTAGGGCTTATGCGGTGTTTTCPBP2
‑
R4：AACAGCTATGACCATGTTAAAAATRGGGGCTGCAATPBP3
‑
F1：TGTAAAACGACGGCCAGTGCGTTAAAAATCAAGAATACTPBP3
‑
R1：AACAGCTATGACCATGCTAAAGCGTTATTAGGGTAGTAPBP3
‑
F2：TGTAAAACGACGGCCAGTTACTACCCTAATAACGCTTTAGPBP3
‑
R2：AACAGCTATGACCATGCAAATTGTATTCAGGGTAACTPBP3
‑
F3：TGTAAAACGACGGCCAGTAAGTTACCCTGAATACAATTTGAACGPBP3
‑
R3：AACAGCTATGACCATGTTTCCCCAAAGCCCACTTCPBP3
‑
F4：TGTAAAACGACGGCCAGTGTTGATTTGCCGAATGAATTTGPBP3
‑
R4：AACAGCTATGACCATGCTACTAAAATRGTGATAGCGTATTTGGG。2.如权利要求1所述的引物，其特征在于，还包括筛查样本是否有幽门螺杆菌感染的QPCR引物，其碱基序列为：16S
‑
F：CTGGAGAGACTAAGCCCTCC16S
‑
R：AGGATGAAGGTTTTAGGATT。3.如权利要求1所述的引物，其特征在于，还包括检测PBPs基因的测序引物，其碱基序列为：S1：TGTAAAACGACGGCCAGTS2：AACAGCTATGACC...

【专利技术属性】
技术研发人员：王淑一，陈雪青，
申请(专利权)人：长沙艾迪康医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：