一种基于NGS数据处理中消除背景提高目标位点检测灵敏度的方法技术

本发明专利技术公开了一种基于NGS数据处理中消除背景提高目标位点检测灵敏度的方法，在计算所有突变位点的突变频率后，目标位点的突变频率扣除阴性对照样本突变频率后，将非目标位点的突变频率作为背景信号，设定一预定条件，利用背景信号进行过滤处理，保留过滤后的目标位点；进一步考虑目标位点本身的突变频率以及它与突变频率最大的非目标位点的差异；这两者的因素量化为TotalScore，根据不同的样本类型，依据标准品确定不同的阈值后，就可以根据TotalScore结果确定位点的阴阳性。该方法可适用于cfDNA、FFPE样本中的突变检测，消除NGS测序中扩增子法背景信号较高的缺陷，提供检测灵敏度，大大降低了假阳性的检测结果。大大降低了假阳性的检测结果。大大降低了假阳性的检测结果。

【技术实现步骤摘要】
一种基于NGS数据处理中消除背景提高目标位点检测灵敏度的方法


[0001]本专利技术涉及基因测序数据分析领域，具体涉及一种基于NGS数据处理中消除背景提高目标位点检测灵敏度的方法。

技术介绍

[0002]对于多重基因的检测，目前最常使用的技术是赛默飞公司(Thermo Fisher)的Ion PGM/Proton平台。该平台有简捷的靶向测序流程、灵活的通量选择、极快的测序速度、微量样本输入等特点。因此特别适用于多个基因的多种突变类型的并行检测。但是对于一些复杂的样本类型，如细胞游离DNA(cell
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free DNA，以下简称cfDNA)样本，福尔马林固定、石蜡包埋(Formalin Fixation and Paraffin Embedding，以下简称FFPE)样本，目前无法有效精准的鉴定出目标位点，在测序过程中引入的背景噪音或者是此类样本中本身存在很多与肿瘤发展无关的背景噪音使得分析得到的突变位点中存在较多假阳性结果，以此会导致遗漏部分低频(＜1％)突变的结果以及部分假阳性突变。另外，每个批次中每张芯片的背景很可能是不一本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于NGS数据处理中消除背景提高目标位点检测灵敏度的方法，其特征在于，包含以下步骤：步骤1，采用扩增子技术对待测样本中的DNA进行肿瘤相关基因和区域的扩增；步骤2，提供一阴性样本作为对照，采用NGS测序方法对所述肿瘤相关基因进行测序，获取待测样本的目的基因的原始测序数据；步骤3，将所述原始测序数据与人参考基因组进行比对，得到含有序列比对信息的bam文件，使用samtools mpileup对所述bam文件进行处理得到mpileup文件，当mpileup文件中出现一位点，其碱基不同于人参考基因组的碱基时，判定该位点为突变位点，并计算该突变位点的突变频率AF；步骤4，判断所述突变位点是否满足预定条件，以确定所述突变位点是否为阳性位点；其中，判断所述突变位点是否满足预定条件的方法具体包括：4.1，根据如下条件进行初步过滤：a.AFTargetCutNeg>AFNonTargetMean+2SD；b.AFTargetCutNeg>0.1％；需同时满足上述两个条件得到待测样本阳性候选位点；所述AFTargetCutNeg通过选择一位点作为待测样本目标位点，计算待测样本中所有位点的突变频率AF，在所有位点的突变频率AF中扣除所述阴性样本中相对应的位点的突变频率后获得；所述AFNonTargetMean是指以所有的非目标位点的突变频率AF作为背景信号，所有的非目标位点的突变频率AF的平均频率；所述SD为所有的非目标位点的突变频率AF的标准方差；4.2，保留上述初步过滤后的待测样本阳性候选位点，进一步引进两个参数AVscore和RatioScore继续过滤：所述AVscore＝2**((AFTargetCutNeg
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0.001)*100)；所述RatioScore＝2**((AFTargetCutNeg/(AFNonT...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡微菁，朱智东，严令华，
申请(专利权)人：上海桐树生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：