本发明专利技术涉及一种用于辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的甲基化位点及其应用，包括chr1:114414408、chr1:247802703、chr10:131529436、chr8:1892241中的任意至少一种DNA甲基化位点，通过针对这些位点及其不同组合检测，采用随机森林和逻辑回归等方式建立辅助检测模型，发现其能辅助检测肺癌体细胞样本中ATM基因融合突变情况，同时还能克服单个DNA甲基化信号低的问题，并提高检测的灵敏度和特异性。从而为肺癌患者的临床靶向用药治疗等方面提供更为有效地辅助检测服务。提供更为有效地辅助检测服务。
【技术实现步骤摘要】
用于辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的甲基化生物标记物及其应用
[0001]本专利技术涉及生物
，特别是涉及用于辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的甲基化位点及其应用。
技术介绍
[0002]肺癌是发病率和死亡率增长最快，对人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。近50年来许多国家都报道肺癌的发病率和死亡率均明显增高，男性肺癌发病率和死亡率均占所有恶性肿瘤的第一位，女性发病率占第二位，死亡率占第二位。目前肺癌特别是非小细胞肺癌已证实与多种基因突变、融合和基因扩增有关。
[0003]ATM基因编码的蛋白属于PI3/PI4激酶家族，这种蛋白是一种重要的细胞周期检查点激酶，通过磷酸化调控下游一系列重要蛋白，包括抑癌蛋白p53和BRCA1、检查点激酶CHK2、检查点蛋白RAD17和RAD9以及DNA修复蛋白NBS1，主要参与DNA损伤修复过程，基因组稳定性的维持等。
[0004]ATM基因的突变与肺癌发生密切相关。研究表明，ATM基因与肿瘤的放疗治疗的敏感性有较强的关联度，同时，ATM激酶在肺癌细胞中的突变状态可作为衡量患者对MEK抑制剂类药物敏感性的新型肿瘤标志物，可极大提高对该类亚型患者的诊断及后续治疗效，并有望拓展该类药物在RAS及BRAF等突变之外类型肿瘤患者中的应用[Ji X,et al.Protein
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altering germline mutations implicate novel genes related to lung cancer development.2020；11(1):1
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14.]。
[0005]目前常规检测ATM Gene Fusion(基因融合)突变的手段主要是qRT
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PCR、Fish、WGS、WES、gene panel、RNA
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seq等，通过寻找甲基化生物标记物来辅助检测基因突变，并且通过多个DNA甲基化的甲基化状态可以克服单个DNA甲基化信号低的问题，可以提高检测的灵敏度和特异性。
技术实现思路
[0006]基于此，本专利技术的目的之一在于提供一种用于辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的甲基化位点或其组合。
[0007]具体技术方案如下：
[0008]用于辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的甲基化位点或其组合，其包括chr1:114414408、chr1:247802703、chr10:131529436、chr8:1892241中的任意至少一种。
[0009]在其中一些实施例中，上述甲基化位点组合包括chr1:114414408和选自chr1:247802703、chr10:131529436、chr8:1892241中的任意1种。
[0010]在其中一些实施例中，上述甲基化位点组合包括chr1:114414408和chr1:247802703；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408和chr10:131529436；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408和chr8:1892241。
[0011]在其中一些实施例中，上述甲基化位点组合包括chr1:114414408和选自chr1:247802703、chr10:131529436、chr8:1892241中的任意2种。
[0012]在其中一些实施例中，上述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr1:247802703和chr10:131529436；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr10:131529436和chr8:1892241；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr1:247802703和chr8:1892241。
[0013]在其中一些实施例中，上述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr1:247802703、chr10:131529436和chr8:1892241。
[0014]本专利技术的目的之一还在于提供上述甲基化位点或其组合的试剂在制备预测、检测、分类、治疗监测、预后或其它评价肺癌体细胞ATM基因融合突变的试剂盒中的应用。
[0015]本专利技术的目的之一还在于提供一种肺癌体细胞ATM基因融合突变辅助检测试剂盒。
[0016]实现上述目的的技术方案如下：
[0017]一种肺癌体细胞ATM基因融合突变辅助检测试剂盒，其包括检测上述甲基化位点或其组合的甲基化差异程度的试剂。
[0018]在其中一些实施例中，上述试剂盒是采用聚合酶链式反应技术、原位杂交技术、酶学突变检测技术、化学剪切错配技术、质谱分析技术、基因芯片技术或基因测序技术或它们的组合制备而成。
[0019]在其中一些实施例中，上述试剂盒采用的检测方法包括但不限于荧光定量PCR、甲基化特异性PCR、数字PCR、DNA甲基化芯片、靶向DNA甲基化测序、全基因组甲基化测序、DNA甲基化质谱中的至少一种。
[0020]本专利技术的目的之一还在于上述试剂盒在预测、检测、分类、治疗监测、预后或其它评价肺癌体细胞ATM基因融合突变中的应用。
[0021]本专利技术的目的之一还在于提供一种辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的方法。
[0022]实现上述目的的技术方案如下：
[0023]一种辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的方法，其包括以下步骤：
[0024]提取待测的生物样品基因组DNA；
[0025]对所述DNA进行亚硫酸氢盐转化；
[0026]对上述甲基化位点或其组合的甲基化差异程度进行检测。
[0027]在其中一些实施例中，上述方法包括但不限于以下技术：甲基化特异性PCR，亚硫酸盐PCR测序，实时定量甲基化特异性PCR等；高通量检测技术包括简化基因组甲基化测序，全基因组甲基化测序，DNA富集测序，焦磷酸盐测序，亚硫酸盐转化测序等；基于质谱等检测平台的检测技术；基于芯片检测平台，如450K和850K甲基化检测技术。
[0028]在其中一些实施例中，上述生物样品为组织切片、血液、唾液、胸腔积液、腹水、羊水、骨髓或培养的动物细胞，优选为组织切片。
[0029]与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
[0030]本专利技术的专利技术人发现甲基化位点chr1:114414408、chr1:247802703、chr10:131529436和chr8:1892241可用于辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变，通过针对这些位
点的不同组合检测，采用随机森林和逻辑回归等方式建立预测模型，发现其均能有效地辅助检测肺癌体细胞样本中ATM基因融合突变的情况，通过甲基化辅助检测ATM基因是否存在融合突变的方法是一种新的尚未报道过的方法，多甲基化联合检测能克服单个DNA甲基化信号低的问题，并提高检测的灵敏度和特异性。基于对样本体细胞中这些DNA甲基化标记物的甲基化状态进行检测，还可以更全面分析肺癌发生、发展中的本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.用于辅助检测肺癌体细胞ATM基因融合突变的甲基化位点或其组合，其特征在于，所述甲基化位点或其组合包括chr1:114414408、chr1:247802703、chr10:131529436、chr8:1892241中的任意至少一种。2.根据权利要求1所述甲基化位点组合，其特征在于，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408和选自chr1:247802703、chr10:131529436、chr8:1892241中的任意1种。3.根据权利要求2所述甲基化位点组合，其特征在于，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408和chr1:247802703；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408和chr10:131529436；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408和chr8:1892241。4.根据权利要求1所述甲基化位点组合，其特征在于，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408和选自chr1:247802703、chr10:131529436、chr8:1892241中的任意2种。5.根据权利要求4所述甲基化位点组合，其特征在于，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr1:247802703和chr10:131529436；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr10:131529436和chr8:1892241；或，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr1:247802703和chr8:1892241。6.根据权利要求1所述甲基化位点组合，其特征在于，所述甲基化位点组合包括chr1:114414408、chr1:247802703、chr10:131529436和chr8:1892241。7.检测权利要求1
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6任一项所述甲基化位点或其组合的试剂在制备预测、检测、分类、治疗监测、预后或其它评价肺癌体细胞ATM基因融...
【专利技术属性】
技术研发人员：王军，陶锦胜，陈志伟，
申请(专利权)人：广州市基准医疗有限责任公司，
类型：发明
国别省市：
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