包封的RNA复制子和使用方法技术

本公开内容涉及溶瘤病毒衍生出的复制子及其衣壳化。本公开内容还涉及一个或多个编码有效负载分子的转基因向所述复制子中的掺入。本公开内容进一步涉及将编码溶瘤病毒的复制子和/或重组RNA分子包封到颗粒中以及所述复制子和/或颗粒用于治疗和预防癌症的用途。制子和/或颗粒用于治疗和预防癌症的用途。制子和/或颗粒用于治疗和预防癌症的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】包封的RNA复制子和使用方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年5月29日提交的美国临时申请号63/032,000的优先权，其内容通过引用整体并入。
[0003]序列表的通过引用并入
[0004]随同本文以电子方式提交的文本文件的内容通过引用整体并入本文：序列表的计算机可读形式副本(文件名:ONCR_019_01WO_SeqList_ST25.txt，创建日期：2021年5月28日，文件大小：约771千字节)。


[0005]本公开内容总体上涉及免疫学、炎症和癌症治疗剂的领域。更具体地，本公开内容涉及具有改进的负载能力和编码有效负载分子的异源多核苷酸的病毒复制子，以及颗粒包封的病毒复制子。本公开内容进一步涉及增殖性障碍诸如癌症的治疗和预防。

技术介绍

[0006]本领域中仍然存在对与病毒和/或病毒复制子的治疗用途相关的组合物和方法的长期且未得到满足的需求，所述病毒和/或病毒复制子包含对一种或多种治疗分子的改进的负载能力和/或功能。本公开内容提供了这样的组合物和方法等。

技术实现思路

[0007]本公开内容提供了重组RNA复制子，其包含：a)小核糖核酸病毒基因组，其中所述小核糖核酸病毒基因组包含在一个或多个蛋白编码区中的缺失或截短；和b)异源多核苷酸。在某些实施方案中，所述小核糖核酸病毒基因组包含在一个或多个VP编码区中的缺失或截短。在某些实施方案中，所述小核糖核酸病毒基因组包含在VP1、VP3和VP2编码区中的每一个中的缺失或截短。在某些实施方案中，所述小核糖核酸病毒基因组包含VP1和VP3编码区的缺失以及VP2编码区的截短。在某些实施方案中，所述小核糖核酸病毒选自塞内卡病毒、心病毒和肠道病毒。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含至少500bp、至少1000bp、至少1500bp、至少2000bp、至少2500bp或至少3000bp。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含至少2000bp。在某些实施方案中，所述缺失的位点或所述截短的位点包含所述异源多核苷酸。在某些实施方案中，所述异源多核苷酸插入在2A编码区和2B编码区之间。在某些实施方案中，所述异源多核苷酸插入在3D编码区和3
’
非翻译区(UTR)之间。在某些实施方案中，所述异源多核苷酸包含至少1000bp、至少2000bp或至少3000bp。
[0008]本公开内容提供了重组RNA复制子，其包含：a)塞内卡谷病毒(SVV)基因组，其中所述SVV基因组包含在一个或多个蛋白编码区中的缺失或截短；和b)异源多核苷酸(即，所述复制子是SVV衍生出的复制子)。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含根据SEQ ID NO:1的编号在核苷酸1261和3477(包括端点)之间的一个或多个核苷酸。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含根据SEQ ID NO:1的编号的核苷酸1261至3477(包括端点)。在
某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含至少500bp、至少1000bp、至少1500bp或至少2000bp。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含至少2000bp。在某些实施方案中，所述SVV基因组包含5
’
前导蛋白编码序列。在某些实施方案中，所述SVV基因组包含VP4编码区。在某些实施方案中，所述SVV基因组包含VP2编码区或其截短体。在某些实施方案中，所述SVV基因组从5
’
至3
’
方向包含5
’
前导蛋白编码序列、VP4编码区和VP2编码区或其截短体。在某些实施方案中，包含5
’
前导蛋白编码序列、VP4编码区和VP2编码区或其截短体的SVV基因组的部分与SEQ ID NO:1的核苷酸1至1260具有至少90％序列同一性。在某些实施方案中，所述SVV基因组从5
’
至3
’
方向包含5
’
前导蛋白编码序列、VP4编码区、VP2编码区或其截短体和异源多核苷酸。在某些实施方案中，所述SVV基因组包含顺式作用复制元件(CRE)。在某些实施方案中，所述CRE包含10
‑
200bp。在某些实施方案中，所述CRE包含在与根据SEQ ID NO:1的核苷酸1000至核苷酸1260对应的区域内的一个或多个核苷酸。在某些实施方案中，所述CRE包含在与根据SEQ ID NO:1的核苷酸1117至核苷酸1260对应的区域内的一个或多个核苷酸。在某些实施方案中，所述CRE包含与SEQ ID NO:149具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一性的多核苷酸序列。在某些实施方案中，所述SVV基因组进一步包含2A编码区。在某些实施方案中，所述2A编码区位于VP2编码区或其截短体和异源多核苷酸之间。在某些实施方案中，所述SVV基因组包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区中的一个或多个。在某些实施方案中，所述SVV基因组包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区。在某些实施方案中，所述SVV基因组从5
’
至3
’
包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区。在某些实施方案中，包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区的SVV基因组的部分与根据SEQ ID NO:1的核苷酸3505至7310具有至少90％序列同一性。在某些实施方案中，所述SVV基因组从5
’
至3
’
包含异源多核苷酸和2B编码区。
[0009]本公开内容提供了重组RNA复制子，其包含：a)柯萨奇病毒基因组，其中所述柯萨奇病毒基因组包含在一个或多个蛋白编码区中的缺失或截短；和b)异源多核苷酸(即，所述复制子是柯萨奇病毒衍生出的复制子)。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含根据SEQ ID NO:3的编号在核苷酸717至3332(包括端点)之间的一个或多个核苷酸。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含根据SEQ ID NO:3的编号的核苷酸717至3332(包括端点)。在某些实施方案中，所述缺失或所述截短包含至少500bp、至少1000bp、至少1500bp、至少2000bp或至少2600bp。在某些实施方案中，所述柯萨奇病毒基因组包含5
’
UTR。在某些实施方案中，包含5
’
UTR的柯萨奇病毒基因组的部分与SEQ ID NO:4具有至少90％序列同一性。在某些实施方案中，所述柯萨奇病毒基因组包含2A编码区、2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、VPg编码区、3C编码区、3D pol编码区和3
’
UTR中的一个或多个。在某些实施方案中，所述柯萨奇病毒基因组包含2A编码本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种重组RNA复制子，其包含：小核糖核酸病毒基因组，其中所述小核糖核酸病毒基因组包含在一个或多个蛋白编码区中的缺失或截短；和异源多核苷酸。2.根据权利要求1所述的重组RNA复制子，其中所述小核糖核酸病毒基因组包含在一个或多个VP编码区中的缺失或截短。3.根据权利要求1或2所述的重组RNA复制子，其中所述小核糖核酸病毒基因组包含在VP1、VP3和VP2编码区中的每一个中的缺失或截短。4.根据权利要求1
‑
3中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述小核糖核酸病毒基因组包含VP1和VP3编码区的缺失以及VP2编码区的截短。5.根据权利要求1
‑
4中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述小核糖核酸病毒选自塞内卡病毒、心病毒和肠道病毒。6.根据权利要求1
‑
5中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含至少500bp、至少1000bp、至少1500bp、至少2000bp、至少2500bp或至少3000bp。7.根据权利要求6所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含至少2000bp。8.根据权利要求1
‑
7中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述缺失的位点或所述截短的位点包含所述异源多核苷酸。9.根据权利要求1
‑
7中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸插入在2A编码区和2B编码区之间。10.根据权利要求1
‑
7中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸插入在3D编码区和3
’
非翻译区(UTR)之间。11.根据权利要求1
‑
10中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸包含至少1000bp、至少2000bp或至少3000bp。12.根据权利要求1
‑
11中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述小核糖核酸病毒是塞内卡谷病毒(SVV)。13.根据权利要求12所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含根据SEQ ID NO:1的编号在核苷酸1261和3477(包括端点)之间的一个或多个核苷酸。14.根据权利要求12所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含根据SEQ ID NO:1的编号的核苷酸1261至3477(包括端点)。15.根据权利要求12或13所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含至少500bp、至少1000bp、至少1500bp或至少2000bp。16.根据权利要求15所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含至少2000bp。17.根据权利要求12至16中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组包含5
’
前导蛋白编码序列。18.根据权利要求12至17中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组包含VP4编码区。19.根据权利要求12至18中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组包含VP2编码区或其截短体。
20.根据权利要求19所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组从5
’
至3
’
方向包含5
’
前导蛋白编码序列、VP4编码区和VP2编码区或其截短体。21.根据权利要求20所述的重组RNA复制子，其中包含5
’
前导蛋白编码序列、VP4编码区和VP2编码区或其截短体的SVV基因组的部分与SEQ ID NO:1的核苷酸1至1260具有至少90％序列同一性。22.根据权利要求20或21所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组从5
’
至3
’
方向包含5
’
前导蛋白编码序列、VP4编码区、VP2编码区或其截短体和异源多核苷酸。23.根据权利要求1
‑
22中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组包含顺式作用复制元件(CRE)。24.根据权利要求23所述的重组RNA复制子，其中所述CRE包含10
‑
200bp。25.根据权利要求23或24所述的重组RNA复制子，其中所述CRE包含在与根据SEQ ID NO:1的核苷酸1000至核苷酸1260对应的区域内的一个或多个核苷酸。26.根据权利要求23或24所述的重组RNA复制子，其中所述CRE包含在与根据SEQ ID NO:1的核苷酸1117至核苷酸1260对应的区域内的一个或多个核苷酸。27.根据权利要求23
‑
26中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述CRE包含与SEQ ID NO:149具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％同一性的多核苷酸序列。28.根据权利要求12
‑
27中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组进一步包含2A编码区。29.根据权利要求28所述的重组RNA复制子，其中所述2A编码区位于VP2编码区或其截短体和异源多核苷酸之间。30.根据权利要求12
‑
29中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区中的一个或多个。31.根据权利要求12
‑
29中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区。32.根据权利要求31所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组从5
’
至3
’
包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区。33.根据权利要求32所述的重组RNA复制子，其中包含2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、3Cpro编码区和3D(RdRp)编码区的SVV基因组的部分与根据SEQ ID NO:1的核苷酸3505至7310具有至少90％序列同一性。34.根据权利要求30
‑
33中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述SVV基因组从5
’
至3
’
包含异源多核苷酸和2B编码区。35.根据权利要求1至11中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述小核糖核酸病毒是柯萨奇病毒。36.根据权利要求35所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含在根据SEQ ID NO:3的编号的核苷酸717至3332(包括端点)之间的一个或多个核苷酸。37.根据权利要求35所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含根据SEQ ID NO:3的编号的核苷酸717至3332(包括端点)。38.根据权利要求35或36所述的重组RNA复制子，其中所述缺失或所述截短包含至少
500bp、至少1000bp、至少1500bp、至少2000bp或至少2600bp。39.根据权利要求35至38中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述柯萨奇病毒基因组包含5
’
UTR。40.根据权利要求35至39中任一项所述的重组RNA复制子，其中包含5
’
UTR的柯萨奇病毒基因组的部分与SEQ ID NO:4具有至少90％序列同一性。41.根据权利要求35至40中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述柯萨奇病毒基因组包含2A编码区、2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、VPg编码区、3C编码区、3D pol编码区和3
’
UTR中的一个或多个。42.根据权利要求35至40中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述柯萨奇病毒基因组包含2A编码区、2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、VPg编码区、3C编码区、3D pol编码区和3
’
UTR。43.根据权利要求42所述的重组RNA复制子，其中所述柯萨奇病毒基因组从5
’
至3
’
方向包含2A编码区、2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、VPg编码区、3C编码区、3D pol编码区和3
’
UTR。44.根据权利要求42所述的重组RNA复制子，其中包含2A编码区、2B编码区、2C编码区、3A编码区、3B编码区、VPg编码区、3C编码区、3D pol编码区和3
’
UTR的柯萨奇病毒基因组的部分与SEQ ID NO:3中的核苷酸3492至7435具有至少90％序列同一性。45.根据权利要求41至44中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述柯萨奇病毒基因组从5
’
至3
’
包含5
’
UTR、异源多核苷酸和2A编码区。46.根据权利要求1至11中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述小核糖核酸病毒是脑心肌炎病毒(EMCV)。47.根据权利要求9和11
‑
46中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述重组RNA复制子包含插入在异源多核苷酸和2B编码区之间的内部核糖体进入位点(IRES)。48.根据权利要求1至47中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸编码一个或多个有效负载分子。49.根据权利要求1至47中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸编码两个或更多个有效负载分子。50.根据权利要求49所述的重组RNA复制子，其中所述两个或更多个有效负载分子通过一个或多个切割多肽可操作地连接。51.根据权利要求50所述的重组RNA复制子，其中所述切割多肽包含2A家族自切割肽、3C切割位点、弗林蛋白酶位点、IGSF1多肽或HIV蛋白酶位点。52.根据权利要求51所述的重组RNA复制子，其中所述切割多肽包含IGSF1多肽，并且其中所述IGSF1多肽包含与SEQ ID NO:75具有至少90％同一性的氨基酸序列。53.根据权利要求51所述的重组RNA复制子，其中所述切割多肽包含HIV蛋白酶位点。54.根据权利要求51所述的重组RNA复制子，其中所述切割多肽包含2A家族自切割肽。55.根据权利要求50至54中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述切割多肽包含弗林蛋白酶位点。56.根据权利要求50至55中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸编码包含两个或更多个有效负载分子和切割多肽的多肽，所述多肽从N
‑
端至C
‑
端包含：N
’‑
有效
负载分子1
‑
切割多肽
‑
有效负载分子2
‑
C
’
。57.根据权利要求53所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸进一步包含编码HIV蛋白酶的编码区，并且其中所述异源多核苷酸包含编码多肽的编码区，所述多肽从N
‑
端至C
‑
端包含：N
’‑
有效负载分子1
‑
HIV蛋白酶位点
‑
HIV蛋白酶
‑
HIV蛋白酶位点
‑
有效负载分子2
‑
C
’
。58.根据权利要求57所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸进一步包含编码第三有效负载分子的编码区，并且其中所述异源多核苷酸包含编码多肽的编码区，所述多肽从N
‑
端至C
‑
端包含：N
’‑
有效负载分子1
‑
HIV蛋白酶位点
‑
HIV蛋白酶
‑
HIV蛋白酶位点
‑
有效负载分子2
‑
HIV蛋白酶位点
‑
有效负载分子3
‑
C
’
。59.根据权利要求56至58中任一项所述的重组RNA复制子，进一步包含在所编码的多肽的C
‑
端处的切割多肽。60.根据权利要求48至59中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述有效负载分子选自荧光蛋白、酶、细胞因子、趋化因子、抗原、能够结合细胞表面受体的抗原结合分子和细胞表面受体的配体。61.根据权利要求48至59中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述有效负载分子选自：a)一种或多种细胞因子，包含IFNγ、GM
‑
CSF、IL
‑
2、IL
‑
12、IL
‑
15、IL
‑
18、IL
‑
23和IL
‑
36γ；b)一种或多种趋化因子，包含CXCL10、CCL4、CCL5和CCL21；c)一种或多种抗体，包含抗
‑
PD1
‑
VHH
‑
Fc抗体、抗
‑
CD47
‑
VHH
‑
Fc抗体和抗
‑
TGFβ
‑
VHH(或scFv)
‑
Fc抗体；d)一种或多种双组分多肽，包含结合DLL3和效应细胞靶抗原的双组分多肽、结合FAP和效应细胞靶抗原的双组分多肽、以及结合EpCAM和效应细胞靶抗原的双组分多肽；e)一种或多种肿瘤相关抗原，包含存活素、MAGE家族蛋白和根据表6的所有抗原；f)一种或多种肿瘤新抗原；g)一种或多种结合MHC
‑
肽抗原复合物的双组分多肽；h)一种或多种促融合蛋白，包含单纯疱疹病毒(HSV)UL27/糖蛋白B/gB，HSV UL53/糖蛋白K/gK，呼吸道合胞体病毒(RSV)F蛋白，FASTp15，VSV
‑
G，syncitin
‑
1(来自人内源性逆转录病毒
‑
W(HERV
‑
W))或syncitin
‑
2(来自HERVFRDE1)，副粘病毒SV5
‑
F，麻疹病毒
‑
H，麻疹病毒
‑
F，以及来自逆转录病毒或慢病毒诸如长臂猿白血病病毒(GALV)、鼠白血病病毒(MLV)、Mason
‑
Pfizer猴病毒(MPMV)和马传染性贫血病毒(EIAV)的糖蛋白，任选地除去了R跨膜肽(R
‑
版本)；i)一种或多种其它有效负载分子，包含IL15R、PGDH、ADA、ADA2、HYAL1、HYAL2、CHIPS、MLKL(或仅它的4HB结构域)、GSDMD(或它的L192A突变体、或它的氨基酸1
‑
233片段、或它的具有L192A突变的氨基酸1
‑
233片段)、GSDME(或它的氨基酸1
‑
237片段)、HMGB1(或仅它的Box B结构域)、蜂毒肽(例如，α
‑
蜂毒肽)、SMAC/Diablo(或它的氨基酸56
‑
239片段)、蛇LAAO、蛇解聚素、瘦素、FLT3L、TRAIL、Gasdermin D或其截短体和Gasdermin E或其截短体；j)一种或多种来自病原体的抗原，所述病原体包含登革热病毒、切昆贡亚病毒、结核分
枝杆菌、人免疫缺陷病毒、SARS
‑
CoV
‑
2、冠状病毒、乙型肝炎病毒、披膜病毒科病毒、黄病毒科病毒、甲型流感病毒、流感B病毒和兽医病毒；或k)它们的任意组合。62.根据权利要求49至59中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述两个或更多个有效负载分子选自荧光蛋白、酶、细胞因子、趋化因子、能够结合细胞表面受体的抗原结合分子和细胞表面受体的配体。63.根据权利要求49至59中任一项所述的重组RNA复制子，其中所述异源多核苷酸编码两个或更多个有效负载分子，其包含：a.IL
‑
2和IL
‑
36γ；b.CXCL10以及结合FAP和CD3的抗原结合分子；c.IL
‑
2以及结合DLL3和CD3的抗原结合分子；d.IL
‑
36γ以及结合DLL3和CD3的抗原结合分子；或e.IL
‑
2、IL
‑
36γ以及结合DLL3和CD3的抗原结合分子。64.根据权利要求1至63中任一项所述的重组RNA复制子，进一步包含微RNA(miRNA)靶序列(miR
‑
TS)盒，其包含一个或多个miRNA靶序列。65.根据权利要求64所述的重组RNA复制子，其中所述一个或多个miRNA包含miR
‑
124、miR
‑
1、miR
‑
143、miR
‑
128、miR
‑
219、miR
‑
219a、miR
‑
122、miR
‑
204、miR
‑
217、miR
‑
137和miR
‑
126。66.一种重组DNA分子，其从5
’
至3
’
包含启动子序列、5
’
连接切割序列、编码根据权利要求1至65中任一项所述的重组RNA复制子的多核苷酸序列和3
’
连接切割序列。67.根据权利要求66所述的重组DNA分子，其中所述启动子序列是T7启动子序列。68.根据权利要求66或67所述的重组DNA分子，其中所述5
’
连接切割序列是核酶序列并且所述3
’
连接切割序列是核酶序列。69.根据权利要求68所述的重组DNA分子，其中所述5
’
核酶序列是锤头核酶序列并且其中所述3
’
核酶序列是丁型肝炎病毒核酶序列。70.根据权利要求66或67所述的重组DNA分子，其中所述5
’
连接切割序列是核酶序列并且所述3
’
连接切割序列是限制性酶识别序列。71.根据权利要求70所述的重组DNA分子，其中所述5
’
核酶序列是锤头核酶序列、手枪核酶序列或经修饰的手枪核酶序列。72.根据权利要求70或71所述的重组DNA分子，其中3
’
限制性酶识别序列是IIS型限制性酶识别序列。73.根据权利要求72所述的重组DNA分子，其中所述IIS型识别序列是SapI识别序列。74.根据权利要求66或67所述的重组DNA分子，其中所述5
’
连接切割序列是RNA酶H...

【专利技术属性】
技术研发人员：洛伦娜，
申请(专利权)人：昂克诺斯公司，
类型：发明
国别省市：