用PD-1轴结合拮抗剂和RNA疫苗诱导新表位特异性T细胞的方法技术

本公开提供了使用RNA疫苗或将RNA疫苗与PD

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用PD
‑
1轴结合拮抗剂和RNA疫苗诱导新表位特异性T细胞的方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年6月19日提交的美国临时申请63/041,707和2020年1月31日提交的美国临时申请62/968,818的权益，这些临时申请据此以其全文引用的方式并入。


[0003]本公开涉及在患有肿瘤的个体中诱导新表位特异性免疫应答的方法。
[0004]以ASCII文本文件提交序列表
[0005]以下提交的ASCII文本文件的内容全文以引用方式并入本文：序列表的计算机可读格式(CRF)(文件名：146392050140SEQLIST.TXT，记录日期：2021年1月22日，大小：41KB)。

技术介绍

[0006]调节免疫抑制性途径是近来癌症治疗的重大突破。靶向细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA
‑
4，YERVOY/伊匹单抗(ipilimumab))、程序性细胞死亡蛋白1(PD
‑
1，OPDIVO/纳武单抗(nivolumab)或KEYTRUDA/派姆单抗(pembrolizumab))和PD
‑
L1(阿特珠单抗(atezolizumab))的检查点阻断抗体已经在多种肿瘤适应症患者中展现出可接受的毒性、有希望的临床应答、持久的疾病控制和改善的存活。但是，仅少数患者对免疫检查点阻断(ICB)疗法产生持续缓解，其余患者表现出原发性或继发性耐药性。
[0007]典型地，肿瘤携带大量体细胞突变。继而，含有突变的肽的表达可能被适应性免疫系统识别为非自身新表位。识别到非自身抗原后，细胞毒性T细胞将触发免疫应答，导致显示非自身新表位的细胞凋亡。因此，正在开发和研究靶向免疫原性表位以活化免疫系统的治疗性疫苗以用于癌症治疗。但是，迄今为止，治疗性疫苗虽然很有前景，但过去一直未能达到预期。潜在原因之一是癌症特异性T细胞在长期暴露于癌症细胞期间变得功能耗竭。
[0008]因此，可能需要采用两种或更多种靶向癌症免疫治疗(CIT)剂(例如一种检查点抑制剂和一种靶向免疫原性表位的治疗性疫苗)的联合治疗方案，以充分发挥宿主免疫系统的抗肿瘤潜力。
[0009]因此，本领域需要诱导宿主免疫系统的抗肿瘤免疫应答的改进方法。
[0010]本文所引用的所有参考文献，包括专利申请、专利公开和UniProtKB/Swiss
‑
Prot登录号通过引用整体并入本文，如同个别参考文献各自特定地和个别地指示为通过引用并入一样。

技术实现思路

[0011]本文提供了涉及用于治疗癌症的PD
‑
1轴结合拮抗剂(例如，抗PD1或抗PD
‑
L1抗体)和RNA疫苗的方法、试剂盒和用途。
[0012]在一方面，本文提供了一种在患有肿瘤的个体中诱导新表位特异性CD8+ T细胞的方法，其包括向该个体施用有效量的RNA疫苗，其中RNA疫苗包含一种或多种多核苷酸，所述
一种或多种多核苷酸编码由存在于获得自该个体的肿瘤样本中的癌症特异性体细胞突变产生的一个或多个新表位，并且其中在施用RNA疫苗后获得自该个体的外周血样品中约1％至约6％的CD8+ T细胞为对由RNA疫苗的一种或多种多核苷酸编码的新表位中的至少一者具有特异性的新表位特异性CD8+ T细胞。在一些实施例中，外周血样品包含约5％或约6％的对由RNA疫苗的一种或多种多核苷酸编码的新表位中的至少一者具有特异性的CD8+ T细胞。在一些实施例中，利用离体ELISPOT或MHC多聚体分析来检测外周血样品中的新表位特异性CD8+ T细胞。在一些实施例中，与施用RNA疫苗之前相比，向个体施用RNA疫苗导致对该个体的外周血中的新表位特异性CD4+T细胞的诱导，其中新表位特异性CD4+T细胞对由RNA疫苗的一种或多种多核苷酸编码的新表位中的至少一者具有特异性。在一些实施例中，利用离体ELISPOT分析来检测获得自个体的外周血样品中的新表位特异性CD4+T细胞。在一些实施例中，与施用RNA疫苗之前相比，向多个个体施用RNA疫苗导致在所述多个个体中的至少约70％的个体的外周血中诱导新表位特异性CD4+或CD8+ T细胞，其中新表位特异性CD4+或CD8+ T细胞对由RNA疫苗的一种或多种多核苷酸编码的新表位中的至少一者具有特异性，并且其中利用离体ELISPOT或MHC多聚体分析来评定对新表位特异性CD4+或CD8+ T细胞的诱导。在一些实施例中，与施用RNA疫苗之前的一种或多种炎症性细胞因子的水平相比，向个体施用RNA疫苗导致该个体的外周血中的所述一种或多种炎症性细胞因子的水平升高。在一些实施例中，在施用RNA疫苗后约4小时至约6小时之间，个体的外周血中存在所述一种或多种炎症性细胞因子的水平的升高。在一些实施例中，所述一种或多种炎症性细胞因子选自IFNγ、IFNα、IL
‑
12或IL
‑
6。
[0013]在另一方面，本文提供了一种在患有肿瘤的个体中诱导新表位特异性CD8+ T细胞的方法，其包括向该个体施用有效量的RNA疫苗，其中RNA疫苗包含一种或多种多核苷酸，所述一种或多种多核苷酸编码由存在于获得自该个体的肿瘤样本中的癌症特异性体细胞突变产生的一个或多个新表位，并且其中在施用RNA疫苗后获得自该个体的外周血样品中至少约1％的CD8+ T细胞为对由RNA疫苗的一种或多种多核苷酸编码的新表位中的至少一者具有特异性的新表位特异性CD8+ T细胞。
[0014]在另一方面，本文提供了一种在个体中诱导新表位特异性CD8+ T细胞向肿瘤的运输的方法，其包括向该个体施用有效量的RNA疫苗，其中RNA疫苗包含一种或多种多核苷酸，所述一种或多种多核苷酸编码由存在于获得自该个体的肿瘤样本中的癌症特异性体细胞突变产生的一个或多个新表位，并且其中在施用RNA疫苗后运输至肿瘤的新表位特异性CD8+ T细胞对由RNA疫苗的一种或多种多核苷酸编码的新表位中的至少一者具有特异性。
[0015]在一些实施例中，其可与前述实施例中的任一者组合，新表位特异性CD8+ T细胞具有记忆表型。在一些实施例中，具有记忆表型的新表位特异性CD8+ T细胞为效应记忆T细胞(T
em
)。在一些实施例中，效应记忆T细胞(T
em
)为CD45RO阳性和CCR7阴性。在一些实施例中，新表位特异性CD8+ T细胞为PD
‑
1+。
[0016]在一些实施例中，个体患有具有低至中等突变负荷的肿瘤。在一些实施例中，个体具有低肿瘤负荷。
[0017]在一些实施例中，其可与前述实施例中的任一者组合，肿瘤具有低或阴性PD
‑
L1表达。在一些实施例中，获得自肿瘤的样品中的少于5％的肿瘤细胞表达PD
‑
L1。在一些实施例中，获得自肿瘤的样品中的少于5％的免疫细胞表达PD
‑
L1。在一些实施例中，使用免疫组织
化学确定获得自肿瘤的样品本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种在患有肿瘤的个体中诱导新表位特异性CD8+ T细胞的方法，其包括向所述个体施用有效量的RNA疫苗，其中所述RNA疫苗包含一种或多种多核苷酸，所述一种或多种多核苷酸编码由在获得自所述个体的肿瘤样本中存在的癌症特异性体细胞突变产生的一个或多个新表位，并且其中在施用所述RNA疫苗后获得自所述个体的外周血样品中约1％至约6％的CD8+ T细胞为对由所述RNA疫苗的所述一种或多种多核苷酸编码的所述新表位中的至少一者具有特异性的新表位特异性CD8+ T细胞。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述外周血样品包含约5％或约6％的对由所述RNA疫苗的所述一种或多种多核苷酸编码的所述新表位中的至少一者具有特异性的CD8+ T细胞。3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中通过离体ELISPOT或MHC多聚体分析在所述外周血样品中检测所述新表位特异性CD8+ T细胞。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中与施用所述RNA疫苗之前相比，向所述个体施用所述RNA疫苗导致在所述个体的所述外周血中对新表位特异性CD4+ T细胞的诱导，其中所述新表位特异性CD4+ T细胞对由所述RNA疫苗的所述一种或多种多核苷酸编码的所述新表位中的至少一者具有特异性。5.根据权利要求4所述的方法，其中通过离体ELISPOT分析在获得自所述个体的外周血样品中检测所述新表位特异性CD4+ T细胞。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中与施用所述RNA疫苗之前相比，向多个个体施用所述RNA疫苗导致在所述多个个体中的至少约70％的个体的所述外周血中对新表位特异性CD4+或CD8+ T细胞的诱导，其中所述新表位特异性CD4+或CD8+ T细胞对由所述RNA疫苗的所述一种或多种多核苷酸编码的所述新表位中的至少一者具有特异性，并且其中通过离体ELISPOT或MHC多聚体分析来评定对新表位特异性CD4+或CD8+ T细胞的所述诱导。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中与施用所述RNA疫苗之前的一种或多种炎症性细胞因子的水平相比，向所述个体施用所述RNA疫苗导致所述个体的所述外周血中的所述一种或多种炎症性细胞因子的所述水平升高。8.根据权利要求7所述的方法，其中在施用所述RNA疫苗后约4小时至约6小时之间，所述个体的所述外周血中存在所述一种或多种炎症性细胞因子的所述水平的所述升高。9.根据权利要求7或权利要求8所述的方法，其中所述一种或多种炎症性细胞因子选自由以下项组成的组：IFNγ、IFNα、IL
‑
12和IL
‑
6。10.一种在个体中诱导新表位特异性CD8+ T细胞向肿瘤的运输的方法，其包括向所述个体施用有效量的RNA疫苗，其中所述RNA疫苗包含一种或多种多核苷酸，所述一种或多种多核苷酸编码由在获得自所述个体的肿瘤样本中存在的癌症特异性体细胞突变产生的一个或多个新表位，并且其中在施用所述RNA疫苗后运输至所述肿瘤的所述新表位特异性CD8+ T细胞对由所述RNA疫苗的所述一种或多种多核苷酸编码的所述新表位中的至少一者具有特异性。11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述新表位特异性CD8+ T细胞具有记忆表型。12.根据权利要求11所述的方法，其中具有记忆表型的所述新表位特异性CD8+ T细胞
为效应记忆T细胞(T
em
)。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述效应记忆T细胞(T
em
)为CD45RO阳性和CCR7阴性。14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述新表位特异性CD8+ T细胞为PD
‑
1+。15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述个体患有具有低至中等突变负荷的肿瘤。16.根据权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述个体具有低肿瘤负荷。17.根据权利要求1至16中任一项所述的方法，其中所述肿瘤具有低或阴性PD
‑
L1表达。18.根据权利要求17所述的方法，其中获得自所述肿瘤的样品中的少于5％的肿瘤细胞表达PD
‑
L1。19.根据权利要求17所述的方法，其中获得自所述肿瘤的样品中的少于5％的免疫细胞表达PD
‑
L1。20.根据权利要求18或权利要求19所述的方法，其中使用免疫组织化学确定获得自所述肿瘤的样品中表达PD
‑
L1的肿瘤细胞或免疫细胞的百分比。21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗的施用导致所述个体中的完全缓解(CR)或部分缓解(PR)。22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中所述个体患有局部晚期或转移性实体瘤或者具有一种或多种转移性复发。23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，其中所述肿瘤为非小细胞肺癌(NSCLC)、膀胱、肾、头颈部、肉瘤、乳腺、黑素瘤、前列腺、卵巢、胃、肝、尿路上皮、结肠、肾脏、子宫颈、Merkel细胞癌(MCC)、子宫内膜、软组织肉瘤、食管、食管胃交界部、骨肉瘤、甲状腺或结直肠肿瘤。24.根据权利要求23所述的方法，其中所述乳腺肿瘤为三阴性乳腺癌(TNBC)肿瘤。25.根据权利要求23所述的方法，其中所述肿瘤为尿路上皮肿瘤，并且其中向多个个体施用所述RNA疫苗导致所述多个个体中至少约10％的个体中的客观缓解。26.根据权利要求23所述的方法，其中所述肿瘤为肾肿瘤，并且其中向多个个体施用所述RNA疫苗导致所述多个个体中至少约22％的个体中的客观缓解。27.根据权利要求23所述的方法，其中所述肿瘤为黑素瘤肿瘤，并且其中向多个个体施用所述RNA疫苗导致所述多个个体中至少约30％的个体中的客观缓解。28.根据权利要求24所述的方法，其中所述肿瘤为TNBC肿瘤，并且其中向多个个体施用所述RNA疫苗导致所述多个个体中至少约4％的个体中的客观缓解。29.根据权利要求23所述的方法，其中所述肿瘤为NSCLC肿瘤，并且其中向多个个体施用所述RNA疫苗导致所述多个个体中至少约10％的个体中的客观缓解。30.根据权利要求1至29中任一项所述的方法，其中在施用所述RNA疫苗之前，所述个体已经接受过一种或多种癌症疗法或3种与5种之间的癌症疗法的治疗。31.根据权利要求1至29中任一项所述的方法，其中在施用所述RNA疫苗之前，所述个体已经接受过约1种至约17种之间或约1种至约9种之间的在先全身性癌症疗法的治疗。32.根据权利要求1至31中任一项所述的方法，其中在施用所述RNA疫苗之前，所述个体
已经接受过检查点抑制剂疗法的治疗。33.根据权利要求1至31中任一项所述的方法，其中在施用所述RNA疫苗之前，所述个体尚未接受过检查点抑制剂疗法的治疗。34.根据权利要求1至33中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗包含一种或多种多核苷酸，所述一种或多种多核苷酸编码10至20个由在所述肿瘤样本中存在的癌症特异性体细胞突变产生新表位。35.根据权利要求1至34中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗被配制在脂质体复合物纳米颗粒或脂质体中。36.根据权利要求35所述的方法，其中所述脂质体复合物纳米颗粒或脂质体包含一种或多种脂质，所述一种或多种脂质形成包封所述RNA疫苗的所述RNA的多层结构。37.根据权利要求36所述的方法，其中所述一种或多种脂质包含至少一种阳离子脂质和至少一种辅助脂质。38.根据权利要求36所述的方法，其中所述一种或多种脂质包含(R)
‑
N,N,N
‑
三甲基
‑
2,3
‑
二油酰氧基
‑1‑
丙铵氯化物(DOTMA)和1,2
‑
二油酰基
‑
sn
‑
甘油
‑3‑
磷酸乙醇胺(DOPE)。39.根据权利要求38所述的方法，其中在生理pH，所述脂质体的正电荷与负电荷的总电荷比为1.3:2(0.65)。40.根据权利要求1至39中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗以约15μg、约25μg、约38μg、约50μg、约75μg或约100μg的剂量施用于所述个体。41.根据权利要求1至40中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗静脉内施用于所述个体。42.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗以7天或1周的间隔施用于所述个体。43.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗以14天或2周的间隔施用于所述个体。44.根据权利要求42或权利要求43所述的方法，其中所述RNA疫苗施用于所述个体达12周或84天。45.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗以21天周期施用于所述个体，其中所述RNA疫苗在第1周期的第1天、第8天和第15天；第2周期的第1天、第8天和第15天；第3周期的第1天和第15天；以及第7周期的第1天施用于所述个体。46.根据权利要求45所述的方法，其进一步包括在第13周期的第1天并且在之后每24周或168天施用所述RNA疫苗。47.根据权利要求46所述的方法，其中所述RNA疫苗的施用持续直至所述个体发生疾病进展为止。48.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗在诱导期和所述诱导期之后的维持期施用于所述个体，其中所述RNA疫苗在所述诱导期期间以1周或2周的间隔施用于所述个体，并且其中所述RNA疫苗在所述维持期期间以24周的间隔施用于所述个体。49.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗在诱导期和所述诱导期之后的维持期施用于所述个体，其中所述RNA疫苗在所述诱导期期间以7天或14天的间隔施用于所述个体，并且其中所述RNA疫苗在所述维持期期间以168天的间隔施用于所述个
体。50.根据权利要求1至41中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗在诱导期和所述诱导期后的维持期施用于所述个体，其中所述RNA疫苗以21天周期施用于所述个体；其中，在所述诱导期期间，所述RNA疫苗在第1周期的第1天、第8天和第15天；第2周期的第1天、第8天和第15天；第3周期的第1天和第15天；以及第7周期的第1天施用于所述个体；并且其中，在所述维持期期间，所述RNA疫苗在第13周期的第1天施用于所述个体并且在之后每24周或168天施用一次。51.根据权利要求48或权利要求49所述的方法，其中所述诱导期包括施用至多9次所述RNA疫苗。52.根据权利要求48至51中任一项所述的方法，其中所述维持期持续直至所述个体发生疾病进展为止。53.根据权利要求1至52中任一项所述的方法，其中所述RNA疫苗包含RNA分子，所述RNA分子在5'
→
3'方向上包含：(1)5'帽；(2)5'非翻译区(UTR)；(3)编码分泌性信号肽的多核苷酸序列；(4)编码由在所述肿瘤样本中存在的癌症特异性体细胞突变产生的所述一个或多个新表位的多核苷酸序列；(5)编码主要组织相容性复合物(MHC)分子的跨膜和胞质结构域的至少一部分的多核苷酸序列；(6)3'UTR，其包含：(a)分裂的氨基末端增强子(AES)mRNA的3'非翻译区或其片段；和(b)线粒体编码的12S RNA的非编码RNA或其片段；以及(7)poly(A)序列。54.根据权利要求53所述的方法，其中所述RNA分子进一步包含编码氨基酸接头的多核苷酸序列；其中编码所述氨基酸接头的所述多核苷酸序列与所述一个或多个新表位中的第一个形成第一接头
‑
新表位模块；并且其中在5'
→
3'方向上，形成所述第一接头
‑
新表位模块的所述多核苷酸序列在编码所述分泌性信号肽的所述多核苷酸序列与编码所述MHC分子的所述跨膜和胞质结构域的所述至少一部分的所述多核苷酸序列之间。55.根据权利要求54所述的方法，其中所述氨基酸接头包含序列GGSGGGGSGG(SEQ ID NO:39)。56.根据权利要求54所述的方法，其中编码所述氨基酸接头的所述多核苷酸序列包含序列GGCGGCUCUGGAGGAGGCGGCUCCGGAGGC(SEQ ID NO:37)。57.根据权利要求54至56中任一项所述的方法，其中所述RNA分子在5'
→
3'方向上进一步包含：至少第二接头
‑
表位模块，其中所述至少第二接头
‑
表位模块包含编码氨基酸接头的多核苷酸序列和编码新表位的多核苷酸序列；其中在5'
→
3'方向上，形成所述第二接头
‑
新表位模块的所述多核苷酸序列在编码所述第一接头
‑
新表位模块的所述新表位的所述多核苷酸序列与编码所述MHC分子的所述跨膜和胞质结构域的所述至少一部分的所述多核苷
酸序列之间；并且其中所述第一接头
‑
表位模块的所述新表位不同于所述第二接头
‑
表位模块的所述新表位。58.根据权利要求57所述的方法，其中所述RNA分子包含5个接头
‑
表位模块，并且其中所述5个接头
‑
表位模块各自编码不同的新表位。59.根据权利要求57所述的方法，其中所述RNA分子包含10个接头
‑
表位模块，并且其中所述10个接头
‑
表位模块各自编码不同的新表位。60.根据权利要求57所述的方法，其中所述RNA分子包含20个接头
‑
表位模块，并且其中所述20个接头
‑
表位模块各自编码不同的新表位。61.根据权利要求53至60中任一项所述的方法，其中所述RNA分子进一步包含编码氨基酸接头的第二多核苷酸序列，其中编码所述氨基酸接头的所述第二多核苷酸序列在编码3'方向上最远的所述新表位的所述多核苷酸序列与编码所述MHC分子的所述跨膜和胞质结构域的所述至少一部分的所述多核苷酸序列之间。62.根据权利要求53至61中任一项所述的方法，其中所述5'帽包含以下结构的D1非对映异构体：63.根据权利要求53至62中任一项所述的方法，其中所述5'UTR包含序列UUCUUCUGGUCCCC...

【专利技术属性】
技术研发人员：L，
申请(专利权)人：生物泰克股份有限公司豪夫迈，
类型：发明
国别省市：