一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法技术

本发明专利技术公开了一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法，检测步骤包括如下：S1，DNA处理：首先采取富含CpG位点的DNA片段，然后使用亚硫酸氢盐对该DNA片段进行处理；S2，片段富集：利用特异性富集甲基化DNA片段。该发明专利技术利用特定的酶反应，从而提高了检测时的效率，同时这样的检测方法可以较好的完成对DNA甲基化和DNA突变的共同检测目的，同时在前期已在痕量DNA提取、高通量测序等方向进行了技术开发和积累，已经完善了临床采血样本中微量核酸的高效提取技术，实现ng级别超微量cfDNA突变和cfDNA全基因组甲基化建库测序和生物信息学分析，使起始采血量达到检验科剩余血0.5～1ml水平，这些技术开发和数据积累为肿瘤液态活检技术的进一步优化和完善提供了强有力的保障。一步优化和完善提供了强有力的保障。一步优化和完善提供了强有力的保障。

【技术实现步骤摘要】
一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法


[0001]本专利技术涉及医疗
，尤其是一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法。

技术介绍

[0002]DNA甲基化是为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现，所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
[0003]现市面上的DNA甲基化和DNA突变共检测时，对DNA的降解率较高，这样在检测的过程中就会严重的降低序列的复杂性，从而导致测序的质量变差，使得定位效率低的情况发生，在检测时存在一定的局限性。

技术实现思路

[0004]本专利技术针对
技术介绍
中的不足，提供了一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法。
[0005]本专利技术为解决上述现象，采用以下技术方案，一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法，检测方法包括如下：
[0006]S1，首先采取富含CpG位点的DNA片段，然后使用亚硫酸氢盐对该DNA片段进行处理；
[0007]S2，使用杂交探针富集甲基化的相关片段；
[0008]S3，引入APOBEC脱氢酶，可区分胞嘧啶修饰状态；
[0009]S4，利用TET酶将5mC和5hmC转化为第三种修饰，然后再将其转化为胸腺嘧啶，就可以直接通过普通测序仪进行测序。
[0010]作为本专利技术的进一步优选方式，步骤S1中，处理环境为室温状态下，同时亚硫酸氢盐的分量为DNA片段的1.5倍。
[0011]作为本专利技术的进一步优选方式，步骤S4中，其中5mC为5
‑
甲基胞嘧啶，5hmC为5
‑
羟甲基胞嘧啶，同时转化过程中需要耗费大约13min
‑
23min。
[0012]本专利技术利用特异性富集甲基化DNA片段，并利用特定的酶反应，从而提高了检测时的效率，同时这样的检测方法可以较好的完成对DNA甲基化和DNA突变的共同检测目的，同时在前期已在痕量DNA提取、高通量测序等方向进行了技术开发和积累，已经完善了临床采血样本中微量核酸的高效提取技术，实现ng级别超微量cfDNA突变和cfDNA全基因组甲基化建库测序和生物信息学分析，使起始采血量达到检验科剩余血0.5～1ml水平。改进了cfDNA以及外泌体、miRNA的分离富集、靶向性PCR扩增及测序技术，并在临床病例
‑
对照样本中进行了验证。这些技术开发和数据积累为肿瘤液态活检技术的进一步优化和完善提供了强有力的保障。
附图说明
[0013]图1为本专利技术的流程图。
具体实施方式
[0014]下面将结合本专利技术实施例中，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0015]本专利技术提供一种技术方案：一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法，检测方法包括如下：
[0016]S1，首先采取富含CpG位点的DNA片段，然后使用亚硫酸氢盐对该DNA片段进行处理；
[0017]S2，使用杂交探针富集甲基化的相关片段；
[0018]S3，引入APOBEC脱氢酶，可区分胞嘧啶修饰状态；
[0019]S4，利用TET酶将5mC和5hmC转化为第三种修饰，然后再将其转化为胸腺嘧啶，就可以直接通过普通测序仪进行测序。
[0020]步骤S1中，处理环境为室温状态下，同时亚硫酸氢盐的分量为DNA片段的1.5倍。
[0021]步骤S4中，其中5mC为5
‑
甲基胞嘧啶，5hmC为5
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羟甲基胞嘧啶，同时转化过程中需要耗费大约13min
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23min。
[0022]综上所述，本专利技术利用特异性富集甲基化DNA片段，从而提高了检测时的效率，同时这样的检测方法可以较好的完成对DNA甲基化和DNA突变的共同检测目的，同时在前期已在痕量DNA提取、高通量测序等方向进行了技术开发和积累，已经完善了临床采血样本中微量核酸的高效提取技术，实现ng级别超微量cfDNA突变和cfDNA全基因组甲基化建库测序和生物信息学分析，使起始采血量达到检验科剩余血0.5～1ml水平。改进了cfDNA以及外泌体、miRNA的分离富集、靶向性PCR扩增及测序技术，并在临床病例
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对照样本中进行了验证。这些技术开发和数据积累为肿瘤液态活检技术的进一步优化和完善提供了强有力的保障，
[0023]以上显示和描述了本专利技术的基本原理和主要特征和本专利技术的优点,对于本领域技术人员而言，显然本专利技术不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本专利技术的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本专利技术。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本专利技术的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化囊括在本专利技术内。不应将权利要求中的任何附图标记视为限制所涉及的权利要求。
[0024]此外，应当理解，虽然本说明书按照实施方式加以描述，但并非每个实施方式仅包含一个独立的技术方案，说明书的这种叙述方式仅仅是为清楚起见，本领域技术人员应当将说明书作为一个整体，各实施例中的技术方案也可以经适当组合，形成本领域技术人员可以理解的其他实施方式。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种DNA甲基化和DNA突变共检测的方法，其特征在于，检测步骤包括如下：S1，DNA处理：首先采取富含CpG位点的DNA片段，然后使用亚硫酸氢盐对该DNA片段进行处理；S2，片段富集：使用杂交探针富集甲基化的相关片段；S3，ACE
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seq：引入APOBEC脱氢酶，可区分胞嘧啶修饰状态；S4，TAPS：利用TET酶将5mC和5hmC转化为第三种修饰，然后再将其转化为胸腺嘧啶，就可以直接通过普通测序仪进行测序。2....

【专利技术属性】
技术研发人员：戴俊程，江玥，赵啸宇，
申请(专利权)人：南京医科大学，
类型：发明
国别省市：