用于鉴定样本中失调基因的方法、试剂盒技术

本发明专利技术涉及种用于鉴定样本中失调基因的方法，包括以下步骤：获取包含人类细胞的数据集；针对数据集进行数据筛选以得到差异基因；通过数据筛选从差异基因中得到泛癌下的差异基因；通过在线数据库对差异基因进行分析以鉴定失调基因。本发明专利技术还涉及使用该方法的试剂盒。通过执行本发明专利技术的用于鉴定样本中失调基因的方法，可筛选出影响预后的关键因素，从而帮助癌症患者带来更好的预后。助癌症患者带来更好的预后。助癌症患者带来更好的预后。

【技术实现步骤摘要】
用于鉴定样本中失调基因的方法、试剂盒


[0001]本专利技术涉及检测
，尤其涉及用于鉴定样本中失调基因的方法、试剂盒。

技术介绍

[0002]vorinostat的代谢多态性对药物效率和毒性有或多或少的影响，它导致了药物反应的个体差异。以前的临床研究表明，vorinostat在大鼠和狗身上显示出高清除率、短血清半衰期和低口服生物利用度(1.8％至11％)。进一步的调查表明，vorinostat在肾脏中被清除，主要是通过广泛的代谢和高首过效应。但vorinostat在细胞分化、细胞周期停滞、细胞凋亡和肿瘤抑制基因的重新表达方面起着主要作用；SAHA与紫杉醇(PTX)联合使用，与单独使用PTX 相比，对PTX耐药的卵巢细胞系的细胞生长抑制和凋亡细胞的百分比增加更明显。
[0003]然而，对其抗癌机制的研究是多变的，还没有完全探索出来，有必要根据vorinostat治疗后的各种情况，建立一种新的用于鉴定样本中失调基因的方法来解决以上问题。

技术实现思路

[0004]为了实现根据本专利技术的上述目的和其他优点，本专利技术的第一个目的是提供一种用于鉴定样本中失调基因的方法，包括以下步骤：
[0005]获取包含人类细胞的数据集；
[0006]针对所述数据集进行数据筛选以得到差异基因；
[0007]通过所述数据筛选从所述差异基因中得到泛癌下的差异基因；
[0008]通过在线数据库对所述差异基因进行分析以鉴定失调基因。
[0009]优选地，所述数据集包括从NCBI GEO数据库获得九个基因表达芯片数据集，分别为：GSE22061,GSE43852，GSE49158,GSE60124,GSE64119, GSE69462,GSE70120,GSE72688,GSE77200。
[0010]优选地，所述九个基因表达芯片数据集共包含十一个不同的处理条件以及七种癌细胞系。
[0011]优选地，每个所述数据集中实验组、对照组至少进行两次生物重复试验；所述对照组是未用vorinostat处理的细胞系，所述实验组是使用vorinostat处理的细胞系。
[0012]优选地，所述实验组、对照组均有设置好的时间、浓度。
[0013]优选地，至少通过两种不同的方法筛选出泛癌下的差异基因。
[0014]优选地，对所述差异基因进行分析的分析方法为富集分析方法。
[0015]优选地，利用DAVID数据库对交叉集合下的差异基因进行功能富集分析。
[0016]优选地，对所述差异基因进行分析的分析方法为蛋白互作分析方法。
[0017]本专利技术的第二个目的是提供一种试剂盒，所述试剂盒用于执行如上所述的用于鉴定样本中失调基因的方法。
[0018]相比现有技术，本专利技术的有益效果在于：
[0019]本专利技术提供了种用于鉴定样本中失调基因的方法，包括以下步骤：获取包含人类细胞的数据集；针对数据集进行数据筛选以得到差异基因；通过数据筛选从差异基因中得到泛癌下的差异基因；通过在线数据库对差异基因进行分析以鉴定失调基因。本专利技术还涉及使用该方法的试剂盒。通过执行本专利技术的用于鉴定样本中失调基因的方法，可筛选出影响预后的关键因素，从而帮助癌症患者带来更好的预后。
[0020]上述说明仅是本专利技术技术方案的概述，为了能够更清楚了解本专利技术的技术手段，并可依照说明书的内容予以实施，以下以本专利技术的较佳实施例并配合附图详细说明如后。本专利技术的具体实施方式由以下实施例及其附图详细给出。
附图说明
[0021]此处所说明的附图用来提供对本专利技术的进一步理解，构成本申请的一部分，本专利技术的示意性实施例及其说明用于解释本专利技术，并不构成对本专利技术的不当限定。在附图中：
[0022]图1为本专利技术的用于检测目标基因中失调基因的方法的流程图；
[0023]图2为本专利技术在一实施例中在几种条件下的共同失调基因的示意图；
[0024]图3为本专利技术在一实施例中的生物过程示意图；
[0025]图4为本专利技术在一实施例中的213个差异基因的功能富集分析图；
[0026]图5为本专利技术在一实施例中的通路富集分析图；
[0027]图6为本专利技术在一实施例中的在Cytoscape中构建的综合基因的蛋白质
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蛋白质相互作用关系示意图；
[0028]图7为本专利技术在另一实施例中在Cytoscape中构建的综合基因的蛋白质
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蛋白质相互作用关系示意图；
[0029]图8为本专利技术在一实施例中基因与不同癌症的预后关系图；
[0030]图9为本专利技术在另一实施例中基因与不同癌症的预后关系图；
[0031]图10为本专利技术在一实施例中不同类型癌症基因表达与免疫浸润水平的相关性示意图。
具体实施方式
[0032]下面，结合附图以及具体实施方式，对本专利技术做进一步描述，需要说明的是，在不相冲突的前提下，以下描述的各实施例之间或各技术特征之间可以任意组合形成新的实施例。
[0033]在后续的描述中，使用用于表示元件的诸如“模块”、“部件”或“单元”的后缀仅为了有利于本专利技术的说明，其本身没有特定的意义。因此，“模块”、“部件”或“单元”可以混合地使用。
[0034]实施例一
[0035]本专利技术提供一种用于鉴定样本中失调基因的方法，包括以下步骤，如图 1所示：
[0036]S101：获取包含人类细胞的数据集；
[0037]S102：针对数据集进行数据筛选以得到差异基因；
[0038]S103：通过数据筛选从所述差异基因中得到泛癌下的差异基因；
[0039]S104：通过在线数据库对差异基因进行分析以鉴定失调基因。
[0040]通过执行S101
‑
S104以鉴定出样本中的失调基因，以通过干涉基因进行疾病的治疗；也可提前通过鉴定出失调基因帮助辅助诊断疾病。
[0041]应当理解，本专利技术中产生和分析的数据集可在TCGA资料库中找到， (https://portal.gdc.cancer.gov/)，登录号为TCGA
‑
LUAD；
[0042]GEO资料库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)；
[0043]DAVID 6.8版(https://david.ncifcrf.gov/)；
[0044]PrognoScan数据库(http://dna00.bio.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html)；
[0045]Kaplan
‑
Meier Plotter数据库(http://kmplot.com/analysis/)；
[0046]TIMER在线数据库(https://cistrome.shinyapps.io/timer/)。
[0047]EpiMap(https://epigenome.本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定样本中失调基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：获取包含人类细胞的数据集；针对所述数据集进行数据筛选以得到差异基因；通过所述数据筛选从所述差异基因中得到泛癌下的差异基因；通过在线数据库对所述差异基因进行分析以鉴定失调基因。2.如权利要求1所述的用于鉴定样本中失调基因的方法，其特征在于，所述数据集包括从NCBI GEO数据库获得九个基因表达芯片数据集，分别为：GSE22061,GSE43852，GSE49158,GSE60124,GSE64119,GSE69462,GSE70120,GSE72688,GSE77200。3.如权利要求2所述的用于鉴定样本中失调基因的方法，其特征在于，所述九个基因表达芯片数据集共包含十一个不同的处理条件以及七种癌细胞系。4.如权利要求1所述的用于鉴定样本中失调基因的方法，其特征在于，每个所述数据集中实验组、对照组至少进行两次生物重复试验；所述对照组是...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄瑞，卜凡，
申请(专利权)人：中国科学院苏州生物医学工程技术研究所，
类型：发明
国别省市：