核苷酸探针制造技术

技术编号：34714896 阅读：10 留言：0更新日期：2022-08-31 17:57

公开了可用作核酸探针的化合物。在某些实施方案中，所述化合物具有以下结构(I)：或其立体异构体、互变异构体或盐，其中M、L

全部详细技术资料下载

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】核苷酸探针
[0001]背景

[0002]本公开内容一般地涉及包含共价地结合至至少一种多核苷酸的聚合物生色团的化合物(例如，包含结合至核苷酸探针的聚合物荧光部分的化合物)，以及包含它们的组合物和试剂盒，和它们的制备方法和在各种分析方法中的用途。
[0003]相关技术的描述
[0004]核酸杂交探针用于检测各种诊断和分析环境中的特定靶序列。常规的异质杂交测定通常包括以下步骤：将靶核酸固定化(例如，在纸、珠子或塑料表面上)；添加与靶标序列互补的经标记的探针；杂交；除去未杂交的探针；以及检测保持与固定化的靶标结合的探针。
[0005]通过充分洗涤杂交的靶核酸除去未杂交的探针。这通常是该程序中最耗时的部分，并且经常利用复杂的形式诸如夹心杂交。此外，使用固体表面来固定化靶核酸会通过限制靶标的移动性或探针对靶标的接近来延长杂交所需的时间。此外，固体表面可能干扰来自探针的信号或导致信号中的噪音。分离探针
‑
靶标杂交体的要求也排除了在合成反应期间核酸的体内检测和同时检测(实时检测)。
[0006]因此，本领域需要具有增加的亮度并产生较低信噪比的改进探针。本公开内容满足了这种需要并提供了进一步的相关优点。
[0007]简要概述
[0008]本申请的实施方案包括具有以下结构(I)的化合物或其立体异构体、盐或互变异构体：
[0009][0010]其中：
[0011]M在每次出现时独立地是：a)相同的或不同的荧光团；或b)相同的或不同的荧光团猝灭剂；
[001...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.具有以下结构(I)的化合物或其立体异构体、盐或互变异构体：其中：M在每次出现时独立地是：a)相同的或不同的荧光团；或b)相同的或不同的荧光团猝灭剂；L
1a
在每次出现时独立地是亚杂芳基连接基；L2和L8独立地是任选的连接基；L
1b
、L3、L5、L6和L7在每次出现时独立地是任选的亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；L4在每次出现时独立地是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；R1和R2各自独立地包含多核苷酸或各自独立地是H、OH、SH、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基或
‑
OP(＝R
a
)(R
b
)R
c
，条件是R1和R2中的至少一个包含多核苷酸；R3在每次出现时独立地是H、烷基或烷氧基；R4在每次出现时独立地是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
或SR
d
；R5在每次出现时独立地是氧代、硫代或不存在；R
a
是O或S；R
b
是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
或SR
d
；R
c
是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
、OL
′
、SR
d
、烷基、烷氧基、杂烷基、杂烷氧基、烷基醚、烷氧基烷基醚、磷酸酯、硫代磷酸酯、磷酰烷基、硫代磷酰烷基、磷酰烷基醚或硫代磷酰烷基醚；R
d
是抗衡离子；L
′
在每次出现时独立地是包含与固体支持物的共价键的连接基、包含与固体支持物残基的共价键的连接基或包含与核苷的共价键的连接基；m在每次出现时独立地是0或更大的整数；n是1或更大的整数；且q和w在每次出现时独立地是0或1，条件是q或w的至少一次出现是1。2.根据权利要求1所述的化合物，其中M1和M2是相同的或不同的荧光团。3.根据权利要求1所述的化合物，其中M1和M2是相同的或不同的荧光团猝灭剂。4.根据权利要求1
‑
3中的任一项所述的化合物，其中R1包含多核苷酸。5.根据权利要求1
‑
4中的任一项所述的化合物，其中R2包含多核苷酸。6.根据权利要求4或5所述的化合物，其中所述多核苷酸具有与靶核苷酸序列具有至少
90％互补性的序列。7.一种组合物，其包含结构(Ia)的化合物和结构(Ib)的化合物或其立体异构体、盐或互变异构体：其中：M1在每次出现时独立地是相同的或不同的荧光团；M2在每次出现时独立地是相同的或不同的荧光团猝灭剂；L
1a
在每次出现时独立地是亚杂芳基连接基；L2和L8独立地是任选的连接基：L
1b
、L3、L5、L6和L7在每次出现时独立地是任选的亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；L4在每次出现时独立地是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；R
1a
和R
2b
各自独立地包含多核苷酸或各自独立地是H、OH、SH、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基或
‑
OP(＝R
a
)(R
b
)R
c
，条件是R
1a
和R
2b
中的至少一个包含多核苷酸；R
1b
和R
2a
各自独立地包含多核苷酸或各自独立地是H、OH、SH、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基或
‑
OP(＝R
a
)(R
b
)R
c
，条件是R
1a
和R
2b
中的至少一个包含多核苷酸；R3在每次出现时独立地是H、烷基或烷氧基；R4在每次出现时独立地是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
或SR
d
；R5在每次出现时独立地是氧代、硫代或不存在；R
a
是O或S；R
b
是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
或SR
d
；R
c
是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
、OL
′
、SR
d
、烷基、烷氧基、杂烷基、杂烷氧基、烷基醚、烷氧基烷基
醚、磷酸酯、硫代磷酸酯、磷酰烷基、硫代磷酰烷基、磷酰烷基醚或硫代磷酰烷基醚；R
d
是抗衡离子；L
′
在每次出现时独立地是包含与固体支持物的共价键的连接基、包含与固体支持物残基的共价键的连接基或包含与核苷的共价键的连接基；m在每次出现时独立地是0或更大的整数；n是1或更大的整数；且q和w在每次出现时独立地是0或1，条件是q或w的至少一次出现是1。8.根据权利要求7所述的组合物，其中R
1a
和R
2a
分别包含第一多核苷酸和第二多核苷酸，其中所述第一多核苷酸包含4
‑
40个核苷酸，其中所述第一多核苷酸具有第一序列且所述第二多核苷酸具有第二序列，且其中所述第一序列与所述第二序列的至少一部分具有至少90％互补性。9.根据权利要求7或8所述的组合物，其中R
1b
和R
2b
分别包含第三多核苷酸和第四多核苷酸，其中所述第三多核苷酸包含4
‑
40个核苷酸，其中所述第三多核苷酸具有第三序列且所述第四多核苷酸具有第四序列，且其中所述第三序列与所述第四序列的至少一部分具有至少90％互补性。10.根据权利要求7所述的组合物，其中R
1a
和R
1b
分别包含第一多核苷酸和第二多核苷酸，且其中所述第一多核苷酸核苷酸序列包含4
‑
40个核苷酸，其中所述第一多核苷酸具有第一序列且所述第二多核苷酸具有第二序列，且其中所述第一序列与所述第二核苷酸序列的至少一部分具有至少90％互补性。11.根据权利要求7或10所述的组合物，其中R
2a
和R
2b
分别包含第三多核苷酸和第四多核苷酸，其中所述第三多核苷酸包含4
‑
40个核苷酸，其中所述第三多核苷酸具有第三序列且所述第四多核苷酸具有第四序列，且其中所述第三序列与所述第四序列的至少一部分具有至少90％互补性。12.根据权利要求7所述的组合物，其中R
1b
、R
2a
或二者具有与靶核苷酸序列具有至少90％互补性的核苷酸序列。13.根据权利要求7
‑
11中的任一项所述的组合物，其中所述第二序列、所述第三序列或二者与靶核苷酸序列具有至少90％互补性。14.具有以下结构(II)的化合物或其立体异构体、盐或互变异构体：
其中：M1在每次出现时独立地是相同的或不同的荧光团；M2在每次出现时独立地是相同的或不同的荧光团猝灭剂；L
1a
在每次出现时独立地是亚杂芳基连接基；L2和L8独立地是任选的连接基：L
1b
、L3、L5、L6和L7在每次出现时独立地是任选的亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；L4在每次出现时独立地是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；L9是包含多核苷酸的连接基；R
1a
和R
2a
各自独立地包含多核苷酸；R
1b
和R
2b
各自独立地包含多核苷酸或各自独立地是H、OH、SH、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基或
‑
OP(＝R
a
)(R
b
)R
c
；R3在每次出现时独立地是H、烷基或烷氧基；R4在每次出现时独立地是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
或SR
d
；R5在每次出现时独立地是氧代、硫代或不存在；R
a
是O或S；R
b
是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
或SR
d
；R
c
是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
、OL
′
、SR
d
、烷基、烷氧基、杂烷基、杂烷氧基、烷基醚、烷氧基烷基醚、磷酸酯、硫代磷酸酯、磷酰烷基、硫代磷酰烷基、磷酰烷基醚或硫代磷酰烷基醚；R
d
是抗衡离子；L
′
在每次出现时独立地是包含与固体支持物的共价键的连接基、包含与固体支持物残基的共价键的连接基或包含与核苷的共价键的连接基；
m在每次出现时独立地是0或更大的整数；n是1或更大的整数；且q和w在每次出现时独立地是0或1，条件是q或w的至少一次出现是1。15.根据权利要求14所述的化合物，其中R
1a
和R
2a
分别包含第一多核苷酸和第二多核苷酸，其中所述第一多核苷酸包含4
‑
40个核苷酸，其中所述第一多核苷酸具有第一序列且所述第二多核苷酸具有第二序列，且其中所述第一序列与所述第二序列的至少一部分具有至少90％互补性。16.根据权利要求14或15所述的化合物，其中R
1b
和R
2b
分别包含第三多核苷酸和第四多核苷酸，其中所述第三多核苷酸包含4
‑
40个核苷酸，其中所述第三多核苷酸具有第三序列且所述第四多核苷酸具有第四序列，且其中所述第三序列与所述第四序列的至少一部分具有至少90％互补性。17.根据权利要求14
‑
16中的任一项所述的化合物，其中L9包含与靶核苷酸序列具有至少90％互补性的第五多核苷酸。18.根据权利要求17所述的化合物，其中所述第五多核苷酸与靶核苷酸序列具有至少92％互补性。19.根据权利要求17所述的化合物，其中所述第五多核苷酸与靶核苷酸序列具有至少95％互补性。20.根据权利要求17所述的化合物，其中所述第五多核苷酸与靶核苷酸序列具有至少97％互补性。21.根据权利要求17所述的化合物，其中所述第五多核苷酸与靶核苷酸序列具有至少98％互补性。22.根据权利要求17所述的化合物，其中所述第五多核苷酸与靶核苷酸序列具有至少99％互补性。23.具有以下结构(III)的化合物或其立体异构体、盐或互变异构体：
其中：M1在每次出现时独立地是相同的或不同的荧光团；M2在每次出现时独立地是相同的或不同的荧光团猝灭剂；L
1a
在每次出现时独立地是亚杂芳基连接基；L2和L8独立地是任选的连接基：L
1b
、L3、L5、L6和L7在每次出现时独立地是任选的亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；L4在每次出现时独立地是亚烷基、亚烯基、亚炔基、亚杂烷基、亚杂烯基或亚杂炔基连接基；L9是包含多核苷酸的连接基；R
1a
和R
2a
各自独立地包含多核苷酸或各自独立地是H、OH、SH、烷基、烷氧基、烷基醚、杂烷基或
‑
OP(＝R
a
)(R
b
)R
c
；R
1b
和R
2b
各自独立地包含多核苷酸；R3在每次出现时独立地是H、烷基或烷氧基；R4在每次出现时独立地是OH、SH、O
‑
、S
‑
、OR
d
或SR
d
；R5在每次出现时独立地是氧代、硫代或不存在；R
a
是O或S；R
b
是OH、SH、O
‑
...

【专利技术属性】
技术研发人员：T，
申请(专利权)人：索尼集团公司，
类型：发明
国别省市：

全部详细技术资料下载我是这个专利的主人