一种与谷子抽穗期性状关联的SNPs标记及其鉴定方法技术

本发明专利技术属于分子生物学技术领域，为了提高谷子关键农艺性状的关联代表性和显著程度，解析重要农艺性状的分子机制，提供一种与谷子抽穗期关联的SNPs标记及其鉴定方法。所述SNPs标记位于9号染色体Millet_GLEAN_10005912编码区上；该位点在1101330 bp位置标记为非同义变换变异位点。本发明专利技术基于表型多样性的谷子代表群体，作物群体大小适宜、群体结构不明显、多样的基因型，结合高深度测序基因型数据和可靠的关联分析方法，优化目前影响关联分析的各项因素，提高谷子关键农艺性状的关联代表性和显著程度，解析重要农艺性状的分子机制，为谷子优良农艺性状的关联功能基因挖掘和基因组辅助育种奠定基础。育种奠定基础。育种奠定基础。

【技术实现步骤摘要】
一种与谷子抽穗期性状关联的SNPs标记及其鉴定方法


[0001]本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种与谷子抽穗期性状关联的SNPs标记及其鉴定方法。

技术介绍

[0002]谷子起源于我国黄河流域的粮饲兼用作物，也是世界范围内最古老的禾谷类作物之一。我国是世界谷子的主产国，产量约占全球总量的80%，同时也是谷子遗传多样性最丰富的国家。作物种质资源是种质创新和生物学研究的物质基础。近些年来，随着谷子种质资源科学化、系统化收集工作的持续推进，以及高通量测序技术的不断发展，使人们更进一步对谷子重要农艺性状的分子机制研究，寻找与重要农艺性状显著关联的分子位点变得可能。
[0003]抽穗期是禾谷类作物重要的农艺性状，是决定作物结实粒数的关键时期，属于典型数量性状，其遗传基础较为复杂，一般认为由多基因共同控制。当前，抽穗期研究在水稻中报道较多，而对谷子而言，目前仅有少量报道。专利申请号CN 201110072772.2、CN 201110072416.0和CN 201110072646.7公开报道了数个与谷子抽穗期基因连锁的分子标记及标记开本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与谷子抽穗期关联的SNPs标记，其特征在于：所述SNPs标记位于9号染色体Millet_GLEAN_10005912编码区上；该位点在该基因第9个外显子区域内1101330 bp位置标记为非同义变换变异位点。2.根据权利要求1所述的一种与谷子抽穗期关联的SNPs标记，其特征在于：在标记区间1101330 bp位置处发生点突变G
→
C，为非同义变换点突变；所述SNPs位点的点突变频率与群体的抽穗期时间长短紧密相关。3.根据权利要求1所述的一种与谷子抽穗期关联的SNPs标记，其特征在于：所述基因Millet_GLEAN_10005912在水稻中的同源基因为CESA5基因，命名为SiCESA5，该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；该基因第9个外显子区域的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。4.鉴定权利要求1所述的一种与谷子抽穗期关联的SNPs标记的方法，其特征在于：包括以下步骤：1）多份代表性谷子样品DNA材料收集与高通量建库测序，获得测序数据；2）单份测序样品数据的过滤、比对及变异检测，获得单份样品变异元数据；3）多份变异数据集合并、质控及过滤，获得过滤后的变异数据集；4）结合多份样品表型和基因型进行关联分析，获得关联分析结果；5）显著关联区域样品基因型分析与位点变异注释鉴定。5.根据权利要求4所述的鉴定与谷子抽穗期关联的SNPs标记的方法，其特征在于：步骤（1）中所述高通量测序技术平台为DNBSEQ平台，采用全基因组重测序WGS进行测序数据生产；测序深度≥10X
‑
15X。6.根据权利要求4所述的鉴定与谷子抽穗期关联的SNPs标记的方法，其特征在于：步骤（2）中数据过滤采用SOAPnuke软件或...

【专利技术属性】
技术研发人员：王海岗，穆志新，陈宏运，刘心，
申请(专利权)人：山西农业大学农业基因资源研究中心，
类型：发明
国别省市：