一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法技术

本发明专利技术公布了一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法，具体包括以下内容：通过高密度点阵技术捕获RNA(尤其是蛋白质编码相关的mRNA)的具体信息；捕获后的RNA在反转录后形成全长DNA，以此为模板，通过提前设计好的通用引物进行扩增，在5端和3端引入提前设计好的接头序列及粘性末端；通过T4连接酶可以将DNA产物连接形成环化DNA；以的环化DNA为模板，通过针对不同DNA突变位点而设计的引物进行扩增，产物的5端和3端引入提前设计好的高通量测序接头序列；完成高通量测序文库构建，并上机测序。本发明专利技术提供的方法针对病理组织切片，可以同时完成该样本的RNA和DNA捕获。可以同时完成该样本的RNA和DNA捕获。

【技术实现步骤摘要】
一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法


[0001]本专利技术涉及基因突变检测
，具体为一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法。

技术介绍

[0002]生活中许多疾病的治疗都涉及到基因层次，例如癌症的治疗。而此类疾病多采用靶向治疗的方式。靶向治疗，是在细胞分子水平上，针对已经明确的致癌位点的治疗方式(该位点可以是肿瘤细胞内部的一个蛋白分子，也可以是一个基因片段)。可设计相应的治疗药物，药物进入体内会特异地选择致癌位点来相结合发生作用，使肿瘤.特异性死亡，而不会波及肿瘤周围的正常组织细胞，所以分子靶向治疗又被称为"生物导弹"。患者在进行靶向治疗前需要进行靶向检测从而确定基因突变情况，但现有的靶向检测方法需要先判定组织切片中病理情况，然后再通过其他方法进行基因突变信息进行检测，两者需要进行分开操作。

技术实现思路

[0003]本专利技术所解决的技术问题在于提供一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法，以解决上述
技术介绍
中的问题。
[0004]本专利技术所解决的技术问题采用以下技术方案来实现：一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法，具体包括以下步骤：
[0005](1)通过高密度点阵技术捕获RNA(尤其是蛋白质编码相关的mRNA)的具体信息；
[0006](2)捕获后的RNA在反转录后形成全长DNA，以此为模板，通过提前设计好的通用引物进行扩增，在5端和3端引入提前设计好的接头序列及粘性末端；
[0007](3)通过T4连接酶可以将步骤(2)中的DNA产物连接形成环化DNA；
[0008](4)以步骤(3)中的环化DNA为模板，通过针对不同DNA突变位点而设计的引物进行扩增，产物的5端和3端引入提前设计好的高通量测序接头序列；
[0009](5)以步骤(4)的产物为模板，完成高通量测序文库构建，并上机测序。
[0010]优选地，所述步骤(1)中通过高密度点阵技术捕获RNA具体信息的方法为：
[0011]1)将冰冻组织切片或石蜡包埋的组织切片，组织切片的厚度为8
‑
10um；
[0012]2)切片平铺于高密度点阵技术制备的玻璃片表面；
[0013]3)通过处理液对组织切片表面进行透化处理，暴露细胞内的RNA；
[0014]4)通过高密度点阵中核酸捕获探针的polydT结果，识别并捕获细胞内的RNA。
[0015]优选地，所述处理液为盐酸及蛋白酶。
[0016]与现有技术相比，本专利技术具有以下优点及有益效果：本专利技术提供的方法针对病理组织切片，可以同时完成该样本的RNA和DNA信息捕获；通过后续生物信息学分析，可以在对病理切片进行病理分级、细胞类型判定的同时，还可以得到关键DNA突变情况(也可以根据研究者需求定制化设计)；可以针对不同人类疾病的病理组织切片(尤其是肿瘤)进行检测
及分析，可以作为一种全新的检测技术用于肿瘤病人用药选择、伴随诊断等重要领域。
具体实施方式
[0017]为了使本专利技术的技术手段、创作特征、工作流程、使用方法达成目的与功效易于明白了解，下面将结合本专利技术实施例，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0018]实施例
[0019]一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法，具体包括以下步骤：
[0020](1)通过高密度点阵技术捕获RNA(尤其是蛋白质编码相关的mRNA)的具体信息，捕获RNA的方法为：
[0021]1)将冰冻组织切片或石蜡包埋的组织切片，组织切片的厚度为8
‑
10um；
[0022]2)切片平铺于高密度点阵技术制备的玻璃片表面；
[0023]3)通过盐酸及蛋白酶对组织切片表面进行透化处理，暴露细胞内的RNA；
[0024]4)通过高密度点阵中核酸捕获探针的polydT结果，识别并捕获细胞内的RNA。
[0025](2)捕获后的RNA在反转录后形成全长DNA，以此为模板，通过提前设计好的通用引物进行扩增，在5端和3端引入提前设计好的接头序列及粘性末端；
[0026](3)通过T4连接酶可以将步骤(2)中的DNA产物连接形成环化DNA；
[0027](4)以步骤(3)中的环化DNA为模板，通过针对不同DNA突变位点而设计的引物进行扩增，产物的5端和3端引入提前设计好的高通量测序接头序列；
[0028](5)以步骤(4)的产物为模板，完成高通量测序文库构建，并上机测序。
[0029]以上显示和描述了本专利技术的基本原理、主要特征及本专利技术的优点。本行业的技术人员应该了解，本专利技术不受上述实施例的限制，上述实施例和说明书中描述的只是说明本专利技术的原理，在不脱离本专利技术精神和范围的前提下，本专利技术还会有各种变化和改进，这些变化和改进都落入要求保护的本专利技术范围内。本专利技术的要求保护范围由所附的权利要求书及其等效物界定。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于高密度空间点阵的原位基因突变靶向检测方法，其特征在于，具体包括以下步骤：(1)通过高密度点阵技术捕获RNA(尤其是蛋白质编码相关的mRNA)的具体信息；(2)捕获后的RNA在反转录后形成全长DNA，以此为模板，通过提前设计好的通用引物进行扩增，在5端和3端引入提前设计好的接头序列及粘性末端；(3)通过T4连接酶可以将步骤(2)中的DNA产物连接形成环化DNA；(4)以步骤(3)中的环化DNA为模板，通过针对不同DNA突变位点而设计的引物进行扩增，产物的5端和3端引入提前设计好的高通量测序接头序列；(5)以步骤(4)的产物为模板，完成高通量测序文库构建，...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈岱，
申请(专利权)人：江西烈冰生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：