基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术公开了一种基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用。所述检测panel包括检测滤泡性淋巴瘤预后相关的突变基因。本专利提供了滤泡性淋巴瘤的预后评估的非侵入性的检测方法，具有临床应用价值，以便更好地指导治疗、改善FL患者的预后。创造性地选择了与滤泡性淋巴瘤密切相关的基因组合，基于二代测序技术，检测和分析内容包括：对FL临床患者的血浆cfDNA(plasma cfDNA),石蜡淋巴瘤组织DNA(tumor tissue gDNA)以及粒细胞DNA(granulocyte gDNA)进行二代检测，本发明专利技术的基因组合对预后评估、治疗有指导意义，为医生提供更多的预后评估维度。为医生提供更多的预后评估维度。为医生提供更多的预后评估维度。

Detection panel, kit and application of prognosis evaluation of follicular lymphoma based on circulating free DNA mutation

【技术实现步骤摘要】
基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用


[0001]本专利技术属于滤泡性淋巴瘤基因突变检测
，具体涉及一种基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用。

技术介绍

[0002]疗效和预后评价在肿瘤治疗中具有重要的临床意义，其评价方式和方法多种多样。目前，滤泡性淋巴瘤的诊断和预后评估需要组织学、免疫组织化学(如CD19、CD20染色)和分子遗传学分析，这些分析是通过侵入性程序(如活检)获得的活检组织和肿瘤组织切片。然而，通过侵入性方法获得的活检有几个缺点：
[0003](1)患者可能会感到疼痛和其他与侵入性活检相关并发症；
[0004](2)肿瘤活检可能难以获得，重复取样难度极大；
[0005](3)因为肿瘤的异质性，整个肿瘤组织的遗传全貌无法获得；
[0006](4)不能动态监测滤泡性淋巴瘤免疫化疗治疗的反应。目前用于滤泡性淋巴瘤诊断和分期的非侵入性方法(如PET、PET
‑
CT)价格昂贵，也不能排除假阳性结果，影像学检查并不能代替淋巴瘤组织活检。
[0007]因此，随着临床和实验研究的进步，分子诊断技术的提高，对FL预后的预测方法也需要不断完善和发展，以便更好地指导治疗、改善FL患者的预后。

技术实现思路

[0008]本专利技术的目的是要解决上述的技术问题，本专利技术提供了一种基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel、试剂盒及应用。
[0009]为了解决上述问题，本专利技术按以下技术方案予以实现的：
[0010]第一方面，本专利技术提供了一种基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel，所述检测panel包括检测滤泡性淋巴瘤预后相关的突变基因。
[0011]结合第一方面，本专利技术还提供了第一方面的第1种优选实施方式，具体的，所述检测panel的突变基因由110个基因组成，所述基因的名称列举如下：
[0012]ABCC10；AGTPBP1；ARHGEF1；ARID1A；ATP6AP1；ATP6V1B2；AUTS2；B2M；BAZ2B；BCL10；BCL2；BCL6；BCL7A；BRWD3；BTG1；C4orf49；CALR；CARD11；CASC5；CASZ1；CCAR1；CCND3；CCNK；CD40；CD79A；CD79B；CEP112；CHRM3；CPNE1；CREBBP；CTSS；DIRAS3；DMRT3；DTX1；EBF1；EEF1A1；ENPP3；ENTPD4；EP300；ERBB2；ETV1；EZH2；FAT2；FN1；FOXO1；GNA13；GNAI2；GNE；GRM7；HIST1H1B；HIST1H1C；HIST1H1D；HIST1H1E；HIST1H2AC；HIST1H2AG；HIST1H2BC；HIST1H2BD；HIST1H2BG；IKZF2；IKZF3；IL13RA1；IRF8；KIR2DL3；KLHDC7B；KLHL6；KMT2C；KMT2D；KNDC1；LAMP1；LPHN1；LYST；MATN2；MCL1；MEF2B；MON2；MUC4；MYD88；NEB；NOTCH2；NOTCH1；POU2F2；OR2M3；PCLO；PEX14；PLCG2；PRKCB；RBM23；ROS1；SLC9A6；SOCS1；SP140；STAT3；STAT6；SVIL；TLR1；TNFAIP3；TNFRSF14；TP53；TRAFD1；UPF1；USP6；VPS39；WDR64；
ZCCHC6；ZNF141；ZNF236；ZNF423；ZNF541；ZNF595；ZNF672。
[0013]结合第一方面，本专利技术还提供了第一方面的第2种优选实施方式，具体的，所述检测panel还包括用于对滤泡性淋巴瘤相关基因突变进行交叉验证的引物，所述引物用于对110个基因中高于20％的体细胞突变位点进行PCR
‑
Sanger测序验证。
[0014]结合第一方面，本专利技术还提供了第一方面的第3种优选实施方式，具体的，所述引物包括：
[0015](1)检测CREBBP基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：1；下游引物SEQ ID NO：2。
[0016](2)检测HIST1H1E基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：3；下游引物SEQ ID NO：4。
[0017](3)检测ARID1A基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：5；下游引物SEQ ID NO：6。
[0018](4)检测STAT6基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：7；下游引物SEQ ID NO：8。
[0019](5)检测CTSS基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：9；下游引物SEQ ID NO：10。
[0020](6)检测HIST1H1E基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：11；下游引物SEQ ID NO：12。
[0021](7)用于检测ATP6AP1基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：13；下游引物SEQ ID NO：14。
[0022](8)用于检测IRF8基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：15；下游引物SEQ ID NO：16。
[0023](9)用于检测KMT2D基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：17；下游引物SEQ ID NO：18。
[0024]第二方面，本专利技术还提供了一种预后评估滤泡性淋巴瘤的试剂盒，所述试剂盒包括探针panel和/或检测引物，所述探针panel为针对第一方面所述的突变基因。
[0025]第三方面，本专利技术还提供了一种预后评估滤泡性淋巴瘤的试剂盒，所述试剂盒包括探针panel和/或检测引物；所述探针panel用于检测第一方面所述的与滤泡性淋巴瘤预后相关的突变基因；所述检测引物为第一方面所述的用于对突变基因进行交叉验证的引物。
[0026]第四方面，本专利技术还提供一种根据第一方面所述的检测panel在制备滤泡性淋巴瘤医学产品中的应用，所述滤泡性淋巴瘤医学产品包括用于预后评估滤泡性淋巴瘤。
[0027]第五方面，本专利技术还提供了基于循环游离DNA中的基因组合在预后评估滤泡性淋巴瘤的应用，所述的基因组合由如下110个基因组成：ABCC10；AGTPBP1；ARHGEF1；ARID1A；ATP6AP1；ATP6V1B2；AUTS2；B2M；BAZ2B；BCL10；BCL2；BCL6；BCL7A；BRWD3；BTG1；C4orf49；CALR；CARD11；CASC5；CASZ1；CCAR1；CCND3；CCNK；CD40；CD79A；CD79B；CEP112；CHRM3；CPNE1；CREBBP；CTSS；DIRAS3；DMRT3；DTX1；EBF1；EEF1A1；ENPP3；ENTPD4；EP300；ERBB2；ETV1；EZH2；FAT2；FN1；FOXO1；GN本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel，其特征在于，所述检测panel包括检测滤泡性淋巴瘤预后相关的突变基因。2.根据权利要求1所述的基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel，其特征在于：所述检测panel的突变基因由110个基因组成，所述基因的名称列举如下：ABCC10；AGTPBP1；ARHGEF1；ARID1A；ATP6AP1；ATP6V1B2；AUTS2；B2M；BAZ2B；BCL10；BCL2；BCL6；BCL7A；BRWD3；BTG1；C4orf49；CALR；CARD11；CASC5；CASZ1；CCAR1；CCND3；CCNK；CD40；CD79A；CD79B；CEP112；CHRM3；CPNE1；CREBBP；CTSS；DIRAS3；DMRT3；DTX1；EBF1；EEF1A1；ENPP3；ENTPD4；EP300；ERBB2；ETV1；EZH2；FAT2；FN1；FOXO1；GNA13；GNAI2；GNE；GRM7；HIST1H1B；HIST1H1C；HIST1H1D；HIST1H1E；HIST1H2AC；HIST1H2AG；HIST1H2BC；HIST1H2BD；HIST1H2BG；IKZF2；IKZF3；IL13RA1；IRF8；KIR2DL3；KLHDC7B；KLHL6；KMT2C；KMT2D；KNDC1；LAMP1；LPHN1；LYST；MATN2；MCL1；MEF2B；MON2；MUC4；MYD88；NEB；NOTCH2；NOTCH1；POU2F2；OR2M3；PCLO；PEX14；PLCG2；PRKCB；RBM23；ROS1；SLC9A6；SOCS1；SP140；STAT3；STAT6；SVIL；TLR1；TNFAIP3；TNFRSF14；TP53；TRAFD1；UPF1；USP6；VPS39；WDR64；ZCCHC6；ZNF141；ZNF236；ZNF423；ZNF541；ZNF595；ZNF672。3.根据权利要求2所述的基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel，其特征在于：所述检测panel还包括用于对滤泡性淋巴瘤相关基因突变进行交叉验证的引物，所述引物用于对110个基因中高于20％的体细胞突变位点进行PCR
‑
Sanger测序验证。4.根据权利要求3所述的基于循环游离DNA突变进行滤泡性淋巴瘤预后评估的检测panel，其特征在于，所述引物包括：(1)用于检测CREBBP基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：1对应的核苷酸序列为5'
‑
AAATGACAGGACGGTACTTACG
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3'；下游引物SEQ ID NO：2对应的核苷酸序列为5'
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GGACCAGTTCACCCAAGTATG
‑
3'；(2)用于检测HIST1H1E基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：3对应的核苷酸序列为5'
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GGGAAGCCAAGCCTAAG
‑
3'；下游引物SEQ ID NO：4对应的核苷酸序列为5'
‑
GGCTTCTTCGCCTTCTTT
‑
3'；(3)用于检测ARID1A基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：5对应的核苷酸序列为5'
‑
AATTCTGTTCTTAGGCCACTTT
‑
3'；下游引物SEQ ID NO：6对应的核苷酸序列为5'
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CACCCACCTCATACTCCTTTA
‑
3'；(4)用于检测STAT6基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：7对应的核苷酸序列为5'
‑
TATGGCTGCTCAGACTACC
‑
3'；下游引物SEQ ID NO：8对应的核苷酸序列为5'
‑
CCCTAGGAGATCCTGCTG
‑
3'；(5)用于检测CTSS基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：9对应的核苷酸序列为5'
‑
ACTAAGCATTTAAAGAGCTCTACCT
‑
3'；下游引物SEQ ID NO：10对应的核苷酸序列为5'
‑
TTGCCTGATTCTGTGGACTG
‑
3'；(6)用于检测HIST1H1E基因突变的引物：上游引物SEQ ID NO：11对应的核苷酸序列为5'
‑
GCTCATTAC...

【专利技术属性】
技术研发人员：游华，魏丽，
申请(专利权)人：广州医科大学附属肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：