新型细胞表型筛选方法技术

本申请提供了一种用于筛选细胞的方法，所述方法包括：制备多个细胞的步骤，所述多个细胞标记有第一条形码核酸并且用测试靶标处理，所述第一条形码核酸与所述测试靶标相关；使用成像细胞分选仪基于细胞表型来选择所述多个细胞的步骤；以及，使用所述第一条形码核酸作为指标来识别用于处理每个细胞的测试靶标的步骤。步骤。步骤。

A new screening method of cell phenotype

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】新型细胞表型筛选方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本专利申请要求基于2020年1月10日递交的美国专利申请公开号62/959,420的优先权，并且该在先专利申请的全部公开内容通过引用作为本说明书公开的一部分。


[0003]本申请涉及新型细胞表型筛选。

技术介绍

[0004]细胞表型(表型筛选)作为利用细胞来筛选各种药物的筛选方法而广为人知。表型筛选是利用细胞和器官的表型，例如细胞增殖率、细胞死亡以及以特定蛋白或细胞结构的定位表示的细胞图像信息作为指标来寻找改变细胞和器官的表型的药物(例如，低分子量化合物、肽等)的方法。细胞表型筛选的重要目标之一是检查与输入(测试物质、药物刺激等)有关的以下信息：(i)表现出什么样的细胞表型变化(图像反应)，(ii)表现出的基因表达反应，以及(iii)作为它们基础的作用机制。
[0005]然而，在利用相关技术的孔的通用型大规模表型筛选测定系统中，需要将每种药物施用于在每个孔中培养的细胞，检查图像反应，然后取出在其中产生被认为是靶标表型的反应的对象，并对个体受试者进行遗传分析本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于筛选测试靶标的方法，所述方法包括：制备多个细胞的步骤，所述多个细胞标记有与测试靶标相关联的第一条形码核酸并且用所述测试靶标处理；使用成像细胞分选仪基于细胞表型来分选所述多个细胞的步骤；以及使用所述第一条形码核酸作为指标来识别用于处理每个细胞的测试靶标的步骤。2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述用于处理每个细胞的测试靶标与每个细胞的表型相关联。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中，识别的步骤进一步包括识别靶标位点的步骤，在所述靶标位点处，由所述测试靶标产生所述细胞期望的表型变化。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，进一步包括：对每个细胞的基因组相关信息进行分析的步骤。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，制备细胞的步骤包括：通过将包括所述测试靶标和所述第一条形码核酸的液态介质与所述细胞混合来使所述第一条形码核酸与所述细胞相关联的步骤。6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，制备细胞的步骤包括：通过将水凝胶珠加入到包括所述测试靶标和所述第一条形码核酸的液态介质中以产生包括所述测试靶标和所述第一条形码核酸的第一子隔室来使所述第一条形码核酸与所述测试靶标相关联的步骤。7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中，制备细胞的步骤包括：使包括所述测试靶标和所述第一条形码核酸的第一子隔室与包括所述细胞的第二子隔室融合，以产生包括所述测试靶标、所述第一条形码核酸和所述细胞的隔室。8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述制备细胞的步骤包括：在所述隔室中，用所述测试靶标处理所述细胞。9.根据权利要求6至8中任一项所述的方法，其中，所述隔室和所述子隔室是液滴。10.根据权利要求7至9中任一项所述的方法，其中，所述制备细胞的步骤包括：从所述隔室中回收细胞的步骤。11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中，分选的步骤包括：基于细胞表型对由于所述测试靶标而发生预定反应的细胞进行分选的步骤。12.根据权利要求4至11中任一项所述的方法，其中，对基因组相关信息进行分析的步骤包括：制备多个隔室的步骤，所述多个隔室包括对应于细胞基因组或其衍生物的基因组相关核酸、所述第一条形码核酸和第二条形码核酸连接珠，其中，所述第二条形码核酸连接珠包括能够与所述细胞基因组或对应于其衍生物的所述基因组相关核酸或者所述第一条形码核酸杂交的多个第二条形码核酸；通过使所述基因组相关核酸和所述第一条形码核酸中的每一个与所述第二条形码核
酸杂交来获得杂交的复合物的步骤；产生源自所述杂交的复合物的扩增产物的步骤；以及在所述细胞与所述测试靶标共存后，使用所述扩增产物的表达模式作为指标来检测所述细胞的基因组相关信息的步骤。13.根据权利要求12所述的方法，其中，所述基因组相关核酸是细胞基因组DNA，或者源自所述细胞基因组的RNA或其cDNA。14.根据权利要求12或13中任一项所述的方法，其中，每个第一条形码核酸包括第一通用条形码区域和第一杂交区域，所述第一通用条形码区域对于相同测试靶标是共有的，所述第一杂交区域能够与所述第二条形码核酸杂交。15.根据权利要求12至14中任一项所述的方法，其中，所述第一通用条形码区域的序列信息是用于确定所述测试靶标的指标。16.根据权利要求12至15中任一项所述的方法，其中，与所述第二条形码核酸连接珠连接的所述多个第二条形码核酸中的每一个包括：彼此共有的第二通用条形码区域、能够彼此区分的第二独特条形码区域，以及能够与所述基因组相关核酸或所述第一条形码核酸杂交的第二杂交区域。17.根据权利要求12至16中任一项所述的方法，其中，所述第二独特条形码区域的序列信息是用于确定所述基因组相关核酸的指标。18.根据权利要求11至16中任一项所述的方法，其中，所述第二条形码核酸进一步包括PCR引物区域。19.根据权利要求12至17中任一项所述的方法，其中，所述第二杂交区域包括与所述第一杂交区域或所述基因组相关核酸互补的核酸。20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中，所述成像细胞分选仪是设置有分析单元的分析装置，其中通过光接收单元接收来自观察对象的散射光、透射光、荧光或电磁波并转化为电信号，并且基于从所述光接收单元输出的电信号按时间顺序提取的信号对所述观察对象进行分析，...

【专利技术属性】
技术研发人员：坪内朝子，太田祯生，河崎史子，
申请(专利权)人：国立大学法人东京大学国立研究开发法人理化学研究所，
类型：发明
国别省市：