具有改善的功能的治疗性免疫细胞及其制备方法技术

本公开提供了具有改善的功能和性质的免疫细胞。提供了过表达或异位表达自噬调节剂的免疫细胞。自噬调节剂的表达增加能够改善表达嵌合抗原受体(CAR)的T细胞或NK细胞的功能。例如，异位表达ATG5或ATG7的CAR

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】具有改善的功能的治疗性免疫细胞及其制备方法
[0001]序列表
[0002]本申请包含已经以ASCII格式电子递交的序列表，并且据此全文以引用方式并入。所述ASCII副本创建于2020年7月30日，命名为JBI6140WOPCT1_SL.txt，并且大小为22,954字节。


[0003]本专利技术涉及用于改善表达嵌合抗原受体(CAR)的免疫细胞的功能属性的方法。对CAR
‑
T细胞中自噬通路功能的调节可以例如通过在CAR
‑
T细胞中异位表达一种或多种自噬通路调节剂(例如ATG5或ATG7)来进行，以便改善CAR
‑
T细胞的功能和存活。肿瘤浸润性淋巴细胞的功能和存活也可以通过在这些细胞中异位表达自噬通路基因来改善。

技术介绍

[0004]使用基因工程化淋巴细胞的过继性细胞疗法已经显示出相当大的前景，特别是在血液恶性肿瘤中。然而，对于更强效、更安全和更有效的细胞治疗产品仍存在着迫切的医学和实际需求。一个特别感兴趣的领域是产生具有增强的增殖能力的细胞产物，这些细胞产物还保留更多的
″
中央记忆
″
和更少的
″
耗尽
″
表型。理想地，此类产物将保持强效的抗肿瘤活性，在患者中稳健地扩展，能够以较低的数量给药，并且表现出较少的细胞因子释放综合征。已经并将继续采用多种策略来产生具有这些性质的细胞治疗产品，包括培养和选择条件以及基因工程(例如，tet
‑
2)。

技术实现思路

[0005]本文提供了治疗性免疫细胞(例如，T细胞、NK细胞和B细胞)组合物，以及制备此类组合物的方法，其解决了对效力、安全性和有效性的上述需求。例如，CAR T细胞中自噬通路相关基因(例如ATG5或ATG7)的异位表达可以改善这些T细胞的功能。不希望受理论的束缚，自噬通路相关基因的调节可能驱动免疫细胞朝向功能上更期望的代谢状态，从而导致增强的细胞持久性。相反，细胞自噬的减少可能损害淋巴细胞维持自身和发挥功能的能力。
[0006]本文描述了慢病毒载体技术用于诱导自噬通路相关基因的异位表达以适应淋巴细胞的免疫代谢以便促进更强效、有效且更安全的细胞治疗产品的用途。本公开中的数据显示，自噬通路基因ATG5或ATG7在淋巴细胞中的异位表达提供优良的工程化细胞治疗产品，这些工程化细胞治疗产品显示出在重复暴露于靶细胞时增强的扩增能力，以及优良的功能性质，如通过响应于靶细胞的增强的细胞因子和细胞毒性所衡量。
[0007]在一个方面，提供了表达包含编码嵌合抗原受体(CAR)的核苷酸序列的第一载体和包含编码自噬调节剂的核苷酸序列的第二载体的免疫细胞。
[0008]在另一个方面，提供了表达包含编码嵌合抗原受体(CAR)的第一核苷酸序列和编码自噬调节剂的第二核苷酸序列的载体的免疫细胞。
[0009]在另一个方面，提供了包含含有编码自噬调节剂的核苷酸序列的载体的免疫细
胞。在一个实施方案中，免疫细胞还包含CAR。
[0010]在以上方面的各种实施方案中，免疫细胞的基因组包含一个或多个另外的自噬调节剂基因。在以上方面的各种实施方案中，自噬调节剂基因的启动子被组成型启动子(例如，TRAC启动子、β
‑
2m启动子、CMV启动子或EF1a启动子)替代。可以使用基因编辑系统(例如，CRISPR/Cas9系统、CRISPR/Cpf1系统、锌指核酸酶系统、TALEN系统或大范围核酸酶系统)进行启动子的替代。在以上方面的各种实施方案中，其中自噬调节剂基因的增强子序列被有效增加自噬调节剂基因的转录的第二增强子序列替代。
[0011]在以上方面的一些实施方案中，免疫细胞是淋巴细胞。在一些实施方案中，免疫细胞是肿瘤穿透性淋巴细胞。在各种实施方案中，免疫细胞是T细胞、自然杀伤(NK)细胞或B细胞。
[0012]在以上方面的各种实施方案中，CAR包含与B细胞成熟抗原(BCMA)、CD19抗原、CD30抗原、CD123抗原、FLT3抗原和激肽释放酶
‑
2抗原特异性结合的细胞外结构域。
[0013]在以上方面的一些实施方案中，自噬调节剂是ATG1、ATG2、ATG3、ATG4、ATG5、ATG6、ATG7、ATG8、ATG8、ATG10、ATG11、ATG12、ATG13、ATG14、ATG15、ATG16、ATG17、ATG18、ATG19、ATG20、ATG21、ATG22、ATG23、ATG24、ATG25、ATG26、ATG27、ATG28、ATG29、ATG30、ATG31、ATG101、LC3、RAB7、VPS15、VPS34、VPS35、LC3I、LC3II、UVRAG、Beclin1、Protor、CAMKKβ、BCL2、BCL
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XL、AKT、ULK1、ULK2、ULK3、ULK4、DapK1、FIP200、TSC1、TSC2、STRAD、AMPK、Redd1、LKB、MO25、PTEN、mTOR、Deptor、Rictor、Protor、PRAS40、LST8、Rheb、RAG A、RAG B、RAG C、RAG D、Raptor、PDK1、PI3K、IRS1、胰岛素/IGF1受体、ERK、Rab40b、p53、DRAM1、NDFIP、MEK、RAF、SIN1、MAP4K3、Plac8、显性负性(DN)Rab7、Rab7、显性活性(DA)Rab7、SLC7A5或SLC3A2。在某些实施方案中，自噬调节剂是表观遗传调控子。表观遗传调控子的示例包括但不限于组蛋白甲基转移酶(例如EZH2(zeste 2多梳抑制复合物2亚基的增强子)或G9a)、DNA甲基转移酶(例如DNMT3)和组蛋白脱乙酰酶。
[0014]在一些实施方案中，自噬调节剂是ATG5。在一些实施方案中，ATG5包含与
[0015][0015]的序列至少95％相同的氨基酸序列。在一些实施方案中，ATG5包含与
[0016][0016][0016]的序列至少95％相同
的氨基酸序列。
[0017]在一些实施方案中，自噬调节剂是ATG7。在一些实施方案中，ATG7包含与
[0018][0018]的序列至少95％相同的氨基酸序列。
[0019]在一些实施方案中，ATG7包含与
[0020][0021][0021]的序列至少95％相同的氨基酸序列。
[0022]在以上方面的各种实施方案中，载体是慢病毒载体。
[0023]在以上方面的一些实施方案中，自噬调节剂的表达是具有自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞中自噬调节剂的表达水平的至少四倍。在一些实施方案中，免疫细胞的细胞毒性活性不低于具有自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞的细胞毒性活性。在一些实施方案中，免疫细胞能够增殖到比具有自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞更大的程度。在一些实施方案中，免疫细胞是T细胞并且在比具有自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞晚的时间进入T细胞耗竭状本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种免疫细胞，所述免疫细胞表达包含编码嵌合抗原受体(CAR)的核苷酸序列的第一载体和包含编码自噬调节剂的核苷酸序列的第二载体。2.一种免疫细胞，所述免疫细胞表达包含编码嵌合抗原受体(CAR)的第一核苷酸序列和编码自噬调节剂的第二核苷酸序列的载体。3.一种免疫细胞，所述免疫细胞包含含有编码自噬调节剂的核苷酸序列的载体。4.根据权利要求3所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞还包含CAR。5.根据权利要求1、2和4中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞的基因组包含一个或多个另外的自噬调节剂基因。6.根据权利要求1、2和4中任一项所述的免疫细胞，其中自噬调节剂基因的启动子被组成型启动子替代。7.根据权利要求1、2、4和6中任一项所述的免疫细胞，其中自噬调节剂基因的增强子序列被有效增加所述自噬调节剂基因的转录的第二增强子序列替代。8.根据权利要求1至7中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是淋巴细胞。9.根据权利要求8所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是肿瘤穿透性淋巴细胞。10.根据权利要求8或权利要求9所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞是T细胞或自然杀伤(NK)细胞。11.根据权利要求1、2和3至9中任一项所述的免疫细胞，其中所述CAR包含与B细胞成熟抗原(BCMA)、CD19抗原、CD30抗原、CD123抗原、FLT3抗原和激肽释放酶
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2抗原特异性结合的细胞外结构域。12.根据权利要求1至11中任一项所述的免疫细胞，其中所述自噬调节剂是ATG1、ATG2、ATG3、ATG4、ATG5、ATG6、ATG7、ATG8、ATG8、ATG10、ATG11、ATG12、ATG13、ATG14、ATG15、ATG16、ATG17、ATG18、ATG19、ATG20、ATG21、ATG22、ATG23、ATG24、ATG25、ATG26、ATG27、ATG28、ATG29、ATG30、ATG31、ATG101、LC3、RAB7、VPS15、VPS34、VPS35、LC3I、LC3II、UVRAG、Beclin1、Protor、CAMKKβ、BCL2、BCL
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XL、AKT、ULK1、ULK2、ULK3、ULK4、DapK1、FIP200、TSC1、TSC2、STRAD、AMPK、Redd1、LKB、MO25、PTEN、mTOR、Deptor、Rictor、Protor、PRAS40、LST8、Rheb、RAG A、RAG B、RAG C、RAG D、Raptor、PDK1、PI3K、IRS1、胰岛素/IGF1受体、ERK、Rab40b、p53、DRAM1、NDFIP、MEK、RAF、SIN1、MAP4K3、Plac8、显性负性(DN)Rab7、Rab7、显性活性(DA)Rab7、SLC7A5或SLC3A2。13.根据权利要求12所述的免疫细胞，其中所述自噬调节剂是ATG5。14.根据权利要求13所述的免疫细胞，其中所述ATG5包含与MTDDKDVLRDVWFGRIPTCFTLYQDEITEREAEPYYLLLPRVSYLTLVTDKVKKHFQKVMRQEDISEIWFEYEGTPLKWHYPIGLLFDLLASSSALPWNITVHFKSFPEKDLLHCPSKDAIEAHFMSCMKEADALKHKSQVINEMQKKDHKQLWMGLQNDRFDQFWAINRKLMEYPAEENGFRYIPFRIYQTTTERPFIQKLFRPVAADGQLHTLGDLLKEVCPSAIDPEDGEKKNQVMIHGIEPMLETPLQWLSEHLSYPDNFLHISIIPQPTD(SEQ ID NO：1)的序列至少95％相同的氨基酸序列。15.根据权利要求13所述的免疫细胞，其中所述ATG5包含与MTDDKDVLRDVWFGRIPTCFTLYQDEITEREAEPYYLLLPRVSYLTLVTDKVKKHFQKVMRQEDVSEIWFEYEGTPLKWHYPIGLLFDLLASSSALPWNITVHFKSFPEKDLLHCPSKDAVEAHFMSCMKEADALKHKSQVINEMQKKDHKQLWMGLQNDRFDQFWAINRKLMEYPPEENGFRYIPFRIYQTTTERPFIQKLFRPVAADGQLHTLGDLLREVCPSAVAPEDGEKRSQVMIHGIEPMLETPLQWLSEHLSYPDNFLHISIVPQPTD(SEQ ID NO：2)的序列至少95％相同的氨基酸序列。
16.根据权利要求12所述的免疫细胞，其中所述自噬调节剂是ATG7。17.根据权利要求16所述的免疫细胞，其中所述ATG7包含与MAAATGDPGLSKLQFAPFSSALDVGFWHELTQKKLNEYRLDEAPKDIKGYYYNGDSAGLPARLTLEFSAFDMSAPTPARCCPAIGTLYNTNTLESFKTADKKLLLEQAANEIWESIKSGTALENPVLLNKFLLLTFADLKKYHFYYWFCYPALCLPESLPLIQGPVGLDQRFSLKQIEALECAYDNLCQTEGVTALPYFLIKYDENMVLVSLLKHYSDFFQGQRTKITIGVYDPCNLAQYPGWPLRNFLVLAAHRWSSSFQSVEVVCFRDRTMQGARDVAHSIIFEVKLPEMAFSPDCPKAVGWEKNQKGGMGPRMVNLSECMDPKRLAESSVDLNLKLMCWRLVPTLDLDKVVSVKCLLLGAGTLGCNVARTLMGWGVRHITFVDNAKISYSNPVRQPLYEFEDCLGGGKPKALAAADRLQKIFPGVNARGFNMSIPMPGHPVNFSSVTLEQARRDVEQLEQLIESHDVVFLLMDTRESRWLPAVIAASKRKLVINAALGFDTFVVMRHGLKKPKQQGAGDLCPNHPVASADLLGSSLFANIPGYKLGCYFCNDVVAPGDSTRDRTLDQQCTVSRPGLAVIAGALAVELMVSVLQHPEGGYAIASSSDDRMNEPPTSLGLVPHQIRGFLSRFDNVLPVSLAFDKCTACSSKVLDQYEREGFNFLAKVFNSSHSFLEDLTGLTLLHQETQAAEIWDMSDDETI(SEQ ID NO：3)的序列至少95％相同的氨基酸序列。18.根据权利要求16所述的免疫细胞，其中所述ATG7包含与MGDPGLAKLQFAPFNSALDVGFWHELTQKKLNEYRLDEAPKDIKGYYYNGDSAGLPTRLTLEFSAFDMSASTPAHCCPAMGTLHNTNTLEAFKTADKKLLLEQSANEIWEAIKSGAALENPMLLNKFLLLTFADLKKYHFYYWFCCPALCLPESIPLIRGPVSLDQRLSPKQIQALEHAYDDLCRAEGVTALPYFLFKYDDDTVLVSLLKHYSDFFQGQRTKITVGVYDPCNLAQYPGWPLRNFLVLAAHRWSGSFQSVEVLCFRDRTMQGARDVTHSIIFEVKLPEMAFSPDCPKAVGWEKNQKGGMGPRMVNLSGCMDPKRLAESSVDLNLKLMCWRLVPTLDLDKVVSVKCLLLGAGTLGCNVARTLMGWGVRHVTFVDNAKISYSNPVRQPLYEFEDCLGGGKPKALAAAERLQKIFPGVNARGFNMSIPMPGHPVNFSDVTMEQARRDVEQLEQLIDNHDVIFLLMDTRESRWLPTVIAASKRKLVINAALGFDTFVVMRHGLKKPKQQGAGDLCPSHLVAPADLGSSLFANIPGYKLGCYFCNDVVAPGDSTRDRTLDQQCTVSRPGLAVIAGALAVELMVSVLQHPEGGYAIASSSDDRMNEPPTSLGLVPHQIRGFLSRFDNVLPVSLAFDKCTACSPKVLDQYEREGFTFLAKVFNSSHSFLEDLTGLTLLHQETQAAEIWDMSDEETV(SEQ ID NO：4)的序列至少95％相同的氨基酸序列。19.根据权利要求1至18中任一项所述的免疫细胞，其中所述载体是慢病毒载体。20.根据权利要求1至19中任一项所述的免疫细胞，其中所述自噬调节剂的表达是具有自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞中所述自噬调节剂的表达水平的至少四倍。21.根据权利要求1至20中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞的细胞毒性活性不低于具有所述自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞的细胞毒性活性。22.根据权利要求1至21中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞能够增殖到比具有所述自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞更大的程度。23.根据权利要求1至21中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞在比具有所述自噬抑制剂正常表达的可比免疫细胞晚的时间进入T细胞耗竭状态。24.根据权利要求1至21中任一项所述的免疫细胞，其中所述免疫细胞不经历T细胞耗竭。25.一种药物组合物，所述药物组合物包含有效量的根据权利要求1至24中任一项所述的免疫细胞和药学上可接受的赋形剂。26.一种制备根据权利要求1至24中任一项所述的免疫细胞的方法，所述方法包括将所述第一载体和所述第二载体引入免疫细胞中。27.根据权利要求26所述的方法，其中将所述第一载体、所述第二载体或所述第一载体
和所述第二载体两者转导到所述免疫细胞中。28.根据权利要求27所述的方法，其中...

【专利技术属性】
技术研发人员：何珊，M，
申请(专利权)人：詹森生物科技公司，
类型：发明
国别省市：