一种牦牛HSF1基因CNV标记的检测方法与应用技术

本发明专利技术属于分子生物学检测技术领域，具体涉及一种牦牛HSF1基因CNV标记的检测方法及其应用。本发明专利技术提供了一种与牦牛生长性状相关的CNV标记：位于牦牛HSF1基因候选区域Chr 15：80601963

【技术实现步骤摘要】
一种牦牛HSF1基因CNV标记的检测方法与应用


[0001]本专利技术属于分子生物学检测
，具体涉及一种牦牛HSF1基因CNV标记的检测方法及其应用。

技术介绍

[0002]分子育种是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。
[0003]拷贝数变异(Copy Number Variations，CNVs)，作为一种新发现的基因组亚显微水平结构变异类型，是指基因组DNA中较大片段的缺失或重复现象，涉及的片段大小在50bp到数Mb之间，包括拷贝数增加(Copy number gain)和拷贝数减少(Copy number loss)。
[0004]CNV常用的检测方法主要分为在全基因组范围内检测未知CNV和用于定点检测或验证已知CNV两类。基因组未知CNV常用的检测方法有芯片法和测序法，但是这两种方法受检测平台的局限，而且价格昂贵。对于已确定的CNV的检测，通常是采用基于PCR技术和杂交技术的一些方法。其中，实时荧光定量PCR(QPCR)最为常用。
[0005]热休克转录因子1(heat shock factor 1，HSF1)是一种调节应激反应的转录调控因子，通过结合下游靶基因启动子区存在的HSE，促进下游基因转录，调控蛋白表达。HSF1能够调节热休克蛋白基因的诱导表达并发挥重要的作用，通过对HSF1的结构和功能的研究,进而控制热应激反应,使人类和动物表现最佳的生理机能,以及使人类和动物在高温环境下保持正常的生理状态和健康体能,具有重要的理论意义和实际应用价值，但HSF1与牦牛生长性状的相关性研究未将报道。
[0006]基于此，本专利技术提供了一种牦牛HSF1基因CNV标记，并提供了一种方便、准确、大样本量的检测牦牛HSF1
‑
CNV的检测方法，为牦牛的生长性状的早期选育提供了基础。

技术实现思路

[0007]针对现有技术存在的问题，本专利技术提供了一种与牦牛生长性状相关的CNV标记、检测方法及其应用，尤其涉及一种基于QPCR技术检测牦牛HSF1基因CNV标记的方法及其应用。具体包括以下内容：
[0008]第一方面，本专利技术提供了一种牦牛生长性状相关的CNV标记，所述CNV标记为位于牦牛HSF1基因候选区域Chr 15：80601963
‑
80623735。
[0009]优选地，根据2
×2‑
ΔΔCt
法定量结果，将所述拷贝数变异分为三类：2
×2‑
ΔΔCt
≥2时，为插入型；2
×2‑
ΔΔCt
<1时，为缺失型；1≤2
×2‑
ΔΔCt
<2为正常型；所述正常型和缺失型的牦牛生长性状优于插入型。
[0010]第二方面，本专利技术提供了一种检测上述第一方面所述CNV标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用。
[0011]优选地，根据2
×2‑
ΔΔCt
法，定量结果将所述拷贝数变异分为三类：2
×2‑
ΔΔCt
≥2时，为插入型；2
×2‑
ΔΔCt
<1时，为缺失型；1≤2
×2‑
ΔΔCt
<2为正常型；所述正常型和缺失型的牦牛生长性状优于插入型。
[0012]优选地，所述试剂包括目标基因引物对P1和参照基因引物对P2；
[0013]所述目标基因引物对P1为：
[0014]上游引物F1：TCCGGAGGTGGTCCACAT；
[0015]下游引物R1：GAACTCGGTGTCATCCCTCTCT；
[0016]所述参照基因引物对P2为：
[0017]上游引物F2：ATTGCCGATGGTGATGAC；
[0018]下游引物R2：ACGGAGCGTGGCTACAG。
[0019]第三方面，本专利技术提供了一种检测上述第一方面所述CNV标记的试剂在牦牛分子标记辅助选择育种中的应用。
[0020]优选地，根据2
×2‑
ΔΔCt
法定量结果，将所述拷贝数变异分为三类：2
×2‑
ΔΔCt
≥2时，为插入型；2
×2‑
ΔΔCt
<1时，为缺失型；1≤2
×2‑
ΔΔCt
<2为正常型；所述正常型和缺失型的牦牛生长性状优于插入型。
[0021]优选地，所述试剂包括目标基因引物对P1和参照基因引物对P2；
[0022]所述目标基因引物对P1为：
[0023]上游引物F1：TCCGGAGGTGGTCCACAT；
[0024]下游引物R1：GAACTCGGTGTCATCCCTCTCT；
[0025]所述参照基因引物对P2为：
[0026]上游引物F2：ATTGCCGATGGTGATGAC；
[0027]下游引物R2：ACGGAGCGTGGCTACAG。
[0028]第四方面，本专利技术提供了一种用于检测与牦牛生长性状相关的CNV标记的引物对，所述引物对包括目标基因引物对P1和参照基因引物对P2；
[0029]所述目标基因引物对P1为：
[0030]上游引物F1：TCCGGAGGTGGTCCACAT；
[0031]下游引物R1：GAACTCGGTGTCATCCCTCTCT；
[0032]所述参照基因引物对P2为：
[0033]上游引物F2：ATTGCCGATGGTGATGAC；
[0034]下游引物R2：ACGGAGCGTGGCTACAG。
[0035]第五方面，本专利技术提供了一种用于QPCR检测上述第一方面所述CNV标记的试剂盒，所述试剂盒含有上述第四方面所述的引物对。
[0036]优选地，所述试剂盒还包括2
×
SYBR Green qPCRMix、去离子水、对照样本中的一种或几种。
[0037]第六方面，本专利技术提供了一种与牦牛生长性状相关的CNV标记的检测方法，所述方法包括以下步骤：
[0038]以牦牛的基因组DNA为模板，通过QPCR分别利用上述第四方面所述的引物对扩增牦牛HSF1基因的CNV区域和参照基因β
‑
actin；
[0039]根据2
×2‑
ΔΔCt
法将定量结果分为三类：2
×2‑
ΔΔCt
≥2时，为插入型；2
×2‑
ΔΔCt
<1时，
为缺失型；1≤2
×2‑
ΔΔCt
<2为正常型；其中正常型和缺失型的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种牦牛HSF1基因CNV标记，其特征在于，所述CNV标记为位于牦牛HSF1基因候选区域Chr 15：80601963
‑
80623735。2.检测权利要求1所述CNV标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用。3.检测权利要求1所述CNV标记的试剂在牦牛早期育种中的应用。4.如权利要求2或3所述的应用，其特征在于，根据2
×2‑
ΔΔCt
法定量结果，将所述拷贝数变异分为三类：2
×2‑
ΔΔCt
≥2时，为插入型；2
×2‑
ΔΔCt
<1时，为缺失型；1≤2
×2‑
ΔΔCt
<2为正常型；所述正常型和缺失型的牦牛生长性状优于插入型。5.如权利要求4所述的应用，其特征在于，所述试剂包括目标基因HSF1引物对P1和参照基因引物对P2；所述目标基因引物对P1为：上游引物F1：TCCGGAGGTGGTCCACAT；下游引物R1：GAACTCGGTGTCATCCCTCTCT；所述参照基因引物对P2为：上游引物F2：ATTGCCGATGGTGATGAC；下游引物R2：ACGGAGCGTGGCTACAG。6.一种用于牦牛HSF1基因CNV标记检测的引物对，其特征在于，所述引物对包括目标基因引物对P1和参照基因引物对P2；所述目标基因引物对P1为：上游引物F1：TCCGGAGGTGGTCCACAT；下游引物R1：GAACT...

【专利技术属性】
技术研发人员：梁春年，任稳稳，马晓明，吴晓云，阎萍，包鹏甲，郭宪，褚敏，喇永福，裴杰，熊琳，
申请(专利权)人：中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所，
类型：发明
国别省市：