一种与胎龄相关的靶标基因组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开一种与胎龄相关的靶标基因组合及其应用。本发明专利技术基于所述靶标基因组合包括TSPOAP1、CRYAA、CXCL11、FNDC10、HMGA2、FDCSP、OLFM2、KRT36、C13orf46、SCD5、OR12D2、OMP、CEBPE、MOBP、CCNF、FUT2、LIPH、ERICH4和GPR171等。本发明专利技术发现外周血游离DNA在某些基因转录起始位点区域的分布情况能够反映不同孕周，对游离DNA转录起始位点区域特征进行均一化校正后，使用机器学习算法，构建的预测模型能够有效地预测胎儿的胎龄。效地预测胎儿的胎龄。效地预测胎儿的胎龄。

【技术实现步骤摘要】
一种与胎龄相关的靶标基因组合及其应用


[0001]本专利技术属于生物
，涉及一种与胎龄相关的靶标基因组合及其应用。

技术介绍

[0002]胎龄指从卵细胞和精子结合成受精卵到胎儿自母体中分娩出来的这段时间，以周为基本单位。准确确定胎龄在临床中具有重要意义：一、决定是否对早产进行管理延迟其分娩时间以及是否对超过预产期的孕妇进行引产依赖于准确的孕周；二、唐氏综合症筛查的改进依赖于准确的孕周；三、准确的胎龄有利于使用超声或MRI技术监测正常胎儿发育(器官发育图)状态；四、准确的胎龄对区分照顾生长受限的婴儿(按时出生)和早产儿也很重要。
[0003]目前，有两种主要的方法在产前确定胎龄：末次月经和超声测量，根据末次月经方法，人类受孕发生在末次月经后14天左右，从末次月经第一天算起，妊娠期为40周；超声测量在妊娠早期(妊娠14周内)测量胎儿头尾长度，其测量准确性在5天的误差内；在妊娠中期或晚期，通过使用多种计量参数：头的双顶骨直径、头围、腹围和股骨长度来确定胎儿的胎龄。末次月经的局限性是：1)孕妇并不总是准确的记得末次月经的日期，2)某些女性本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与胎龄相关的靶标基因组合，其特征在于，所述靶标基因组合包括TSPOAP1、CRYAA、CXCL11、FNDC10、HMGA2、FDCSP、OLFM2、KRT36、C13orf46、SCD5、OR12D2、OMP、CEBPE、MOBP、CCNF、FUT2、LIPH、ERICH4、GPR171、CCDC196、SCGB3A2、ZNF512、PRR25、ZNF880、PILRA、CTRL、OR1B1、HLA
‑
DQA2、PMCH、CTSF、NFRKB、GNAT3、KLRK1、MDM1、MTOR、TMPRSS11F、TAAR9、ZNF506、CGA、KCNB1和RAD1。2.权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合在作为预测胎龄的标志物方面的应用。3.权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合在制备预测胎龄的产品中的应用。4.一种预测胎龄的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)获取样本每个基因的转录起始位点区域覆盖情况；(2)筛选预测胎龄的特征基因；(3)构建预测胎龄的模型；(4)利用预测胎龄的模型计算胎龄；所述特征基因为权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合。5.根据权利要求4所述的预测胎龄的方法，其特征在于，步骤(1)包括：(1
‑
1)获取样本的高通量测序原始数据与参考基因组进行比对，并按照染色体进行排序；(1
‑
2)对比对的结果进行去重复；(1
‑
3)统计每个基因的转录起始位点区域的覆盖深度，对每个转录起始位点区域的覆盖深度加和得到每个基因的pTSS
depth
；(1
‑
4)将每个基因的转录起始位点区域按照公式(1)进行标准化得到每个基因的转录起始位点区域的特征；pTSS
i normalized
＝pTSS
i depth
/total pTSS
depth
×
106ꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀꢀ
公式(1)其中，pTSS
i normalized
为基因i的转录起始位点区域的特征，pTSS
i depth
为基因i的转录起始位点区域的覆盖深度，total pTSS
depth
为所有基因的转录起始位点区域的覆盖深度加和；优选地，所述样本包括血浆游离DNA；优选地，所述转录起始位点区域的大小为转录起始位点上下游0.5～5kb；优选地，步骤(2)包括：(2
‑
1)使用差异分析软件寻找不同孕周样本转录起始位点区域有显著差异的基因；(2
‑
2)使用最小绝对值收敛和选择算子对步骤(2
‑
1)获得差异基因进行筛选，得到预测模型的特征基因；优选地，步骤(3)包括：使用机器学习的方法基于上述得到的特征基因构建预测胎龄的模型；优选地，所述机器学习方法为bridge模型；优选地，步骤(3)还包括使用10次交叉验证的方法对模型参数进行优化；优选地，步骤(4)包括将特征基因的转录起始位点区域的特征输入预测胎龄的模型，得到胎龄。6.一种用于预测胎龄的系统，其特征在于，所述用于预测胎龄的系统包括：样本分析模块：获取样本每个基因的转录起始位点区域覆盖情况；
筛选特征模块：筛选预测胎龄的特征基因；构建模型模块：构建预测胎龄的模型；计算模块：利用预测胎龄的模型计算胎龄；所述特征基因为权利要求1所述的与胎龄相关的靶标基因组合。7.根据权利要求6所述的用于预测胎龄的系统，其特征在于，所述样本分析模块用于进行包括如下的操作：(1
’
)获取样本的高通量测序原始数...

【专利技术属性】
技术研发人员：乔龙威，邢彦如，王挺，李红，孔令印，朱利平，梁波，陈萍，张春花，吴小娟，
申请(专利权)人：苏州贝康医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：