用于诊断阿尔茨海默病的遗传变体制造技术

本发明专利技术提供了与阿尔茨海默病(AD)相关的遗传标志物，AD的诊断和治疗方法以及用于诊断AD的试剂盒。AD的试剂盒。AD的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于诊断阿尔茨海默病的遗传变体
相关申请
[0001]本申请要求2019年8月29日提交的美国临时专利申请第62/893,502号的优先权，其内容通过引用整体并入本文中用于所有目的。专利技术背景
[0002]脑疾病如神经变性疾病和神经炎性病症是影响大部分人口的破坏性病况。许多是不能治愈的，高度衰弱的，并且经常导致脑结构和功能随时间的渐进性退化。疾病流行也由于世界范围内增长的老龄人口而迅速增加，因为老年人处于发展这些病症的高风险中。目前，由于对这些疾病的病理生理学的了解有限，许多神经变性疾病和神经炎性病症难以诊断。同时，目前的治疗无效，不能满足市场需求；由于人口老龄化，每年的需求显著增加。例如，阿尔茨海默病(AD)的特征是学习和记忆的逐渐但渐进的下降，以及老年人中死亡率的主要原因。AD流行的增加正在推动更好诊断的需要和需求。根据阿尔茨海默病国际组织(Alzheimer's Disease International)，该疾病目前在全球影响了4.68亿人，但是在未来的三十年中，病例的数量预计是三倍。中国是老龄人口增长最快的国家之一。基于人口预测，到2030年，4个个体中的1个将超过60岁，这将在发生AD的风险中占有很大比例。实际上，从1990
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2010年，中国AD病例的数量从370万增加到920万，并且到2050年，国家预计有2250万病例。香港人口也在快速老龄化。在2012年，65+岁的老人数量占人口的14.9％。据估计，到2025年，老年人将占人口的24％，到2050年，老年人将占人口的39.3％。在2009年有103,433例AD病例，但到2039年，该数量预计增加到332,688。
[0003]更令人担忧的是，尽管AD流行在增加，但许多人不能接受正确的AD诊断。根据阿尔茨海默病国际世界阿尔茨海默病报告2015，在高收入国家，仅20
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50％的痴呆病例被记录在初级护理中。其余仍未诊断或诊断不正确。这种“治疗差距”在低收入国家和中收入国家更为显著。在没有正式诊断的情况下，患者不接受他们所需的治疗和护理，他们或他们的看护人也没有资格进行关键的支持计划。早期诊断和早期干预是缩小治疗差距的两个重要手段。因此，既能快速又能准确地确定疾病风险的早期诊断工具在许多水平上具有显著的治疗价值。研究已经证实，AD在记忆丧失或认知衰退的实际症状实际表现之前很久就影响大脑了。然而，到目前为止，还没有早期检测的诊断工具；到患者使用当前可用的方法(其涉及主观的临床评估)被诊断患有AD时，病理症状通常已经处于晚期状态。因此，为了改善AD治疗和长期管理的目的，迫切需要开发新的、有效的早期诊断AD的方法或检测患者中以后增加的发生AD的风险的方法。本专利技术解决了这种和其它相关的需求。本专利技术公开了与遗传变体或其组合的使用相关的组合物，方法和试剂盒，以评估发生阿尔茨海默病(AD)的个体风险。诸如AD的疾病可以与一种或多种遗传变异有关，其中遗传变异的存在可能增加发生AD的风险或指示AD，从而使得能够进行遗传分析作为疾病预测的工具。
[0004]具体地，本专利技术人已经确定血浆和脑脊液(CSF)中的可溶性ST2蛋白(sST2)升高，连同血浆中与sST2蛋白相关的特定新变体的存在，与中国人口中AD风险增加有关。此外，本专利技术人已经证明在AD患者的血液中ST2转录物，嗜酸性粒细胞计数和相关标志物基因表达被改变。本专利技术人进一步鉴定了可以降低血浆sST2水平的药物，其在临床实践中能够减轻
AD。
[0005]通过利用这些发现，本专利技术人开发了通过检测个体基因组DNA序列中的特定变体来确定受试者是否患有AD或处于增加的发生该疾病的风险中的新方法。还开发了基于基因组信息的多基因风险评分系统，其通过包括关于血细胞计数和血浆蛋白水平的信息而进一步优化，以预测AD的相对风险。总之，本专利技术为疾病的临床筛查(例如，诊断，预后)提供了显著的突破。

技术实现思路

[0006]本专利技术涉及与阿尔茨海默病(AD)相关的新的遗传变体的发现。因此，本专利技术提供了用于诊断或治疗AD的方法和组合物。因此，在第一方面，本专利技术提供了通过检测取自受试者的生物样品中表3中的一种或多种遗传变体，例如表3中的至少5、10、15、20或25种或更多种遗传变体的存在来检测受试者中AD的存在或增加的以后发生AD的风险的方法。在一些实施方案中，所述受试者是中国人，例如香港中国人或内地中国人。在一些实施方案中，所述受试者具有AD的家族史，但没有表现出AD的症状。在一些实施方案中，所述受试者没有AD的家族史。在一些实施方案中，所述样品是血液样品，例如全血样品或血细胞样品。在一些实施方案中，所述样品含有来自患者身体的任何部位的细胞或组织，例如唾液、口腔拭子、汗液或尿液。在一些实施方案中，检测步骤包括扩增遗传变体的扩增反应，例如聚合酶链式反应(PCR)，包括逆转录PCR(RT
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PCR)。在一些实施方案中，检测步骤包括基于杂交的方法或基于测序的方法。在一些实施方案中，遗传变体包括以下或由以下组成：rs1921622、rs75687525、rs4499395、rs56238602、rs2140316、rs12052753、rs199977663、rs2141304、rs4103380、rs4703514、rs191531802、rs2300619、rs1229502、rs9886235、rs6587006、rs7047059、rs5006678、rs7849649、rs1907370、rs11615704、rs66994203、rs117523785、rs17641976、rs7208104、rs12600563、rs142226688、rs111246464、rs4583526和rs56242654，或以上的任意组合。在一些实施方案中，所述变体包括rs1921622和rs12052753或由其组成。在一些实施方案中，所要求保护的方法还包括确定受试者的APOE基因型或单倍型的步骤。在一些实施方案中，所要求保护的方法还包括确定血液样品中嗜酸性粒细胞计数的步骤。在一些实施方案中，所述方法还包括确定血液样品中sST2、全长ST2或CCR3表达水平的步骤。在一些实施方案中，所述表达水平是蛋白质水平。在一些实施方案中，其中确定sST2或CCR3表达水平的步骤包括免疫测定或质谱分析。在其它实施方案中，所述表达水平是mRNA水平，其中确定sST2、全长ST2或CCR3表达水平的步骤包括逆转录聚合酶链式反应(RT
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PCR)、原位杂交或基于测序的方法。在一些实施方案中，所要求保护的方法还包括将多基因风险评分(PRS)计算为样品中相应变体对sST2水平的效应大小加权(βi)的基因型剂量之和的步骤，其中n是测试的遗传变体的数量：PRS＝β1snp1+β2snp2+...+βnsnpn。在一些实施方案中，测试的遗传变体的数量是29。在一些实施方案中，所述方法用于确定PRS不大于0的受试者为未患有AD或不具有增加的AD风险，并且PRS大于0的受试者为患有AD或具有增加的AD风险。在一些实施方案中本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.用于检测受试者中阿尔茨海默病(AD)的存在或增加的以后发生AD的风险的方法，其包括检测取自所述受试者的生物样品中表3中的一种或多种遗传变体，优选表3中的至少5种、10种、15种、20种或25种或更多种遗传变体的存在的步骤。2.如权利要求1所述的方法，其中所述受试者是中国人。3.如权利要求2所述的方法，其中所述受试者是香港中国人或内地中国人。4.如权利要求1所述的方法，其中所述受试者具有AD的家族史但没有表现出AD的症状，或者所述受试者没有AD的家族史。5.如权利要求1所述的方法，其中所述样品是血液样品(如全血或血细胞)或细胞(或来自身体任何部位的组织)、唾液、口腔拭子、汗液或尿液。6.如权利要求1所述的方法，其中检测步骤包括扩增所述遗传变体的扩增反应、基于杂交的方法或基于测序的方法。7.如权利要求5所述的方法，其中所述扩增反应是聚合酶链式反应(PCR)，特别是逆转录PCR(RT
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PCR)。8.如权利要求1所述的方法，其中所述变体包括以下或由以下组成：rs1921622、rs75687525、rs4499395、rs56238602、rs2140316、rs12052753、rs199977663、rs2141304、rs4103380、rs4703514、rs191531802、rs2300619、rs1229502、rs9886235、rs6587006、rs7047059、rs5006678、rs7849649、rs1907370、rs11615704、rs66994203、rs117523785、rs17641976、rs7208104、rs12600563、rs142226688、rs111246464、rs4583526和rs56242654。9.如权利要求1所述的方法，其中所述变体包括rs1921622和rs12052753或由rs1921622和rs12052753组成。10.如权利要求1所述的方法，其还包括确定受试者的APOE基因型或单倍型的步骤。11.如权利要求1所述的方法，其还包括确定血液样品中嗜酸性粒细胞计数的步骤。12.如权利要求1所述的方法，其还包括确定血液样品中sST2、全长ST2或CCR3表达水平的步骤。13.如权利要求12所述的方法，其中所述表达水平是蛋白质水平。14.如权利要求13所述的方法，其中确定sST2或CCR3表达水平的步骤包括...

【专利技术属性】
技术研发人员：叶玉如，傅洁瑜，周晓璞，江源冰，陈宇，叶翠芬，
申请(专利权)人：香港科技大学，
类型：发明
国别省市：