人一号和二号染色体上连锁STR基因座复合扩增检测系统及其应用技术方案

本发明专利技术涉及核酸检测的技术领域，尤其涉及一种人一号和二号染色体上连锁STR基因座复合扩增检测系统及其应用。本发明专利技术分别从1号、2号染色体上筛选出有高度多态性的紧密连锁STR基因座，建立2组复合扩增体系。本发明专利技术开发的紧密连锁STR复合扩增检测系统不仅仅适用于亲缘鉴定，还可以将多位点突变的单亲二倍体还是排除亲缘关系区分开来，以及用于染色体异常的产前诊断，市场应用前景广阔。市场应用前景广阔。市场应用前景广阔。

【技术实现步骤摘要】
人一号和二号染色体上连锁STR基因座复合扩增检测系统及其应用


[0001]本专利技术涉及核酸检测的
，尤其涉及一种人一号和二号染色体上连锁STR基因座复合扩增检测系统及其应用。

技术介绍

[0002]亲缘鉴定是法医学鉴定上的难点。无名人员身份识别、失散人员认亲、意外或交通事故死亡人员认领，甚至是大灾难性事件受害人的身源鉴定都会涉及亲缘鉴定。对于一些没有父母参与的亲缘鉴定来说，除了Y染色体和线粒体DNA遗传标记可以排除父系或母系亲缘关系之外，应用常染色体上非连锁的遗传标记时，由于被鉴定的个体之间无法直接观察等位基因的遗传情况，也就无法直接排除亲缘关系，只能通过比较亲属与无关个体共有等位基因的概率来评估亲缘关系。由于STR的遗传背景，表现为很多STR的等位基因频率大于0.125或更高的0.25，此值大于三级亲属具有12.5％或二级亲属有25％相同等位基因的值，因而无法区分三级亲缘关系或无关个体关系，亲缘关系在二级或三级亲属的鉴定上遇上了瓶颈。显然，用常染色体非连锁的STR只是对一级亲属(全同胞)鉴定有较好的效果，而无法将二级亲属、三级亲属或是无关个体区分开，故无法进行亲缘关系鉴别。
[0003]人类基因组中，存在着一类紧密连锁的STR基因座，连锁的STR构成单体型(haplotye)从亲代遗传给后代，紧密连锁STR单体型具有高度多态性。在无关个体之间具有相同单体型的概率非常小，可克服常规非连锁STR多态性不高和遗传背景的干扰，突破目前不能鉴定二级以上亲缘关系和区别不同亲缘关系的难题。如果某紧密连锁STR组单体型的多态性是无限地高，那么无关个体之间具有相同单体型的概率就会非常小，只有具有亲缘关系的个体才会有相同的单体型，这样就能将有亲缘关系和没有亲缘关系的个体区分开来。
[0004]然而，除X染色体STR基因座外，现有的应用于法医学鉴定STR试剂盒都不是紧密连锁的STR，能够应用于实际亲缘鉴定的紧密连锁STR复合扩增体系迄今国内外仍未有报道。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于克服现有技术的不足，提供一种人一号和二号染色体上连锁STR基因座复合扩增检测系统及其应用。
[0006]本专利技术从一号和二号染色体上筛选出有高度多态性的紧密连锁STR基因座，建立复合扩增体系。本专利技术开发的紧密连锁STR复合扩增体系不仅仅适用于亲缘鉴定，还可以将多位点突变的单亲二倍体还是排除亲缘关系区分开来。以及用于染色体异常的产前诊断，市场应用前景广阔。
[0007]为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案为：提供一种人一号和二号染色体上紧密连锁的28个基因座复合扩增检测系统，包括体系Ⅰ用于扩增位于1号染色体上15个基因座和体系Ⅱ用于扩增位于2号染色体上13个基因座。
[0008]所述位于1号染色体上15个基因座分别为：D1S3721、D1S2130、D1S3467、D1S3724、D1S1631、GATA133A08、D1S1642、D1S518、D1S3731、D1S3468、D1S1670、D1S1656、D1S3462、D1S1634和D1S1609；
[0009]所述位于2号染色体上13个基因座分别为：D2S2696、D2S410、D2S437、D2S2970、D2S1339、D2S1399、D2S2987、D2S1391、D2S1361、D2S1371、D2S434、D2S1338、D2S427。
[0010]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，所述引物的序列如SEQ ID NO：1
‑
56所示。
[0011]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，每个基因座对应的引物中至少有一个引物的5
’
端进行荧光标记。
[0012]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，所述引物分别用FAM、HEX、TAM或ROX荧光素标记。
[0013]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，体系1用于扩增位于1号染色体上15个基因座的引物分别采用如下荧光素标记：FAM荧光素标记GATA133A08、D1S1634、D1S3731和D1S3468；HEX荧光素标记D1S1656、D1S1609、D1S3462和D1S1670；TAMRA荧光素标记D1S3724、D1S3721、D1S1642和D1S3467；ROX荧光素标记D1S1631、D1S518和D1S2130。
[0014]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，体系Ⅱ用于扩增位于2号染色体上13个基因座的引物分别采用如下荧光素标记：FAM荧光素标记：D2S2978、D2S410、D2S437和D2S1339；HEX荧光素标记D2S1399、D2S2970和D2S2696；TAMRA荧光素标记D2S1391、D2S1361和D2S427；ROX荧光素标记D2S1371、D2S1338和D2S434。
[0015]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，所述28个基因座共9个连锁群；
[0016]其中所述1号染色体上15个基因座可以组建5个连锁群：Ⅰ：D1S3721
‑
D1S2130；Ⅱ：D1S3467
‑
D1S3724；Ⅲ：D1S1631
‑
GATA133A08；Ⅳ：D1S1642
‑
D1S518
‑
D1S3731
‑
D1S3468；
Ⅴ
：D1S1670
‑
D1S1656
‑
D1S3462
‑
D1S1634
‑
D1S1609；
[0017]所述2号染色体上13个基因座可以组建4个连锁群：Ⅰ：D2S2696
‑
D2S410
‑
D2S437
‑
D2S2970；Ⅱ：D2S1339
‑
D2S1399；Ⅲ：D2S2978
‑
D2S1391
‑
D2S1361；Ⅳ：D2S1371
‑
D2S434
‑
D2S1338
‑
D2S427。
[0018]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，所述扩增的体系为：PCR反应缓冲液5μl，引物混合物3μl或4μl(体系1：4μl；体系Ⅱ：3μl)，DNA聚合酶1μl，模板DNA 2μl，加消毒水至15μl。
[0019]作为本专利技术所述检测系统的优选实施方式，所述扩增的程序为：95℃11min；95℃15sec，60℃15sec，30个循环；60℃5min。
[0020]本专利技术还提供所述检测系统在亲子鉴定或亲缘鉴定中的应用。
[0021]本专利技术的有益效果：
[0022](1)本专利技术提供一种适合于中国人群的，可以快速、方便针对非紧密连锁的常染色体STR、Y
‑
STR、X
‑
STR无法将二级亲属、三级亲属或是无关个体区分开，故无法进行隔本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种人一号和二号染色体上紧密连锁的28个基因座复合扩增检测系统，其特征在于，包括体系Ⅰ用于扩增位于1号染色体上15个基因座和体系Ⅱ用于扩增位于2号染色体上13个基因座；所述位于1号染色体上15个基因座分别为：D1S3721、D1S2130、D1S3467、D1S3724、D1S1631、GATA133A08、D1S1642、D1S518、D1S3731、D1S3468、D1S1670、D1S1656、D1S3462、D1S1634和D1S1609；所述位于2号染色体上13个基因座分别为：D2S2696、D2S410、D2S437、D2S2970、D2S1339、D2S1399、D2S2987、D2S1391、D2S1361、D2S1371、D2S434、D2S1338、D2S427。2.根据权利要求1所述的检测系统，其特征在于，所述引物的序列如SEQ ID NO：1
‑
56所示。3.根据权利要求1所述的检测系统，其特征在于，每个基因座对应的引物中至少有一个引物的5
’
端进行荧光标记。4.根据权利要求3所述的检测系统，其特征在于，所述引物分别用FAM、HEX、TAM或ROX荧光素标记。5.根据权利要求4所述的检测系统，其特征在于，体系Ⅰ用于扩增位于1号染色体上15个基因座的引物分别采用如下荧光素标记：FAM荧光素标记GATA133A08、D1S1634、D1S3731和D1S3468；HEX荧光素标记D1S1656、D1S1609、D1S3462和D1S1670；TAMRA荧光素标记D1S3724、D1S3721、D1S1642和D1S3467；ROX荧光素标记D1S1631、D1S518和D1S2130。6.根据权利要求4所述的检测系统，其特征在于，体系Ⅱ用于扩增位于2号染色体上13个基因座的引物分别采用如下荧光素标记：FAM荧光素标记：D2S2978、D2S410、D2S437和D2S1339；HEX荧光素标记D2S1399、D2S2970和D2S2696；TAMRA荧光素标记D2S1391、D2S1361和D2S427；ROX...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘秋玲，吕德坚，赵虎，杨建广，黄斌，
申请(专利权)人：中山大学，
类型：发明
国别省市：