一种与鸭产蛋数相关的单倍型分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种与鸭产蛋数相关的单倍型分子标记及其应用，属于分子遗传学领域，该单倍型分子标记包括SNP1

【技术实现步骤摘要】
一种与鸭产蛋数相关的单倍型分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及分子遗传学领域，特别是涉及一种与鸭产蛋数相关的单倍型分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]鸭是最重要的农业禽畜动物之一。鸭肉和鸭蛋为人类提供了重要的动物蛋白来源，同时由于人们健康观念的改善，以猪牛羊为代表的红肉消费需求趋于稳定，而以鸭蛋消费需求在稳步提升。因此，加快优质蛋鸭品种的遗传改良具有重大的经济效益。
[0003]SNP作为遗传标记已经广泛地应用于基因定位、克隆、遗传育种以及遗传多样性等研究领域。然而，受到不同实验群体地遗传背景差异，奠基者效应，多基因互作效应，基因
‑
环境互作效应，不完全选择/平衡选择效应，遗传标记数量地限制以及连锁不平衡等因素地干扰，导致目前蛋鸭分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著地分子标记。因此，挖掘在中外群体中通用的、效应巨大的、准确的分子标记是当前的研究重点。
[0004]瞬时受体电位离子通道3(TRPM3)是瞬时受体电位离子通道(TRP)阳离子通道家族中的一员，可介导钙离子、镁离子、锌离子等进入细胞。已有研究表明，与正常卵巢组织比较，TRPM3在上皮性卵巢癌组织中表达明显增高。在对不同产蛋水平鸭的卵巢组织中TRPM3基因表达的检测中发现，在高产蛋组的TRPM3的表达量高于低产蛋组。提示TRPM3在调节鸭的产蛋中发挥重要作用。但该基因突变与之间的关系尚未见报道。如果能够找到与鸭产蛋数性状相关的SNP分子标记，将极大促进鸭的遗传改良，为家禽育种领域带来突破性进展。
专利
技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是提供一种与鸭产蛋数相关的单倍型分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该分子标记能够为鸭早期产蛋性状检测提供一种快速、简便、价格低廉的基因分析方法，有利于筛选出高产蛋性状的蛋鸭个体，指导蛋鸭早期的分子标记辅助选育。
[0006]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
[0007]本专利技术提供一种与鸭产蛋性能相关的单倍型分子标记，包括SNP1
‑
SNP5共5个SNP位点；
[0008]其中，SNP1所在基因位置为SEQ ID NO.1所示序列的171bp，该处碱基为G或A；
[0009]SNP2所在基因位置为SEQ ID NO.2所示序列的53bp，该处碱基为A或G；
[0010]SNP3所在基因位置为SEQ ID NO.3所示序列的102bp，该处碱基为C或T；
[0011]SNP4所在基因位置为SEQ ID NO.4所示序列的80bp，该处碱基为G或A；
[0012]SNP5所在基因位置为SEQ ID NO.5所示序列的70bp，该处碱基为A或C。
[0013]进一步地，当所述单倍型分子标记按SNP1
‑
SNP5依次为GACGA纯合基因型时，对应的鸭具有高产蛋性状；当所述单倍型分子标记按SNP1
‑
SNP5依次为AGTAC纯合基因型时，对应的鸭具有低产蛋性状。
[0014]本专利技术还提供一种用于扩增如上所述的与鸭产蛋性状相关的单倍型分子标记的引物组合，包括用于扩增SNP1
‑
SNP5的5对引物，引物序列为：
[0015]SNP1：
[0016]上游引物序列1：5
’‑
cacactagttcattgtgagtacag
‑3’
，
[0017]下游引物序列1：5
’‑
attttgtttacttgaggactggtc
‑3’
，
[0018]SNP2：
[0019]上游引物序列2：5
’‑
tatccattcatagctactgaaggc
‑3’
，
[0020]下游引物序列2：5
’‑
cgatatcttagcacagctgttaag
‑3’
，
[0021]SNP3：
[0022]上游引物序列3：5
’‑
agagtaggtcattgcaattcattg
‑3’
，
[0023]上游引物序列3：5
’‑
tttgtcagataactcaaacaccag
‑3’
，
[0024]SNP4：
[0025]上游引物序列4：5
’‑
aaagacctttttaaagttcccctc
‑3’
，
[0026]下游引物序列4：5
’‑
tatctctgctaccccttttaagtc
‑3’
，
[0027]SNP5：
[0028]上游引物序列5：5
’‑
tattccacctgaattgctaacaag
‑3’
，
[0029]上游引物序列5：5
’‑
catcattaaattccttgacactgc
‑3’
。
[0030]本专利技术还提供一种含有如上所述引物组合的检测试剂或试剂盒。
[0031]本专利技术还提供一种如上所述的单倍型分子标记、如上所述的引物组合或如上所述的检测试剂或试剂盒在鉴定及早期筛选鸭产蛋性状中的应用。
[0032]本专利技术还提供一种利用如上所述的单倍型分子标记鉴定或早期预测鸭产蛋性状的方法，包括以下步骤：
[0033]1)提取待测鸭的基因组DNA；
[0034]2)以待测鸭的基因组DNA为模板，设计用于扩增如上所述单倍型分子标记的引物组合，进行PCR扩增反应；
[0035]3)分析PCR扩增产物。
[0036]进一步地，步骤2)中所用引物组合为如上所述引物组合。
[0037]本专利技术还提供一种如上所述的单倍型分子标记、如上所述的引物组合或如上所述的检测试剂或试剂盒在鸭分子标记辅助育种中的应用。
[0038]本专利技术公开了以下技术效果：
[0039]本专利技术公开了与鸭产蛋数相关的单倍型分子标记及其应用。从母鸭基因组中扩增性染色体Z号染色体，测序获得与鸭产蛋数相关的TRPM3基因5个SNP，涉及5段产蛋数相关的基因片段，其核苷酸序列分别如序列表SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5所示，分子标记为SEQ ID NO.1第171bp处发生G171A的碱基突变，SEQ ID NO.2的第53bp处发生A53G的碱基突变，SEQ ID NO.3的第102bp处发生C102T的碱基突变,SEQ ID NO.4的第80bp处发生G80A的碱基突变，SEQ ID NO.5第70bp处发生A70C的碱基突变。本专利技术获得的SNPs和单倍型可作为鸭产蛋数早期分子标记，用于鸭产蛋数的早期辅助选育。
[0040]本专利技术提供的与鸭产蛋性状相关的单倍型分子标记，用于区别高产蛋鸭个体和本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与鸭产蛋性能相关的单倍型分子标记，其特征在于，包括SNP1
‑
SNP5共5个SNP位点；其中，SNP1所在基因位置为SEQ ID NO.1所示序列的171bp，该处碱基为G或A；SNP2所在基因位置为SEQ ID NO.2所示序列的53bp，该处碱基为A或G；SNP3所在基因位置为SEQ ID NO.3所示序列的102bp，该处碱基为C或T；SNP4所在基因位置为SEQ ID NO.4所示序列的80bp，该处碱基为G或A；SNP5所在基因位置为SEQ ID NO.5所示序列的70bp，该处碱基为A或C。2.根据权利要求1所述的单倍型分子标记，其特征在于，当所述单倍型分子标记按SNP1
‑
SNP5依次为GACGA纯合基因型时，对应的鸭具有高产蛋性状；当所述单倍型分子标记按SNP1
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SNP5依次为AGTAC纯合基因型时，对应的鸭具有低产蛋性状。3.用于扩增权利要求1或2所述的与鸭产蛋性状相关的单倍型分子标记的引物组合，其特征在于，包括用于扩增SNP1
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SNP5的5对引物，引物序列为：SNP1：上游引物序列1：5
’‑
cacactagttcattgtgagtacag
‑3’
，下游引物序列1：5
’‑
attttgtttacttgaggactggtc
‑3’
，SNP2：上游引物序列2：5
’‑
tatccattcatagctactgaaggc
‑3’
，下游引物序列2：5
’‑
cgatatcttagcacagctgttaag
‑3...

【专利技术属性】
技术研发人员：朱春红，陶志云，刘宏祥，李慧芳，施祖灏，徐文娟，宋卫涛，章双杰，王志成，
申请(专利权)人：江苏省家禽科学研究所，
类型：发明
国别省市：