基于无参转录组测序来确定差异基因通路的方法及系统技术方案

本发明专利技术公开了一种基于无参转录组测序来确定差异基因通路的方法及系统，其中方法包括：获取包括多个基因差异的差异基因列表，并且获取预先生成的去除重复基因序列的基因序列文件；对所述基因序列文件进行解析以确定多个基因序列，为所述多个基因序列中的每个基因进行通路注释，从而生成经过注释的基因序列文件；根据经过注释的基因序列文件中每个基因的通路注释，为所述差异基因列表中的每个基因数据项添加注释信息；以及对所述差异基因列表中每个基因数据项的注释信息进行富集处理，以获得经过富集的多个基因通路，从经过富集的多个基因通路选择多个目标基因通路，将每个目标基因通路作为差异基因通路从而获得多个差异基因通路。因通路。因通路。

【技术实现步骤摘要】
基于无参转录组测序来确定差异基因通路的方法及系统


[0001]本专利技术涉及生物信息分析
，并且更具体地，涉及基于无参转录组测序来确定差异基因通路的方法及系统。

技术介绍

[0002]转录组测序技术是指已知特定生物样品的状态下，针对细胞所转录出的信使核糖核酸mRNA进行测序，并比较样品间的基因差异表达。无参转录组分析指针对还没有获得可靠参考基因组的物种所进行的转录组分析。在分析过程中，最重要的就是差异基因的通路分析，包括：通路的注释、富集以及绘图。
[0003]京都基因与基因组百科全书(KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库(https://www.kegg.jp/)是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。KEGG数据库通常被用作基因的通路注释。在获得差异表达的基因后，往往需要通过比对KEGG数据库，使差异表达的基因富集于不同的通路中。结果的展示需要在KEGG通路图中使用不同的颜色来标注差异变化基因，从而方便对结果的解读。
[0004]在现有的方法中，KEG本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于无参转录组测序来确定差异基因通路的方法，所述方法包括：对来自未确定参考基因组的物种样品的差异基因进行转录组分析，以获取包括多个基因差异的差异基因列表，并且获取预先生成的去除重复基因序列的基因序列文件；对所述基因序列文件进行解析以确定多个基因序列，为所述多个基因序列中的每个基因进行通路注释，从而生成经过注释的基因序列文件；根据经过注释的基因序列文件中每个基因的通路注释，为所述差异基因列表中的每个基因数据项添加注释信息；以及对所述差异基因列表中每个基因数据项的注释信息进行富集处理，以获得经过富集的多个基因通路，从经过富集的多个基因通路选择多个目标基因通路，将每个目标基因通路作为差异基因通路从而获得多个差异基因通路。2.根据权利要求1所述的方法，所述基因序列文件的格式为基于文本的并且用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。3.根据权利要求1所述的方法，其中为所述多个基因序列中的每个基因进行通路注释包括：为所述多个基因序列中的每个基因确定基因标识编号和基因通路编号，以实现对每个基因进行通路注释。4.根据权利要求1所述的方法，还包括，在差异基因列表中的所有基因数据项中去除重复的基因数据项。5.根据权利要求1所述的方法，还包括，在经过注释的基因序列文件中的所有基因序列去除重复的基因序列。6.一种基于无参转录组测序来确定差异基因通路的系统...

【专利技术属性】
技术研发人员：田振阳，王苹，
申请(专利权)人：天津现代创新中药科技有限公司，
类型：发明
国别省市：