与长江刀鲚生长相关的SNP分子标记及其检测引物和应用制造技术

本发明专利技术涉及鱼类分子育种技术领域，具体是一种与长江刀鲚生长相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述序列的第1882个位点，其碱基为A或C。所述SNP分子标记(g.1882A>C)的CC基因型个体的体长、体高和体重性状显著地大于AA基因型和AC基因型的个体。本发明专利技术还提供用于检测所述SNP分子标记的引物，及所述SNP分子标记和引物在长江刀鲚快速生长品种选育中的应用。江刀鲚快速生长品种选育中的应用。

【技术实现步骤摘要】
与长江刀鲚生长相关的SNP分子标记及其检测引物和应用


[0001]本专利技术涉及鱼类分子育种
，具体地说，是一种与长江刀鲚生长相关的SNP分子标记及其检测引物和应用。

技术介绍

[0002]刀鲚(Coilia ectenes)，俗称刀鱼、毛刀鱼，在分类学上隶属于鲱形目(Clupeiformes)、鳀科(Engraulidae)、鲚属(Coilia)，在我国各大水系均能发现其踪迹，其中以长江流域最负盛名，因其鱼体丰腴肥满，肉质细嫩鲜美，曾与鲥鱼、河豚并称为“长江三鲜”，深受消费者的青睐。历史上，我国刀鲚的种质资源极为丰富，然而，近年来，由于酷捕滥渔，水域环境的污染、水文条件的改变、生态环境的恶化及海岸工程建设等诸多因素，其自然种质资源急剧衰退，每年的产量波动很大，且呈现出逐年降低且个体日趋小型化的趋势，甚至不能形成优势种群，其自然种质资源岌岌可危。伴随着长江“十年禁捕”政策的实施和长江刀鲚人工繁育技术的日趋成熟，其养殖群体的需求和养殖规模亦日趋增加，然而目前养殖群体中存在个体间差异大、生长速度缓慢以及商品鱼规格小等诸多问题，严重影响了刀鲚养殖产业的推广和养殖效益。因此，对长江刀鲚生长性状进行遗传改良，早日培育出长江刀鲚快长新品系是促进其养殖业健康可持续发展的重要举措。
[0003]生长性状作为水产动物优良品种培育过程中重要的参考指标，往往受到多种环境因素和遗传因素的共同影响，其中遗传因素往往能够反应出不同个体/群体种质差异，这亦是我们进行分子标记辅助育种的重要基础。分子标记辅助育种(molecular marker
‑
assisted breeding,MAS)是利用分子标记与目标性状基因紧密连锁的特点，借助分子标记对具有性状优势的等位基因或基因型的个体进行分子水平上的辅助选择育种，是分子生物学和遗传育种学有机结合的新品种选育技术。开展DNA水平的标记辅助良种选育，不仅提高了选择的准确性，降低了育种成本，而且加快了良种的选育进程，特别是繁育周期比较长水产经济动物的良种选育。鉴于目前长江刀鲚分子标记辅助育种尚处于初始阶段，仍然需要筛选获得更多与生长性状相关的重要SNP标记，以应用于长江刀鲚快长品系的分子标记辅助育种实践。
[0004]生长激素释放激素(growth hormone
‑
releasing hormone，GHRH)是由脊椎动物下丘脑分泌的一种多肽蛋白类物质，能够刺激动物脑垂体细胞分泌生长激素(growth hormone，GH)，促进动物细胞的增殖和分化，具有免疫、发育、生长及代谢调控等诸多生物学功能。禽畜类GHRH基因的启动子区域、编码区域及非翻译区均存在与其生长速度、品质及脂肪含量等性状密切相关的单核苷酸多态性位点(single nucleotides polymorphisms，SNPs)，是往往被作为禽畜类良种选育的重要候选基因。在水产动物中，GHRH基因的多态性与水产动物的生长性状存在显著相关性，研究表明，北极红点鲑GHRH基因第四内含子区域、半滑舌鳎GHRH基因第三内含子区域、草鱼GHRH基因、斑点叉尾鮰GHRH基因及红鳍东方鲀GHRH上均鉴定到了与其生长性状显著相关的SNP标记，用于相应水产动物的分子标记辅助育种实践。而养殖长江刀鲚GHRH基因与生长性状的相关性研究暂未见相关报道，亟需进行
相关研究，以加速长江刀鲚快长品系的育种进程。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种与长江刀鲚生长性状相关的SNP分子标记、及其检测引物和应用，即找到对养殖长江刀鲚生长性状起重要调控作用的GHRH基因上与长江刀鲚体长、体高和体重性状显著相关的SNP分子标记，并用于养殖长江刀鲚快长品系的选育。
[0006]本专利技术的第一方面，提供一种与长江刀鲚生长相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述序列的第1882个位点，其碱基为A或C。
[0007]所述序列的第1882个位点隶属于长江刀鲚GHRH基因的第二内含子区域，其第1882个位点的碱基突变类型为由A突变为C，即SNP分子标记g.1882A>C。
[0008]进一步的，所述SNP分子标记(g.1882A>C)的CC基因型个体的体长、体高和体重性状显著大于AA基因型和AC基因型的个体(P<0.05)。即g.1882A>C位点为CC基因型的个体具有快速生长的潜力。
[0009]本专利技术的第二方面，提供一种用于检测如上所述SNP分子标记的引物，包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的正向引物和反向引物：
[0010]正向引物：5
’‑
CATCTGAGACAGGAAGAGTTGTAT
‑3’
(SEQ ID NO.2)；
[0011]反向引物：5
’‑
TATCAGTGATGTGCAGCGTTAC
‑3’
(SEQ ID NO.3)。
[0012]进一步的，所述引物还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的延伸引物：
[0013]延伸引物：5
’‑
ctgactgactgactgactgactAGTCTAGACAAGCCATTTCTTTTA
‑3’
(SEQ ID NO.4)。
[0014]进一步的，所述引物是基于SnaPshot基因分型技术检测SNP分子标记的引物。
[0015]本专利技术的第三方面，提供一种如上所述SNP分子标记在长江刀鲚快速生长品种选育中的应用。
[0016]本专利技术的第四方面，提供一种用于检测如上所述SNP分子标记的引物在长江刀鲚快速生长品种选育中的应用。
[0017]本专利技术的第五方面，提供一种长江刀鲚快速生长品种的选育方法，是筛选具有如上所述SNP分子标记(g.1882A>C)CC基因型的长江刀鲚作为繁育亲本。
[0018]进一步的，所述的方法基于SnaPshot基因分型技术。
[0019]更进一步的，所述的方法包括以下步骤：
[0020](a)提取长江刀鲚待检测样品的基因组DNA；
[0021](b)以步骤(a)获得的基因组DNA为模板，利用如上所述的引物进行PCR扩增；
[0022](c)利用SnaPshot技术检测步骤(b)获得的PCR扩增产物在所述SNP位点的基因型，确定待测个体是否具有快速生长的潜力，即筛选所述SNP分子标记(g.1882A>C)为CC基因型的个体。
[0023]与现有技术相比，本专利技术的有益效果在于：
[0024]本专利技术提供的长江刀鲚快速生长相关的SNP分子标记g.1882A>C，不仅能够在长江刀鲚一龄的时候快速获得稳定的、生长性状突出的长江刀鲚候选亲本，及时进行营养强化培育，而且能够不受长江刀鲚生长阶段、性别等的限制，可以用于长江刀鲚的早期选育，降低本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种与长江刀鲚生长相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述序列的第1882个位点，其碱基为A或C。2.一种用于检测如权利要求1所述SNP分子标记的引物，其特征在于，包括核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的正向引物和反向引物。3.根据权利要求2所述引物，其特征在于，所述引物还包括核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的延伸引物。4.一种如权利要求1所述SNP分子标记在长江刀鲚快速生长品种选育中的应用。5.一种如权利要求2或3所述引物在长江刀鲚快速生...

【专利技术属性】
技术研发人员：于爱清，施永海，徐嘉波，刘永士，严银龙，
申请(专利权)人：上海市水产研究所上海市水产技术推广站，
类型：发明
国别省市：