KEGGPathwaymap组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质技术方案

本申请提供KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质，本发明专利技术通过对KEGG Pathway Map中元素的填充色、边框和单词(或数字)进行颜色映射的方式同时批量展示单一或多组学元素的变化水平、表达水平、显著水平、各种修饰水平(如甲基化水平)或突变频率等信息；同时依据html规则与JavaScript脚本以网页版的形式交互式地突出展现某个组学、维度信息。本发明专利技术可以同时批量、交互式、清晰具体地在KEGG Pathway Map展示各组学、维度信息。息。息。

【技术实现步骤摘要】
KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质


[0001]本申请涉及生物信息及交互展示
，特别是涉及KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法、系统、终端、介质。

技术介绍

[0002]Kanehisa实验室于1995年开发了KEGG数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书))。它拥有多个子数据库，包含基因组，生化反应，生化物质，疾病与药物，以及最常用PATHWAY通路信息。
[0003]在所有子数据库中最重要也是最常用的就是KEGG PATHWAY，它包括大量由科研人员根据已有研究文献，通过手动绘制的KEGG通路图，代表着代谢过程，环境信息过程，细胞过程，生物系统，人类疾病和药物开发。常规的生信分析中，比如转录组差异分析中，通常在KEGG Pathway Map将上调基因标记为红色，将下调基因标记为绿色。但这样只能展示基因的上下调情况，无法展示具体差异变化情况。另一方面，无法同时清楚的展示显著性的具体变化情本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法，其特征在于，包括：根据已知的目标组学在多个维度上的取值情况构建各维度的阈值范围，并将所述目标组学在各维度上的值转换为对应的颜色代码；根据所述颜色代码，将各组学各维度的颜色映射图例组合绘制为原始图片；基于KGML文件信息解析所述pathway通路图，以获取各所述目标组学的坐标信息；根据所述目标组学的坐标信息以及各目标组学所对应的颜色代码，在未进行着色修改的所述原始图片上选择感兴趣的组学和感兴趣的维度进行着色修改后展示。2.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法，其特征在于，所述目标组学的多个维度包括：表达水平、表达变化水平、显著性、甲基化程度、突变频率、磷酸化或泛素化水平、拷贝数变化、其他基因蛋白代谢修饰水平。3.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法，其特征在于，所述目标组学在多个维度上的取值情况包括：连续值的变化情况和/或离散值的逻辑值分布情况；其中，连续值的变化情况主要由上下限制及中间的各阈值来表示，是指二色渐变或多色渐变的各阈值。4.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法，其特征在于，绘制所述pathway通路图的方式包括：先根据各组学的各维度的阈值范围生成颜色渐变区域，再将各目标组学在各维度上的颜色标尺绘制于对应颜色渐变区域中的对应位置；其中，所述pathway通路图包括设有上下限值的二色渐变区域、设有上下限及中值的三色渐变区域、设有上下限及多个中间阈值的多色渐变区域。5.根据权利要求1所述KEGG Pathway map组学维度信息的交互式展示方法，其特征在于，所述目标组学的坐标信息包括方框坐标信息、圆坐标信息、线条坐标信息；其中，所述坐标信息还包括：目标组学所展示的方框或圆的区域内的坐标信息、边框坐标信息、区域内单词或数字的坐标信息；以及包括：目标组学所展示的线条的坐标以及计算出的线条外框线坐标；以及包括：将方框、圆或线条进行尺寸或粗...

【专利技术属性】
技术研发人员：产天龙，徐祎春，韩峻松，袁箐，赵英楠，
申请(专利权)人：上海生物芯片有限公司，
类型：发明
国别省市：