一种SWI/SNF基因改变在辅助诊断和预后脊索瘤中的应用制造技术

本发明专利技术涉及一种SWI/SNF基因改变在辅助诊断和预后脊索瘤中的应用。SWI/SNF基因改变可以作为预测脊索瘤患者特异性生存期(CSS)和无复发生存期(RFS)的生物标志物。本发明专利技术的结果揭示了SWI/SNF基因改变作为脊索瘤预后标志物的广泛意义。义。

【技术实现步骤摘要】
一种SWI/SNF基因改变在辅助诊断和预后脊索瘤中的应用


[0001]本专利技术涉及脊索瘤辅助诊断领域，尤其涉及在颅底脊索瘤辅助诊断和预后中的应用。

技术介绍

[0002]脊索瘤是一种罕见的癌性肿瘤，每年约有百万分之一的人发生。脊索瘤占影响大脑和脊髓的肿瘤不到1％。脊索瘤可发生在脊柱的任何部位，从头骨的底部到尾骨。脊索瘤生长缓慢，逐渐延伸到骨骼和周围的软组织中。它们通常在治疗后复发，在大约40％的病例中，癌症扩散(转移)至身体的其他部位，例如肺部。
[0003]所有脊索瘤的大约一半发生在脊柱(骶骨)的底部，约三分之一发生在颅骨(枕骨)的底部，其余的发生在颈椎(颈部)、胸椎(上背部)或腰椎(下背部)的脊椎骨。随着脊索瘤的生长，它给大脑或脊髓的相邻区域施加压力，导致该疾病的体征和症状。脊椎任何地方的脊索瘤都可能导致背部、手臂或腿部疼痛、无力或麻木。颅底的脊索瘤(枕脊索瘤)可能导致复视和头痛。尾骨中发生的脊索瘤(尾骨脊索瘤)可能导致肿块大到足以通过皮肤感觉到，并可能引起膀胱或肠功能问题。
[0004]脊索瘤通常发生在40至70岁之间的成年人中。儿童中约有5％的脊索瘤被诊断出。由于不清楚的原因，男性受到的影响大约是女性的两倍。根据美国流行病监测与最终治疗结果(SEER)数据，脊索瘤的发病率会因性别和种族而异，但是，对引起脊索瘤的病因学知之甚少。迄今为止，T基因的胚系重复编码被认为是家族性脊索瘤的主要易感机制，该基因编码Brachyury蛋白，该蛋白是一种在胚胎发育中起重要作用的转录因子。T基因中常见的遗传多态性与家族性和散发性脊索瘤患病风险增加相关。
[0005]脊索瘤被认为生长缓慢，但是复发率很高，尤其是在颅底脊索瘤患者中，主要是由于肿瘤切除不完全所致。颅底脊索瘤的临床进展极为不同，目前尚无经过验证的临床或分子预后评估指标。颅底肿瘤的治疗通常包括有或没有辅助放疗的手术。化学疗法或其他系统性疗法对治疗脊索瘤不够有效。尽管已经确定了几种潜在的药物治疗的分子靶标，并且一些正在临床试验中进行评估，但对脊索瘤患者尤其是肿瘤进展期的患者的治疗选择仍然有限。
[0006]脊索瘤的基因组分析研究并不多。迄今为止，最大的测序分析包括104例骶骨脊索瘤患者，但仅对11个肿瘤进行了全基因组测序。这项研究的结果表明T扩增、CDKN2A纯合缺失以及SWI/SNF染色质重塑复合物基因(PBRM1，SETD2，ARID1A)和PI3K信号通路的突变是骶骨脊索瘤中最常见的基因组改变事件。受样本数量少的限制，该研究未对驱动基因突变、结构变异和突变标识进行检测。而颅底脊索瘤与骶骨脊索瘤相比更早发病，其是否与类似的基因组改变有关，同样尚不清楚。此外，这些基因组改变事件与肿瘤临床特征的相关性在很大程度上是未知的。
[0007]因此，迫切需要对脊索瘤中的分子过程有更好的了解，以开发预后预测工具以及发现新的药物治疗靶标。

技术实现思路

[0008]为了解决现有技术的不足，本专利技术的目的在于筛选出脊索瘤易感的SWI/SNF基因组变异作为分子诊断标记物，并研制相应的诊断试剂盒，进行脊索瘤诊断或者提供其预后。
[0009]具体来说，本专利技术提出了如下技术方案：
[0010]在一方面，本专利技术提供了一种检测SWI/SNF基因改变的产品在制备用于辅助诊断脊索瘤的试剂或试剂盒中的用途。
[0011]在一方面，本专利技术提供了一种检测SWI/SNF基因改变的产品在制备用于预测脊索瘤患者的生存期的试剂或试剂盒中的用途。
[0012]在一方面，本专利技术提供了一种辅助诊断脊索瘤的试剂或试剂盒或预测脊索瘤患者的生存期的试剂或试剂盒，所述试剂或试剂盒包含检测所述SWI/SNF基因突变的试剂；和/或所述试剂或试剂盒包含检测所述SWI/SNF基因结构变异的试剂。
附图说明
[0013]图1示出了颅底脊索瘤的基因组驱动基因图谱。其中，顶部条形图显示每个肿瘤的非同义突变的数量。上部的基因面板显示潜在的脊索瘤驱动基因中的非同义突变。中间的基因面板显示在本研究中检测的已知的肿瘤驱动基因中的非同义突变。其中，SNV：单核苷酸变异；INDEL：碱基插入或缺失；SV：结构变异；HOMO DEL：纯合性缺失；AMP：扩增；Germline DUP：胚系重复。底部的图显示肿瘤是否复发(非复发：灰色；复发：红色)、年龄(年轻至年老：蓝色至黄色)、性别(女性：红色；男性：蓝色)。
[0014]图2示出了SWI/SNF基因改变概况，其中，图2A显示在PBRM1基因(5例患者)和SETD2基因(2例患者)中发现了非同义突变。每个圆点表示一个单独的突变，圆点下方线条的长度反映带有该突变的样本的数量。带有颜色的方块代表蛋白质中的功能域。虚线代表一个位于非编码区域的剪接突变。图2B显示在PBRM1基因(5例患者)和SETD2基因(1例患者)中发现了基因结构变异。不同的颜色代表不同的结构变异类型。
[0015]图3示出了GISTIC分析鉴定局灶性体细胞拷贝数变异区域，其中，图3A显示染色体局灶性扩增的区域，图3B显示染色体缺失的区域。
[0016]图4示出了与脊索瘤特异性生存期(CSS)和无复发生存期(RFS)相关的基因组改变，其中示出了脊索瘤患者的脊索瘤特异性生存期(上半部分)和无复发生存期(下半部分)与SWI/SNF基因状态的相关性分析。P值、风险率(HRs)和95％置信区间(CIs)通过Cox风险比例模型计算所得，并校正了年龄、性别、术前和术后放疗等影响因素。“+”代表患者携带该基因组变异。
具体实施方式
[0017]为了使本
的人员更好地理解本专利技术方案，下面将结合本专利技术附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0018]除非另外定义，否则本文所用的所有科学技术术语的含义与本专利技术所属领域的一般技术人员通常所了解的含义相同。虽然与本文中所述的方法和材料类似或等同的任何方
法和材料都可以用于本专利技术实践或测试中，但是描述了优选方法和材料。为了本专利技术的目的，以下术语定义如下。
[0019]术语“脊索瘤”指起源于胚胎残余脊索组织的罕见低度恶性原发肿瘤。
[0020]术语“经典型脊索瘤”指病理上肿瘤组织被纤维组织分隔成大小不等、境界清楚或不清的团块，团块周边肿瘤细胞体积较小，呈巢状或条索状排列，团块中央区肿瘤细胞体积明显增大，胞浆内有大小不等的空泡，形成典型的液滴细胞，细胞核中Brachyury强阳性表达的脊索瘤。
[0021]术语“软骨型脊索瘤”指病理上除了见到经典型脊索瘤的特征之外，还可见到多少不等的透明软骨样区域，且细胞核中Brachyury也呈强阳性表达的脊索瘤。
[0022]术语“去分化型索脊瘤”指在病理上表现为肿瘤组织内同时存在典型的脊索瘤结构和肉瘤样结构(即未分化的纺锤形细胞核，类本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测SWI/SNF基因改变的产品在制备用于辅助诊断脊索瘤的试剂或试剂盒中的用途。2.检测SWI/SNF基因改变的产品在制备用于预测脊索瘤患者的生存期的试剂或试剂盒中的用途。3.权利要求2所述的用途，其中，所述生存期是脊索瘤特异性生存期(CSS)和/或无复发生存期(RFS)。4.权利要求1-3中任一项所述的用途，其中，所述SWI/SNF基因改变是SWI/SNF基因突变和/或基因结构变异。5.权利要求1-4中任一项所述的用途，其中，所述SWI/SNF基因是PBRM1基因和/或SETD2基因。6.权利要求4或5所述的用途，其中，所述基因突变是非同义突变；优选地，所述非同义突变是移码突变和/或剪接突变。7.权利要求4-6中任一项所述的用途，其中，所述基因结构变异选自重复、倒位、易位、缺失中的一种或多种；优选地，所述重复是串联重复；优选地，所述倒位是臂内倒位和/或臂间倒位；优选地，所述易位是染色体间易位；优选地，所述脊索瘤是颅底脊索瘤。8.权利要求1-7中任一项所述的用途，其中，所述产品包含检测所述SWI/SNF基因突变的试剂；优选地，所述检测是通过PCR技术的检测；优选地，所述PCR是数字PCR或荧光定量PCR(QPCR)；优选地，所述产品包含PCR扩增反应试剂混合液、针对SWI/SNF基因突变的探针；优选地，所述PCR扩增反应试剂混合液包含TaqDNA聚合酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、荧光定量PCR反应缓冲液和去离子水；优选地，所述探针是TaqMan MGB探针，更优选地，所述TaqMan MGB探针的5'末端标记了荧光报告基团，3'末端标记了非荧光淬灭...

【专利技术属性】
技术研发人员：白吉伟，李储忠，沈玉涛，李明轩，
申请(专利权)人：北京市神经外科研究所，
类型：发明
国别省市：