用于基因分型的试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及试剂盒的示例，其包括流通池和基因分型探针流体。流通池包括基底，以及附接到基底的第一捕获引物和第二捕获引物。基因分型探针流体包括液体载体和液体载体中的基因分型寡核苷酸。基因分型寡核苷酸包括第一引物序列；表示靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；和第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补。引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补。引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于基因分型的试剂盒
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2020年2月26日提交的美国临时申请序列号62/981,866的权益，该临时申请的内容全文以引用方式并入本文。
[0003]序列表的参考
[0004]通过EFS
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Web提交的序列表在此以引用的方式整体并入本文。文件名称是ILI184BPCT_IP
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1897
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PCT_Sequence_Listing_ST25.txt，文件的大小为788字节，并且文件的创建日期为2020年12月29日。

技术介绍

[0005]特定核酸的检测可以用于诊断医学和分子生物学研究。基因探针测定可用于例如识别感染性生物体，诸如细菌和病毒；用于探测正常和突变基因的表达并鉴定突变基因，如癌基因；用于针对组织移植之前的相容性分型组织；用于匹配用于法医学的组织或血液样品；以及用于探索来自不同物种的基因之间的同源性。

技术实现思路

[0006]本文公开了基因分型寡核苷酸，其包括特定核苷酸序列区段，所述特定核苷酸序列区段被设计成在簇形成、线性化、靶基因座鉴定和/或测序中具有指定功能。基因分型寡核苷酸能够在非图案化或图案化的流通池上进行基因分型，并且不涉及额外的固定组分。
[0007]本文所公开的第一方面是一种试剂盒，该试剂盒包括流通池，该流通池包括基底；和连接到所述基底的第一捕获引物和第二捕获引物；和基因分型探针流体，所述基因分型探针流体包括：液体载体；和所述液体载体中的基因分型寡核苷酸，所述基因分型寡核苷酸包括：第一引物序列；表示靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；和第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补。
[0008]应当理解，本文所公开的试剂盒的任何特征可以任何期望的方式和/或构型组合在一起，以实现如本公开所述的益处，包括例如实现对流通池的基因分型。
[0009]本文公开的第二方面是一种方法，其包括：将基因分型探针流体引入包括第一捕获引物和第二捕获引物的流通池，所述基因分型探针流体包括多个基因分型寡核苷酸，所述基因分型寡核苷酸中的每个基因分型寡核苷酸包括：第一引物序列；表示相应靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；和第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分互补；由此相应的基因分型寡核苷酸反应以产生来自相应基因分型寡核苷酸的扩增子的相应克隆群体；使所述扩增子线性化以产生探针模板；对所述探针模板的至少一个探针识别区段进行测序以识别所述探针序列中的每个探针序列；从所述探针模板中去除至少相应的新生链，由此所述探针模板的末端处的3'OH基团被暴露；将相应样品与所述探针模板杂交；以及在暴露的3'OH基团处执行样品的相应基因分型反应。
[0010]应当理解，方法的任何特征可以任何期望的方式组合在一起。此外，应当理解，该方法和/或该试剂盒的特征的任何组合可一起使用，和/或与本文所公开的任何示例组合以
实现如本公开所述的益处，包括例如对流通池实现基因分型。
附图说明
[0011]通过参考以下具体实施方式和附图，本公开的示例的特征将变得显而易见，其中类似的附图标号对应于类似但可能不相同的部件。为了简洁起见，具有先前描述的功能的附图标号或特征可结合或可不结合它们出现的其他附图来描述。
[0012]图1A是本文公开的基因分型寡核苷酸的示例的示意图；
[0013]图1B是本文公开的基因分型寡核苷酸的另一示例的示意图；
[0014]图2A是流通池的实施例的顶视图；
[0015]图2B是流通池的流动通道的示例的放大局部剖面图，该流通池包括沿着流动通道形成的凹入部；
[0016]图3A至图3H示意性地描绘了本文所公开的方法的一个示例；并且
[0017]图4A至图4H示意性地描绘了本文所公开的方法的另一个示例。
具体实施方式
[0018]本文公开了包括特定核苷酸序列区段的基因分型寡核苷酸。基因分型寡核苷酸的每个核苷酸序列区段被设计成在簇形成、线性化、靶基因座鉴定和/或测序中具有指定功能。
[0019]基因分型寡核苷酸可以用于在其表面上具有捕获引物的非图案化流通池中，或用于包括其中具有捕获引物的凹入部的图案化流通池中。在非图案化流通池表面上或图案化流通池的相应凹入部内的不同区域处，可以从相应的基因分型寡核苷酸产生扩增子的单克隆群体(簇)。特定区域或凹入部中的扩增子可以不同于其它区域或凹入部中的每一个中的扩增子，并且因此扩增子的每个单克隆群体可以代表用于基因分型的独特的靶基因座。
[0020]本文公开的基因分型寡核苷酸能够在非图案化流通池或图案化流通池上进行基因分型，并且不涉及额外的固定组分，如固相珠粒。另外，本文公开的基因分型寡核苷酸可以适合于与利用克隆扩增的簇的任何流通池表面一起使用。
[0021]本文还公开了用于制备靶基因分型基因座的方法，其可以与基因分型寡核苷酸一起使用。这些方法是产生基因组DNA(gDNA)片段而不必引入裂解位点并且执行片段化的扩增方法。
[0022]定义
[0023]除非另外指明，否则本文所用的术语应理解为具有其在相关领域中的普通含义。下面列出本文所用的若干术语及其含义。
[0024]如本文所用，单数形式“一个”、“一种”和“该”包括单数和复数两者，除非上下文另有明确指示。如本文所用，术语“包含”与“包括”、“含有”或“特征在于”同义，并且是包括性的或开放式的，并且不排除另外的未列举的要素或方法步骤。
[0025]本说明书通篇提及的“一个示例”、“另一个示例”、“示例”等意指结合该示例描述的特定要素(例如，特征、结构、组成、构型和/或特性)包括在本文所述的至少一个示例中，并且可或可不存在于其他示例中。此外，应当理解，用于任何示例的所述元素可以任何合适的方式组合在各种示例中，除非上下文另有明确说明。
[0026]在本公开(包括权利要求)通篇中使用的术语“基本上”和“约”用于描述和说明有小波动，诸如由于处理中的变化引起的。例如，这些术语可以指小于或等于规定值的
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10％，诸如小于或等于规定值的
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5％，诸如小于或等于规定值的
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2％，诸如小于或等于规定值的
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1％，诸如小于或等于规定值的
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0.5％，诸如小于或等于规定值的
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0.1％，诸如小于或等于规定值的
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0.05％。
[0027]此外，应当理解，本文提供的范围包括规定范围和规定范围内的任何值或子范围，如同它们被明确列举一样。例如，由约2mm至约300mm表示的范围应当解释为不仅包括明确列举的限值约2mm至约300mm，而且还包括单个值诸如约15mm、22.5mm、245mm等，以及子范围诸如约20mm至约225mm等。
[0028]附接：是指两个事本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种试剂盒，包括：流通池，所述流通池包括：基底；以及附接到所述基底的第一捕获引物和第二捕获引物；以及基因分型探针流体，所述基因分型探针流体包括：液体载体；以及所述液体载体中的基因分型寡核苷酸，所述基因分型寡核苷酸包括：第一引物序列；表示靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；以及第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分地互补。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其中所述基因分型探针流体包括多个基因分型寡核苷酸，并且其中每个基因分型寡核苷酸包括与每个其它基因分型寡核苷酸不同的探针序列。3.根据权利要求1或2中的一项所述的试剂盒，其中所述第二捕获引物包括裂解位点。4.根据权利要求3所述的试剂盒，其中所述限制性核酸内切酶位点对选自由以下组成的组的限制性核酸内切酶敏感：4碱基切割物限制性核酸内切酶、5碱基切割物限制性核酸内切酶和6碱基切割物限制性核酸内切酶。5.根据权利要求1或2中的一项所述的试剂盒，其中所述第二捕获引物还包括第二限制性核酸内切酶位点，其中所述第二限制性核酸内切酶位点与所述基因分型寡核苷酸的所述限制性核酸内切酶位点互补。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其中所述限制性核酸内切酶位点和所述第二限制性核酸内切酶位点对IIS型甲基敏感的限制性核酸内切酶敏感。7.根据权利要求1至6中的一项所述的试剂盒，其中所述基因分型寡核苷酸还包括所述第一引物序列与所述探针序列之间的索引序列部分和引发位点部分。8.根据权利要求1至7中的一项所述的试剂盒，其中：所述基底具有由间隙区域分开的凹入部；并且所述第一捕获引物和所述第二捕获引物附接在所述凹入部中的每个凹入部内。9.一种方法，包括：将基因分型探针流体引入包括第一捕获引物和第二捕获引物的流通池，所述基因分型探针流体包括多个基因分型寡核苷酸，所述基因分型寡核苷酸中的每个基因分型寡核苷酸包括：第一引物序列；表示相应靶基因分型基因座的探针序列；限制性核酸内切酶位点；以及第二引物序列，所述第二引物序列与所述第二捕获引物至少部分地互补；由此相应的基因分型寡核苷酸反应以产生来自相应基因分型寡核苷酸的扩增子的相应克隆群体；使所述扩增子线性化以产生探针模板；
对所述探针模板的至少一个探针识别区段进行测序以识别所述探针序列中的每个探针序列；从所述探针模板中去除至少相应的新生链，由此所述探针模板的末端处的3'OH基团被暴露；将相应样品与所述探针模板杂交；以及在暴露的3'OH基团处执行所述样品的相应基因分型反应。10.根据权利要求9所述的方法，其中使所述扩增子线性化涉及：在所述第二捕获引物的相应裂解位点处裂解附接到所述第二捕获引物的所述扩增子；以及使附接到所述第二捕获引物的所述扩增子的裂解部分变性以产生所述探针模板。11.根据权利要求10所述的方法，其中对所述探针模板的所述至少一个探针识别区段进行测序涉及使用所述第二捕获引物作为测序引物来沿着所述至少一个探针识别区段执行碱基延伸反应。12.根据权利要求11所述的方法，其中从所述探针模板中去除至少相应的新生链涉及：消解所述限制性核酸内切酶位点；以及使来自所述探针模板的剩余的新生链变性。13.根据权利要求9所述的方法，其中所述第二捕获引物中的每个第二捕获引物还包括第二限制性核酸内切酶位点，其中所述第二限制性核酸内切酶位点与所述基因分...

【专利技术属性】
技术研发人员：A，
申请(专利权)人：因美纳剑桥有限公司，
类型：发明
国别省市：