【技术实现步骤摘要】
基于宏基因/宏转录组测序的呼吸道感染病原检测方法
[0001]本专利技术属于微生物检测
，尤其涉及一种基于宏基因/宏转录组测序的呼吸道感染病原检测方法。
技术介绍
[0002]急性呼吸道感染(acute respiratory tract infection，ARTI)是所有年龄段儿童门诊和住院的最主要原因，特别是在冬春季节；同时ARTI也是5岁以下儿童的第二大死因，成为儿童面临的主要公共卫生威胁。以肺炎这一单一病种为例，WHO调查显示，每年有200多万名0-5岁的儿童死于肺炎，几乎占全世界5岁以下儿童死亡人数的1/5；在中国，14.8％的5岁以下儿童的死亡是由肺炎引起的。因此，提高儿童呼吸道感染的诊疗水平，是促进儿童健康的重要举措。
[0003]细菌、病毒、支原体等病原微生物感染是引起儿童肺炎的主要原因，但不同类型儿童肺炎的临床症状极其相似，即使辅以血常规、影像学等方面的临床检测，临床医师往往仍无法进行准确的区分，经验性和广谱性治疗难以避免，这导致感染患儿可能接受不必要的抗菌治疗。因此，早期明确的病原学诊断有...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种基于宏基因/宏转录组测序的呼吸道感染病原检测方法，其特征在于所述呼吸道感染性疾病病原检测方法基于宏基因组/宏转录组测序进行检测，具体包括如下步骤：步骤S1：将采集到的一份呼吸道待测样本进行破壁处理，然后用DNA提取试剂盒提取DNA；将采集的另一份呼吸道待测样本直接用RNA提取试剂盒提取RNA；步骤S2：将提取到的DNA用DNA建库试剂盒构建样本DNA测序文库；将提取到的RNA用RNA建库试剂盒构建样本RNA测序文库；步骤S3：对样本DNA测序文库和样本RNA测序文库进行高通量测序，且同时在同一条泳道上对DNA和RNA抽提和建库的阴性对照进行测序；并对测序出来的序列数据进行初步筛选过滤掉干扰序列，得到处理后的样本序列数据；步骤S4：将样本序列数据与参考数据库进行比对，得到比对比例在70％以上且没有多重比对的样本序列和阴性对照序列，之后进行致病微生物的筛选，根据筛选结果即检测出待测样本中的呼吸道感染性疾病病原。2.如权利要求1所述的基于宏基因/宏转录组测序的呼吸道感染病原检测方法，其特征在于，所述致病微生物的筛选进一步包括：分步骤S4A：去除背景微生物，具体为，1)计算样本序列和阴性对照序列中检测到的每种微生物的RPM值；其中，微生物的RPM值是指每百万微生物测序读长中属于该微生物的测序读长数；2)若样本序列中检测到的某一微生物同时存在于阴性对照序列中时，且样本序列中该微生物的RPM值与阴性对照序列中该微生物的RPM值比值大于10时，则定义该微生物为待定阳性微生物；若样本序列中检测到的某一细菌、真菌或寄生虫不存在于阴性对照序列中时，且在该样本序列中该细菌、真菌或寄生虫的RPM值大于50时，则定义该细菌、真菌或寄生虫为待定阳性微生物；若样本序列中检测到的病毒不存在于阴性对照序列中时，且在该样本序列中该病毒未重叠的测序读长大于3条时，则定义该病毒为待定阳性微生物；3)将所有的待定阳性微生物与背景微生物列表进行比较，去除存在于背景微生物列表中的待定阳性微生物，得到一份准阳性微生物列表；分步骤S4B：筛选定植微生物，具体为，将准阳性微生物列表中，在呼吸道定植菌群列表中出现过的微生物标记为P3，在常见病原微生物列表中出现过的微生物标记为P1，剩余的准阳性微生物标记为P2；则样本中含有致病微生物可能性依次为含有标记为P1的微生物＞含有标记为P2的微生物＞含有标记为P3的微生物。3.如权利要求2所述的基于宏基因/宏转录组测序的呼吸道感染病原检测方法，其特征在于，所述背景微生物列表如下所示：
注：Taxid为美国国家生物技术信息中心数据库中微生物的编号。4.如权利要求2所述的基于宏基因/宏转录组测序的呼吸道感染病原检测方法，...
【专利技术属性】
技术研发人员：莫茜，陶悦，杜白露，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心，
类型：发明
国别省市：
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