一种毛竹变型SNP引物开发的方法技术

一种毛竹变型SNP引物开发的方法，属于分子生物学领域。具体包括以下步骤：a.DNA提取与基因组测序；b.与参考基因组进行比对统计；d.SNP注释；e.SNP筛选；f.SNP引物开发。通过本发明专利技术的方法可以开发出毛竹变型SNP引物。发明专利技术的方法可以开发出毛竹变型SNP引物。

【技术实现步骤摘要】
一种毛竹变型SNP引物开发的方法


[0001]本专利技术属于分子生物学领域，具体涉及一种毛竹变型SNP检测及其引物开发。

技术介绍

[0002]毛竹(Phyllostachys edulis)是禾本科(Gramminales)竹亚科(Bambusoideae)刚竹属(Phyllostachys) 散生竹种，是我国特有的、栽培面积最广、利用历史悠久的重要经济竹种。毛竹分布广泛，跨越北、中、 南三种亚热带气候，在长期适应不同的生长环境、栽培经营以及自身发生遗传漂移等过程中，发生了一系 列的形态变异，在天然毛竹林中已经发现20多个毛竹变型。为研究这些形态的差异，究竟是因为基因变 异而导致的可遗传变异还是由于生境不同而产生的表型可塑性，就非常有必要在基因水平上揭示毛竹的遗 传多样性和变异程度。因此，对毛竹变型开展鉴定研究，对于毛竹种质资源筛查和种质创新具有重要的现 实意义。
[0003]DNA是生物体的主要遗传物质，携带有生物个体的完整的遗传信息和物种个体间的差异信息，且个 体间的DNA差异可以稳定遗传，受外界条件的干扰较少。随着生物技术的发展本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种毛竹变型SNP引物开发的方法，其特征在于，包括以下步骤：a.DNA提取与基因组测序b.与参考基因组进行比对统计将步骤a重测序得到的测序reads重新定位到毛竹参考基因组上，进行后续的变异分析；c.SNP检测使用GATK软件工具包对样品的SNP进行检测，根据参考基因组上Clean Reads的定位结果，使用Picard软件去重复、GATK软件进行局部重比对和碱基质量值的校正等预处理，然后进行SNP和InDel的变异检测；对SNP进行严格的过滤，包括:SNP cluster过滤，Indel附近5bp内的S NP过滤掉；d.SNP注释通过SnpEff软件进行SNP、InDel和SV的注释，根据检测获得的变异位点比对到参考基因组的位置基因、CDS位置等，获得变异位点在基因组的发生区域，以及产生的同义非同义突变；e.SNP筛选根据SNP标记质量高、代表性强、标记的材料区分度高、在基因组上的特异性好等特点，对于检测出的SNP，主要按照以下条件进行筛选：(1).按照深度，保留大于等位5X的SNP位点；(2).丢弃质量值(phred quality)小于30的SNP位点；(3).丢弃基因座上完整位点小于80％的SNP；(4).丢弃第二等位基因比例(Minor Allele Frequency，MAF)小于20％的SNP；(5).保留二等位位点；(6).保留长度大于10kb的Scaffold上的位点；(7).针对有参项目，利用HaploviewMEGA X进行tagSNP筛选；f.SNP引物开发对于检测出的SNP，再主要按照以下条件进行筛选：保留大于等位5X深度、二等位和长...

【专利技术属性】
技术研发人员：牟少华，李雪平，李娟，高健，
申请(专利权)人：国际竹藤中心，
类型：发明
国别省市：