DNA甲基化测序文库及其构建方法和检测方法技术

本申请公开了一种DNA甲基化测序文库及其构建方法和检测方法。本申请在建立测序文库时并未对双链DNA进行末端修复，而是先将双链DNA变性为单链DNA，然后利用该单链DNA作为建库模板并结合酶学转化法来建立DNA甲基化测序文库，因此，本申请能够避免由于进行末端修复而带来的修复碱基被测序仪读取的现象，从而避免由此造成的测序数据冗余现象。另外，本申请并未采用未甲基化的dNTPs进行末端修复，不会在末端引入新的甲基化水平，从而不会引起测得的甲基化水平失真现象。甲基化水平失真现象。甲基化水平失真现象。

【技术实现步骤摘要】
DNA甲基化测序文库及其构建方法和检测方法


[0001]本申请涉及基因检测
，具体涉及一种DNA甲基化测序文库及其构建方法和检测方法。

技术介绍

[0002]生物体内的DNA包括四种碱基，分别为腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C)。其中，部分胞嘧啶(C)会发生甲基化而带上甲基基团。DNA甲基化是DNA甲基化转移酶将甲基基团选择性地添加到胞嘧啶上以形成甲基化胞嘧啶的过程。DNA甲基化的水平通常与诱导或抑制基因的表达有关。如果DNA的甲基化发生异常，则可能与肿瘤的发生、发展有关，因此，通过特定基因进行测序，以获知其甲基化水平，这对于肿瘤早筛有重要的价值。
[0003]目前通过高通量测序平台来对特定基因进行测序，这首先需要根据特定基因来建立DNA甲基化测序文库。现有的DNA甲基化测序文库的建库方法包括：基于亚硫酸盐转化法的单链建库法和基于酶学转化法的双链建库法。
[0004]如图1所示，基于亚硫酸盐转化法的单链建库法包括如下步骤：将目标双链DNA变性为单链DNA；通过化学反应改变单链DNA中胞嘧啶上的甲基，以本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种DNA甲基化测序文库的构建方法，其特征在于，其包括如下步骤：(1)、获得目标双链DNA；(2)、采用甲基化保护试剂将所述目标双链DNA的甲基化胞嘧啶氧化为受保护胞嘧啶，以得到受保护双链DNA；(3)、将所述受保护双链DNA变性为单链DNA；(4)、采用转化试剂将所述单链DNA中未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，得到转化后单链DNA；(5)、利用所述转化后单链DNA构建DNA甲基化测序文库。2.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，在步骤(1)中，目标双链DNA为ctDNA。3.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，在步骤(1)中，目标双链DNA为血液中游离的cfDNA。4.根据权利要求3所述的构建方法，其特征在于，所述cfDNA的长度位于170至210bp之间，或者为170至210bp之间的任意一个数的整数倍；和/或，所述目标双链DNA的每条链的3
’
端存在1至80个碱基的缺失。5.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，在步骤(2)中，所述甲基化保护试剂包括TET2蛋白和氧化增强剂；所述甲基化胞嘧啶为5
‑
甲基胞嘧啶或5
‑
羟甲基胞嘧啶；所述受保护胞嘧啶为5
‑
甲酰胞嘧啶或5
‑
羧基胞嘧啶。6.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，在步骤(3)中，所述变性的温度为85℃，添加的变性剂为甲酰胺。7.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，在步骤(4)中，所述转化试剂包括APOBEC蛋白。8.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，步骤(5)具体包括如下步骤：(5
...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈澍宜，
申请(专利权)人：竹石生物科技苏州有限公司，
类型：发明
国别省市：