【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】侦测癌症、癌症来源组织及/或一癌症细胞类型
[0001]交叉引用
[0002]本申请自申请日为2019年2月5日的美国临时专利申请第62/801,556号、申请日为2019年2月5日的美国临时专利申请第62/801,561号、申请日为2020年1月24日的美国临时专利申请第62/965,327号、申请日为2020年1月24日的美国临时专利申请第62/965,324号及申请日为2020年1月24日的PCT国际申请第PCT/US2020/015082号请求优先权，上述申请通过引用以其整体被并入本文中。
[0003]序列表
[0004]本申请包括序列表，所述序列表以ASCII格式被电子式地提交且是以此通过引用以其整体被并入本文中。在2020年2月3日被创造的上述ASCII复本，被命名为50251
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851_601_SL.txt且大小为16,952,822位元。
技术介绍
[0005]造血干细胞(hematopoietic stem cells，HSCs)及造血前驱细胞(hematopoietic proge...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种组合物，其特征在于：所述组合物包括：数个不同的诱饵寡核苷酸，其中所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以集体地杂合至衍生自至少100个目标基因组区域的DNA分子，其中所述至少100个目标基因组区域中的每个基因组区域在至少一个第一血液病症或血液癌症中，相较于在另一个血液病症或非血液癌症类型中是被差异地甲基化，其中所述第一血液病症及所述另一血液病症是选自白血病、淋巴瘤(例如，淋巴癌)、多发性骨髓瘤及一骨髓性肿瘤。2.如权利要求1所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表1至8中任一者的所述数个目标基因组区域中的至少20％、至少25％、或至少50％。3.如权利要求1所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表1至8的所述数个目标基因组区域中的至少20％、至少25％、或至少50％。4.如权利要求1所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表1或8的所述数个目标基因组区域中的至少20％。5.如权利要求4所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表1或8的所述数个目标基因组区域中的至少25％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。6.如权利要求1所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表2至4中任一者的所述数个目标基因组区域中的至少20％。7.如权利要求1所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表2至4的所述数个目标基因组区域中的至少20％。8.如权利要求1所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表5至7中任一者的所述数个目标基因组区域中的至少20％。9.如权利要求1所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表5至7的所述数个目标基因组区域中的至少20％。10.如权利要求1至9中任一项所述的组合物，其特征在于：所述第一血液病症及所述另一血液病症是选自淋巴瘤、多发性骨髓瘤及骨髓性肿瘤。11.一种组合物，其特征在于：所述组合物包括：数个不同的诱饵寡核苷酸，配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子衍生自列表1至7中任一者的所述数个目标基因组区域中的至少20％。12.如权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表1或8中的所述数个目标基因组区域中的至少20％。13.如权利要求12所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表1或8中
的所述数个目标基因组区域中的至少25％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。14.如权利要求11所述的组合物的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表2至4中任一者的所述数个目标基因组区域中的至少20％。15.如权利要求11所述的组合物的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表2至4的所述数个目标基因组区域中的至少20％。16.如权利要求11所述的组合物的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表2至4的所述数个目标基因组区域中的至少25％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。17.如权利要求11所述的组合物的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表5至7中任一者的所述数个目标基因组区域中的至少20％。18.如权利要求11所述的组合物的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表5至7的所述数个目标基因组区域中的至少20％。19.如权利要求11所述的组合物的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表5至7的所述数个目标基因组区域中的至少25％、30％、40％、50％、60％、70％或80％。20.如权利要求1或权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表2的所述数个目标基因组区域中的至少20％。21.如权利要求19所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表2的所述数个目标基因组区域中的至少25％、至少30％、40％、50％、60％、70％或80％。22.如权利要求1或权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表3的数个目标基因组区域中的至少20％。23.如权利要求22所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表3的所述数个目标基因组区域中的至少25％、至少30％、40％、50％、60％、70％或80％。24.如权利要求1或权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表4的所述数个目标基因组区域中的至少20％。25.如权利要求24所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表4的所述数个目标基因组区域中的至少25％、至少30％、40％、50％、60％、70％或80％。26.如权利要求1或权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表5的所述数个目标基因组区域中的至少20％。27.如权利要求26所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表5的所述数个目标基因组区域中的至少25％、至少30％、40％、50％、60％、70％或80％。
28.如权利要求1或权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表6的所述数个目标基因组区域中的至少20％。29.如权利要求28所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表6的所述数个目标基因组区域中的至少25％、至少30％、40％、50％、60％、70％或80％。30.如权利要求1或权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表7的所述数个目标基因组区域中的至少20％。31.如权利要求30所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表7的所述数个目标基因组区域中的至少25％、至少30％、40％、50％、60％、70％或80％。32.如权利要求1或权利要求11所述的组合物，其特征在于：所述数个不同的诱饵寡核苷酸是配置以杂合至数个DNA分子，所述数个DNA分子是衍生自列表8的所述数个目标基因组区域中的至少20％。33.如权利要求30所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是衍生自列表8的所述数个目标基因组区域中的至少25％、至少30％、40％、50％、60％、70％或80％。34.如权利要求1至31中任一项所述的组合物，其特征在于：所述数个目标基因组区域的总尺寸是少于2000kb、少于1500kb、少于1200kb、少于1000kb、少于500kb或少于300kb。35.如权利要求1至34中任一项所述的组合物，其特征在于：所述数个DNA分子是经转换的cfDNA断片。36.如权利要求35所述的组合物，其特征在于：所述数个目标基因组区域是过甲基化区域、低甲基化区域，或是可以是过甲基化的或是低甲基化的二元区域，如在序列表中所指示的。37.如权利要求35所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸是配置以杂合至衍生自每个目标基因组区域的过甲基化经转换DNA分子、低甲基化经转换DNA分子、或过甲基化与低甲基化经转换DNA分子两者，如在序列表中所指示的。38.如权利要求1至36中任一项所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸中的各者是接合至一亲和部分。39.如权利要求38所述的组合物，其特征在于：所述亲和部分是生物素。40.如权利要求1至36中任一项所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸中的各者是接合至一固态表面。41.如权利要求40所述的组合物，其特征在于：所述固态表面是一微阵列或芯片。42.如权利要求1至39中任一项所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸各具有45至300个核苷酸碱基的一长度、75至200个核苷酸碱基的一长度、100至150个核苷酸碱基的一长度、或约120个核苷酸碱基的一长度。43.如权利要求1至40中任一项所述的组合物，其特征在于：所述数个诱饵寡核苷酸包括：两个或更多个诱饵寡核苷酸的数个组，其中在数个诱饵寡核苷酸的一个组中的每个诱饵寡核苷酸配置用以结合至衍生自相同的目标基因组区域的经转换的DNA分子。44.如权利要求43所述的组合物，其特征在于：每组的诱饵寡核苷酸包括一对或多对的一第一诱饵寡核苷酸及一第二诱饵寡核苷酸，
其中每个诱饵寡核苷酸包括一个5
’
端及一个3
’
端，其中位于所述第一诱饵寡核苷酸的所述3
’
端的至少X个核苷酸碱基的一序列，与位于所述第二诱饵寡核苷酸的所述5
’
端的X个核苷酸碱基的一序列相同，且其中X是至少25、30、35、40、45、50、60、70、75或100。45.如权利要求44所述的组合物，其特征在于：所述第一诱饵寡核苷酸包括：至少31、40、50或60个核苷酸碱基的一序列，所述序列与所述第二诱饵寡核苷酸的一序列不重叠。46.如权利要求1至45中任一项所述的组合物，其特征在于：所述至少100个目标区域包括：至少200个、至少500个、至少1000个、至少1500个、至少2000个、至少3000个、至少4000个、至少5000个、至少8000个、至少10000个、至少15000个或至少20000个基因组区域。47.如权利要求1至44中任一项所述的组合物，其特征在于：所述组合物进一步包括：来自一检测对象的经转换cfDNA。48.如权利要求1至45中任一项所述的组合物，其特征在于：来自所述检测对象的所述cfDNA是通过一程序被转换，所述程序包括：以亚硫酸氢盐或一胞嘧啶脱氨酶处理。49.一种用于富集经转换的cfDNA断片的方法，所述经转换的cfDNA断片可提供一类型的血液病症的信息，其特征在于：所述方法包括步骤：将权利要求1至48中任一项所述的诱饵寡核苷酸组合物与衍生自一检测对象的DNA接触，及通过杂合捕捉，富集对应于数个基因组区域的cfDNA的样本，所述数个基因组区域与癌症的类型相关联。50.一种用于获得序列信息的方法，所述序列信息可提供一个类型的血液病症的存在或不存在的信息，其特征在于：所述方法包括步骤：a)通过将来自一检测对象的经转换DNA与权利要求1至48中任一项所述的诱饵寡核苷酸组合物接触，富集所述经转换DNA，及b)定序所述富集的经转换DNA。51.一种用于判定一检测对象具有一类型的血液病症(HD)的方法，其特征在于：所述方法包括步骤：a)以权利要求1至48中任一项所述的一诱饵寡核苷酸组合物捕捉来自所述检测对象的数个cfDNA断片，b)定序所述被捕捉的数个cfDNA断片，及c)将一经训练的分类器应用到数个cfDNA序列，以判定所述检测对象具有所述类型的HD。52.一种用于判定一检测对象具有一类型的血液病症(HD)的方法，其特征在于：所述方法包括步骤：a)以权利要求1至48中任一项所述的一诱饵寡核苷酸组合物捕捉来自所述检测对象的数个cfDNA断片，b)通过DNA微阵列侦测被捕捉的数个cfDNA断片，及c)将一经训练的分类器应用到杂合至所述DNA微阵列的数个DNA断片，以判定所述检测对象具有所述类型的HD。53.如权利要求51或权利要求52所述的方法，其特征在于：所述经训练的分类器判定癌
症的存在或不存在，且若所述分类器判定癌症的存在，所述分类器判定一癌症类型。54.如权利要求52所述的方法，其特征在于：所述癌症类型是选自由子宫癌、上消化道鳞状癌、所有其他上消化道癌、甲状腺癌、肉瘤、尿路上皮肾癌、所有其他肾癌、前列腺癌、胰腺癌、卵巢癌、神经内分泌癌、多发性骨髓瘤、黑色素瘤、淋巴瘤、小细胞肺癌、肺腺癌、所有其他肺癌、白血病、肝胆癌、肝胆管癌、头颈癌、结肠直肠癌、子宫颈癌、乳癌、膀胱癌和肛门直肠癌所组成的群组。55.如权利要求52所述的方法，其特征在于：所述癌症类型是选自由肛门癌、膀胱癌、结肠直肠癌、食道癌、头颈癌、肝/胆管癌、肺癌、淋巴瘤、卵巢癌、胰腺癌、浆细胞肿瘤和胃癌所组成的群组。56.如权利要求52所述的方法，其特征在于：所述癌症类型是选自由甲状腺癌、黑色素瘤、肉瘤、骨髓性肿瘤、肾癌、前列腺癌、乳癌、子宫癌、卵巢癌、膀胱癌、尿路上皮癌、子宫颈癌、肛门直肠癌、头颈癌、结肠直肠癌、肝癌、胆管癌、胰腺癌、胆囊癌、上消化道癌、多发性骨髓瘤、淋巴瘤和肺癌所组成的群组。57.如权利要求51至56中任一项所述的方法，其特征在于：所述癌症类型是一HD且所述HD是选自由白血病、淋巴瘤(例如，淋巴癌)、多发性骨髓瘤及一骨髓性肿瘤所组成的群组。58.如权利要求51或权利要求52所述的方法，其特征在于：所述经训练的分类器是一混合模型分类器。59.如权利要求51至57中任一项所述的方法，其特征在于：所述分类器是在数个经转换的DNA序列之上被训练，所述数个经转换的DNA序列衍生自选自列表1至8中的任一者的至少1000个、至少2000个或至少4000个目标基因组区域。60.如权利要求59所述的方法，其特征在于：所述经训练的分类器通过下述判定癌症的存在或不存在，或一癌症类型：(i)为样本产生一组特征，其中在所述一组特征中的每个特征包括一数字数值；(ii)将所述一组特征输入至所述分类器中，其中所述分类器包括一多项式分类器；(iii)基于所述一组特征，于所述分类器判定一组机率分数，其中所述一组机率分数包括每个癌症类型类别及每个非癌症类型类别的一个机率分数；及(iv)基于在所述分类器的训练时被决定的一个或多个数值，以阀值衡量所述一组机率分数，以决定所述样本的一最终癌症分类。61.如权利要求60所述的方法，其特征在于：所述一组特征包括一组二元化的特征。62.如权利要求60至61中任一项所述的方法，其特征在于：所述数字数值包括一个单一的二元数值。63.如权利要求60至62中任一项所述的方法，其特征在于：所述多...
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