【技术实现步骤摘要】
一种免疫相关lncRNA的筛选方法
[0001]本专利技术属于生物信息学中的关联关系预测领域，涉及一种lncRNA的筛选方法。
技术介绍
[0002]近年来的研究发现癌症的预后不但与癌症的病理分期有关，还与一些肿瘤微环境具有较强且明显的关系，肿瘤的微环境主要包括基质细胞、肿瘤细胞和免疫细胞等。免疫相关的lncRNA的差异表达与多种免疫细胞的抑制与活化有关，特异免疫相关lncRNA的差异性表达可以通过与调节因子的相互作用，进而调节癌细胞的生物学特征。免疫相关的lncRNAs已经被认为是介导免疫过程的免疫细胞特异性表达的调节剂。并且越来越多的研究发现，lncRNA在基因转录、翻译和表观遗传等多层面参与生命活动调控，还可以调节巨噬细胞M2极化，从而影响肿瘤细胞的迁移和侵袭。因此通过将lncRNA与免疫细胞的数据相结合起来通过机器学习的技术筛选出免疫相关基因。弹性网络算法是一种同时使用L1和L2范数作为先验正则项训练的线性回归模型，弹性网络是一不断叠代的方法。该组合既可以拟合广义线性模型的同时进行复杂度调整和变量筛选，又能具有良好的...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种免疫相关lncRNA的筛选方法，其特征在于，包括：获取癌症患者的RNA
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seq和患者临床数据以及免疫细胞数据；对癌症患者的RNA
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Seq和患者临床数据以及免疫细胞数据的预处理，包括提取疾病相关lncRNA与免疫细胞；对预处理后的lncRNA与免疫相关基因进行相关性检验筛选出免疫相关的lncRNAs，组成免疫相关lncRNAs对；将获得免疫相关lncRNA数据集与临床生存期数据进行合并，划分为训练集和测试集；对训练集基于弹性网络模型筛选出癌症预后相关差异性表达的免疫相关lncRNAS；对筛选出的免疫相关lncRNAs纳入多因素Cox回归分析进一步筛选出癌症预后相关关键差异表达lncRNAs。2.根据权利要求1所述的免疫相关lncRNA的筛选方法，其特征在于，所述依据包括提取疾病相关lncRNA与免疫细胞样本数据：将下载的RNA
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seq数据合并为表达矩阵数据，提取出lncRNAs和miRNAs数据进行差异化表达分析，并对基因表达量进行 标准化处理，便于后续分析；利用下载的免疫相关基因集，分析提取免疫相关基因。3.根据权利要求1所述的一种免疫相关lncRNA的筛选方法，其特征在于，所述依据包括筛选出免疫相关的lncRNAs：通过免疫相关基因
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lncRNA共表达方法鉴定，以相关系数cor=0.4，pvalue=0.001作为过滤标准做相关性...
【专利技术属性】
技术研发人员：王波，刘润杰，韩瑜，姜伟，王振飞，
申请(专利权)人：齐齐哈尔大学，
类型：发明
国别省市：
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