筛选免疫组库测序生物标志物的方法、设备和存储介质技术

本公开涉及一种用于筛选免疫组库测序生物标志物的方法、计算设备和存储介质。该方法包括：确定样本中的每一种克隆的初始绝对丰度；基于样品内克隆基因的初始绝对丰度、样品内所有克隆的绝对丰度的总和，计算样品内克隆基因的第一相对丰度；响应于确定克隆基因的初始绝对丰度大于预定阈值，确定克隆基因的第一绝对丰度为1；基于样品内克隆基因的第一绝对丰度、样品内所有克隆的第一绝对丰度的总和，计算样品内克隆基因的第二相对丰度；针对候选克隆基因进行第一检验和第二检验，以便确定免疫组库测序生物标志物，第二检验不同于第一检验。本公开能够显著提高所筛选出的免疫组库的生物标志物的可靠性。生物标志物的可靠性。生物标志物的可靠性。

【技术实现步骤摘要】
筛选免疫组库测序生物标志物的方法、设备和存储介质


[0001]本公开总体上涉及生物信息处理，并且具体地，涉及用于筛选免疫组库测序生物标志物的方法、设备和存储介质。

技术介绍

[0002]在生物个体中，在任何指定时间，循环系统中所有的功能多样性B细胞和T细胞的总和称之为免疫组库(immune repertoire，IR)。T细胞和B细胞作为生物体内(例如人体内)主要的淋巴细胞，分别负责细胞免疫和体液免疫，T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)由多条肽链组成，具有抗原结合特异性，每条肽链的互补决定区(CDR，又称超变区)氨基酸组成和排列顺序呈现高度多样性，构成容量巨大的T细胞受体和B细胞受体库，研究表明亚型越多，越能有效抵抗细菌、病毒等病原体侵袭，亚型越少越容易感染疾病。
[0003]免疫组库的鉴定和准确定量对个体的免疫组库系统有着重要的意义。如何评估样本中的哪一些或者哪一个优势克隆(或者说显著性差异的克隆)在发挥着主要免疫功能，抵抗疾病或促使疾病的痊愈，变得至关重要。
[0004]传统的用于筛选免疫组库测序生物标志物的方法例如本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于筛选免疫组库测序生物标志物的方法，包括：获取关于样本的免疫组库测序数据，以用于确定所述样本中的每一种克隆的初始绝对丰度；基于所述样品内克隆基因的初始绝对丰度、所述样品内所有克隆的绝对丰度的总和，计算所述样品内克隆基因的第一相对丰度；响应于确定克隆基因的初始绝对丰度大于预定阈值，确定所述克隆基因的第一绝对丰度为1；基于所述样品内克隆基因的第一绝对丰度、所述样品内所有克隆的第一绝对丰度的总和，计算所述样品内克隆基因的第二相对丰度；基于克隆基因的第一相对丰度和第二相对丰度，确定候选克隆基因；以及针对候选克隆基因进行第一检验和第二检验，以便基于校验结果数据确定免疫组库测序生物标志物，所述第二检验不同于第一检验。2.根据权利要求1所述的方法，其中基于克隆基因的第一相对丰度和第二相对丰度确定候选克隆基因包括：针对克隆基因的第一相对丰度进行排序，以便将排序顺序小于第一预定顺序阈值的多个克隆基因确定为第一候选克隆基因；针对克隆基因的第二相对丰度进行排序，以便将排序顺序小于第二预定顺序阈值的多个克隆基因确定为第二候选克隆基因；以及基于第一候选克隆基因和第二候选克隆基因的交集或者并集，确定候选克隆基因。3.根据权利要求1所述的方法，其中针对候选克隆基因进行第一检验和第二检验以便基于校验结果数据确定免疫组库测序生物标志物包括：针对候选克隆基因的第一相对丰度分别进行第一检验和第二检验，以便分别生成第一校验结果数据和第二校验结果数据；针对候选克隆基因的第二相对丰度分别进行第一检验和第二检验，以便生成第三校验结果数据和第四校验结果数据；以及基于第一校验结果数据、第二校验结果数据、第三校验结果数据和第四校验结果数据，在候选克隆基因中确定免疫组库测序生物标志物。4.根据权利要求3所述的方法，其中基于第一校验结果数据、第二校验结果数据、第三校验结果数据和第四校验结果数据在候选克隆基因中确定免疫组库测序生物标志物包括：基于第一校验结果数据和第一阈值的比较，确定关于候选克隆基因的第一显著性差异数据；基于第二校验结果数据和第二阈值的比较，确定关于候...

【专利技术属性】
技术研发人员：范文涛，王勇斯，陈辉，李连凤，谢洪涛，温韵洁，
申请(专利权)人：广州华银健康医疗集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：