【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】从修饰的CD247基因座表达嵌合受体的细胞、相关多核苷酸和方法
相关申请的交叉引用
[0001]本申请要求2019年5月1日提交的标题为“从修饰的CD247基因座表达嵌合受体的细胞、相关多核苷酸和方法(CELLS EXPRESSING A CHIMERIC RECEPTOR FROM A MODIFIED CD247 LOCUS,RELATED POLYNUCLEOTIDES AND METHODS)”的美国临时申请号62/841,578的优先权，所述申请的内容通过引用以其整体并入本文。通过引用并入序列表
[0002]本申请是与电子格式的序列表一起提交。序列表以2020年4月28日创建的标题为735042015840SeqList.txt的文件提供，其大小为172千字节。将在电子格式的序列表中的信息通过引用以其整体并入。
[0003]本公开文本涉及表达嵌合受体的工程化的免疫细胞，例如T细胞，所述嵌合受体包含含有CD3zeta(CD3ζ)信号传导结构域的细胞内区域。在一些实施方案中，所述工程化的免疫细胞含有修饰的CD247基因座，所述基因座编码所述嵌合受体或其部分。在一些实施方案中，CD3ζ链的至少一部分由CD247基因组基因座编码。还提供含有工程化的免疫细胞的细胞组合物、用于工程化细胞的核酸，以及用于产生所述工程化细胞的方法、试剂盒和制品，如通过靶向编码嵌合受体的一部分的转基因以供整合至CD247基因组基因座的区域中。在一些实施方案中，所述工程化细胞，例如T细胞，可以与细胞疗法结合使用，包括与癌症免疫疗法结合...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种基因工程化的T细胞，其包含修饰的CD247基因座，所述修饰的CD247基因座包含编码嵌合受体的核酸序列，所述嵌合受体包含含有CD3zeta(CD3ζ)信号传导结构域的细胞内区域。2.根据权利要求1所述的基因工程化的T细胞，其中所述核酸序列包含编码所述嵌合受体的一部分的转基因序列，所述转基因序列已经任选地经由同源定向修复(HDR)整合于T细胞的内源CD247基因座处。3.根据权利要求1或权利要求2所述的基因工程化的T细胞，其中整个CD3ζ信号传导结构域或所述CD3ζ信号传导结构域的片段是由所述内源CD247基因座的开放阅读框或其部分序列编码。4.根据权利要求1
‑
3中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中编码所述嵌合受体的所述核酸序列包含以下的框内融合物：(i)编码所述嵌合受体的一部分的转基因序列，和(ii)所述内源CD247基因座的开放阅读框或其部分序列。5.一种基因工程化的T细胞，其包含修饰的CD247基因座，所述修饰的CD247基因座包含编码嵌合受体的核酸序列，所述嵌合受体包含含有CD3zeta(CD3ζ)信号传导结构域的细胞内区域，其中所述核酸序列包含以下的框内融合物：(i)编码所述嵌合受体的一部分的转基因序列，和(ii)编码所述CD3ζ信号传导结构域的内源CD247基因座的开放阅读框或其部分序列。6.根据权利要求2
‑
5中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述转基因序列与所述内源CD247基因座的开放阅读框或其部分序列的一个或多个外显子同框。7.根据权利要求2
‑
6中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述转基因序列不包含编码3'UTR的序列和/或不包含内含子。8.根据权利要求2
‑
7中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中：所述转基因序列编码所述CD3ζ信号传导结构域的片段或者不编码所述CD3ζ信号传导结构域或其片段。9.根据权利要求3
‑
8中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述开放阅读框或其部分序列包含所述内源CD247基因座的至少一个内含子和至少一个外显子，和/或编码所述内源CD247基因座的3'UTR。10.根据权利要求2
‑
9中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述转基因序列位于所述内源CD247基因座的开放阅读框的外显子1的下游和外显子8的上游；任选地所述内源CD247基因座的开放阅读框的外显子1的下游和外显子3的上游。11.根据权利要求1
‑
10中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所编码的嵌合受体的所述CD3ζ信号传导结构域的至少一个片段，任选地整个CD3ζ信号传导结构域，是由所述内源CD247基因座的开放阅读框或其部分序列编码，任选地其中所述CD3ζ信号传导结构域是由包含所述内源CD247基因座的开放阅读框的外显子2和外显子3
‑
8的至少一部分的核苷酸序列编码；或者是由不包含所述内源CD247基因座的开放阅读框的外显子1、不包含外显子1的全长和/或不包含外显子2的全长的核苷酸序列编码。12.根据权利要求1
‑
11中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所编码的嵌合受体能够经由所述CD3ζ信号传导结构域进行信号传导。13.根据权利要求1
‑
12中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所编码的CD3ζ信号传
导结构域包含选自SEQ ID NO:13
‑
15中任一项的序列，或者展现与SEQ ID NO:13
‑
15中任一项至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的序列，或者其片段。14.根据权利要求1
‑
13中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述嵌合受体是嵌合抗原受体(CAR)。15.根据权利要求1
‑
14中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述嵌合受体包含含有结合结构域的细胞外区域、跨膜结构域和细胞内区域。16.根据权利要求15所述的基因工程化的T细胞，其中所述结合结构域是或包含抗体或其抗原结合片段。17.根据权利要求15或16所述的基因工程化的T细胞，其中所述结合结构域能够与靶抗原结合，所述靶抗原与疾病、障碍或病症相关，为疾病、障碍或病症所特有，和/或在疾病、障碍或病症的细胞或组织上表达，任选地其中所述靶抗原是肿瘤抗原。18.根据权利要求17所述的基因工程化的T细胞，其中所述靶抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7
‑
H3、B7
‑
H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症
‑
睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY
‑
ESO
‑
1和LAGE
‑
2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C
‑
C基序趋化因子配体1(CCL
‑
1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD123、CD133、CD138、CD171、硫酸软骨素蛋白聚糖4(CSPG4)、表皮生长因子蛋白(EGFR)、表皮生长因子受体III型突变体(EGFR vIII)、上皮糖蛋白2(EPG
‑
2)、上皮糖蛋白40(EPG
‑
40)、肝配蛋白B2、肝配蛋白受体A2(EPHa2)、雌激素受体、Fc受体样蛋白5(FCRL5；也称为Fc受体同源物5或FCRH5)、胎儿乙酰胆碱受体(胎儿AchR)、叶酸结合蛋白(FBP)、叶酸受体α、神经节苷脂GD2、O
‑
乙酰化GD2(OGD2)、神经节苷脂GD3、糖蛋白100(gp100)、磷脂酰肌醇蛋白聚糖
‑
3(GPC3)、G蛋白偶联受体C类5族成员D(GPRC5D)、Her2/neu(受体酪氨酸激酶erb
‑
B2)、Her3(erb
‑
B3)、Her4(erb
‑
B4)、erbB二聚体、人高分子量黑色素瘤相关抗原(HMW
‑
MAA)、乙型肝炎表面抗原、人白细胞抗原A1(HLA
‑
A1)、人白细胞抗原A2(HLA
‑
A2)、IL
‑
22受体α(IL
‑
22Rα)、IL
‑
13受体α2(IL
‑
13Rα2)、激酶插入结构域受体(kdr)、κ轻链、L1细胞粘附分子(L1
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CAM)、L1
‑
CAM的CE7表位、含有富亮氨酸重复序列的蛋白8家族成员A(LRRC8A)、Lewis Y、黑色素瘤相关抗原(MAGE)
‑
A1、MAGE
‑
A3、MAGE
‑
A6、MAGE
‑
A10、间皮素(MSLN)、c
‑
Met、鼠类巨细胞病毒(CMV)、粘蛋白1(MUC1)、MUC16、自然杀伤细胞2族成员D(NKG2D)配体、黑色素A(MART
‑
1)、神经细胞粘附分子(NCAM)、癌胚胎抗原、黑色素瘤优先表达抗原(PRAME)、孕酮受体、前列腺特异性抗原、前列腺干细胞抗原(PSCA)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、受体酪氨酸激酶样孤儿受体1(ROR1)、存活蛋白、滋养层糖蛋白(TPBG，也称为5T4)、肿瘤相关糖蛋白72(TAG72)、酪氨酸酶相关蛋白1(TRP1，也称为TYRP1或gp75)、酪氨酸酶相关蛋白2(TRP2，也称为多巴色素互变异构酶、多巴色素δ异构酶或DCT)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、肾母细胞瘤1(WT
‑
1)、病原体特有的或病原体表达的抗原、或与通用标签相关的抗原、和/或生物素化分子、和/或由HIV、HCV、HBV或其他病原体表达的分子。19.根据权利要求15
‑
18中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述细胞外区域包含间隔子，任选地其中所述间隔子可操作地连接于所述结合结构域与所述跨膜结构域之间。
20.根据权利要求19所述的基因工程化的T细胞，其中所述间隔子包含免疫球蛋白铰链区和/或C
H
2区域和C
H
3区域。21.根据权利要求1
‑
20中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述细胞内区域包含一个或多个共刺激信号传导结构域。22.根据权利要求21所述的基因工程化的T细胞，其中所述一个或多个共刺激信号传导结构域包含CD28、4
‑
1BB或ICOS的细胞内信号传导结构域或其信号传导部分。23.根据权利要求2
‑
22中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中：所述转基因序列按顺序包含：编码结合结构域、任选地单链Fv片段(scFv)的核苷酸序列；间隔子，所述间隔子任选地包含来自人免疫球蛋白铰链的序列，任选地来自IgG1、IgG2或IgG4或其修饰形式的序列，任选地还包含C
H
2区域和/或C
H
3区域；以及任选地来自人CD28的跨膜结构域；细胞内区域，所述细胞内区域包含任选地来自人4
‑
1BB的共刺激信号传导结构域；和/或所述修饰的CD247基因座按顺序包含：编码结合结构域、任选地scFv的核苷酸序列；间隔子，所述间隔子任选地包含来自人免疫球蛋白铰链的序列，任选地来自IgG1、IgG2或IgG4或其修饰形式的序列，任选地还包含C
H
2区域和/或C
H
3区域；以及任选地来自人CD28的跨膜结构域；细胞内区域，所述细胞内区域包含任选地来自人4
‑
1BB的共刺激信号传导结构域；以及CD3ζ信号传导结构域。24.根据权利要求2
‑
23中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述转基因序列包含编码至少一种其他蛋白质的核苷酸序列。25.根据权利要求24所述的基因工程化的T细胞，其中所述至少一种其他蛋白质是替代标记，任选地其中所述替代标记是截短的受体，任选地其中所述截短的受体缺少细胞内信号传导结构域和/或在与其配体结合时不能介导细胞内信号传导。26.根据权利要求2
‑
25中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述转基因序列包含一个或多个多顺反子元件。27.根据权利要求26所述的基因工程化的T细胞，其中：所述转基因序列包含编码所述嵌合受体的一部分的核苷酸序列，并且所述一个或多个多顺反子元件定位于编码所述嵌合受体的部分的核苷酸序列的上游；和/或定位于编码所述嵌合受体的部分的核苷酸序列与编码所述至少一种其他蛋白质的核苷酸序列之间；和/或所述嵌合受体是CAR，所述CAR是多链CAR，并且所述一个或多个多顺反子元件定位于编码多链CAR的一条链的核苷酸序列与编码所述多链CAR的另一条链的核苷酸序列之间。28.根据权利要求26或27所述的基因工程化的T细胞，其中所述一个或多个多顺反子元件是或包含核糖体跳跃序列，任选地其中所述核糖体跳跃序列是T2A、P2A、E2A或F2A元件。29.根据权利要求1
‑
28中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述修饰的CD247基因座包含所述内源CD247基因座的启动子和/或调节或控制元件，所述启动子和/或调节或控制元件可操作地连接以控制编码所述嵌合受体的核酸序列的表达；或者其中所述修饰的CD247基因座包含一个或多个异源调节或控制元件，所述一个或多个异源调节或控制元件可操作地连接以控制所述嵌合受体或其部分的表达。30.根据权利要求1
‑
29中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述T细胞是源自受
试者的原代T细胞，任选地其中所述受试者是人。31.根据权利要求1
‑
30中任一项所述的基因工程化的T细胞，其中所述T细胞是CD8+T细胞或其亚型，或者CD4+T细胞或其亚型。32.一种多核苷酸，其包含：(a)编码嵌合受体或其部分的核酸序列；以及(b)与所述核酸序列连接的一个或多个同源臂，其中所述一个或多个同源臂包含与CD247基因座的开放阅读框或其部分序列的一个或多个区域同源的序列。33.根据权利要求32所述的多核苷酸，其中(a)的所述核酸序列编码嵌合受体的一部分，其中由所述核酸序列编码的所述嵌合受体的部分包含含有结合结构域的细胞外区域和跨膜结构域，并且不包含细胞内区域的整个CD3zeta(CD3ζ)信号传导结构域。34.一种多核苷酸，其包含：(a)编码嵌合受体的部分的核酸序列，所述嵌合受体包含含有CD3zeta(CD3ζ)信号传导结构域的细胞内区域，其中由所述核酸序列编码的所述嵌合受体的部分包含含有结合结构域的细胞外区域和跨膜结构域，并且不包含细胞内区域的整个CD3zeta(CD3ζ)信号传导结构域；以及(b)与所述核酸序列连接的一个或多个同源臂，其中所述一个或多个同源臂包含与CD247基因座的开放阅读框或其部分序列的一个或多个区域同源的序列。35.根据权利要求32
‑
34中任一项所述的多核苷酸，其中(a)的所述核酸序列是对于T细胞、任选地人T细胞的所述内源基因组CD247基因座的开放阅读框为外源或异源的序列。36.根据权利要求32
‑
35中任一项所述的多核苷酸，其中所述开放阅读框或其部分序列包含T细胞、任选地人T细胞的所述内源CD247基因座的至少一个内含子和至少一个外显子和/或3'UTR。37.根据权利要求32
‑
36中任一项所述的多核苷酸，其中在嵌合受体由引入所述多核苷酸的细胞表达时，所述CD3ζ信号传导结构域的至少一个片段、任选地整个CD3ζ信号传导结构域，是由所述内源CD247基因座的开放阅读框或其部分序列编码。38.根据权利要求32
‑
37中任一项所述的多核苷酸，其中(a)的所述核酸序列编码所述CD3ζ信号传导结构域的片段。39.根据权利要求32
‑
37中任一项所述的多核苷酸，其中(a)的所述核酸序列不编码所述CD3ζ信号传导结构域。40.根据权利要求32
‑
39中任一项所述的多核苷酸，其中(a)的所述核酸序列不包含编码3'UTR的序列；和/或不包含内含子。41.根据权利要求32
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40中任一项所述的多核苷酸，其中(a)的所述核酸序列包含与所述一个或多个同源臂中包含的所述CD247基因座的开放阅读框或其部分序列的一个或多个外显子同框的核苷酸序列；任选地其中所述开放阅读框的所述一个或多个区域是或包含：位于所述CD247基因座的开放阅读框的外显子8的上游的序列；位于所述CD247基因座的开放阅读框的外显子3的上游的序列，任选地包括所述CD247基因座的开放阅读框的外显子3的序列；和/或包括所述CD247基因座的开放阅读框的外显子2的至少一部分的序列。42.根据权利要求32
‑
41中任一项所述的多核苷酸，其中所述一个或多个同源臂不包含所述内源CD247基因座的开放阅读框的外显子1，不包含外显子1的全长和/或不包含外显子
2的全长。43.根据权利要求32
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42中任一项所述的多核苷酸，其中，在由引入所述多核苷酸的细胞表达时，所述嵌合受体能够经由所述CD3ζ信号传导结构域进行信号传导。44.根据权利要求33
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43中任一项所述的多核苷酸，其中所述整个CD3ζ信号传导结构域包含选自SEQ ID NO:13
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15中任一项的序列，或者展现与SEQ ID NO:13
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15中任一项至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的序列，或者其片段。45.根据权利要求32
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45中任一项所述的多核苷酸，其中所述一个或多个同源臂包含5'同源臂和3'同源臂，并且所述多核苷酸包含结构[5'同源臂]
‑
[(a)的核酸序列]
‑
[3'同源臂]。46.根据权利要求32
‑
45中任一项所述的多核苷酸，其中所述5'同源臂和所述3'同源臂独立地具有为或约200、300、400、500、600、700或800个核苷酸的长度，或者任何前述值之间的任何值，或者具有大于或大于约300个核苷酸的长度，任选地为或约400、500或600个核苷酸的长度，或者任何前述值之间的任何值。47.根据权利要求32
‑
46中任一项所述的多核苷酸，其中所述5'同源臂包含SEQ ID NO:80中所示的序列，或者展现与SEQ ID NO:80至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的序列或其部分序列；和/或所述3'同源臂包含SEQ ID NO:81中所示的序列，或者展现与SEQ ID NO:81至少85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高序列同一性的序列或其部分序列。48.根据权利要求32
‑
47中任一项所述的多核苷酸，其中所述嵌合受体是嵌合抗原受体(CAR)。49.根据权利要求33
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48中任一项所述的多核苷酸，其中所述结合结构域是或包含抗体或其抗原结合片段。50.根据权利要求33
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49中任一项所述的多核苷酸，其中所述结合结构域能够与靶抗原结合，所述靶抗原与疾病、障碍或病症相关，为疾病、障碍或病症所特有，和/或在疾病、障碍或病症的细胞或组织上表达，任选地其中所述靶抗原是肿瘤抗原。51.根据权利要求50所述的多核苷酸，其中所述靶抗原选自αvβ6整合素(avb6整合素)、B细胞成熟抗原(BCMA)、B7
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H3、B7
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H6、碳酸酐酶9(CA9，也称为CAIX或G250)、癌症
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睾丸抗原、癌症/睾丸抗原1B(CTAG，也称为NY
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ESO
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1和LAGE
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2)、癌胚抗原(CEA)、细胞周期蛋白、细胞周期蛋白A2、C
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C基序趋化因子配体1(CCL
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1)、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v...
【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：朱诺治疗学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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