饲用微生物产品中菌种及风险基因的高通量检测方法技术

本发明专利技术属于农业技术领域，具体涉及饲用微生物产品中菌种及风险基因的高通量检测方法。本发明专利技术的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，包括以下步骤：提取待测样品中的微生物的基因组DNA；进行高通量测序；对高通量测序结果进行数据分析，得到每种微生物的丰度；对微生物的丰度进行结果展示，展示结果显示为中文。本发明专利技术的方法能有效提取饲用微生物产品中的总DNA，并准确筛选非靶向致病菌，对《饲料添加剂品种目录》中允许使用的菌种含量进行定量分析，可对饲用微生物产品中的耐药基因、可迁移耐药基因和毒力基因进行分析、中文说明目标基因的风险和菌种溯源，有效解决饲用微生物产品存在的问题。品存在的问题。品存在的问题。

【技术实现步骤摘要】
饲用微生物产品中菌种及风险基因的高通量检测方法


[0001]本专利技术属于农业
，具体涉及饲用微生物产品中菌种和风险基因分析及菌种溯源的高通量检测方法。

技术介绍

[0002]中国是世界上最大的养殖国家，且规模化程度呈不断上升趋势。随着畜牧养殖业的稳定发展和无抗养殖的进程加快，饲用微生物产品作为抗生素的重要替代产品之一，具有良好的市场前景。然而，市场的迅猛发展也带来新的问题，部分企业生产水平较低，致使其产品含有致病微生物，有些企业由于缺乏专业背景，甚至使用《饲料添加剂品种目录(2013)》中36种允许使用的菌种以外的杂菌作为发酵菌种进行大量生产，不但可能因为引发动物疾病导致养殖行业的巨大损失，同时由于部分致病菌可引起人类疾病，对人民生命安全造成严重威胁。
[0003]另一方面，由于缺乏有效的检测手段，有些企业使用的生产菌株虽然属于《饲料添加剂品种目录(2013)》中允许使用的菌种，但含有大量风险基因，如毒力基因、耐药基因和可迁移耐药基因，不但引起环境的污染，对人畜造成威胁，甚至可通过基因转移，产生超级耐药菌，加速现有抗生素的失效，本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)提取待测样品中的微生物的基因组DNA；(2)对步骤(1)提取得到的基因组DNA进行高通量测序；(3)对步骤(2)的高通量测序结果进行数据分析，得到每种微生物的丰度，(4)对步骤(3)所得的微生物的丰度进行结果展示：S1.若菌种属于允许目录中的菌种，则输出菌种的名称和其丰度；S2.若菌种不属于允许目录中的菌种，则判断菌种的丰度，若菌种的丰度大于等于1.5％，则输出菌种的名称和其丰度；若菌种的丰度小于1.5％，则输出所有丰度小于1.5％的菌种的丰度之和。2.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，步骤S2中，若菌种的丰度大于等于1.5％、且小于10％，则分配所述菌种第一标记符；若菌种的丰度大于等于10％，则分配所述菌种第二标记符。3.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，步骤(3)的数据分析包括以下步骤：(3
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1)数据转化：将步骤(2)的高通量测序结果转化为FASTQ格式；(3
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2)数据质控：删除无效序列；(3
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3)物种注释：将步骤(3
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2)处理后的数据与物种数据库进行序列比对，进行种属分类；(3
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4)统计学分析：对步骤(3
‑
3)序列比对的结果进行统计，计算得到每种微生物的丰度。4.根据权利要求3所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，步骤(3
‑
2)中，无效序列包括单条序列中N碱基含量超过10％，或Q值小于5的碱基含量超过50％的序列。5.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，所述允许目录包括《饲料添加剂品种目录》。6.根据权利要求1或5所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，所述允许目录中的菌种包括地衣芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、两歧双歧杆菌、粪肠球菌、屎肠球菌、乳酸肠球菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、德式乳杆菌乳酸亚种、植物乳杆菌、乳酸片球菌、戊糖片球菌、产朊假丝酵母、酿酒酵母、沼泽红假单胞菌、婴儿双歧杆菌、长双歧杆菌、短双歧杆菌、青春双歧杆菌、嗜热链球菌、罗伊氏乳杆菌、动物双歧杆菌、黑曲霉、米曲霉、迟缓芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、纤维二糖乳杆菌、发酵乳杆菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种、产丙酸丙酸杆菌、布氏乳杆菌、副干酪乳杆菌、凝结芽孢杆菌、侧孢短芽孢杆菌、丁酸梭菌、约氏乳杆菌。7.根据权利要求1所述的饲用微生物产品中菌种的高通量检测方法，其特征在于，提取饲用微生物产品中的微生物的基因组DNA包括以下步骤：(1
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1)取样品，用TE缓冲液清洗样品；(1
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2)裂解样品中的微生物；(1
‑
3)向步骤(1
‑
2)所得的样品中加入核糖核酸酶，去除样品中的RNA；(1
‑
4)向步骤(1
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3)所得的样品中加入蛋白酶，去除样品中的蛋白质；
(1

【专利技术属性】
技术研发人员：李明，饶正华，孟庆石，冯潇慧，刘娜，焦京琳，谢秀兰，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：