一种预测慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的标志物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种预测慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的标志物及其应用，所述的标志物包括CTSS、CXCL3和/或RAB27B。通过检测标志物的表达水平能判断慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂耐药与否，从而便于实现针对性治疗，具有很好的临床应用前景。应用前景。应用前景。

【技术实现步骤摘要】
一种预测慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的标志物及其应用


[0001]本专利技术属于生物医药领域，具体涉及一种预测慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的标志物及其应用。

技术介绍

[0002]慢性髓系白血病(chronic myelogenous leukemia,CML),又称慢性粒细胞白血病，简称慢粒，是一种发生在多能造血干细胞上的恶性骨髓增殖性疾病，约占所有白血病的15％。
[0003]酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase omhibitor,TKI)的广泛应用显著地改善了慢性髓系白血病患者的缓解率及长期生存。但仍有小部分患者由于药物不耐受和(或)耐药而出现病情进展和难治复发，例如伊马替尼是治疗慢性期慢性粒细胞白血病的有效药物，大约有20％到30％的患者对伊马替尼耐药。因此，CML患者对酪氨酸激酶抑制剂的耐药机制是目前CML 临床治疗中的难点和研究热点。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是提供预测慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的生物标志物，改进临床诊断风险分层，在TKIs治疗时代能够更准确地早期识别对TKIs耐药的病人。
[0005]为达到上述目的，本专利技术采用了如下技术方案：
[0006]本专利技术提供了一种标志物，所述的标志物包括CTSS、CXCL3和/或 RAB27B。
[0007]如本文中在诸如“A和/或B”的短语中使用的术语“和/或”旨在包括A和B两者；A或B；A(单独)；以及B(单独)。同样地，在诸如“A、 B和/或C”的短语中使用的术语“和/或”旨在涵盖以下实施方案的每一个：A、B和C；A、B或C；A或C；A或B；B或C；A和C；A和B； B和C；A(单独)；B(单独)；以及C(单独)。
[0008]术语“生物标志物”、“标志物”是指以可用于预测个体的疾病状态的不同浓度存在于个体中的生物分子。生物标志物可包括，但不限于，核酸、蛋白质及其变体和片段。生物标志物可以是包含编码该生物标志物的全部或部分核酸序列或这类序列的互补体的DNA。可用于本专利技术的生物标志物核酸被认为包括包含任何目的核酸序列的全部或部分序列的DNA和 RNA。
[0009]在本专利技术中，生物标志物例如CTSS(geneID：1520)、CXCL3(geneID： 2921)、RAB27B(geneID：5874)，包括gene及其编码的蛋白及其同源物，突变，和同等型。该术语涵盖全长，未加工的生物标志物，以及源自细胞中加工的任何形式的生物标志物。该术语涵盖生物标志物的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。
[0010]本专利技术还提供了一种试剂，所述的试剂包括能够检测样本中前面所述的标志物表达水平的试剂。
[0011]如本文所用，术语“样本”是指从如本文所述的目的来源获得或衍生的生物样本。在一些实施方案中，目的来源包含生物体，诸如动物或人。在一些实施方案中，生物样本包含生物组织或液体。在一些实施方案中，生物样本可以是或包含骨髓；血液；血细胞；腹水；组织或细针活检样本；含有细胞的体液；游离漂浮核酸；痰液；唾液；尿液；脑脊液腹膜液；胸膜液；粪便；淋巴；皮肤拭子；口服拭子；鼻拭子；洗涤物(washings)或灌洗物，诸如导管灌洗物或支气管肺泡灌洗物；吸出物；刮屑；骨髓标本；组织活检标本；手术标本；粪便，其他体液，分泌物和/或排泄物；和/或其中的细胞等。在一些实施方案中，生物样本是或包含从个体获得的细胞。在一些实施方案中，样本是通过任何合适的手段直接从目的来源获得的“初级样本”。例如，在一些实施方案中，通过选自以下的方法获得初级生物样本：活组织检查(例如，细针抽吸或组织活组织检查)、手术组织、体液(例如，血液、淋巴、粪便等)的收集等。在一些实施方案中，如从上下文将显而易见的，术语“样本”是指通过加工(例如，通过去除初级样本的一种或多种组分和/或通过向初级样本添加一种或多种试剂)获得的制剂。例如，使用半透膜过滤。这类“经处理的样本”可以包含例如从样本中提取的或通过对初级样本进行诸如mRNA的扩增或逆转录、某些组分的分离和/或纯化等技术而获得的核酸或蛋白质。
[0012]作为一种优选的实施方式，所述的样本为细胞，更为优选的，所述的细胞为CD34+细胞。
[0013]进一步，所述的试剂包括通过数字成像技术、蛋白免疫技术、染料技术、核酸测序技术、核酸杂交技术、色谱技术、质谱技术来测量生物标志物表达水平的试剂。
[0014]作为一种可选择的实施方案，可以使用高级测序方法检测基因的表达水平。例如，可以使用Illumina检测生物标志物。下一代测序(例如， Sequencing
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By
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Synthesis或TruSeq方法，其使用例如HiSeq、HiScan、 GenomeAnalyzer或MiSeq系统)。生物标志物也可以使用离子流测序或其他合适的半导体测序方法来进行检测。
[0015]作为一种可选择的实施方案，可以使用质谱法使用RNase图谱 (mapping)对生物标志物进行定量。在通过MS或串联MS(MS/MS)方法对分离的RNA进行分析之前，可以用具有高特异性的RNA内切核酸酶 (RNase)(例如，RNase T1，其在所有未修饰的鸟苷残基的3'侧切割)对分离的RNA进行酶促消化。开发的第一种方法使用直接与ESI
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MS偶联的反相HPLC对核酸内切酶消化物进行在线色谱分离。转录后修饰的存在可以通过与基于RNA序列预期的那些的质量偏移来揭示。然后可以分离质量 /电荷值异常的离子用于串联MS测序，从而定位转录后修饰的核苷的序列位置。
[0016]基质辅助激光解吸/电离质谱法(MALDI
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MS)也已被用作获得关于转录后修饰的核苷的信息的分析方法。基于MALDI的方法可以通过分离步骤与基于ESI的方法区分。在MALDI
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MS中，质谱仪用于分离生物标志物。
[0017]进一步，所述的试剂包括：
[0018]与所述生物标志物基因特异性结合的引物或探针；
[0019]与所述生物标志物蛋白特异性结合的抗体、肽、适配体或化合物。
[0020]本文所使用的术语“引物”是指具有短游离3'
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羟基的核酸序列，是可以与互补模板形成碱基对并充当模板链复制的起点的短核酸。在适当的缓冲溶液和温度下，在存在用于聚合的试剂(即DNA聚合酶或逆转录酶)和四种不同的核苷三磷酸的情况下，引物可以引
发DNA合成。可以根据本领域已知的技术适当地选择PCR条件以及正义和反义引物的长度。
[0021]本文所使用的术语“探针”是指对应于可以特异性结合mRNA的几个碱基至数百个碱基的核酸片段(例如RNA或DNA)，并且可以通过标签来确认特定 mRNA的存在与否以及表达水平。探针可以以寡核苷酸探针、单链DNA探针、双链DNA探针或RNA探针的形式制备。可以根据本领域已知的技术适当地选择合适的探针和杂交条件。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种标志物，其特征在于，所述的标志物包括CTSS、CXCL3和/或RAB27B。2.一种试剂，所述的试剂包括能够检测样本中权利要求1所述的标志物表达水平的试剂，优选的，所述的样本为细胞，优选的，所述的细胞为CD34+细胞。3.根据权利要求2所述的试剂，其特征在于，所述的试剂包括通过数字成像技术、蛋白免疫技术、染料技术、核酸测序技术、核酸杂交技术、色谱技术、质谱技术来测量生物标志物表达水平的试剂，优选的，所述的试剂包括：与所述生物标志物基因特异性结合的引物或探针；与所述生物标志物蛋白特异性结合的抗体、肽、适配体或化合物。4.如下任一项所述的应用：(1)权利要求1所述的标志物在构建预测慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的系统中的应用；(2)权利要求2或3所述的试剂在制备预测慢性粒细胞白血病患者对酪氨酸激酶抑制剂敏感性的产品中的应用；优选的，所述的酪氨酸激酶抑制剂包括Bcr/Abl酪氨酸激酶抑制剂、表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂、血管内皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂，优选的，所述的酪氨酸激酶抑制剂为Bcr/Abl酪氨酸激酶抑制剂，优选的，所述的Bcr/Abl酪氨酸激酶抑制剂包括伊马替尼、达沙替尼、尼洛替尼、AZD9291，优选的，所述的Bcr/Abl酪氨酸激酶抑制剂为伊马替尼。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述的产品包括试剂盒、芯片。6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述的试剂盒还包括CD34+细胞免疫磁珠，优选的，所述的试剂盒还包括骨髓单个核细胞分离试剂。7.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述的芯片包括基因芯片、蛋白质芯片。8.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述的系统包括：1)...

【专利技术属性】
技术研发人员：杨承刚，常鹏，李昭然，
申请(专利权)人：青岛泱深生物医药有限公司，
类型：发明
国别省市：