基因突变检测引物组及其用途制造技术

本发明专利技术涉及基因突变检测引物组及其用途。具体地，本发明专利技术提供一种引物组合物，包含：(1)SEQ ID NO:1

【技术实现步骤摘要】
基因突变检测引物组及其用途


[0001]本专利技术涉及基因突变检测领域，具体涉及基因突变检测引物组及其用途。

技术介绍

[0002]乳腺癌是世界女性最常见的恶性肿瘤之一，占女性癌症发病总数的23％，占女性癌症死亡人数的14％。乳腺癌转移复发是患者重要的致死原因，转移后中位生存时间不足2年。在我国，近年来乳腺癌的发病率呈逐年上升的趋势。
[0003]乳腺癌的致病原因至今没有完全了解。乳腺癌家族史、乳腺良性疾病史、较晚的月经初潮年龄、较高的精神压力、较高的身体质量指数及肿瘤家族史等被认为是罹患乳腺癌的重要诱因。乳腺癌的病因从遗传角度而言也有了较多的突破，一系列乳腺癌易感基因突变被证明与乳腺癌相关。现有研究已经明确证实肿瘤细胞基因突变与乳腺癌的发展和转移密切相关。携带不同基因突变的肿瘤细胞，对各种药物的敏感性也不同。比如对带有PIK3CA基因突变的肿瘤，使用Alpelisib、Buparlisib、Buparlisib+Fulvestrant、Copanlisib、Everolimus、GDC
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0077、Serabelisib、Taselisib或Taselisib+Fulvestrant这几种药物的疗效预后更好；带有AKT1基因突变的肿瘤，使用AZD5363或Everolimus的疗效预后更好；而带有ERBB2基因突变的肿瘤，更适用Apatinib、Lapatinib或Neratinib。不同的药物和治疗方案针对带有不同突变的个体，其疗效和预后生存情况都有其针对性。
[0004]目前肿瘤突变基因检测有多种引物组和不同的方案。检测的基因越多，意味着更高的样本质量要求，更低的二代测序建库成功率和更低的基因平均覆盖倍数。前两个问题可能直接带来检测失败的结果。而基因平均覆盖倍数的降低，则意味着可能漏检关键的突变DNA，错失精准化治疗的机会。本领域仍需一种建库成功率高、基因平均覆盖倍数高的乳腺癌突变检测方法。

技术实现思路

[0005]本专利技术通过特殊设计的引物组合物，实现三种基因的突变的搞笑检测，建库成功率高、基因平均覆盖倍数高，可以用于乳腺癌分类和治疗方案的选择。
[0006]本专利技术第一方面提供一种引物组合物，包含：
[0007](1)SEQ ID NO:1
‑
SEQ ID NO:260中任意一个或多个，或
[0008](2)由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
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259的任意一个或多个或所有奇数。
[0009]在一个或多个实施方案中，所述引物组合物包含选自以下的一组、两组或全部三组：
[0010](1)SEQ ID NO:1
‑
26中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
‑
25的任意一个或多个或所有奇数，和/或，SEQ ID NO:27
‑
50中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为27
‑
49的任意一个或多个或所有奇数，
[0011](2)SEQ ID NO:51
‑
106中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，
其中n为51
‑
105的任意一个或多个或所有奇数，和/或，SEQ ID NO:107
‑
160中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为51
‑
105的任意一个或多个或所有奇数，
[0012](3)SEQ ID NO:161
‑
210中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为161
‑
209的任意一个或多个或所有奇数，和/或，SEQ ID NO:211
‑
260中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为211
‑
259的任意一个或多个或所有奇数。
[0013]在一个或多个实施方案中，所述引物组合物包含选自以下的一组、两组或全部三组：
[0014](1)SEQ ID NO:1
‑
50中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
‑
49的任意一个或多个或所有奇数，(2)SEQ ID NO:51
‑
160中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为51
‑
159的任意一个或多个或所有奇数，
[0015](3)SEQ ID NO:161
‑
260中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为161
‑
259的任意一个或多个或所有奇数。
[0016]本专利技术还提供一种基因突变检测方法，包括使用本专利技术第一方面任一实施方案所述的引物组合物扩增对象基因组的步骤。
[0017]在一个或多个实施方案中，所述方法是非治疗或诊断方法。
[0018]在一个或多个实施方案中，所述对象是乳腺癌患者。
[0019]在一个或多个实施方案中，所述方法还包括确定扩增产物序列的步骤。
[0020]在一个或多个实施方案中，所述方法还包括根据扩增产物序列确定其所覆盖的基因部分的序列的步骤。
[0021]在一个或多个实施方案中，所述方法还包括将扩增产物序列或其所覆盖的基因部分的序列与相应野生型序列比较从而确定基因突变的步骤。
[0022]本专利技术还包括本专利技术第一方面任一实施方案所述的引物组合物在制备检测基因突变的试剂盒中的用途。
[0023]在一个或多个实施方案中，所述基因包含选自以下的一种或两种或三种：AKT1、ERBB2、PIK3CA。
[0024]在一个或多个实施方案中，所述基因包含AKT1，所述引物组合物包含：SEQ ID NO:1
‑
50中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
‑
49的任意一个或多个或所有奇数。
[0025]在一个或多个实施方案中，所述基因包含ERBB2，所述引物组合物包含：SEQ ID NO:51
‑
160中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为51
‑
159的任意一个或多个或所有奇数。
[0026]在一个或多个实施方案中，所述基因包含PIK3CA，所述引物组合物包含：SEQ ID NO:161
‑
260中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为161
‑
259的任意一个或多个或所有奇数。
[0027]在一个或多个实施方案中，AKT1的突变包括的E17位点的突变。
[002本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种引物组合物，包含：(1)SEQ ID NO:1
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SEQ ID NO:260中任意一个或多个，或(2)由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
‑
259的任意一个或多个或所有奇数，优选地，所述引物组合物包含选自以下的一组、两组或全部三组：(1)SEQ ID NO:1
‑
26中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
‑
25的任意一个或多个或所有奇数，和/或，SEQ ID NO:27
‑
50中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为27
‑
49的任意一个或多个或所有奇数，(2)SEQ ID NO:51
‑
106中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为51
‑
105的任意一个或多个或所有奇数，和/或，SEQ ID NO:107
‑
160中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为51
‑
105的任意一个或多个或所有奇数，(3)SEQ ID NO:161
‑
210中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为161
‑
209的任意一个或多个或所有奇数，和/或，SEQ ID NO:211
‑
260中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为211
‑
259的任意一个或多个或所有奇数。2.如权利要求1所述的引物组合物，其包含选自以下的一组、两组或全部三组：(1)SEQ ID NO:1
‑
50中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
‑
49的任意一个或多个或所有奇数，(2)SEQ ID NO:51
‑
160中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为51
‑
159的任意一个或多个或所有奇数，(3)SEQ ID NO:161
‑
260中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为161
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259的任意一个或多个或所有奇数。3.一种基因突变检测方法，包括使用权利要求1或2所述的引物组合物扩增对象基因组的步骤，优选地，所述方法还包括确定扩增产物序列的步骤，和/或所述方法还包括根据扩增产物序列确定其所覆盖的基因部分的序列的步骤，和/或所述方法还包括将扩增产物序列或其所覆盖的基因部分的序列与相应野生型序列比较从而确定基因突变的步骤。4.权利要求1或2所述的引物组合物在制备乳腺癌鉴别试剂盒或用于选择乳腺癌治疗方案的试剂盒中的用途，优选地，所述引物组合物用于检测基因突变，所述基因包含选自以下的一种或两种或三种：AKT1、ERBB2、PIK3CA。5.如权利要求4所述的用途，其特征在于，所述基因突变包含AKT1的突变，所述引物组合物包含：SEQ ID NO:1
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50中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为1
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49的任意一个或多个或所有奇数；优选地，所述乳腺癌是AKT1突变型乳腺癌，所述治疗方案包括给予治疗AKT1突变型乳腺癌的药物，或所述基因突变包含ERBB2的突变，所述引物组合物包含：SEQ ID NO:51
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160中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为51
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159的任意一个或多个或所有奇数；优选地，所述乳腺癌是ERBB2突变型乳腺癌，所述治疗方案包括给予治疗ERBB2突变型乳
腺癌的药物，或所述基因突变包含PIK3CA的突变，所述引物组合物包含：SEQ ID NO:161
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260中任意一个或多个，或由SEQ ID NO:n和n+1组成的引物对，其中n为161
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259的任意一个或多个或所有奇数；优选地，所述乳腺癌是PIK3CA突变型乳腺癌，所述治疗方案包括给予治疗P...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄薇，施锦绣，牛振民，
申请(专利权)人：上海市生物医药技术研究院，
类型：发明
国别省市：