用于抗体优化的变异核酸文库制造技术

本文提供了与优化抗体的文库有关的方法和组合物，所述优化抗体的文库具有编码包含修饰序列的抗体的核酸。本文所述的文库包括斑驳化的文库，其包含各自编码至少一个预定参考核酸序列的预定变体的核酸。本文进一步描述了当翻译所述核酸文库时生成的蛋白质文库。本文进一步描述了表达本文所述的斑驳化核酸文库的细胞文库。细胞文库。细胞文库。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于抗体优化的变异核酸文库
交叉引用
[0001]本申请要求2019年2月26日提交的第62/810,379号美国临时专利申请和2019年4月5日提交的第62/830,296号美国临时专利申请的权益，所述临时申请中的每一个均通过引用而整体并入。

技术介绍

[0002]抗体具有以高特异性和亲和力与生物靶标结合的能力。然而，由于免疫效应与功效的平衡，治疗性抗体的设计具有挑战性。因此，需要开发用于优化抗体性质的组合物和方法。援引并入
[0003]本说明书中所提及的所有出版物、专利和专利申请均通过引用并入本文，其程度犹如具体地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请均通过引用而并入。

技术实现思路

[0004]本文提供用于优化抗体的方法、组合物和系统。
[0005]本文提供了包含编码抗体或抗体片段的多个序列的核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于输入序列包含预定数目的突变；所述文库包含至少5,000个变异序列，其中所述至少5,000个变异序列中的每一个以不超过所述文库中其他任何变异序列的量的50％的量呈现；并且至少一个序列编码具有比所述输入序列更高的结合亲和力的抗体或抗体片段。本文进一步提供了核酸文库，其中所述文库包含至少50,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中所述文库包含至少100,000个变异序列。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一些所述序列编码抗体轻链。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一些所述序列编码抗体重链。本文进一步提供了核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少一个突变。本文进一步提供了核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少两个突变。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个所述突变存在于至少两个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中至少一个所述突变存在于至少三个个体中。本文进一步提供了核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列的种系序列在重链或轻链的每个CDR中包含至少一个突变。
[0006]本文提供了抗体，其中所述抗体包含CDR
‑
H3，该CDR
‑
H3包含SEQ ID NO:1
‑
35中的任一个的序列。本文提供了抗体，其中所述抗体包含CDR
‑
H3，该CDR
‑
H3包含SEQ ID NO:1
‑
35中的任一个的序列；并且其中所述抗体是单克隆抗体、多克隆抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、移植抗体、人抗体、人源化抗体、合成抗体、嵌合抗体、骆驼化抗体、单链Fv(scFv)、单链抗体、Fab片段、F(ab')2片段、Fd片段、Fv片段、单结构域抗体、分离的互补决定区(CDR)、双抗体、仅由单个单体可变域组成的片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、胞内抗体、抗独特型(抗
‑
Id)抗体，或它们的抗原结合片段。
[0007]本文提供了抑制PD
‑
1活性的方法，其包括施用如本文所述的抗体。本文提供了治疗增生性病症的方法，其包括向有需要的受试者施用如本文所述的抗体。本文进一步提供了治疗增生性病症的方法，其中所述增生性病症是癌症。本文进一步提供了治疗增生性病症的方法，其中所述癌症是肺癌、头颈部鳞状细胞癌、结直肠癌、黑素瘤、肝癌、经典霍奇金淋巴瘤、肾癌、胃癌、宫颈癌、merkel细胞癌、B细胞淋巴瘤或膀胱癌。
[0008]本文提供了包含多个核酸的核酸文库，其中所述多个核酸中的每个核酸编码当翻译时编码抗体的序列，其中所述抗体包含CDR
‑
H3环，该CDR
‑
H3环包含PD
‑
1结合域，并且其中所述多个核酸中的每个核酸包含编码所述PD
‑
1结合域的序列变体的序列。本文进一步提供了核酸文库，其中所述CDR
‑
H3环当翻译时的长度为约20至约80个氨基酸。本文进一步提供了核酸文库，其中所述CDR
‑
H3环的长度为约80至约230个碱基对。本文进一步提供了核酸文库，其中所述抗体进一步包含一个或多个选自轻链可变域(VL)、重链可变域(VH)、轻链恒定域(CL)和重链恒定域(CH)的结构域。本文进一步提供了核酸文库，其中所述VH结构域的长度为约90至约100个氨基酸。本文进一步提供了核酸文库，其中所述VL结构域的长度为约90至约120个氨基酸。本文进一步提供了核酸文库，其中所述VH结构域的长度为约280至约300个碱基对。本文进一步提供了核酸文库，其中所述VL结构域的长度为约300至约350个碱基对。本文进一步提供了核酸文库，其中所述文库包含至少10
10
个不相同的核酸。本文进一步提供了核酸文库，其中所述文库包含至少10
12
个不相同的核酸。本文进一步提供了核酸文库，其中所述抗体包含单个免疫球蛋白结构域。本文进一步提供了核酸文库，其中所述抗体包含至多100个氨基酸的肽。本文进一步提供了核酸文库，其中所述PD
‑
1结合域包含拟肽或小分子模拟物。
[0009]本文提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述多个蛋白质中的每个蛋白质包含抗体，其中所述抗体包含CDR
‑
H3环，该CDR
‑
H3环包含PD
‑
1结合域的序列变体。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述CDR
‑
H3环的长度为约20至约80个氨基酸。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述抗体进一步包含一个或多个选自轻链可变域(VL)、重链可变域(VH)、轻链恒定域(CL)和重链恒定域(CH)的结构域。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述VH结构域的长度为约90至约100个氨基酸。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述VL结构域的长度为约90至约120个氨基酸。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述多个蛋白质用来生成拟肽文库。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述蛋白质文库包含抗体。
[0010]本文提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述多个蛋白质中的每个蛋白质包含编码不同PD
‑
1结合域的序列，并且其中每个PD
‑
1结合域的长度为约20至约80个氨基酸。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述蛋白质文库包含肽。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述蛋白质文库包含免疫球蛋白。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述蛋白质文库包含抗体。本文进一步提供了包含多个蛋白质的蛋白质文库，其中所述多个蛋白质用来生成拟肽文库。
[0011]本文提供了包含如本文所述的核酸文库的载体文库。本文提供了包含如本文所述的核酸文库的细胞文库。本文提供了包含如本文所述的蛋白质文库的细胞文库。
[0012]本文提本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种核酸文库，其包含：多个序列，其包含当翻译时编码抗体或抗体片段的核酸，其中每个序列相对于抗体的输入序列在CDR内包含预定数目的突变；其中所述文库包含至少50,000个变异序列，每个变异序列以平均频率的1.5倍内的量呈现；并且其中至少一个序列当翻译时编码这样的抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段的结合亲和力是所述输入序列的结合亲和力的至少2.5倍。2.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述文库包含至少100,000个变异序列。3.根据权利要求1所述的核酸文库，其中至少一些所述序列编码抗体轻链。4.根据权利要求1所述的核酸文库，其中至少一些所述序列编码抗体重链。5.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列在重链或轻链的CDR中包含至少一个突变。6.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列在重链或轻链的CDR中包含至少两个突变。7.根据权利要求1所述的核酸文库，其中至少一个所述突变存在于至少两个个体中。8.根据权利要求1所述的核酸文库，其中至少一个所述突变存在于至少三个个体中。9.根据权利要求1所述的核酸文库，其中至少一个序列在翻译时编码这样的抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段的结合亲和力是所述输入序列的结合亲和力的至少5倍。10.根据权利要求1所述的核酸文库，其中至少一个序列当翻译时编码这样的抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段的结合亲和力是所述输入序列的结合亲和力的至少25倍。11.根据权利要求1所述的核酸文库，其中至少一个序列当翻译时编码这样的抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段的结合亲和力是所述输入序列的结合亲和力的至少50倍。12.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述多个序列中的每个序列相对于所述输入序列的种系序列在重链或轻链的CDR中包含至少一个突变。13.根据权利要求1
‑
12中任一项所述的核酸文库，其中所述CDR是重链上的CDR1、CDR2和CDR3。14.根据权利要求1
‑
13中任一项所述的核酸文库，其中所述CDR是轻链上的CDR1、CDR2和CDR3。15.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述至少一个序列当翻译时编码这样的抗体或抗体片段，该抗体或抗体片段的结合亲和力是所述输入序列的至少70倍。16.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述至少一个序列当翻译时编码K
D
小于50nM的抗体或抗体片段。17.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述至少一个序列当翻译时编码K
D
小于25nM的抗体或抗体片段。18.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述至少一个序列当翻译时编码K
D
小于10nM的抗体或抗体片段。19.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述至少一个序列当翻译时编码K
D
小于5nM的抗体或抗体片段。20.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述文库包含SEQ ID NO:1
‑
6或9
‑
70中的任
一个的CDR序列。21.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述文库包含SEQ ID NO:1
‑
6或9
‑
70中的任一个的CDRH1、CDRH2或CDRH3序列。22.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述文库包含至少一个编码以小于10nM的K
D
与PD
‑
1结合的抗体或抗体片段的序列。23.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述文库包含至少一个编码以小于5nM的K
D
与PD
‑
1结合的抗体或抗体片段的序列。24.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述文库包含至少五个编码以小于10nM的K
D
与PD
‑
1结合的抗体或抗体片段的序列。25.根据权利要求1所述的核酸文库，其中所述文库包含至少100,000个变异序列。26.一种抗体，其中所述抗体包含SEQ ID NO:1
‑
6或9
‑
70中的任一个的序列。27.一种抗体，其中所述抗体包含SEQ ID NO:1
‑
6或9
‑
34中的任一个的序列；并且其中所述抗体是单克隆抗体、多克隆抗体、双特异性抗体、多特异性抗体、移植抗体、人抗体、人源化抗体、合成抗体、嵌合抗体、骆驼化抗体、单链Fv(scFv)、单链抗体、Fab片段、F(ab')2片段、Fd片段、Fv片段、单结构域抗体、分离的互补决定区(CDR)、双抗体、仅由单个单体可变域组成的片段、二硫键连接的Fv(sdFv)、胞内抗体、抗独特型(抗
‑
Id)抗体，或它们的抗原结合片段。28.一种抑制PD
‑
1活性的方法，其包括施用权利要求26或27的抗体。29.一种用于治疗增生性病症的方法，其包括向有需要的受试者施用权利要求26或27的抗体。30.根据权利要求29所述的方法，其中所述增生性病症是癌症。31.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：亚伦，
申请(专利权)人：特韦斯特生物科学公司，
类型：发明
国别省市：