一种构建骨髓增生异常综合征进展基因预测模型的方法技术

本发明专利技术公开了一种构建骨髓增生异常综合征进展基因预测模型的方法，包括以下步骤：收集三组患者的样本，提取DNA并测序，得到基因突变谱和突变频率；各基因的突变频率按以下划分标准形成四个模块：模块1：基因突变率在各组呈上升趋势；模块2：基因突变率在各组呈下降趋势；模块3：基因在高危MDS组的突变频率低于低危MDS组，且在MDS

【技术实现步骤摘要】
一种构建骨髓增生异常综合征进展基因预测模型的方法


[0001]本专利技术涉及一种构建骨髓增生异常综合征进展基因预测模型的方法。

技术介绍

[0002]骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes，MDS)是一组常见的由于骨髓造血干祖细胞克隆性增生导致的血液系统恶性肿瘤。MDS的发生发展已被公认是一个多步骤过程，包括MDS前期，MDS期以及MDS继发白血病期。它的发生发展与骨髓微环境失调，额外驱动突变的逐步获得有关。在这个多步骤过程中，多次获得几个具有选择优势的突变使得这些带有相同突变的优势细胞群持续扩增。
[0003]目前克隆演化过程分为线性进展模式和分支进展模式。线性进化模式的特征是在获得其他突变后，持续出现来自其祖先克隆的显性克隆，这些克隆不断扩增其祖先克隆。分支进化模式的标志是指同时或先后出现来自一个共同祖先克隆的不同亚克隆，导致包含部分重叠的一组突变的相关(亚)克隆共存。这些亚克隆之间复杂的遗传多样性可能导致更复杂的疾病类型，且可能导致治疗耐药，因为某些亚克隆可能对特定类型的治疗有抗性。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种构建骨髓增生异常综合征进展基因预测模型的方法，其特征在于包括以下步骤：(1)收集低危型、高危型骨髓增生异常综合征患者和白血病患者的样本，提取各样本的DNA；由低危型、高危型骨髓增生异常综合征患者的样本构成训练集；(2)对三组患者的DNA样品进行测序，通过与hg19参考基因组比对，得到基因突变谱和突变频率；各基因的突变频率按以下划分标准形成四个模块：模块1：基因突变率从低危MDS到MDS
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AML组呈上升趋势；模块2：基因突变率从低危MDS到MDS
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AML组呈下降趋势；模块3：基因在高危MDS组的突变频率低于低危MDS组，且在MDS
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AML组的突变频率最高；模块4：基因在高危MDS组的突变频率高于低危MDS组，且在MDS
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AML组的突变频率最低；纳入这四个模块的基因为MDS进展相关基因；(3)按照四个模块，将训练样本DNA中的MDS进展相关基因选取出，并且进行突变标记，当存在突变时标记为A1，不存在突变时标记为A2；以各训练样本的MDS进展相关基因突变标记作为输入，对SVM分类器模型进行训练，完成模型的构建。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤(2)所述的MDS进展相关基因为：ABL1、ANKRD26、ARID1A、ATG2B、BCORL1、BIRC3、BRAF、BRINP3、CALR、CARD11、CBL、CCND3、CEBPA、CREBBP、CUX1、CXCR4、DDX3X、DNM2、DNMT3A、ECT2L、EP300、ETNK1、EZH2、FAM46C、FGFR3、FLT3、GATA1、GATA2、ID3、IDH1、JAK1、JAK2、JAK3、KDM6A、KIT、KMT2A、MAPK1、MPL、NOTCH1、PDS5B、PHF6、PIGA、PLCG1、PRKCB、PRPF40B、RAD21、RBBP6、RELN、RU...

【专利技术属性】
技术研发人员：侯珺，杜欣，孙启慧，
申请(专利权)人：华南理工大学，
类型：发明
国别省市：