【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于基于上下文压缩免疫肿瘤学生物标志物的基因组数据的方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请根据35U.S.C.
§
119(e)要求于2019年4月18日提交的美国临时申请第62/835,586 号的权益。前述申请的全部内容以引用的方式并入本文中。
技术介绍
[0003]核酸测序数据可以以各种方式获得，包含使用下一代测序系统，例如实施Ion Torrent
TM
测序技术的Ion PGM
TM
、Ion Proton
TM
和Ion S5
TM
系统(参见例如，于2011年5月24日发布的美国专利第7,948,015号、于2010年6月3日公布的美国专利申请公开第2010/0137143号、于2009年1月29日公布的美国专利申请公开第2009/0026082号和于2010年11月11日公布的美国专利申请公开第2010/0282617号，所述专利通过引用以其整体全部并入本文中)。此类下一代测序系统可以与针对所关注的靶标的引物结合使用，所述...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种方法，其包括：接收对测试样品执行的基因表达测定的多个靶向基因的多个读段数量，其中所述多个靶向基因被组织成多个类别，其中所述多个类别中的第k个类别表示与所述第k个类别中的靶向基因相关的功能上下文，其中所述第k个类别具有与所述多个靶向基因中的N
k
个靶向基因相关的N
k
个读段数量；针对所述多个类别中的每个第k个类别，确定所述第k个类别中的每个第i个靶向基因的读段数量；压缩所述第k个类别中的所述N
k
个读段数量以形成所述第k个类别的压缩值，其中所述压缩值具有所述第k个类别的减少量的数据以用于存储在存储器中；以及将所述压缩值与所述第k个类别的基线值进行比较以确定对应于与所述第k个类别相关的所述功能上下文的签名的富集或丢失。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述压缩进一步包括计算所述第k个类别的所述N
k
个读段数量的中值以形成所述压缩值，其中对于比较步骤，所述基线值为中值基线值。3.根据权利要求1所述的方法，其中所述压缩进一步包括计算所述第k个类别的所述N
k
个读段数量的平均值以形成所述压缩值，其中对于比较步骤，所述基线值为平均基线值。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第k个类别的所述减少量的数据的压缩比为N
k
:1。5.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个类别包含用于免疫炎症功能上下文的类别。6.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个类别包含用于IFNG签名功能上下文的类别。7.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个类别包含用于免疫豁免功能上下文的类别。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个类别包含用于免疫逃逸功能上下文的类别。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个类别包含用于T细胞运输功能上下文的类别。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个类别包含用于免疫沙漠功能上下文的类别。11.根据权利要求1所述的方法，其中将所述压缩值与基线值进行比较的步骤进一步包括确定所述压缩值与所述基线值相比的变化倍数水平。12.根据权利要求11所述的方法，其进一步包括向所述变化倍数水平分配评分。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述变化倍数水平的大于2倍增加被分配评分值+1，所述变化倍数水平的大于2倍减少被分配评分值
‑
1，并且介于所述2倍减少与所述2倍增加之间的变化倍数水平被分配评分值0。14.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：从对所述测试样品执行的多个测定接收多个测定结果，所述多个测定包含肿瘤突变负荷(TMB)测定、微卫星不稳定性测定(MSI)和T细胞受体(TCR)测定中的一种或多种；以及向通过所述多个测定提供的每个测定结果分配评分。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述多个测定结果包含高、中等或低TMB结果值，所述方法进一步包括向所述高TMB结果值分配评分值+1、向所述中等TMB结果值分配0并且向所述低TMB结果值分配
‑
1。16.根据权利要求14所述的方法，其中所述多个测定结果包含MSI
‑
H(高)...
【专利技术属性】
技术研发人员：F，
申请(专利权)人：生命科技股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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