用于调节剪接的方法和组合物技术

本文描述了调节基因编码的mRNA(例如前mRNA)的剪接的小分子剪接调节剂化合物，以及使用所述小分子剪接调节剂化合物调节剪接和治疗疾病和病症的方法。治疗疾病和病症的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于调节剪接的方法和组合物
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2019年2月5日提交的美国临时申号62/801,478的权益，该美国临时申通过引用整体并入本文。

技术介绍

[0003]人类基因组中的大多数蛋白质编码基因由被内含子(非编码区)分开的多个外显子(编码区)组成。基因表达产生单一前体信使RNA(前mRNA)。内含子序列随后通过称为剪接的过程从所述前mRNA去除，这导致成熟的信使RNA(mRNA)。通过包含不同的外显子组合，选择性剪接产生了编码不同蛋白质同种型的多个mRNA。剪接体(多种蛋白质和核糖核蛋白的细胞内复合物)催化剪接。
[0004]目前用于指导和控制mRNA表达的治疗方法需要诸如基因疗法、基因组编辑或多种寡核苷酸技术(反义，RNAi等)的方法。基因疗法和基因组编辑通过影响DNA编码并由此改变mRNA表达而在mRNA转录的上游起作用。寡核苷酸通过规范的碱基/碱基杂交来调节RNA的作用。这种方法的吸引力在于寡核苷酸的基本药效团的设计，其可以通过与靶序列对象的已知碱基配对而以直接的方式定义。这些治疗方式中的每一种都面临着巨大的技术、临床和监管挑战。寡核苷酸作为治疗剂(例如反义，RNAi)的一些局限性包括不利的药物动力学、口服生物利用度不足和血脑屏障穿透不足，后者阻止在胃肠外药物施用后递送至脑或脊髓用于治疗疾病(例如神经疾病，脑癌)。此外，如果没有复杂的递送系统(如脂质纳米颗粒)，则寡核苷酸不能有效地吸收到实体瘤中。此外，吸收到细胞和组织中的大多数寡核苷酸保留在非功能性区室(例如内体)中，无法进入靶标所位于的细胞质和/或细胞核。
[0005]此外，为了退火至靶标，寡核苷酸疗法需要接近靶标的互补碱基对。该方法假定前mRNA序列作为RNA的线性链存在于细胞中。然而，前mRNA很少是线性的；它具有复杂的二级和三级结构。此外，顺式作用元件(例如蛋白质结合元件)和反式作用因子(例如剪接复合物组分)可以产生另外的二维和三维复杂性(例如，通过与前mRNA结合)。这些特征可能是寡核苷酸疗法的效力和功效限制。
[0006]通过引用并入
[0007]在本说明书中提及的所有公布、专利和专利申请均通过引用并入，其程度如同每个单独的公布、专利或专利申请被具体且单独地指明为以引用方式并入一样。

技术实现思路

[0008]本文所述的新型小分子剪接调节剂(SMSM)没有上述限制，也没有极大地限制寡核苷酸治疗的结构和空间障碍(例如，通过阻断与前mRNA靶标的杂交)。小分子对于揭示许多细胞过程(包括DNA复制/转录和翻译)的机制、调控和功能至关重要。尽管最近的若干篇报道描述了对小分子剪接效应子的筛选，但仅鉴定了少量的组成型或替代性剪接调节剂，许多小分子抑制剂缺乏特异性、缺乏选择性、缺乏效力、展示毒性或口服不可用。用小分子调节剂靶向RNA转录组代表了一种未开发的治疗方法以治疗多种RNA介导的疾病。因此，仍然
需要开发用作治疗剂的小分子RNA调节剂。在本领域中需要剪接或剪接依赖性过程的新型调节剂。本文提供了满足该需求的小分子剪接调节剂及其用途。
[0009]在一个方面，本文提供了式(I)的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物：
[0010][0011]其中
[0012]A为
‑
CR
A
＝CR
A
‑
；
[0013]E为
‑
NR
‑
、
‑
O
‑
、
‑
S
‑
、
‑
S(＝O)
‑
、
‑
S(＝O)2‑
或
‑
S(＝O)(＝NR
E
)
‑
；
[0014]R
E
为氢、取代或未取代的C1‑
C3烷基、取代或未取代的C3‑
C6环烷基、取代或未取代的C2‑
C5杂环烷基、取代或未取代的C2‑
C3烯基或取代或未取代的C2‑
C3炔基；
[0015]每个R
A
独立地选自由以下组成的组：氢、氘、F、Cl、
‑
CN、
‑
OR1、
‑
SR1、
‑
S(＝O)R1、
‑
S(＝O)2R1、取代或未取代的C1‑
C4烷基、取代或未取代的C1‑
C4卤代烷基、取代或未取代的C1‑
C4杂烷基、取代或未取代的C3‑
C4环烷基以及取代或未取代的C2‑
C3杂环烷基；
[0016]环Q为取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基；
[0017]X为
‑
NR3‑
；
[0018]Z为CR2；
[0019]W为取代或未取代的C1‑
C3亚烷基、取代或未取代的C1‑
C2杂亚烷基、取代或未取代的C3‑
C8环亚烷基、取代或未取代的C2‑
C7杂环亚烷基或取代或未取代的C2‑
C3亚烯基；
[0020]R为氢；
[0021]每个R1独立地为氢、氘、取代或未取代的C1‑
C4烷基、
‑
CD3、取代或未取代的C1‑
C4卤代烷基、取代或未取代的C1‑
C4杂烷基、取代或未取代的C3‑
C6环烷基、取代或未取代的C2‑
C5杂环烷基、取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基；
[0022]R2为氢、氘、取代或未取代的C1–
C4烷基、
–
CD3或取代或未取代的C1–
C4卤代烷基；
[0023]R3为氢、
–
CN、取代或未取代的C1–
C4烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C4卤代烷基、取代或未取代的C1–
C4杂烷基、
–
C1‑
C4亚烷基
‑
OR1、取代或未取代的C3–
C4环烷基或取代或未取代的C2–
C3杂环烷基；
[0024]每个R
11
、R
12
、R
13
、R
14
、R
16
和R
17
独立地选自由以下组成的组：氢、氘、F、
–
OR1、取代或未取代的C1–
C4烷基、取代或未取代的C1–
C4氟代烷基以及取代或未取代的C1–
C4杂烷基；
[0025]R
15
和R
18
是相同的并且选自由以下组成的组：F、
–
OR1、取代或未取代的C1–
C4烷基、取代或未取代的C1–
C4氟代烷基以及取代或未取代的C1–
C4杂烷基；
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种式(I)的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物：其中A为
‑
CR
A
＝CR
A
‑
；E为
–
NR
‑
、
‑
O
‑
、
‑
S
‑
、
‑
S(＝O)
‑
、
‑
S(＝O)2‑
或
‑
S(＝O)(＝NR
E
)
‑
；R
E
为氢、取代或未取代的C1‑
C3烷基、取代或未取代的C3–
C6环烷基、取代或未取代的C2–
C5杂环烷基、取代或未取代的C2‑
C3烯基或取代或未取代的C2‑
C3炔基；每个R
A
独立地选自由以下组成的组：氢、氘、F、Cl、
–
CN、
–
OR1、
–
SR1、
–
S(＝O)R1、
–
S(＝O)2R1、取代或未取代的C1–
C4烷基、取代或未取代的C1–
C4卤代烷基、取代或未取代的C1–
C4杂烷基、取代或未取代的C3–
C4环烷基以及取代或未取代的C2–
C3杂环烷基；环Q为取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基；X为
‑
NR3‑
；Z为CR2；W为取代或未取代的C1‑
C3亚烷基、取代或未取代的C1–
C2杂亚烷基、取代或未取代的C3–
C8环亚烷基、取代或未取代的C2–
C7杂环亚烷基或取代或未取代的C2‑
C3亚烯基；R为氢；每个R1独立地为氢、氘、取代或未取代的C1–
C4烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C4卤代烷基、取代或未取代的C1–
C4杂烷基、取代或未取代的C3–
C6环烷基、取代或未取代的C2–
C5杂环烷基、取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基；R2为氢、氘、取代或未取代的C1–
C4烷基、
–
CD3或取代或未取代的C1–
C4卤代烷基；R3为氢、
–
CN、取代或未取代的C1–
C4烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C4卤代烷基、取代或未取代的C1–
C4杂烷基、
–
C1‑
C4亚烷基
‑
OR1、取代或未取代的C3–
C4环烷基或取代或未取代的C2–
C3杂环烷基；每个R
11
、R
12
、R
13
、R
14
、R
16
和R
17
独立地选自由以下组成的组：氢、氘、F、
–
OR1、取代或未取代的C1–
C4烷基、取代或未取代的C1–
C4氟代烷基以及取代或未取代的C1–
C4杂烷基；R
15
和R
18
是相同的并且选自由以下组成的组：F、
–
OR1、取代或未取代的C1–
C4烷基、取代或未取代的C1–
C4氟代烷基以及取代或未取代的C1–
C4杂烷基；a为0；b为0；c为1；并且d为1，条件是所述化合物不是表1A中的化合物。2.根据权利要求1所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中所述式(I)的化合物具有式(Ia)的结构：
3.根据权利要求1或权利要求2所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中所述式(I)的化合物具有式(Ib)的结构：4.根据权利要求1或权利要求2所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中所述式(I)的化合物具有式(Ic)的结构：5.根据权利要求1
–
4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为取代或未取代的芳基。6.根据权利要求5所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为被1、2或3个独立地选自由以下组成的组的取代基取代的2
‑
羟基
‑
苯基：氘、卤素、
–
OH、
–
NO2、
–
CN、
–
SR1、
–
S(＝O)R1、
–
S(＝O)2R1、
–
N(R1)2、
–
C(＝O)R1、
–
OC(＝O)R1、
–
C(＝O)OR1、
–
C(＝O)N(R1)2、取代或未取代的C1‑
C6烷基、取代或未取代的C2‑
C6烯基、取代或未取代的C2‑
C6炔基、取代或未取代的C1‑
C6烷氧基、取代或未取代的C3‑
C7环烷基、取代或未取代的C2‑
C7杂环烷基、取代或未取代的芳基以及取代或未取代的杂芳基；其中每个R1独立地为氢、氘、取代或未取代的C1–
C6烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C6卤代烷基、取代或未取代的C1–
C6杂烷基、取代或未取代的C3–
C8环烷基、取代或未取代的C2–
C7杂环烷基、取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基。7.根据权利要求6所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为被取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基取代的2
‑
羟基
‑
苯基。8.根据权利要求7所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为被取代或未取代的芳基取代的2
–
羟基
‑
苯基，其中如果芳基被取代，则其被1或2个独立地选自由以下组成的组的取代基取代：氘、卤素、
–
OH、
–
NO2、
–
CN、
–
SR1、
–
S(＝O)R1、
–
S(＝O)2R1、
–
N(R1)2、
–
C(＝O)R1、
–
OC(＝O)R1、
–
C(＝O)OR1、
–
C(＝O)N(R1)2、取代或未取代的C1‑
C6烷基、取代或未取代的C2‑
C6烯基、取代
或未取代的C2‑
C6炔基、取代或未取代的C1‑
C6烷氧基、取代或未取代的C3‑
C7环烷基以及取代或未取代的C2‑
C7杂环烷基；其中每个R1独立地为氢、氘、取代或未取代的C1–
C4烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C4卤代烷基、取代或未取代的C1–
C4杂烷基、取代或未取代的C3–
C6环烷基、取代或未取代的C2–
C5杂环烷基、取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基。9.根据权利要求7所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为被取代或未取代的杂芳基取代的2
–
羟基
‑
苯基，其中如果杂芳基被取代，则其被1或2个独立地选自由以下组成的组的取代基取代氘、卤素、
–
OH、
–
NO2、
–
CN、
–
SR1、
–
S(＝O)R1、
–
S(＝O)2R1、
–
N(R1)2、
–
C(＝O)R1、
–
OC(＝O)R1、
–
C(＝O)OR1、
–
C(＝O)N(R1)2、取代或未取代的C1‑
C6烷基、取代或未取代的C2‑
C6烯基、取代或未取代的C2‑
C6炔基、取代或未取代的C1‑
C6烷氧基、取代或未取代的C3‑
C7环烷基以及取代或未取代的C2‑
C7杂环烷基；其中每个R1独立地为氢、氘、取代或未取代的C1–
C4烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C4卤代烷基、取代或未取代的C1–
C4杂烷基、取代或未取代的C3–
C6环烷基、取代或未取代的C2–
C5杂环烷基、取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基。10.根据权利要求1
‑
4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为取代或未取代的杂芳基。11.根据权利要求10所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为取代或未取代的5元或6元单环杂芳基。12.根据权利要求10所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为取代或未取代的6元单环杂芳基。13.根据权利要求10所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环Q为选自由以下组成的组的6元单环杂芳基：物，其中环Q为选自由以下组成的组的6元单环杂芳基：其中每个R
Q
独立地选自由以下组成的组：氢、氘、
–
F、
–
Cl、
–
CN、
–
OH、
–
CH3、
–
CH2CH3、
–
CH2CH2CH3、
–
CH(CH3)2、
–
CF3、
‑
OCH3、
–
OCH2CH3、
–
CH2OCH3、
–
OCH2CH2CH3和
‑
OCH(CH3)2；并且环P为取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基。14.根据权利要求1
–
4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中：
环Q为其中每个R
Q
独立地选自由以下组成的组：氢、氘、
–
F、
–
Cl、
–
CN、
–
OH、
–
CH3、
–
CH2CH3、
–
CH2CH2CH3、
–
CH(CH3)2、
–
CF3、
–
OCH3、
–
OCH2CH3、
–
CH2OCH3、
–
OCH2CH2CH3和
‑
OCH(CH3)2；并且环P为取代或未取代的芳基或取代或未取代的杂芳基。15.根据权利要求13或权利要求14所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中每个R
Q
独立地选自由以下组成的组：氢、
–
F、
–
Cl、
–
CN、
–
OH、
–
CH3、
–
CF3和
–
OCH3。16.根据权利要求13
‑
15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环P为取代或未取代的杂芳基。17.根据权利要求13
‑
15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环P为选自由以下组成的组的杂芳基：受的溶剂化物，其中环P为选自由以下组成的组的杂芳基：受的溶剂化物，其中环P为选自由以下组成的组的杂芳基：其中每个R
B
独立地选自由以下组成的组：氘、氢、卤素、羟基、氰基、取代或未取代的C1‑
C6烷基、
‑
CD3、取代或未取代的C1–
C6氟代烷基、取代或未取代的C2‑
C6烯基、取代或未取代的C2‑
C6炔基、取代或未取代的C1‑
C6烷氧基、氘取代的C1‑
C6烷氧基、
‑
OCD3、取代或未取代的C3–7环烷基、取代或未取代的C2–
C7杂环烷基、取代或未取代的芳基以及取代或未取代的杂芳基；R
B1
选自由以下组成的组：氢、氘、取代或未取代的C1‑
C6烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C6氟代烷基、取代或未取代的C1‑
C6杂烷基、取代或未取代的C3–7环烷基以及取代或未取代的C2–
C7杂环烷基；并且m为1、2或3。
18.根据权利要求13
‑
15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中环P为选自由以下组成的组的杂芳基：受的溶剂化物，其中环P为选自由以下组成的组的杂芳基：其中每个R
B
独立地选自由以下组成的组：氘、氢、卤素、羟基、氰基、取代或未取代的C1‑
C6烷基、
‑
CD3、取代或未取代的C1–
C6氟代烷基、取代或未取代的C2‑
C6烯基、取代或未取代的C2‑
C6炔基、取代或未取代的C1‑
C6烷氧基、氘取代的C1‑
C6烷氧基、
‑
OCD3、取代或未取代的C3–7环烷基、取代或未取代的C2–
C7杂环烷基、取代或未取代的芳基以及取代或未取代的杂芳基；R
B1
选自由以下组成的组：氢、氘、取代或未取代的C1‑
C6烷基、
–
CD3、取代或未取代的C1–
C6氟代烷基、取代或未取代的C1‑
C6杂烷基、取代或未取代的C3–7环烷基以及取代或未取代的C2–
C7杂环烷基；并且m为1、2或3。19.根据权利要求17或权利要求18所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中每个R
B
独立地为氘、氢、
–
F、
–
Cl、
‑
CN、
–
CH3、
–
CF3、
–
OH或
–
OCH3。20.根据权利要求19所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中每个R
B
独立地为
–
F或
–
OCH3。21.根据权利要求17
‑
20中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或药学上可接受的溶剂化物，其中R
B1
为氢、氘、
–
CH3、
–
CF3或
–
CD3。...

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：斯基霍克疗法公司，
类型：发明
国别省市：