工程化CD25多肽及其用途制造技术

本文提供了包含空间相关拓扑约束的组合的工程化多肽，其中至少一个约束源自CD25参考靶标；以及选择所述工程化多肽的方法。还提供了使用所述工程化多肽的方法，包括在筛选结合分子如抗体的文库的方法中作为阳性和/或阴性选择分子。本文还提供了使用这些工程化多肽选择的CD25抗体。择的CD25抗体。择的CD25抗体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】工程化CD25多肽及其用途
相关申请的交叉引用
[0001]本申请要求2019年9月18日提交的美国临时申请号62/902,334和2018年11月14日提交的美国临时申请号62/767,431的权益，将这些申请的公开内容通过引用以其整体并入本文。

技术介绍

[0001]CD25蛋白是白细胞介素
‑
2(IL
‑
2)受体的α链，并且是存在于调节性T细胞和激活T细胞上的跨膜蛋白。在正常状态下，调节性T细胞组成性地表达CD25并起到抑制效应T细胞扩增的作用。调节性T细胞维持健康状态并抑制效应T细胞对自身抗原的反应或对外来抗原的过度反应。在正常的保护性免疫应答中，效应T细胞在与外来抗原接触后繁殖，并克服了调节性T细胞的抑制作用。然而，在增殖性疾病的情况下，癌细胞可以通过增加调节性T细胞的量使健康的免疫应答失能，从而限制针对它们的效应T细胞的产生。因此，存在用于改变例如可抑制免疫系统的CD25表达调节性T细胞的增殖的治疗剂以用于癌症疗法的兴趣。这些治疗剂可以包括CD25靶向抗体。
[0002]CD25靶向抗体可以通过使用CD25免疫原对动物进行免疫接种来产生，然而，目前开发CD25免疫原的方法往往导致不可预测的、不期望的特征，如抗体乱交或跨物种的低交叉反应性。
[0003]因此，本领域所需要的是与CD25或其部分具有结构和/或动力学相似性的新工程化多肽，例如设计成模拟IL
‑
2结合位点之外的表位的工程化多肽。

技术实现思路

[0004]在一方面，本公开文本提供了一种工程化多肽，其中所述工程化多肽与CD25参考靶标共有至少46％结构和/或动力学同一性，其中所述CD25参考靶标是选自CD25残基55
‑
63、13
‑
20:127
‑
132、5
‑
17、5
‑
11:156
‑
163、77
‑
89、147
‑
157、11
‑
14或44
‑
56的CD25的一部分。
[0005]在实施方案中，所述工程化多肽与所述CD25参考靶标共有至少60％结构和/或动力学同一性。在实施方案中，所述工程化多肽与所述CD25参考靶标共有至少80％结构和/或动力学同一性。在实施方案中，所述工程化多肽与选自SEQ ID NO:1
‑
16的氨基酸序列共有至少80％序列同一性。在实施方案中，所述工程化多肽与CD25参考靶标共有至少46％结构和/或动力学同一性，其中所述CD25参考靶标是选自CD25残基55
‑
63、13
‑
20:127
‑
132、5
‑
17、5
‑
11:156
‑
163、77
‑
89、147
‑
157、11
‑
14或44
‑
56的CD25的一部分。在实施方案中，所述工程化多肽与所述CD25参考靶标共有至少80％结构和/或动力学同一性。在实施方案中，使用以PDB ID NO:2ERJ，链A储存的CD25的结构来确定与CD25参考靶标的结构和/或动力学同一性。在实施方案中，所述工程化多肽包含N末端修饰或C末端修饰、任选N末端生物素
‑
PEG2‑
或C末端
‑
GSGSGK
‑
生物素。
[0006]在实施方案中，所述工程化多肽的10％至98％之间的氨基酸满足一个或多个CD25参考靶标衍生约束。在实施方案中，满足所述一个或多个CD25参考靶标衍生约束的所述氨
基酸与所述CD25参考靶标具有小于基酸与所述CD25参考靶标具有小于骨架均方根偏差(RSMD)结构同源性。在实施方案中，满足所述一个或多个CD25参考靶标衍生约束的所述氨基酸与所述参考具有至之间的范德华表面积重叠。在实施方案中，所述CD25参考靶标衍生约束独立地选自：原子距离、原子波动、原子能、化学描述符、溶剂暴露、氨基酸序列相似性、生物信息学描述符、非共价键合倾向、角、ψ角、范德华半径、二级结构倾向、氨基酸邻接、和氨基酸接触。在实施方案中，所述工程化多肽与所述参考靶标在满足所述一个或多个参考靶标衍生约束的多肽的氨基酸中共有46％
‑
96％RMSIP或更多结构相似性。
[0007]在另一个方面，本公开文本提供了一种包含抗原结合结构域的CD25特异性抗体，所述抗原结合结构域特异性地结合选自CD25残基55
‑
63、13
‑
20:127
‑
132、5
‑
17、5
‑
11:156
‑
163、77
‑
89、147
‑
157、11
‑
14或44
‑
56的CD25表位。在实施方案中，所述抗体与表位特异性参考结合剂竞争结合CD25，其中所述表位特异性结合剂是IL
‑
2、达利珠单抗、巴利昔单抗(basioliximab)和/或7G7B6。在实施方案中，所述抗体不与脱靶参考结合剂竞争，其中所述脱靶结合剂是IL
‑
2、达利珠单抗、巴利昔单抗和/或7G7B6。在实施方案中，所述抗体具有小于10
‑2/s、小于10
‑3/s或小于10
‑4/s的k
off
，其中所述k
off
是使用采用可溶性人CD25的生物层干涉法测量的。在实施方案中，所述抗体具有在10
‑2/s与10
‑5/s之间的k
off
，其中所述k
off
是使用采用可溶性人CD25的生物层干涉法测量的。在实施方案中，所述抗体具有小于100nM、小于25nM或小于5nM的K
D
，其中所述K
D
是使用采用可溶性人CD25的生物层干涉法测量的。在实施方案中，所述抗体具有在100nM与1nM之间的K
D
，其中所述K
D
是使用采用可溶性人CD25的生物层干涉法测量的。
[0008]在实施方案中，所述抗体特异性地结合表达CD25的细胞。在实施方案中，所述抗体以至少104或至少105的平均荧光强度(MFI)结合表达CD25的细胞。在实施方案中，所述抗体以在104与106之间的平均荧光强度(MFI)结合表达CD25的细胞。在实施方案中，所述抗体不结合CD25(
‑
)细胞。在实施方案中，所述抗体以小于103的平均荧光强度(MFI)结合CD25(
‑
)细胞。在实施方案中，所述抗体包含表7D的组合1
‑
126中任一种的六个CDR。
[0009]在实施方案中，所述抗体包含用于的YU390
‑
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种工程化多肽，其中所述工程化多肽与CD25参考靶标共有至少46％结构和/或动力学同一性，其中所述CD25参考靶标是CD25的一部分，所述CD25的一部分选自：参考靶标编号CD25残基序列155
‑
63SWDNQCQCT213
‑
20:127
‑
132ATFKAMA:MVYYQC35
‑
17DDPPEIPHATFKA45
‑
11:156
‑
163DDPPEIP:RWTQPQLI577
‑
89QPEEQKERKTTEM6147
‑
157VCKMTHGKTRW711
‑
14IPHA844
‑
56YMLCTGSSSHSSW2.根据权利要求1所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽与所述CD25参考靶标共有至少60％结构和/或动力学同一性。3.根据权利要求1所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽与所述CD25参考靶标共有至少80％结构和/或动力学同一性。4.根据权利要求1所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽与选自以下的氨基酸序列共有至少80％序列同一性：
5.一种设计成模拟所选择的CD25表位的工程化多肽，其中所述工程化多肽与选自以下的氨基酸序列共有至少80％序列同一性：
6.根据权利要求5所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽与CD25参考靶标共有至少46％结构和/或动力学同一性，其中所述CD25参考靶标是CD25的一部分，所述CD25的一部分选自：
7.根据权利要求6所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽与所述CD25参考靶标共有至少80％结构和/或动力学同一性。8.根据权利要求1
‑
7中任一项所述的工程化多肽，其中使用以PDB ID NO:2ERJ，链A储存的CD25的结构来确定与所述CD25参考靶标的结构和/或动力学同一性。9.根据权利要求1
‑
8中任一项所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽包含N末端修饰或C末端修饰、任选N末端生物素
‑
PEG2‑
或C末端
‑
GSGSGK
‑
生物素。10.根据权利要求1
‑
9中任一项所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽的在10％至98％之间的氨基酸满足一个或多个CD25参考靶标衍生约束，其中所述多肽的满足所述一个或多个参考靶标衍生约束的氨基酸任选地是权利要求5中所述的带下划线的残基。11.根据权利要求10所述的工程化多肽，其中满足所述一个或多个CD25参考靶标衍生约束的所述氨基酸与所述CD25参考靶标具有小于骨架均方根偏差(RSMD)结构同源性。12.根据权利要求10或权利要求11所述的工程化多肽，其中满足所述一个或多个CD25参考靶标衍生约束的所述氨基酸与所述参考具有至至之间的范德华表面积重叠。13.根据权利要求1
‑
12中任一项所述的工程化多肽，其中所述CD25参考靶标衍生约束独立地选自：原子距离、原子波动、原子能、化学描述符、溶剂暴露、氨基酸序列相似性、生物信息学描述符、非共价键合倾向、角、ψ角、范德华半径、二级结构倾向、氨基酸邻接、和氨基酸接触。14.根据权利要求1
‑
13中任一项所述的工程化多肽，其中所述工程化多肽与所述参考靶标在满足所述一个或多个参考靶标衍生约束的多肽的氨基酸中共有46％
‑
96％RMSIP或更多结构相似性。15.一种CD25特异性抗体，其包含特异性地结合CD25表位的抗原结合结构域，所述CD25表位选自：
16.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是55
‑
63，并且其中所述抗体包含六个互补决定区(CDR)，每一个独立地选自：CDR
‑
H1CDR
‑
H2CDR
‑
H3CDR
‑
L1CDR
‑
L2CDR
‑
L3GFTFSSYGISYDGSNKAKGDVNYGMDVNIGSKSDDTQVWDSSSDLLWVNIGSKTDGRQVWDTSGDLHWAISYDGNNKAKGYSSSPGDYSSDVGAYNYDVSSSYTSSSTLWVGGTFSSYAIIPIFGTAARDFNPFSITIFEMDVSSNIGNNYDNNGTWDSSLSALVGGSISSSNWIYHSGSTARDFYYGSGSYPNGYYYGMDVQSINSYTASQQSYTTPLTGYSFNTYWIYPSDSDTARDGGYYFDDQSVSSTYGTSQQYNSSPLMYTGGTFSSYAIIPIFGTAARDYYYYGMDVQSISRYGASQQTYNDPPTAREMYYYYGMDVQSISSYAASQQSYSTPPTQSISNYQSIITYQSISSYGGSISRSNWIYHTGSTARGKGSYAFDIGGNIARNYEDDQSYDGNNHMV17.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是13
‑
20:127
‑
132，并且其中所述抗体包含六个CDR，每一个独立地选自：每一个独立地选自：18.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是5
‑
17，并且其中所述抗体包含六个CDR，每一个独立地选自：CDR
‑
H1CDR
‑
H2CDR
‑
H3CDR
‑
L1CDR
‑
L2CDR
‑
L3
GFTFSSYGISYDGSNKAKAITSIEPYSGSVSTSYYNTDVLYMGSGIWVGFTFSSYGISYDGSNKAKELLEGAFDINIETKSDDDQVWDSSSGHREVGGTFSSYAIIPIFGTAAREMYYYYGMDVQSISSYAASQQSYSTPPTQSISNY19.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是5
‑
11:156
‑
163，并且其中所述抗体包含六个CDR，每一个独立地选自：CDR
‑
H1CDR
‑
H2CDR
‑
H3CDR
‑
L1CDR
‑
L2CDR
‑
L3GGTFSSYAIIPIFGTAAREMYYYYGMDVQSISNYAASQQSYSTPPTGYTFTSYGISAYNGNTARERSYYGMDVQSVSNYGASQQYNHWPPL20.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是77
‑
89，并且其中所述抗体包含六个CDR，每一个独立地选自：CDR
‑
H1CDR
‑
H2CDR
‑
H3CDR
‑
L1CDR
‑
L2CDR
‑
L3GFTFSSYGISYDGSNKAKELLEGAFDINIETKSDDDQVWDSSSGHREVGYTFTSYYINPSGGSTARDRVTMVRGALAYKLGDKYKDNQAWDSSTYV21.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是147
‑
157，并且其中所述抗体包含六个CDR，每一个独立地选自：独立地选自：22.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是11
‑
14，并且其中所述抗体包含六个CDR，每一个独立地选自：CDR
‑
H1CDR
‑
H2CDR
‑
H3CDR
‑
L1CDR
‑
L2CDR
‑
L3GGTFSSYAIIPIFGTAAREMYYYYGMDVQSISSYAASQQSYSTPPT23.根据权利要求15所述的抗体，其中所述CD25表位是44
‑
56，并且其中所述抗体包含六个CDR，每一个独立地选自：
24.根据权利要求15所述的抗体，其中所述抗体包含a)选自以下的CDR
‑
H1：表3A的GGTFSSYA、GGSISSGGYY、GFTFSSYG、GYTFTSYY、GYTFTSYG、GYTFTDYY、GGSISSGGYS、GGSISSSNW、GYSFTSYW、GFTFSNYG、GFTFSSSA、GFTFSSYW、GFIFSRHA、GYTFNNYG、GFTFSSYA、GYTFTTYA、GFTFNNAW、GFTFSSYE、GYSFTTYW、GYSFNTYW、GFTFRRYW、GYSFSTYW、GFAFSSYG、GYKFANYW、GYTFKNFG、GFTFSSYS、GDSISSSSYY和GGSISRSNW；
b)选自以下的CDR
‑
H2：表3A的IIPIFGTA、IIPIFGTA、IYYSGST、ISYDGSNK、INPSGGST、ISAYNGNT、IMPIFDTA、VDPEDGET、IYHSGST、IYPGDSDT、ISHDGHVK、IKQDGSEK、ISVYNGDI、INTNTGDP、IKSKTDGGTT、ISSSGSTI、ISSRGSTI、IYPSDSDT、ISGRKGNT、ISSSSSYI、INHSGST、IYHTGST和ISYDGNNK；c)选自以下的CDR
‑
H3：表3A的AREMYYYYGMDV、AREMYYYYGMDV、ARGNLWSGYYF、AKELLEGAFDI、ARDRVTMVRGALAY、ARERSYYGMDV、ASWSERIGYQYGLDV、ARDILGLDY、ATEDTAMGGIDY、ATEGRYGMDV、AVEGGRAPGTYYYDSSGLAY、ARAGYYYGMDV、ARDLGTMVRGVIEPYYFDY、ARGVRGTGFDP、ARDRNGYFQH、AKDLLGELSFFDY、ARLENNWDYGGWFDP、ARDRSYYGMDV、ARDKGYYGMDV、AKEISPRSSVGWPLDY、ARDFWSGYNELGGMDV、ARTWFGEFFDY、ARVIGGWFDP、ARGRLAYGDTEGFDY、ARDILRGESSILDH、ARDRYYYGMDV、ARDLLGSGYDIIDY、ARVWGKNGDFDY、ARDRFHYGMDV、ARDRGDY、TTEGVELLSFGGAPFDY、ARRRGGGFDY、AREKGSWFDP、ARDRGDRVGGLVFDY、ARQVAGGLDY、ARDRGYYGMDV、FRFGEGFDY、ARDGGYYFDD、ARDFRMDV、ARDAYAYGLDV、ARDLMNYGMDV、AREYDYGDYVFDY、ARLENNWNYGGWFDP、ARDYYYYGMDV、ARDIGYYYGMDV、ARVGDGYSLDY、AKAITSIEPY、AKGQGDGMDV、ARLGWGMDV、ARVWGDTTLGYGMDV、AIPWDAELGNYGMDV、ARGRWSGLGDY、ARARGGRYFDY、ARDQLAARRGYYYGMDV、AKGDVNYGMDV、ARDFYYGSGSYPNGYYYGMDV、ARDFNPFSITIFEMDV、ANLAMGQYFDY、ARDLGEAKSSSPHEPDY、ARDQEMYYFDY、ARGKGSYAFDI和AKGYSSSPGDY；d)选自以下的CDR
‑
L1：表3B的QSISSY、QSISSY、SSNIGNNF、QSISNY、NIETKS、KLGDKY、QSVSNY、QTISQW、SSNIGSNY、NFNIGNNL、RNIWSY、QSISSW、QSVSSR、QTISGL、DIESEM、NIGSKS、QSIGNY、QGISSW、QSVSSTY、QDISNY、NIESES、SSDVGAYNY、QDINNY、QGISNS、SSNIGNNY、EGIRTS、QGTSSW、SSDVGGYNY、QSVSNNY、QGINSY、QAVRID、QSISRY、QSIGYW、SSNVGSNY、QSIKNY、QDIKRR、SGSIASSY、NSNVGNNY、SLRSYY、KLGERF、SGSVSTSYY、SSNIGRNY、EDIRMY、QGISTY、SSNVGSRT、NIGTKS、NIGSKT、QSINSY、SSNIGSNT、QSIITY、QSLLHSDGKTY和GGNIARNY；e)选自以下的CDR
‑
L2：表3B的AAS、AAS、DST、DDD、KDN、GAS、KAS、RNN、SNN、AND、DAF、DDS、AAT、AVS、DAS、GVS、DNN、DVS、RAS、GTS、EDN、DND、GKN、QYI、NTD、RNH、EGS、DGR、TAS、DDT、EVS和EDD；和/或f)选自以下的CDR
‑
L3：表3B的QQSYSTPPT、QQSYSTPPT、GSWDTNLSGYV、QVWDSSSGHREV、QAWDSSTYV、QQYNHWPPL、QQYSGDSMYT、AAWDDSLSGVV、AAWDDSLNGVV、ATWDDSLSGVV、QQSHSTPIT、QQYNSYSRT、QQYTNWPQT、LQYDRYSGA、QVWHTTNDHVL、QVWDSSSDHWV、QQSKQIPYT、QQSYSLPLT、QQFDISGGLI、QQYDNLPLT、QVWDSSSDHTVA、SSYTTTDTFV、QQYDNLPYT、QQYYSTPPH、QQSYSTPLT、QVWDSSSDHVV、GTWDSSLSAYV、QQTHTWPWT、QQANSFPLT、QQSYSTPYT、SSYTSSSTYV、QRYGSSPR、QQVHSFPFT、LQHNTFPYT、QQSHSTPLT、QQYNSYPFT、QQYNSSPLMYT、QQTYSTPLT、QQANTFPQT、QSYDGSSVV、GSWEARESVFV、QQTYNDPPT、NSRDSSGNHVV、QTWDGSIVV、VLYMGSGIWV、ATWDDALSGWV、SSYTSSSTLVV、QQSYSTPWT、SSYTSSSTWV、LQDYNYPPA、QQYYDDPQ、QQLNGYPTT、AAWDDSLIGHV、QVWDTSGDLHWA、QQSYTTPLT、QVWDSSSDLLWV、GTWDSSLSALV、AAWDDSLNGPV、MQTKQLPLT、QQANSFPPT、QSYDGNNHMV和SSYTSSSTLWV。25.根据权利要求15
‑
24中任一项所述的抗体，其中所述抗体与表位特异性参考结合剂竞争结合CD25，其中所述表位特异性结合剂是IL
‑
2、达利珠单抗、巴利昔单...

【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：鲁比克治疗股份有限公司，
类型：发明
国别省市：