一种山羊KCNJ15基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其专用试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种山羊KCNJ15基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其专用试剂盒。以河南波槐山羊、槐山羊、贵州黑山羊、贵州白山羊和太行山羊基因组DNA为模板，利用qPCR技术分别对山羊个体KCNJ15基因的CNV区域和内参基因MC1R的部分片段进行扩增，最后利用2*2

【技术实现步骤摘要】
一种山羊KCNJ15基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其专用试剂盒


[0001]本专利技术涉及家畜分子生物学检测领域，具体涉及一种基于qPCR技术检测山羊KCNJ15基因CNV标记的方法。

技术介绍

[0002]DNA分子标记(DNA molecular marker)，是反映每个个体和种群间基因组特异性的DNA片段。DNA分子标记包括限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)标记、随机扩增基因组DNA多态性(Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD标记、扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP)标记、微卫星DNA(Microsatellite，MS)和单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)标记等。
[0003]相比之下，拷贝数变异(CNV)是指长度为1kb至数Mb的DNA片段拷贝数的突变，包括DNA单一片段的扩增、缺失、插入、倒置等变异形式，也包括复杂的染色体扩增、缺失和插入的各种组合。CNVs具有片段长度大、普遍存在，且覆盖的基因组范围广等优点，已逐渐被更多的用作研究和分子育种标记。日趋成熟的人类基因组CNVs检测技术对研究山羊CNVs具有借鉴作用。山羊基因组测序图谱的逐渐完善对CNVs的发展至关重要，随着CNVs图谱的建立和逐步完善，对山羊经济性状、功能性状的研究具有重要意义。r/>[0004]KCNJ15基因表达产物是钾内向整流通道亚家族重要成员，其与ATP调控密切相关，而生长发育的相关过程需要充足的能量。但目前，尚未见有关KCNJ15基因CNV与山羊生长性状的关联性研究的文献报道。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种山羊KCNJ15基因CNV标记辅助检测生长性状的方法及其专用试剂盒，从而加快山羊良种选育进程。
[0006]为达到上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：
[0007]一种检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：以山羊(例如，河南波槐山羊、槐山羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、太行山羊个体)基因组DNA为模板，以引物对P1以及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增KCNJ15基因的拷贝数变异区域以及作为内参的MC1R基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定个体KCNJ15基因的拷贝数变异类型；
[0008]所述引物对P1为：
[0009]上游引物F1：5
’‑
CCGCTTTCTTGTGAACTTCCAT
‑3’
[0010]下游引物R1：5
’‑
CTGTCACGTGTCCAGAAAGTAGA
‑3’
[0011]所述引物对P2为：
[0012]上游引物F2：5
’‑
GGGCAGTCCCTTGACAAAGA
‑3’
[0013]下游引物R2：5
’‑
ATCTCCCCAGCCTCCTCATT
‑3’
。
[0014]优选的，所述KCNJ15基因的拷贝数变异区域位于山羊KCNJ15基因参考基因组序列NC_030808.1的150479082位到150489041位。
[0015]优选的，所述拷贝数变异类型是根据2*2
‑
ΔΔCt
将定量结果分为的三类：多拷贝型，2*2
‑
ΔΔCt
>2；缺失型，2*2
‑
ΔΔCt
<2；正常型，2*2
‑
ΔΔCt
＝2。
[0016]优选的，所述实时荧光定量PCR所用的扩增体系包括10ng/μL模板DNA 1μL以及10μmol/L的引物对P1或引物对P2所对应的上、下游引物各0.5μL。
[0017]优选的，所述实时荧光定量PCR所用的反应程序为：94～95℃预变性2min；94～95℃变性10s，60℃退火20～30s，共39～40个循环。
[0018]优选的，基于引物对P1扩增的PCR产物片段大小为80bp，基于引物对P2扩增的PCR产物片段大小为129bp。
[0019]上述检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的方法在山羊分子标记辅助选择育种中的应用。
[0020]优选的，不同品种的山羊(例如，槐山羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、太行山羊)群体中，具有多拷贝型或正常型拷贝数变异类型的个体在生长性状上较优。
[0021]优选的，所述生长性状选自体高、体斜长、胸围、管围、体重中的一种或多种。
[0022]一种检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的试剂盒，该试剂盒包括上述引物对P1及引物对P2。
[0023]本专利技术的有益效果体现在：
[0024]本专利技术公开的检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的方法，通过实时荧光定量PCR技术检测KCNJ15基因CNV位点在山羊群体中的拷贝数变异情况。与高通量测序方法、基因芯片等方法相比，本专利技术的检测方法快速、简单、成本低，能够准确的鉴定个体的拷贝数变异类型，从而依据所发现的定位于KCNJ15基因的DNA分子标记(CNV标记)辅助检测具有生长性状优势的个体，快速建立山羊遗传资源优势种群，加快山羊优良性能的选育进程。
[0025]进一步的，本专利技术通过将检测的KCNJ15基因CNV位点的拷贝数变异情况与山羊体高、体斜长、胸围、管围、体重等重要生长性状进行关联分析，结果表明在该位点具有多拷贝型或正常型拷贝数变异类型的个体具有明显的生长性状优势，为山羊分子育种提供分子标记和实践依据。
附图说明
[0026]图1为实施例中进行qPCR绘制的扩增曲线(KCNJ15基因)。
[0027]图2为实施例中进行qPCR绘制的溶解曲线(KCNJ15基因)。
[0028]图3为实施例中KCNJ15基因拷贝数在山羊群体中的分布。
具体实施方式
[0029]下面结合附图和实施例对专利技术做进一步详细说明，所述实施例是对本专利技术的解释，而不是对本专利技术保护范围的限制。
[0030]基于前期的山羊基因组重测序研究的发现，即位于山羊KCNJ15基因参考基因组序列NC_030808.1的150479082位到150489041位的区域存在拷贝数变异，考虑到KCNJ15基因
在生长发育中的潜在功能以及CNV的调节机制，对KCNJ15基因在该区域的拷贝数变异与生长性状的关联性进行了实验分析，实验结果为山羊分子育种、选育优良性状提供重要的实践依据。具体说明如下。
[0031]1.样品的采集及基因组DNA提取
[0032](1)样品采集和数据收集
[0033]本专利技术中使用的样品主要为血样和组织样(表1)。血液的采集方法为颈静脉采血，组织样是利用剪耳豁剪下的耳组织样品，均本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的方法，其特征在于：包括以下步骤：以山羊基因组DNA为模板，以引物对P1以及引物对P2为引物，分别通过实时荧光定量PCR扩增KCNJ15基因的拷贝数变异区域以及作为内参的MC1R基因的部分片段，然后根据定量结果鉴定KCNJ15基因的拷贝数变异类型；所述引物对P1为：上游引物F1：5
’‑
CCGCTTTCTTGTGAACTTCCAT
‑3’
下游引物R1：5
’‑
CTGTCACGTGTCCAGAAAGTAGA
‑3’
所述引物对P2为：上游引物F2：5
’‑
GGGCAGTCCCTTGACAAAGA
‑3’
下游引物R2：5
’‑
ATCTCCCCAGCCTCCTCATT
‑3’
。2.根据权利要求1所述一种检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述KCNJ15基因的拷贝数变异区域位于KCNJ15基因参考基因组序列NC_030808.1的150479082位到150489041位。3.根据权利要求1所述一种检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述拷贝数变异类型是根据2*2
‑
ΔΔCt
将定量结果分为的三类：多拷贝型，2*2
‑
ΔΔCt
>2；缺失型，2*2
‑
ΔΔCt
<2；正常型，2*2
‑
ΔΔCt
＝2。4.根据权利要求1所述一种检测山羊KCNJ15基因拷贝数变异的方法，其特征在于：所述实时荧光定量PCR的扩增...

【专利技术属性】
技术研发人员：王献伟，黄永震，刘哲，辛晓玲，丁晓婷，贺花，张子敬，李文献，徐泽君，
申请(专利权)人：河南省畜牧总站，
类型：发明
国别省市：