本发明专利技术公开了一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记，包括SEQIDNO.1～SEQIDNO.12所示的序列，序列的筛选方法包括：基于文心兰6个品种的转录组数据获得SNP位点，并寻找可引起限制性内切酶识别位点改变的SNP位点，根据SNP位点的不同设计CAPS引物对；提取文心兰的基因组DNA；以所述CAPS引物对文心兰不同品种基因组DNA进行PCR扩增，获得目的片段；以限制性内切酶对所述目的片段进行酶切，并对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳检测和酶切产物多态性分析，如果品种间存在酶切产物多态性，则该SNP位点可作为鉴定文心兰品种的CAPS标记，该分子标记可应用于鉴定文心兰品种中。应用于鉴定文心兰品种中。应用于鉴定文心兰品种中。
【技术实现步骤摘要】
鉴定文心兰品种的CAPS分子标记、筛选方法与应用
[0001]本专利技术涉及分子生物学
，更具体地说是涉及一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记及其筛选方法与应用。
技术介绍
[0002]文心兰(Oncidium)又名舞女兰、吉祥兰，属兰科(Orchidaceae)树兰亚科(Epidendroideae)文心兰属(Oncidium)植物，原产于热带及亚热带美洲，因其花姿独特、花形优美、花色艳丽，是世界重要的盆切两用花卉，具有较高的观赏与经济价值。目前，文心兰属植物的原生种多达750种以上，而市场上流通的文心兰品种多为杂交种，品种间亲缘关系十分复杂；此外，文心兰生长周期长，亲缘关系相近品种间的农艺性状差异小，仅依靠传统形态学手段难以实现种质的区分，增加了新品种选育和遗传改良的难度。因此，采取有效的遗传种质分析方法可为文心兰品种鉴定和遗传多样性分析提供更加可靠科学依据。
[0003]酶切扩增多态性序列(cleaved amplified polymorphic sequence，CAPS)检测是一种将PCR扩增和酶切反应相结合，以区分DNA水平遗传多态性的分子标记检测技术，具有位点特异性、操作简单和成本低等特点，广泛应用于图位克隆、基因分型和品种鉴定等领域。但是，被发现的突变的酶切位点数量太少，限制了其开发应用。本课题组前期通过对文心兰不同品种的转录组测序，发现了大量的SNP位点属于酶切位点突变，这为在文心兰中实现开发利用CAPS标记奠定了基础。
[0004]目前，分子标记技术已广泛应用于文心兰遗传多样性分析、亲缘关系等研究上，例如ISSR(Inter
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Simple Sequence Repeat)分子标记和SRAP(Sequence
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Related AmplifiedPolymorphism)分子标记已被开发利用，但关于文心兰CAPS标记的开发，未见有关文献报道。鉴于CAPS分子标记的优点及其在文心兰开发应用上的空白，开展该研究是十分必要的。
[0005]因此，如何提供一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记是本领域技术人员亟需解决的技术问题。
技术实现思路
[0006]有鉴于此，本专利技术提供了一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记及应用；该分子标记基于文心兰的SNP位点中酶切位点的差异筛选得出，筛选得到的CAPS分子标记可以特异性鉴别文心兰的品种，为文心兰的遗传多样性分析提供了基础。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0008]一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记，包括SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.12所示的序列；
[0009]TCTTTTCGGCKCCAAGGCCA，如SEQ ID NO.1所示；其中，K为T或G；
[0010]ATGGGACTAARCTTCAGAAG，如SEQ ID NO.2所示；其中，R为G或A；
[0011]CTTTAGTGAAKTCCTTAATT，如SEQ ID NO.3所示；其中，K为G或T；
[0012]CGAGGCGTYGACGCCGAGCA，如SEQ ID NO.4所示；其中，Y为T或C；
[0013]GGTATTCTAGCKGAGATTCT，如SEQ ID NO.5所示；其中，K为T或G；
[0014]AATAAATGAAGCYTTTTCT，如SEQ ID NO.6所示；其中，Y为C或T；
[0015]CTAGAGGATGYGCAGAATTT，如SEQ ID NO.7所示；其中，Y为T或C；
[0016]CGTTTGAAGCTWATCACTAC，如SEQ ID NO.8所示；其中，W为A或T；
[0017]TGGAGCATTCGAYATCACAT，如SEQ ID NO.9所示；其中，Y为T或C；
[0018]AGCTGATGCAYATGGTTGCA，如SEQ ID NO.10所示；其中，Y为C或T
[0019]TTTATGCTTBTAGATTGGA，如SEQ ID NO.11所示；其中，B为C或G；
[0020]TCATTTGTVCATATAGAAGA，如SEQ ID NO.12所示；其中，V为A或G。
[0021]一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记的筛选方法，包括下述步骤：
[0022]1)基于文心兰6个品种的转录组数据获得SNP位点，并寻找可引起限制性内切酶识别位点改变的SNP位点，根据SNP位点的不同设计CAPS引物对；
[0023]2)提取文心兰的基因组DNA；
[0024]3)以所述CAPS引物对文心兰不同品种基因组DNA进行PCR扩增，获得目的片段；
[0025]4)以限制性内切酶对所述目的片段进行酶切，并对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳检测和酶切产物多态性分析，如果品种间存在酶切产物多态性，则该SNP位点可作为鉴定文心兰品种的CAPS标记。
[0026]作为本专利技术优选的技术方案，步骤1)中，所述CAPS引物对如SEQ ID NO.13～SEQ ID NO.58所示。
[0027]作为本专利技术优选的技术方案，步骤3)中，所述PCR反应体系为：
[0028][0029]所述PCR反应程序为：
[0030][0031]作为本专利技术优选的技术方案，步骤4)中，所述酶切反应体系：
[0032][0033]酶切条件为37℃酶切50min。
[0034]SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.12所述的CAPS分子标记在鉴定文心兰品种中的应用。
[0035]经由上述的技术方案可知，与现有技术相比，本专利技术公开提供了一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记及应用，为文心兰的遗传多样性分析提供了基础，弥补了文心兰CAPS分子标记缺乏的不足。
附图说明
[0036]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据提供的附图获得其他的附图。
[0037]图1附图为CAPS3、CAPS4
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1、CAPS7分子标记引物在37份文心兰材料中的PCR产物电泳图；1：1号；2：白梦香；3：罗曼香；4：门神；5：香吉士；6：红梦香(红心)；7：304；8：花猫；9：607；10：316；11：黄金天使；12：309；13：蜜糖；14：562；15：豹斑；16：307；17：金辉；18：249；19：253；20：小樱桃；21：红梦香(黄心)；22：252；23：粉梦香；24：月下美人；
[0038]图2附图为6个限制性内切酶对37个文心兰材料的酶切产物电泳图；15：豹斑；16：307；17：金辉；18：249；19：253；20：小樱桃；21：红梦香(黄心)；22：252；23：粉梦香；24：月下美人；本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种鉴定文心兰品种的CAPS分子标记，其特征在于，包括SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.12所示的序列。TCTTTTCGGCKCCAAGGCCA，如SEQ ID NO.1所示；其中，K为T或G；ATGGGACTAARCTTCAGAAG，如SEQ ID NO.2所示；其中，R为G或A；CTTTAGTGAAKTCCTTAATT，如SEQ ID NO.3所示；其中，K为G或T；CGAGGCGTYGACGCCGAGCA，如SEQ ID NO.4所示；其中，Y为T或C；GGTATTCTAGCKGAGATTCT，如SEQ ID NO.5所示；其中，K为T或G；AATAAATGAAGCYTTTTCT，如SEQ ID NO.6所示；其中，Y为C或T；CTAGAGGATGYGCAGAATTT，如SEQ ID NO.7所示；其中，Y为T或C；CGTTTGAAGCTWATCACTAC，如SEQ ID NO.8所示；其中，W为A或T；TGGAGCATTCGAYATCACAT，如SEQ ID NO.9所示；其中，Y为T或C；AGCTGATGCAYATGGTTGCA，如SEQ ID NO.10所示；其中，Y为C或TTTTATGCTTBTAGATTGGA，如SEQ ID NO.11所示；其中，B为C或G；TCATTTGTVC...
【专利技术属性】
技术研发人员：孔兰，钟淮钦，樊荣辉，林榕燕，方能炎，林兵，罗远华，黄敏玲，
申请(专利权)人：福建省农业科学院作物研究所，
类型：发明
国别省市：
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