遗传性骨病的基因突变位点及其应用制造技术

本发明专利技术涉及遗传性骨病的基因突变位点及其应用。本发明专利技术基于临床资源，借助测序技术，结合临床表现、遗传学及分子生物学验证，成功鉴定了非综合征型多指(趾)相关的新致病突变，包括GLI3基因的c.714T>A(p.Y238*)、c.739C>T(p.Q247*)、c.2844G>A/M948I、c.1486C>T/Q496X突变和preZRS基因的chr7:156585336A>G、156585421C>A、chr7:156585247G>C和chr7:156585420A>C突变。本发明专利技术为非综合征型多指(趾)的诊断和风险评估提供了新的分子生物学基础，有利于提高临床诊断的准确性和早诊早治。治。治。

【技术实现步骤摘要】
遗传性骨病的基因突变位点及其应用


[0001]本专利技术涉及疾病诊断和筛查领域，具体地说，涉及新的遗传性骨病基因突变位点及其应用。

技术介绍

[0002]遗传性骨病是指由遗传物质改变而导致骨骼畸形的一类遗传性疾病，具有广泛临床和遗传异质性。遗传性骨病虽然罕见，但致畸率、致残率高。其确诊依赖于致病基因突变检测，及早确诊有助于治疗方案的选择和开展遗传咨询、干预等。新的致病基因或致病位点的成功鉴定，有利于提高临床确诊率，开展产前分子诊断等于预，进而改善预后和降低遗传性骨病的发病率。
[0003]多指(趾)属于遗传性骨病之一，是一种最常见的先天重复性四肢畸形，表现为一个或多个指(趾)全部或部分的重复发生。据估计，多指(趾)在人群中的发生率为5
‰
～19
‰
。它常被分为综合征型和独立发生的非综合征型两大类。非综合征型根据多指(趾)发生部位不同分为轴前型(额外指在拇指侧)、中央型(额外指在食指、中指和环指侧)和轴后型(额外指在小指侧)。非综合征型多指(趾)的遗传方式多为常染色体显性遗传，也有报道为常染色体隐性遗传。从目前的研究结果来看，多个基因的突变均可引起非综合征型多指(趾)畸形这一表型。现已确定位于7p13的GLI3基因突变、位于2q31的HOXD13基因突变可导致多指(趾)并(趾)畸形。还有家系的致多指(趾)畸形基因被分别定位于7q36、13q21
‑
q32和19p13.1
‑
p13.2等区域。专利文献也报道了一些非综合征型多指(趾)的致病基因和位点。如专利文献CN108251519A，公开日2018.07.06，公开了LMBR1基因第5个内含子的ZRS区中c.446T
→
A导致轴前多指/趾I型。
[0004]到目前为止，虽然对多指(趾)致病基因的研究和鉴定取得了一定的进展，但是发现更多的致病基因和突变位点对于该疾病的早诊、早治来说仍然是十分必要的。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的是针对现有技术中的不足，提供非综合征型多指(趾)的新的治病突变。
[0006]第一方面，本专利技术提供了一种特异性检测受试者基因组DNA中是否存在以下一种或几种突变的试剂在制备非综合征型多指(趾)诊断试剂盒或患病风险评估试剂盒中的应用：
[0007]1)GLI3 c.714T>A；
[0008]2)GLI3 c.739C>T；
[0009]3)GLI3 c.2844G>A；
[0010]4)GLI3 c.1486C>T；
[0011]5)preZRS chr7:156585336A>G；
[0012]6)preZRS chr7:156585421C>A；
[0013]7)preZRS chr7:156585247G>C；
[0014]8)preZRS chr7:156585420A>C。
[0015]作为本专利技术的一种优选实施方式，所述试剂选自：引物、引物对、探针、抗体和核酸芯片中的一种或几种。
[0016]第二方面，本专利技术提供了一种试剂盒，所述试剂盒含有特异性检测受试者基因组DNA中是否存在如上所述突变的试剂。
[0017]第三方面，本专利技术提供了所述试剂盒的用途，选自：1)在制备诊断或辅助诊断非综合征型多指(趾)的产品中的应用；2)在制备筛查或辅助筛查非综合征型多指(趾)的产品中的应用；3)在制备预测非综合征型多指(趾)患病风险的产品中的应用；4)在制备检测与非综合征型多指(趾)相关的基因是否突变的产品中的应用；5)在制备检测与非综合征型多指(趾)相关的蛋白质是否突变的产品中的应用。
[0018]第四方面，本专利技术提供了一种探针组合物，其包含特异性结合至目标基因的探针，所述探针至少能检测一种如上所述的突变。
[0019]作为本专利技术的一种具体实施方式，所述探针组合物以混合物形式提供，或者以独立存在的形式提供。
[0020]第五方面，本专利技术提供了一种基因捕获芯片，其包括固相载体和固定在固相载体上的探针的点阵，所述探针至少能检测一种如上所述的突变。
[0021]本文中，所述“GLI3”基因的序列参见http://genome.ucsc.edu/cgi
‑
bin/hgc？hgsid＝1125108795_VepafDvgOogz9TxNNDAGRzg9EV8u&g＝htcCdnaAli&i＝NM_000168.6&c＝chr7&l＝42000546&r＝42276808&o＝42000546&aliTable＝ncbiRefSeqPsl。GLI3蛋白质氨基酸序列的NCBI登录号为NP_000159.3。
附图说明
[0022]图1：(A)一个复杂指骨异常家系的谱系图。正方形和圆形分别表示男性和女性，黑色实心形状表示患者；箭头表示先证者；标有*的成员是本研究的参与者；(B)先证者临床表型(V
‑
1)；(C)患者临床表型(III
‑
2)；(D)患者临床表型(IV
‑
2)。
[0023]图2：在GLI3中检测到新的单核苷酸无义突变。A.GLI3分子结构及其产物在外显子6上点突变c.714T>A，导致在第238位氨基酸终止编码。B.GLI3点突变区域PCR产物的Sanger测序图。自上而下：人类参考序列，然后是三个多指(趾)畸形患者(V
‑
I，IV
‑
2，III
‑
2)的PCR序列，具有相同的突变c.714T>A。
[0024]图3：多指(趾)畸形家系患者的临床特征和家系信息。(A)一个多指(趾)畸形复杂家系的谱系图。正方形和圆形表示男性和女性，实心形状表示多指(趾)畸形患者。标记有斜线符号表示人已去世。箭头表示先证者。标有*的成员是本研究的参与者。(B)先证者的临床特征(
Ⅳ‑
1)显示双边Ⅰ型大脚趾轴前多趾畸形，右脚脚趾外侧多趾，左脚脚趾内侧多趾。(C)先证者父亲(III
‑
2)术后第3、4脚趾并趾及双手第1、2指并指并有孔的不完全并指(趾)。双边Ⅰ型大脚趾轴前多趾畸形在大脚趾外多趾，双足第1、2、3、4趾并趾畸形。(D)先证者奶奶的临床特征(
Ⅱ‑
2)右手轴后多指畸形，双手第3、4指间并指，且不完全并指畸形，双手第1、2并指间有孔，双侧Ⅰ型大脚趾轴前多趾畸形，双脚大脚趾内有额外的脚趾。
[0025]图4：全外显子测序实验获得的SNVs信息。(A)单个核苷酸变异(SNV)的基因组位置
分布。(B)单个核苷酸变异(SNV)的功能分类。
[0026]图5：非综合征多指(趾)本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种特异性检测受试者基因组DNA中是否存在以下一种或几种突变的试剂在制备非综合征型多指(趾)诊断试剂盒或患病风险评估试剂盒中的应用：1)GLI3 c.714T>A；2)GLI3 c.739C>T；3)GLI3 c.2844G>A；4)GLI3 c.1486C>T；5)preZRS chr7:156585336A>G；6)preZRS chr7:156585421C>A；7)preZRS chr7:156585247G>C；8)preZRS chr7:156585420A>C。2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述试剂选自：引物、引物对、探针、抗体和核酸芯片中的一种或几种。3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒含有权...

【专利技术属性】
技术研发人员：项盈，傅启华，王波，方晴，安莹，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心，
类型：发明
国别省市：