与子宫内膜异位症相关的线粒体DNA缺失制造技术

本发明专利技术提供了具有特定大规模缺失且与子宫内膜异位症相关的畸变的线粒体DNA(mtDNA)分子。畸变或突变的mtDNA可包括亲本核酸(即，大sblimon)，特别是当重新环化时，其中，在缺失后，相邻核苷酸融合以形成连接位点。替代地，mtDNA可以包括缺失的链(即，小sublimon)，特别是当重新环化时创建连接位点。此外，还提供了由这种突变mtDNA产生的融合转录本及其假定的蛋白质产物，其中，这种转录本和蛋白质也与子宫内膜异位症相关。本发明专利技术提供了用于检测、诊断或监测子宫内膜异位症的杂交探针和扩增引物以及包括它们的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】与子宫内膜异位症相关的线粒体DNA缺失相关申请的交叉引用本申请根据巴黎公约要求2018年12月22日提交的美国申请号62/784,403和2019年11月5日提交的美国申请号62/931,173的优先权。这些在先申请的全部内容通过引用并入本文。关于序列表的声明与本申请相关的序列表以ASCII格式与本申请同时提交，并在此通过引用并入本说明书。包括该序列表的文本文件名为“Sequence_Listing.txt”，创建于2019年12月17日，大小约为119kb。
本说明书总体上涉及用于检测/诊断和/或监测子宫内膜异位症的新型生物标志物和方法。该描述还涉及在主题方法中有用的独特分析物和/或试剂。
技术介绍
子宫内膜异位症是一种负荷较重的疾病，在多达5％至10％的育龄妇女中发生，并且是不孕症的常见原因[1-7,58]。该疾病的特征在于，存在子宫外生长的子宫内膜组织(上皮细胞和基质)。这种异位子宫内膜组织可见于盆腔腹膜和输卵管、卵巢、肠和膀胱，很少见于更远端的身体部位[8-11]。患有子宫内膜异位症的女性经常会出现经常使本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别具有缺失的畸变的线粒体DNA即mtDNA分子的方法，其中，所述缺失包括SEQ ID NO：1的mtDNA核苷酸序列的核苷酸5362-14049、8469-13447、7992-15730、9191-12909、9188-12906、10367-12829、6260-12814、7973-9023、9086-10313、9079-14988、7260-15540、8431-10841或8984-13833之间的核苷酸序列，并且其中，一旦重新环化，所述mtDNA包括连接点。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20181222 US 62/784,403;20191105 US 62/931,1731.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别具有缺失的畸变的线粒体DNA即mtDNA分子的方法，其中，所述缺失包括SEQIDNO：1的mtDNA核苷酸序列的核苷酸5362-14049、8469-13447、7992-15730、9191-12909、9188-12906、10367-12829、6260-12814、7973-9023、9086-10313、9079-14988、7260-15540、8431-10841或8984-13833之间的核苷酸序列，并且其中，一旦重新环化，所述mtDNA包括连接点。


2.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别具有缺失的畸变的线粒体DNA即mtDNA分子的方法，其中，一旦重新环化，所述mtDNA包括由第一核苷酸和第二核苷酸组成的连接点，并且其中，关于SEQIDNO：1：
a)所述缺失包括核苷酸5377-14048，所述第一核苷酸在核苷酸5362-5377之间并且所述第二核苷酸在核苷酸14048-14063之间；
b)所述缺失包括核苷酸8483-13446，所述第一核苷酸在核苷酸8469-8483之间并且所述第二核苷酸在核苷酸13446-13460之间；
c)所述缺失包括核苷酸7993-15722，所述第一核苷酸在核苷酸7985-7993之间并且所述第二核苷酸在核苷酸15722-15730之间；
d)所述缺失包括核苷酸9196-12908，所述第一核苷酸在核苷酸9191-9196之间并且所述第二核苷酸在核苷酸12908-12912之间；
e)所述缺失包括核苷酸9196-12905，所述第一核苷酸在核苷酸9188-9196之间并且所述第二核苷酸在核苷酸12905-12913之间；
f)所述缺失包括核苷酸10368-12825，所述第一核苷酸在核苷酸10364-10368之间并且所述第二核苷酸在核苷酸12825-12829之间；
g)所述缺失包括核苷酸6261-12813，所述第一核苷酸在核苷酸6260-6271之间并且所述第二核苷酸在核苷酸12813-12824之间；
h)所述缺失包括核苷酸7984-9022，所述第一核苷酸在核苷酸7973-7984之间并且所述第二核苷酸在核苷酸9022-9033之间；
i)所述缺失包括核苷酸9087-10303，所述第一核苷酸在核苷酸9077-9087之间并且所述第二核苷酸在核苷酸10303-10313之间；
j)所述缺失包括核苷酸9086-14987，所述第一核苷酸在核苷酸9079-9086之间并且所述第二核苷酸在核苷酸14987-14904之间；
k)所述缺失包括核苷酸7261-15531，所述第一核苷酸在核苷酸7252-7261之间并且所述第二核苷酸在核苷酸15531-15540之间；
l)所述缺失包括核苷酸8440-10840，所述第一核苷酸在核苷酸8431-8440之间并且所述第二核苷酸在核苷酸10840-10849之间；或者，
m)所述缺失包括核苷酸8994-13832，所述第一核苷酸在核苷酸8984-8994之间并且所述第二核苷酸在核苷酸13832-13842之间。


3.根据权利要求2所述的方法，其中：
a)所述缺失包括核苷酸5377-14048，所述第一核苷酸在位置5362处并且所述第二核苷酸在位置14049处；
b)所述缺失包括核苷酸8483-13446，所述第一核苷酸在位置8469处并且所述第二核苷酸在位置13447处；
c)所述缺失包括核苷酸7993-15722，所述第一核苷酸在位置7992处并且所述第二核苷酸在位置15730处；
d)所述缺失包括核苷酸9196-12908，所述第一核苷酸在位置9191处并且所述第二核苷酸在位置12909处；
e)所述缺失包括核苷酸9196-12905，所述第一核苷酸在位置9188处并且所述第二核苷酸在位置12906处；
f)所述缺失包括核苷酸10368-12825，所述第一核苷酸在位置10367处并且所述第二核苷酸在位置12829处；
g)所述缺失包括核苷酸6261-12813，所述第一核苷酸在位置6260处并且所述第二核苷酸在位置12814处；
h)所述缺失包括核苷酸7984-9022，所述第一核苷酸在位置7973处并且所述第二核苷酸在位置9023处；
i)所述缺失包括核苷酸9087-10303，所述第一核苷酸在位置9086处并且所述第二核苷酸在位置10313处；
j)所述缺失包括核苷酸9086-14987，所述第一核苷酸在位置9079处并且所述第二核苷酸在位置14988处；
k)所述缺失包括核苷酸7261-15531，所述第一核苷酸在位置7260处并且所述第二核苷酸在位置15532处；
l)所述缺失包括核苷酸8440-10840，所述第一核苷酸在位置8431处并且所述第二核苷酸在位置10841处；或者，
m)所述缺失包括核苷酸8994-13832，所述第一核苷酸在位置8984处并且所述第二核苷酸在位置13833处。


4.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别畸变的线粒体DNA即mtDNA分子的方法，其中，所述mtDNA分子在其核酸序列中具有缺失，并且一旦重新环化，所述mtDNA在SEQIDNO：1的mtDNA核苷酸序列的核苷酸5362:14049、8469:13447、7992:15730、9191:12909、9188:12906、10367:12829、6260:12814、7973:9023、9086:10313、9079:14988、7260:15540、8431:10841或8984:13833处具有连接点。


5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述畸变的mtDNA包括在SEQIDNO：75、SEQIDNO：2至SEQIDNO：12以及SEQIDNO：74中任一个中列出的核苷酸序列。


6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述识别包括将所述生物样品与核酸探针接触，所述核酸探针具有与包括所述连接点的所述畸变的mtDNA的核苷酸序列的一部分至少基本互补的核苷酸序列。


7.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述识别包括将所述生物样品与核酸引物对接触，其中，引物之一具有与包括所述连接点的所述畸变的mtDNA的核苷酸序列的一部分互补的核苷酸序列。


8.根据权利要求7所述的方法，其中，所述引物对中的一个引物具有选自SEQIDNO：83、SEQIDNO：36、SEQIDNO：37、SEQIDNO：39、SEQIDNO：41、SEQIDNO：42、SEQIDNO：44、SEQIDNO：46、SEQIDNO：48、SEQIDNO：49、SEQIDNO：54、SEQIDNO：56、SEQIDNO：58、SEQIDNO：60或SEQIDNO：81的核苷酸序列。


9.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中，所述识别包括将所述生物样品与核酸引物对接触，其中，引物中的每一个具有与所述畸变的mtDNA的邻近所述连接点的核苷酸序列互补的核苷酸序列。


10.权利要求9的方法，其中，所述引物对包括：SEQIDNO：61和SEQIDNO：62；SEQIDNO：63和SEQIDNO：64；SEQIDNO：65和SEQIDNO：66；SEQIDNO：67和SEQIDNO：66；SEQIDNO：68和SEQIDNO：69；SEQIDNO：70和SEQIDNO：71；或者SEQIDNO：72和SEQIDNO：73。


11.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别融合转录本的方法，所述融合转录本由具有缺失的畸变的线粒体DNA即mtDNA分子的至少一部分编码，其中，所述缺失包括SEQIDNO：1的mtDNA核苷酸序列的核苷酸5362-14049、8469-13447、7992-15730、9191-12909、9188-12906、10367-12829、6260-12814、7973-9023、9086-10313、9079-14988、7260-15540、8431-10841或者8984-13833。


12.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别融合转录本的方法，所述融合转录本由畸变的线粒体DNA即mtDNA分子的至少一部分编码，所述mtDNA分子具有缺失，所述缺失导致在所述mtDNA重新环化后产生连接点，其中，所述连接点在SEQIDNO：1的mtDNA核苷酸序列的核苷酸5362:14049、8469:13447、7992:15730、9191:12909、9188:12906、10367:12829、6260:12814、7973:9023、9086:10313、9079:14988、7260:15540、8431:10841或8984:13833之间。


13.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别根据权利要求1至5中任一项所限定的畸变的线粒体DNA即mtDNA分子的至少一部分编码的融合转录本的方法。


14.根据权利要求13所述的方法，其中，所述方法包括使所述生物样品与核酸探针接触，所述核酸探针的核酸序列与具有转录连接点的所述融合转录本的核苷酸序列互补。


15.根据权利要求11至14中任一项所述的方法，其中，所述融合转录本包括在SEQIDNO：77、SEQIDNO：13至SEQIDNO：23以及SEQIDNO：76中任一个中列出的核苷酸序列。


16.根据权利要求11至15中任一项所述的方法，其中，所述融合转录本的识别的步骤包括识别所述融合转录本的翻译产物。


17.根据权利要求16所述的方法，其中，所述翻译产物具有在SEQIDNO：79、SEQIDNO：24至SEQIDNO：34、SEQIDNO：84以及SEQIDNO：78中任一个中列出的氨基酸序列。


18.一种在来自哺乳动物受试者的生物样品中识别融合蛋白的方法，所述融合蛋白包括在SEQIDNO：79、SEQIDNO：24至SEQIDNO：34、SEQIDNO：84以及SEQIDNO：78中任一个中列出的氨基酸序列。


19.根据权利要求16至18中任一项所述的方法，其中，所述蛋白的识别包括免疫学测定。


20.根据权利要求19所述的方法，其中，所述识别包括对所述蛋白具有特异性的抗体。


21.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中，识别的步骤包括识别由所述畸变的mtDNA编码的融合蛋白。


22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中，识别的步骤还包括检测、诊断和/或监测所述哺乳动物受试者中的子宫内膜异位症。


23.根据权利要求1至22中任一项所述的方法，还包括对所述生物样品中所述畸变的mtDNA的量进行定量。


24.根据权利要求23所述的方法，还包括将定量的畸变mtDNA的量与指示所述受试者中子宫内膜异位症的存在或子宫内膜异位症的发展的参考值进行比较。


25.根据权利要求24所述的方法，其中，在比较的步骤之前，将定量...

【专利技术属性】
技术研发人员：珍妮弗·克里特，安德烈娅·马格拉，布赖恩·赖古伊，安德烈·哈博特尔，罗伯特·厄舍，
申请(专利权)人：MDNA生命科学有限公司，
类型：发明
国别省市：美国;US