用于靶标筛选的方法和系统技术方案

本公开内容提供了用于鉴定核酸的方法，其可以包括对已经或疑似已经被外源核糖核酸(RNA)分子或外源脱氧核糖核酸(DNA)分子转染或转导的细胞进行温育。接下来，可以鉴定所述细胞的形态变化。接下来，可以处理所述细胞的内容物以鉴定核酸序列或肽、多肽或蛋白质或所述肽、多肽或蛋白质的序列。接下来，可以分析所述核酸序列或所述肽、多肽或蛋白质或所述肽、多肽或蛋白质的所述序列，以确定所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的外源序列。接下来，可以将所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列鉴定为影响所述细胞的所述形态变化。所述外源RNA分子或所述外源DNA分子可以编码抑制、激活或调节所述细胞内生化途径的基因或肽、多肽或蛋白质，从而引起所述细胞的所述形态变化。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于靶标筛选的方法和系统交叉引用本申请要求于2018年10月18日提交的美国临时专利申请号62/747,620和于2019年3月28日提交的美国临时专利申请号62/825,524的权益，出于所有目的每一项专利申请均通过引用整体并入本文。
技术介绍
混合遗传筛选是非常强大的工具，用于鉴定负责目标途径的基因。到目前为止，用于混合遗传筛选的选择方法主要依靠阳性筛选、阴性筛选或通过荧光激活细胞分选(FACS)进行的基于荧光强度的筛选。基于图像的筛选也是非常有用的筛选方法，用于鉴定在目标途径中可能具有重要作用的基因。大多数基于图像的筛选方法只能通过显微镜进行，并且可能不适用于混合格式的筛选。
技术实现思路
本文提出了用于基于快速图像的混合遗传/肽筛选(RIPGS)的系统和方法。这些系统和方法可以代表用于诸如转录因子、RAS和磷酸酶等非药物性靶标的新的高通量命中鉴定平台。此外，RIPGS可用于鉴定一种或多种基因，这些基因引起转录因子的核转位、蛋白质聚集、细胞器功能障碍等。可以在一种或多种细胞中转导一个或多个肽表达文库、核糖核酸(RNA)文库、本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于鉴定核酸分子的方法，包括：/n(a)提供已经或疑似已经用至少一个外源核糖核酸(RNA)分子或至少一个外源脱氧核糖核酸(DNA)分子转染或转导的细胞，其中所述细胞在细胞群之中；/n(b)在(a)之后，鉴定所述细胞的形态变化；/n(c)处理所述细胞的内容物以鉴定(i)核酸序列或(ii)肽、多肽或蛋白质或(iii)所述肽、多肽或蛋白质的序列；/n(d)分析(i)所述核酸序列或(ii)所述肽、多肽或蛋白质或(iii)所述肽、多肽或蛋白质的所述序列，以确定所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列；以及/n(e)将所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的外源序列鉴定为影响所述细胞的...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20181018 US 62/747,620;20190328 US 62/825,5241.一种用于鉴定核酸分子的方法，包括：
(a)提供已经或疑似已经用至少一个外源核糖核酸(RNA)分子或至少一个外源脱氧核糖核酸(DNA)分子转染或转导的细胞，其中所述细胞在细胞群之中；
(b)在(a)之后，鉴定所述细胞的形态变化；
(c)处理所述细胞的内容物以鉴定(i)核酸序列或(ii)肽、多肽或蛋白质或(iii)所述肽、多肽或蛋白质的序列；
(d)分析(i)所述核酸序列或(ii)所述肽、多肽或蛋白质或(iii)所述肽、多肽或蛋白质的所述序列，以确定所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列；以及
(e)将所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的外源序列鉴定为影响所述细胞的所述形态变化。


2.根据权利要求1所述的方法，其中所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列是未知的。


3.根据权利要求1所述的方法，其中所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的所述外源序列是已知的。


4.根据权利要求1所述的方法，其中所述外源RNA分子或所述外源DNA分子编码基因、肽、多肽或蛋白质。


5.根据权利要求1所述的方法，其中所述形态变化包括一个或多个选自以下的成员：所述细胞内蛋白质-蛋白质相互作用的变化、所述细胞内蛋白质定位的变化、所述细胞的形状变化、所述细胞的一种或多种成分的形状变化、以及所述细胞的一种或多种细胞器的形状变化。


6.根据权利要求1所述的方法，其中使用包含所述外源RNA分子或所述外源DNA分子的质粒转染所述细胞。


7.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括对来自所述细胞的至少一个核酸分子或至少一个蛋白质分子进行测序。


8.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序包括大规模并行阵列测序。


9.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序包括合成测序。


10.根据权利要求7所述的方法，其中所述测序包括下一代测序。


11.根据权利要求1所述的方法，其中使用光学显微镜法鉴定所述形态变化。


12.根据权利要求11所述的方法，其中所述光学显微镜包括共聚焦显微镜法。


13.根据权利要求1所述的方法，其中在(b)中，当所述细胞在流动池或流动通道中流动时，鉴定所述细胞的所述形态变化。


14.根据权利要求1所述的方法，其中在(b)中鉴定所述形态变化时，所述细胞未被固定化或固定。


15.根据权利要求1所述的方法，其中当在(b)中鉴定所述形态变化时，所述细胞是被固定的。


16.根据权利要求1所述的方法，其中所述细胞群是异质的。


17.根据权利要求1所述的方法，其中对于所述细胞群之中的多个细胞中的每个细胞重复(b)。


18.根据权利要求17所述的方法，其中以至少约1500个细胞/秒(细胞/s)的速率重复(b)。


19.根据权利要求18所述的方法，其中以至少约2000个细胞/秒、至少约3000个细胞/秒、至少约4000个细胞/秒、至少约5000个细胞/秒、至少约6000个细胞/秒、至少约7000个细胞/秒、至少约8000个细胞/秒、至少约9000个细胞/秒或至少约10,000个细胞/秒的速率重复(b)。


20.根据权利要求1所述的方法，其中基于所述形态变化从所述细胞群分离所述细胞。


21.根据权利要求20所述的方法，其中所述细胞群未被固定化或固定。


22.根据权利要求20所述的方法，其中所述细胞群是被固定的。


23.根据权利要求20所述的方法，其中当在(b)中鉴定所述形态变化时，所述细胞群流过流动池或流动通道。


24.根据权利要求20所述的方法，其中所述细胞群之中的每个细胞包含至少一个随机插入的外源RNA分子或至少一个随机插入的外源DNA分子。


25.根据权利要求1所述的方法，其中(b)包括使所述细胞成像。


26.根据权利要求1所述的方法，其中(b)包括获得包含图像信息的时间信号。

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【专利技术属性】
技术研发人员：杉本庆树，
申请(专利权)人：新克赛特株式会社，
类型：发明
国别省市：日本;JP