抗LAP抗体变体及其用途制造技术

本文提供了抗LAP抗体(例如，重组人源化、嵌合和人抗LAP抗体)或其抗原结合片段，其具有治疗有益性质，如特异性结合至细胞上的PAP‑TOPβ1，而不结合至胞外基质的LAP‑TGFβ1，以及包含其的组合物。还提供了这些抗体或抗原结合片段在治疗应用(如癌症的治疗)和诊断应用中的用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗LAP抗体变体及其用途相关申请本申请要求2018年10月10日提交的美国临时专利申请号62/744,045，2018年10月24日提交的美国临时申请号62/750,065和2018年11月08日提交的美国临时申请号62/757,519的优先权，其每一个的全部内容通过引用并入本文。
本专利技术涉及抗LAP抗体或其抗原结合片段。本专利技术的另一个方面涉及包含抗LAP抗体或抗原结合片段的组合物和试剂盒。本专利技术的另一个方面涉及通过施用抗体或抗原结合片段治疗疾病(例如，癌症)的方法。
技术介绍
转化生长因子β1(TGFβ1)以前蛋白复合物形式合成，其中成熟细胞因子被笼罩在LAP(潜在相关肽)中，LAP是TGFβ1的潜在相关肽。LAP-TGFβ1复合物与以下五种目前已知的锚定蛋白之一进行二硫键键合：糖蛋白A主导重复序列(GARP)、含有富含亮氨酸的重复的蛋白33(LRRC33)、潜在转化生长因子β结合蛋白1(LTBP1)、潜在转化生长因子β结合蛋白3(LTBP3)和潜在转化生长因子β结合蛋白4(LTBP4)。这些锚定蛋白将潜在TGFβ1定位在体内的特定部位和特定细胞上。GARP(也称为富含亮氨酸的重复蛋白32或LRRC32)是一种跨膜蛋白，其将LAP-TGFβ1锚定在淋巴细胞(尤其是调节性T细胞)的表面。GARP还在血小板、B细胞、NK细胞、成纤维细胞、间充质基质细胞、间充质干细胞和内皮细胞上表达，并且还控制LAP-TGFβ1在这些细胞类型上的表达。LRRC33是一种跨膜蛋白，据报道可以将LAP-TGFβ1锚定在髓细胞表面上，尤其是巨噬细胞、树突状细胞和髓系来源的抑制性细胞(MDSC)。LTBP1、LTBP3和LTBP4是将LAP-TGFβ1锚定到胞外基质(ECM)中的分泌分子。尽管LAP结合剂已在本领域用作鉴定某些细胞群的工具，但对LAP在疾病状态中的相关性知之甚少。LAP-TGFβ1复合物的位置具有重要的生物学和临床意义，因为一旦在溶液中半衰期短的成熟TGFβ1细胞因子被释放，其就以自分泌或接近旁分泌的方式在局部起作用。因此，锚定蛋白是其中潜在TGFβ1在特定位置上分级，等待有效的成熟细胞因子释放以作用于局部组织的主要机制。当在不同位置中表达时，LAP-TGFβ1具有不同功能。例如，通过LTBP锚定在细胞外基质中的LAP-TGFβ1对于组织内稳态至关重要。对此，Xu等(BoneResearch2018；6：2)注意到“TGF-β复合物更类似于分子传感器，其通过释放在细胞层面上发挥生理学作用的活性配体，对ECM扰动立即做出反应，从而确保正常的组织内稳态”。已知LAP-TGFβ1掺入胞外基质的改变会导致人类疾病。例如，在小鼠和人类两者中LTBP-3的缺失都会导致骨骼和牙齿形成方面的类似缺陷。LTBP-3缺陷还与马凡氏综合征中的主动脉扩张相关(Rifkin等，MatrixBiol2018；71-72：90-99)。据信这些作用是由于局部胞外基质中的TGFβ1的异常直接作用所致(Xu等，BoneResearch2018；6：2)。与将LAP-TGFβ1定位于胞外基质的锚定蛋白不同的是，由GARP锚定的LAP-TGFβ1对于调节性T细胞(Edwards等，EurJImmunol2016；46：1480-9)和抑制性B细胞亚群(Wallace等，JCIInsight2018；3：e99863)的免疫抑制功能至关重要。还显示了一些肿瘤表达GARP，使其能够局部表达TGFβ，并直接抑制肿瘤微环境中的免疫系统并支持其自身生长(Metelli等，JournalofHematology&Oncology2018；11：24)。锚定于髓细胞的LAP-TGFβ1对于MDSC(ZhangH等，FrontiersinImmunology2017；8：1-15)和M2巨噬细胞(Zhang等，Oncotarget2017；8：99801-15)的免疫抑制功能至关重要。根据一项最新研究，已显示髓细胞使用锚定蛋白LRRC33将潜在TGFβ锚定在细胞表面上(Qin等，Cell2018；174：1-16)。癌症疗法的最新进展集中在通过例如激活耗竭的免疫细胞群、接种疫苗和除去免疫抑制性细胞群来利用患者的免疫系统。鉴于对靶向(和诊断)疾病(如癌症)的改进策略的持续需求，需要用于这些目的的新型药剂和方法。
技术实现思路
本文提供的本专利技术的一个方面是一种构建体(例如，多核苷酸、表达载体和宿主细胞)、蛋白或肽，其包含本文所述的任何序列，例如在表(如表34)中所见的氨基酸序列。本文提供了结合LAP的抗体和抗原结合片段，所述LAP包含以下指定的结构和功能特征(例如，在表34中的SEQIDNO：16-197、214、216-240、242-245、248、249和255的氨基酸序列中的任一项)。例如，抗体和抗原结合片段包含本文的表中所述的氨基酸序列，例如，SEQIDNO：16-197、214和216-255。在各种实施方式中，LAP包含含有LAP和TGFβ(例如，TGFβ1)的复合物和/或表位。在各种实施方式中，表位是在本文的实施例(例如，实施例19-23)中描述的。本专利技术的一个方面提供了分离的单克隆抗体(例如，重组人源化、嵌合和人抗体)，其与此前的抗LAP抗体相比显示出治疗上有利的结合至LAP-TGFβ1(例如，人LAP-TGFβ1)的模式和功能性质。在一个实施方式中，抗LAP抗体选择性结合至细胞(例如，免疫细胞和其他免疫抑制性细胞)上的LAP-TGFβ1，但不结合至胞外基质中的LAP-TGFβ1，因此能够靶向广泛的临床相关细胞类型，同时保留胞外基质中LAP-TGFβ1的天然功能/激活。因为TGFβ以自分泌或近旁分泌的方式起作用，所以与特定细胞群的选择性结合将导致在所指示的细胞群的紧邻处抑制成熟TGFβ的产生。因此，本文所述的抗体提供了以高度选择性的细胞特异性方式抑制TGFβ激活和释放成熟细胞因子的临床获益。在一些实施方式中，抗LPA抗体是具有活性效应功能的同种型，特异性抗LAP抗体与给定细胞群的结合增强将导致ADCC或CDC对该细胞群的耗竭增加。因此，本文公开的抗LAP抗体是理想的用于以单一疗法以及与其他免疫调节剂或治疗剂(例如，免疫检查点抑制剂)组合治疗多种疾病的方法，包括癌症和涉及免疫抑制性细胞的其他疾病。在本专利技术的另一个方面中，本文提供了一种抗体(例如，重组人源化、嵌合、结构域或人抗体)或其抗原结合片段，其特异性结合至LAP，其包含：(a)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含互补决定区(CDR)1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO：16、26和18的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO：19、20和21的氨基酸序列；(b)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO：54、55和56的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种分离的抗体或其抗原结合片段，其特异性结合至LAP，其包含：/n(a)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:110、120和112的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:113、114和115的氨基酸序列；/n(b)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:110、111和112的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:113、114和115的氨基酸序列；/n(c)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:16、26和18的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:19、20和21的氨基酸序列；/n(d)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:54、55和56的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:57、58和59的氨基酸序列；/n(e)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:54、66和56的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:57、58和59的氨基酸序列；/n(f)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:54、55和68的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:57、58和59的氨基酸序列；或者/n(g)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:54、66和68的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQ ID NO:57、58和59的氨基酸序列。/n...

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20181010 US 62/744,045;20181024 US 62/750,065;20181.一种分离的抗体或其抗原结合片段，其特异性结合至LAP，其包含：
(a)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:110、120和112的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:113、114和115的氨基酸序列；
(b)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:110、111和112的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:113、114和115的氨基酸序列；
(c)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:16、26和18的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:19、20和21的氨基酸序列；
(d)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:54、55和56的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:57、58和59的氨基酸序列；
(e)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:54、66和56的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:57、58和59的氨基酸序列；
(f)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:54、55和68的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:57、58和59的氨基酸序列；或者
(g)重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:54、66和68的氨基酸序列，所述轻链可变区包含CDR1、CDR2和CDR3区，其分别包含SEQIDNO:57、58和59的氨基酸序列。


2.根据权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其包含重链可变区序列和轻链可变区序列，所述重链可变区序列和所述轻链可变区序列与选自以下的氨基酸序列具有至少85％、90％、95％、98％或99％同一性：(a)分别为SEQIDNO:218和154；(b)分别为SEQIDNO:133和154；(c)分别为SEQIDNO:42和52；(d)分别为SEQIDNO:101和104；和(e)分别为SEQIDNO:98和104。


3.根据权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其包含重链可变区和轻链可变区，所述重链可变区包含SEQIDNO:218的氨基酸序列，或包含具有1-5、5-10、10-15、15-20或20-25个氨基酸置换的SEQIDNO:218的氨基酸序列，所述轻链可变区包含SEQIDNO:154的氨基酸序列，或包含具有1-5、5-10、10-15、15-20或20-25个氨基酸置换的SEQIDNO:154的氨基酸序列。


4.根据权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其包含选自以下的重链可变区序列和轻链可变区序列：(a)分别为SEQIDNO:218和154；(b)分别为SEQIDNO:133和154，(c)分别为SEQIDNO:42和52；(d)分别为SEQIDNO:101和104；和(e)分别为SEQIDNO:98和104。


5.根据权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其包含重链序列和轻链序列，所述重链序列和所述轻链序列与选自以下的氨基酸序列具有至少85％、90％、95％、98％或99％同一性：(a)分别为SEQIDNO:219和155；(b)分别为SEQIDNO:220和155；(c)分别为SEQIDNO:134和155；(d)分别为SEQIDNO:135和155；(e)分别为SEQIDNO:43和53；(f)分别为SEQIDNO:45和53；(g)分别为SEQIDNO:102和105；(h)分别为SEQIDNO:103和105；(i)分别为SEQIDNO:99和105；和(j)分别为SEQIDNO:100和105。


6.根据权利要求1所述的抗体或其抗原结合片段，其包含选自以下的重链序列和轻链序列：(a)分别为SEQIDNO:219和155；(b)分别为SEQIDNO:220和155；(c)分别为SEQIDNO:134和155；(d)分别为SEQIDNO:135和155；(e)分别为SEQIDNO:43和53；(f)分别为SEQIDNO:45和53；(g)分别为SEQIDNO:102和105；(h)分别为SEQIDNO:103和105；(i)分别为SEQIDNO:99和105；和(j)分别为SEQIDNO:100和105。


7.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体结合至人LAP、食蟹猴LAP、大鼠LAP和/或小鼠LAP。


8.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体抑制TGFβ1激活。


9.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体以60nM或更低、50nM或更低、40nM或更低、30nM或更低、20nM或更低或者10nM或更低的KD结合至人LAP。


10.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体在不存在锚定蛋白的情况下结合至人LAP。


11.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体结合至免疫抑制性细胞。


12.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体结合至免疫抑制性细胞上与锚定蛋白复合的LAP，但不结合至所述锚定蛋白或由LAP和所述锚定蛋白两者的残基组成的表位。


13.根据权利要求12所述的抗体或抗原结合片段，其中所述锚定蛋白是GARP或LRRC33。


14.根据权利要求11-13中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述免疫抑制性细胞是调节性T细胞、M2巨噬细胞、表达LAP的癌细胞和/或髓系来源的抑制性细胞。


15.根据权利要求11-14中任一项所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段结合至GARP阳性免疫抑制性细胞和GARP阴性免疫抑制性细胞两者。


16.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段不结合至胞外基质上的LAP。


17.根据前述任一项权利要求所述的抗体或抗原结合片段，其中所述抗体或抗原结合片段不结合至与LTBP1、LTBP3和/或LTBP4复合的LAP。


18.根据前述任一项权利要求所述的抗体，其中所述抗体包含IgG恒定区或其变体。


19.根据前述任一项权利要求所述的抗体，其中所述抗体是嵌合抗体、人抗体或人源化抗体。


20.一种分离的抗体，其与权利要求1-19中任一项所述的抗体结合至LAP上的相同表位。

【专利技术属性】
技术研发人员：R·巴顿，J·M·英格里什，B·S·福克斯，S·科普西亚弗蒂斯，Y·戈梅兹·洛伦特，R·穆雷，P·拉奥，G·斯卡皮恩，K·J·西蒙，周海宏，
申请(专利权)人：泰洛斯治疗公司，默沙东公司，
类型：发明
国别省市：美国;US