在序列同源性检测中完成模式词典组成的方法和设备技术

在本发明专利技术的词典组成方面，一种基于计算机的用于处理数据库中多个序列的方法包括以下步骤。首先，该方法包括对多个包括用于组成每个序列的字符在内的序列中的每一个进行评价。然后，生成至少一个表示数据库中序列的至少一个子集的字符模式。该模式具有一个与其相关连的统计学重要性，该模式的统计学重要性由一个用于表示在数据库中模式所支持的序列的最小数量的数值所确定。（*该技术在2019年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】
本申请对以A.Floratos和I.Rigoutsos的名义于1998年10月30日提交的临时美国专利申请第60/106,295号要求优先权，并涉及以A.Floratos和I.Rigoutsos的名义与其同时提交的名为“完成序列同源性检测的方法和设备”的美国专利申请，在此将它们引作参考。本专利技术一般涉及数据库搜索，及更具体地涉及用于检测查询序列和数据库中与一个给定的应用例如遗传研究相关连的序列之间的序列同源性的方法和设备。在遗传研究领域内，在将一个新基因测序之后的第一步是鉴定该基因的功能的努力。最普遍和直观的用于完成此目标的方法采用以下生物学事实-如果两个肽延伸在序列水平上表现出足够的相似性(即只须通过少量的插入、缺少和/或氨基酸突变即可从一个得出另一个)，则它们可能在生物学上是相关的。这类方案的例子描述于A.M.Lesk的“计算分子生物学”(计算机科学和技术百科全书，A.Kent和J.G.WilliamS编辑，Marcel Dekker,New York,1994)；R.F.Doolittle的“我们从序列数据库中学到了和将要学到什么”(Computers and DNA,G.Be本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于计算机的用于处理数据库中多个序列的方法，该方法包括以下步骤： 对多个包括用于组成每个序列的字符在内的序列中的每一个进行评价；及 生成至少一个表示数据库中序列的至少一个子集的字符模式，该模式具有一个与其相关连的统计学重要性，该模式的统计学重要性由一个用于表示在数据库中模式所支持的序列的最小数量的数值所确定。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：阿里斯福劳拉特斯，艾塞德勒若高瑟斯，
申请(专利权)人：国际商业机器公司，
类型：发明
国别省市：US[美国]