预测蛋白质间相互作用的方法技术

蛋白质间相互作用的预测方法，其特征是（１）将蛋白质Ａ的氨基酸序列分解成某种长度的寡肽，（２）在蛋白质数据库中检索具有上述寡肽的蛋白质Ｃ，或者检索具有与上述寡肽相同的寡肽的蛋白质Ｄ，（３）对上述Ａ与栓索出的Ｃ或Ｄ进行局部排列，（４）根据局部排列的结果及蛋白质数据库中氨基酸频率或寡肽的频率计算出的数值为指标，将检索出的Ｃ或Ｄ预测为与蛋白质Ａ相互作用的蛋白质Ｂ；搭载该预测程序的记录介质；搭载该记录介质的预测装置和由他们得到的蛋白质。（*该技术在2021年保护过期，可自由使用*）

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及蛋白质间相互作用的预测，涉及预测的方法及装置，以及用该方法和该装置而得到的蛋白质。
技术介绍
许多蛋白质与其它蛋白质或相同蛋白质相互作用的同时发挥其功能。阐明蛋白质间的相互作用在医药品的开发和农业中的品种改良等方面很重要。特别是随着包括病原微生物的各种生物基因组解析和cDNA解析的进展，新发现的功能未知基因和其编码的蛋白质的数目急速增加。若能阐明蛋白质间的相互作用，也许能对那些功能未知的蛋白质进行功能预测。以阐明蛋白质间的相互作用为目的，对于某一蛋白质来讲，为了寻找与其相互作用的蛋白质所采取的方法主要为双杂交法(two-hybrid)(Field，S.The two-hybrid system to detectprotein-protein interaction.METHODSA Companion to Meth.Enzymol.，5，116-124，1993)。但是，双杂交法是探索性的实验手段，操作烦琐，耗时，能够得到的蛋白质数常意想不到的少。另外，该方法的缺点是结果对所使用的cDNA文库的质量有依赖性。也就是说，对于某一蛋白质来说，所伴随的危险是与其相互作用的蛋白质的基因序列不包含在所使用的cDNA文库内。另一方面也可采用这样的方法由于在基因组解析和cDNA解析的基础上丰富了蛋白质数据库，所以可以将细胞内的复合体进行直接MALDL-TOF质谱，在蛋白质数据库中搜索其氨基酸序列的片段信息(Yates，JR 3rd，J.Mass.Spectrom，33，1-19，1998；Hunphery-Smith，I.et al.，Electrophoresis，18，1217-1242；Kaufmann，R.，1995，J.Biotechnol.，41，155-175，1997)。但是由于该方法中可得到复合体(Complex)构成蛋白质的信息而得不到蛋白质间相互作用的信息，所以有必要对哪个蛋白质与哪个蛋白质间的相互作用进行实验确认。
技术实现思路
本专利技术的一个实施方案是蛋白质间相互作用的预测方法，是预测与特定的蛋白质或多肽(A)相互作用的蛋白质或多肽(B)的方法，其特征在于，(1)将A的氨基酸序列分解成某种长度的多个寡肽作为序列信息；(2)在蛋白质或多肽的氨基酸序列的数据库中检索具有上述各寡肽的氨基酸序列的蛋白质或多肽(C)，或者检索具有与上述寡肽的氨基酸序列相同氨基酸序列的蛋白质或多肽(D)；(3)对上述A与检索出的C或D间的氨基酸序列进行局部排列；(4)以根据局部排列的结果、及蛋白质或多肽的氨基酸序列数据库中氨基酸频率和/或寡肽的频率计算出的数值为指标，评价所检测出的C和/或D为与A相互作用的蛋白质或多肽(B)。本专利技术的一个实施方案是，上述预测方法中寡肽的氨基酸序列的长度为4～15个氨基酸。本专利技术的另一实施方案是记录介质，它搭载了实施预测与特定的蛋白质或多肽(A)相互作用的蛋白质或多肽(B)的方法的程序，是以至少具备以下(a)～(f)手段为特征的搭载蛋白质间相互作用预测程序的记录介质(a)输入、存储A的氨基酸序列信息的手段；(b)将该信息分解成某种长度的多个寡肽作为序列信息的手段和存储所得序列信息的手段；(c)存储输入的蛋白质数据库的手段；(d)调取所存储的蛋白质数据库，检索出具有上述寡肽的氨基酸序列的蛋白质或多肽(C)或者具有与上述寡肽的氨基酸序列相同氨基酸序列的蛋白质或多肽(D)的手段，和存储、计算检索结果的手段；(e)在上述A与检索出的C或D间进行局部排列的手段，和存储、计算其结果的手段；(f)得到前述局部排列的结果值以及从蛋白质数据库得到的氨基酸频率和/或寡肽频率的结果值，由这些结果值提示用于预测蛋白质间相互作用的指标的手段，以及存储、表示其结果、检索出与A相互作用的B的手段。本专利技术的一实施方案是搭载上述(a)～(f)手段的记录介质至少具备选自下面(g)～(l)的一个手段(g)所检索出的B为复数时，以由局部排列的结果值及蛋白质数据库中氨基酸频率和/或寡肽的频率的结果值计算出的指标为基础，在所检索出的复数B间进行蛋白质间相互作用强度的顺序排列的手段及存储、表示其结果的手段；(h)通过局部排列，在上述A与所检索出的B间的氨基酸部分序列间进行排列时，表示该A和B的氨基酸序列全长，表示所排列的部分序列在全长上什么位置的手段；(i)当上述A或检索出的B的立体结构已知时，或者用同源性模拟制作立体结构模型时，计算其立体结构模型、在其立体结构上通过局部排列表示该A和B间所排列的氨基酸部分序列的结构的手段；(j)为了缩小检索范围将蛋白质数据库中的蛋白质进行分类、存储的手段；(k)将蛋白质数据库中的各蛋白质作为上述A顺次输入的手段；(l)存储基因组数据库的手段。本专利技术的一实施方案是蛋白质间相互作用的预测装置，它具备搭载上述记录介质的手段。本专利技术的一实施方案是确定具有相互作用的蛋白质或多肽的特定方法，它通过上述预测方法或预测装置得到预测与特定的蛋白质或多肽(A)相互作用的蛋白质或多肽(B)，然后通过实验确认A与B间的相互作用。再有，本专利技术的一实施方案是用该特定方法特定出的蛋白质或多肽。本专利技术的一实施方案是利用上述预测方法或预测装置，筛选具有调节特定的蛋白质或多肽(A)与预测的与该A相互作用的蛋白质或多肽(B)间的蛋白质间相互作用功能的化合物的方法。再有，本专利技术的一实施方案是用该种筛选方法而得到新型化合物，以及以所得化合物的信息为基础进行药物设计而能得到的具有调整A与B间蛋白质间相互作用功能的新型化合物。本专利技术的一实施方案是根据本专利技术而得到的具有序列表的序列号1所示的氨基酸序列的寡肽，所述寡肽具有调整ベロ毒素2(VTII)与Bcl-2间相互作用的功能；或者是具有与该寡肽的氨基酸序列相同氨基酸序列的，并具有调整VTII与Bcl-2间相互作用的功能的寡肽；或者是包含其中任一种寡肽、并具有调整VTII与Bcl-2间相互作用的功能的多肽。另外，本专利技术的一实施方案是抗细胞死亡的试剂，它含有具有序列表中序列1所示的氨基酸序列的寡肽。本专利技术的一实施方案是利用上述寡肽和/或多肽筛选具有调整VTII与Bcl-2间相互作用的功能的化合物的方法。本专利技术的一实施方案是寡核苷酸序列的确定方法，其特征在于，应用上述预测方法或预测装置编码，该寡核苷酸编码与特定的蛋白质或多肽(A)与预测的与该A相互作用的蛋白质或多肽(B)的蛋白质间相互作用相关的寡肽。本专利技术的一实施方案是来源于人的蛋白质组群，它是通过上述预测方法或预测装置而得到的，预测有蛋白质间相互作用。另外，本专利技术的一实施方案是蛋白质组合的筛选方法，它是从上面的蛋白质组群中以可能与疾病相关的已知蛋白质的信息为基础进行筛选，筛选出与疾病相关的具有蛋白质间相互作用的蛋白质组合。再者，本专利技术的一实施方案是用该方法得到的与疾病相关的具有蛋白质间相互作用的蛋白质组群。本专利技术的一实施方案是筛选化合物的方法，它是从上面得到的与疾病相关的具有蛋白质间相互作用的蛋白质组群中再筛选出调整某种组合和/或两个蛋白质相互作用的化合物。再者，本专利技术的一实施方案是用筛选调整该相互作用的化合物的方法所得到的化合物。本专利技术的一实施方案是蛋白质加工部位的预测方法，它是应用上述预测方法或预测装置通过预测特定的蛋本文档来自技高网...

【技术保护点】
寡肽，它具有调整べ口毒素２（ＶＴＩＩ）与Ｂｃ１－２间相互作用的功能，具有序列表的序列号１中所示的氨基酸序列。

【技术特征摘要】
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【专利技术属性】
技术研发人员：土居洋文，铃木敦，
申请(专利权)人：第一制药株式会社，富士通株式会社，
类型：发明
国别省市：JP[日本]