【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测供体来源的细胞游离DNA的方法相关申请的交叉引用本申请要求2018年7月3日提交的美国临时申请第62/693,833号；2018年8月6日提交的美国临时申请第62/715,178号；2018年12月19日提交的美国临时申请第62/781,882号；和2019年4月15日提交的美国临时申请第62/834,315号的优先权。上面引用的这些申请中的每一个据此通过引用以其整体并入本文。
本公开总体上涉及用于检测移植受体中供体来源的DNA的方法。
技术介绍
目前在美国有约190,000名活体肾受体，并且每年发生约20,000例肾移植手术。快速检测肾同种异体移植物损伤和/或排斥仍然是一个挑战。以前使用血清肌酐来确定肾移植状态的尝试缺乏特异性，并且活检移植是侵入性的且费用昂贵，并可能导致移植损伤和/或排斥的延迟诊断。由于免疫系统将同种异体移植物鉴定为对身体来说是外来的，并且激活各种免疫机制来排斥同种异体移植物，所以通常需要在医学上抑制正常的免疫系统应答来排斥移植物。因此，需要一种比常规测试更敏感且更具特异性...
【技术保护点】
1.一种定量移植受体的血液样本中供体来源的细胞游离DNA(dd-cfDNA)的量的方法，包括：/na)从所述移植受体的所述血液样本中提取DNA，其中所述DNA包括供体来源的细胞游离DNA和受体来源的细胞游离DNA；/nb)在单个反应体积中使用500-50,000个引物对在500-50,000个靶基因座处进行靶向扩增，其中所述靶基因座包括多态性基因座和非多态性基因座，并且其中每个引物对被设计成扩增不超过100bp的靶序列；以及/nc)定量扩增产物中所述供体来源的细胞游离DNA的量。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20180703 US 62/693,833;20180806 US 62/715,178;20181.一种定量移植受体的血液样本中供体来源的细胞游离DNA(dd-cfDNA)的量的方法，包括：
a)从所述移植受体的所述血液样本中提取DNA，其中所述DNA包括供体来源的细胞游离DNA和受体来源的细胞游离DNA；
b)在单个反应体积中使用500-50,000个引物对在500-50,000个靶基因座处进行靶向扩增，其中所述靶基因座包括多态性基因座和非多态性基因座，并且其中每个引物对被设计成扩增不超过100bp的靶序列；以及
c)定量扩增产物中所述供体来源的细胞游离DNA的量。
2.一种定量移植受体的血液样本中供体来源的细胞游离DNA(dd-cfDNA)的量的方法，包括：
a)从所述移植受体的所述血液样本中提取DNA，其中所述DNA包括供体来源的细胞游离DNA和受体来源的细胞游离DNA，并且其中所述提取步骤包括尺寸选择以富集所述供体来源的细胞游离DNA并减少从爆裂的白细胞处置的所述受体来源的细胞游离DNA的量；
b)在单个反应体积中使用500-50,000个引物对在500-50,000个靶基因座处进行靶向扩增，其中所述靶基因座包括多态性基因座和非多态性基因座；以及
c)定量扩增产物中所述供体来源的细胞游离DNA的量。
3.一种检测移植受体的血液样本中供体来源的细胞游离DNA(dd-cfDNA)的方法，包括：
a)从所述移植受体的所述血液样本中提取DNA，其中所述DNA包括供体来源的细胞游离DNA和受体来源的细胞游离DNA；
b)在单个反应体积中使用500-50,000个引物对在500-50,000个靶基因座处进行靶向扩增，其中所述靶基因座包括多态性基因座和非多态性基因座；
c)通过高通量测序对扩增产物进行测序；以及
d)定量所述供体来源的细胞游离DNA的量。
4.根据权利要求1所述的方法，进一步包括对所提取的DNA进行通用扩增。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述移植受体是人。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述移植受体已经接受了选自器官移植、组织移植、细胞移植和液体移植的移植。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述移植受体已经接受了选自肾移植、肝移植、胰腺移植、肠移植、心脏移植、肺移植、心脏/肺移植、胃移植、睾丸移植、阴茎移植、卵巢移植、子宫移植、胸腺移植、面部移植、手移植、腿移植、骨移植、骨髓移植、角膜移植、皮肤移植、胰岛细胞移植、心脏瓣膜移植、血管移植和输血的移植。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述移植受体已经接受了肾移植。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量步骤包括确定所述血液样本中所述供体来源的细胞游离DNA在所述供体来源的细胞游离DNA和所述受体来源的细胞游离DNA总量中的百分比。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量步骤包括确定每体积单位的所述血液样本中所述供体来源的细胞游离DNA的拷贝数。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量步骤说明所述移植受体的体质量或血容量。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括使用定量的量的所述供体来源的细胞游离DNA来检测移植的活性排斥的发生或可能发生。
13.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法在事先不知道供体基因型的情况下进行。
14.根据权利要求1所述的方法，其中每个引物对被设计成扩增约50-100bp的靶序列。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶向扩增包括在单个反应体积中扩增至少1,000个多态性基因座。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法进一步包括测量所述靶基因座处的一个或多个等位基因的量，所述靶基因座是多态性基因座。
17.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量步骤包括使用微阵列检测扩增的靶基因座。
18.根据权利要求1所述的方法，其中所述定量步骤不包括使用微阵列。
19.根据权利要求1所述的方法，其中所述多态性基因座和所述非多态性基因座在单个反应中扩增。
20.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶向扩增包括使用(i)至少500-50,000个不同引物对，或(ii)至少500-50,000个靶特异性引物和500-50,000个引物对的通用或标签特异性引物，在单个反应体积中同时扩增500-...
【专利技术属性】
技术研发人员：所罗门·莫什克维奇，伯恩哈德·齐默尔曼，图多尔·蓬皮柳·康斯坦丁，侯赛因·埃塞·基尔基兹拉尔，阿利森·赖恩，斯蒂米尔·西于尔永松，费利佩·阿科斯塔·阿奇拉，赖恩·斯韦纳顿，
申请(专利权)人：纳特拉公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。