一种基于菌群结构进行样品溯源的方法技术

本发明专利技术提供了一种基于菌群结构进行样品溯源的方法，属于微生物分析技术领域。本发明专利技术通过16S序列扩增、宏基因组以及大数据获取大量样本的菌群结构，通过判断待测样品的香农指数以及菌群结构的相似性，从而确定某一确定来源的菌群图谱，并依据菌群图谱进行样品来源的溯源。本发明专利技术所述的样品溯源的方法高效、准确、快速，且操作简便。

【技术实现步骤摘要】
一种基于菌群结构进行样品溯源的方法
本专利技术涉及微生物分析
，具体涉及一种基于菌群结构进行样品溯源的方法。
技术介绍
微生物溯源(microbialsourcetracking，MST)是一种利用单个或群体微生物的指标，建立区别、鉴定微生物源头的流程。近年来，MST技术在水体病原微生物检测及鉴定中的应用越来越广泛。微生物溯源研究有助于人们更深入地了解病原菌种群结构及其多样性的起源和进化，为病原菌的检疫、流行监测、综合防治等研究提供重要的信息资料和科学依据。在病原微生物溯源技术研究中，生物学方法、噬菌体敏感性、多位点酶电泳、等表型分析方法和扩增片段长度多态性、核糖体分型、重复序列PCR、简单重复序列、单核苷酸多态性、多位点可变串联重复序列、多位点序列分析等分子方法均发挥了重要作用。微生物溯源分析具备较高的难度，微生物的系统发育关系较为复杂，而通过构建进化树(phylogenetictree)来描述物种或分子间的进化关系，是生物信息学方法在微生物领域溯源分析中的重要应用。例如，科研人员在对微生物进行研究的过程中，如果发现一种新型病毒本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种基于菌群结构进行样品溯源的方法，其特征在于，所述的方法包括以下步骤：/n(1)确定菌种聚类阈值，通过16S序列扩增、宏基因组以及大数据分析获取已知样本的菌群结构；/n(2)分析待测样品的菌群结构；/n(3)对比步骤(1)已知样本和步骤(2)待测样品的菌群结构，确定待测样品的菌群图谱进行样品的溯源。/n

【技术特征摘要】
1.一种基于菌群结构进行样品溯源的方法，其特征在于，所述的方法包括以下步骤：
(1)确定菌种聚类阈值，通过16S序列扩增、宏基因组以及大数据分析获取已知样本的菌群结构；
(2)分析待测样品的菌群结构；
(3)对比步骤(1)已知样本和步骤(2)待测样品的菌群结构，确定待测样品的菌群图谱进行样品的溯源。


2.根据权利要求1所述的样品溯源的方法，其特征在于，步骤(1)中所述的菌种聚类阈值为97-100％。


3.根据权利要求2所述的样品溯源的方法，其特征在于，步骤(1)中所述的菌种聚类阈值为99％。


4.根据权利要求3所述的样品溯源的方法，其特征在于，步骤(1)中所述的16S序列为V3-V4区，16S序列扩增引物为SEQIDNO:1：F：5′-AATGATACGGCGACCACC-3′；SEQIDNO:2：R：5′-CAAGCAGAAGACGGCATA-3′。


5.根据权利要求4所述的样品溯源的方法，其特征在于，步骤(1)中所述的大数据分析包括以下步骤：去除引物接头，获取样品真实...

【专利技术属性】
技术研发人员：吴森，王绪敏，方向东，单广乐，
申请(专利权)人：中国科学院北京基因组研究所国家生物信息中心，
类型：发明
国别省市：北京;11